8-11-2017
Snellere diagnose door gebruiksvriendelijkere dataverwerkingssoftware 'Science Gateway' - NEMO Kennislink
Patiëntengegevens doorrekenen Computer helpt arts en patiënt Auteur: Malini Witlox
Medische technieken als MRI-scans en DNA-analyses leveren enorme hoeveelheden informatie op die niet altijd goed hanteerbaar zijn voor medici. Onderzoekers van het AMC in Amsterdam ontwikkelden een gebruiksvriendelijke toegangspoort tot deze medische dataschatten: de Science Gateway. “Een MRI-scan kan in drie richtingen duizenden tweedimensionale beelden van het brein maken. Op basis van alle foto’s kan een driedimensionaal beeld worden gereconstrueerd. Dat kost een normale computer al snel 72 uur”, vertelt Shayan Shahand, voormalig promovendus bij de UvA. Bij medisch onderzoek heb je al snel te maken met grote hoeveelheden informatie die veel verwerkingstijd kosten, wil Shahand maar zeggen. Hij werkte bij de e-sciencegroep van het AMC en ontwikkelde daar samen met anderen de Science Gateway: een computerprogramma dat helpt medische dataschatten te ontsluiten voor onderzoekers, gebruiksvriendelijk en sneller.
Jaren rekenen “We keken bijvoorbeeld naar een onderzoek naar gevechtsstress bij militairen en de relatie met de structuur van het brein waarvoor MRI-scans van de hersenen werden genomen”, zegt Shahand. Die scans werden vaak gecombineerd met een ander soort scan waarop neuronenstromen zichtbaar zijn. Het samenvoegen van beide scans kost ongeveer honderd uur per patiënt. “Bij een normaal wetenschappelijk onderzoek heb je ongeveer vierhonderd proefpersonen: tweehonderd controlepersonen en de tweehonderd patiënten. Als je een 3D-scan van al die proefpersonen moet bekijken en vergelijken ben je dus jaren bezig met rekenen.”
Webwinkel Een oplossing ligt in het gebruik van een netwerk van computers, zoals dat kan bij het grote geavanceerde computercentrum SURFsara in Amsterdam. Wetenschappers die daar gebruik willen maken van een supercomputer stuiten echter vaak op problemen door een gebrek aan technische kennis, bijvoorbeeld omdat ze niet weten hoe de computerinstructie, of command line werkt.
MRI-scans leveren terabytes aan informatie op. Jan Ainali, Wikimedia Commons, CC By 3.0 (https://commons.wikimedia.org/wiki/File:M RI-Philips.JPG)
Natuurlijk kunnen wetenschappers programmeurs om hulp vragen, maar dat is niet efficiënt. Als wetenschappers zelf aan de slag gaan, gebeuren taken vaak minder goed. Shahand: “De toegangspoort die wij met de https://www.nemokennislink.nl/publicaties/patientengegevens-doorrekenen/
1/3