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Microscopio electrónico de barrido (MEB)
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Este tipo de microscopio también es necesario que los electrones impacten contra la muestra para poder ver la muestra, la diferencia es que en este caso los electrones no iluminan toda la muestra simultáneamente, si no que se hace un escaneado recorriendo los distintos puntos de la muestra
Cuando los electrones impactan la muestra pierden energía debido a distintas interacciones
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Hay una técnica de microscopía que muy útil para observar los detalles de la superficie de microorganismos

Es habitual realizar una preparación de la muestra depositando primero una capa de metal sobre la muestra
De esta forma, existen más electrones secundarios que pueden desprenderse cuando se aplica el haz principal de electrones
El aumento que alcanzan este tipo de microscopios es menor que el que se puede obtener con un microscopio electrónico de transmisión