Po zařazení lokomotiv řady ES 499.0 na mezinárodní rychlíky z Budapešti do Prahy a opačně byly lokomotivy řady S 499.1 nasazeny na vozbu nákladních expresů ze Slovenska do stykové stanice kutná Hora. Dne 21. 7. 1982 zastavila lokomotiva S 499.1010 ve stanici Havlíčkův Brod s vlakem Nex 41303, aby po zpravení všeobecným rozkazem pokračovala dále ve své cestě. Foto Jiří Caska.
Pět brněnských lokomotiv řady S 499.1 bylo nasazeno především na vozbu expresu Brněnský drak, který v inkriminovanou dobu zastavoval pouze ve stanici Žďár nad Sázavou a v Kutné Hoře z důvodu přepřahu. Jako doplňující výkon vozily i osobní vlaky s cílovou stanicí Žďár nad Sázavou, Havlíčkův Brod a Břeclav. V roce 1976 byly všechny lokomotivy předány do LD České Budějovice, čímž končí krátká epizoda v nasazení lokomotivní řady S 499.1 v LD Brno-Maloměřice.
První prototyp S 499.1001 byl předán do Bratislavy dne 27. 7. 1971, druhý stroj ho následoval z Plzně dne 7. 3. 1973. Českobudějovická lokomotiva S 499.1003 byla sice již 12. července 1971 předána do Bratislavy, ale po dokončení elektrizace tratě Veselí nad Lužnicí – Jihlava se lokomotivní řada S 499.1 do Českých Budějovic vrátila. V letech 1977–1982 zajišťovaly tyto lokomotivy vozbu vlaků osobní přepravy na trati České Budějovice – Jihlava. Celkem se vystřídalo v LD České Budějovice 13 lokomotiv řady S 499.1. Poslední lokomotivy odešly 1. května 1982 do Bratislavy. Jedna lokomotiva však v Českých Budějovicích jezdí i nadále. Jedná se o původní stroj S 499.1021, který po rekonstrukci nesl označení S 499.0139 a nyní 240.139.
Po soustředění lokomotivní řady S 499.1 do Bratislavy pře-
Dne 17. 3. 1979 zastavila ve stanici Havlíčkův Brod lokomotiva S 499.1007, aby po krátkém pobytu pokračovala dále do Brna. Strojvedoucí Laco Takáč na přání fotografa zvedl oba sběrače lokomotivy. Foto Jiří Caska.
Lokomotiva S 499.1024 byla jako jediná své řady opatřena určitou dobu bílým nátěrem celé skříně, což se nesnadno udržovalo v čistém stavu. Dne 24. 9. 1976 vezla mimořádně rychlík „Balt orient“ z kutné Hory do Bratislavy. Foto Jiří Caska.
vzaly tyto lokomotivy převážně vozbu vlaků osobní přepravy z Bratislavy do Nových Zámků, Štúrova a Komárna, jezdily i do Břeclavi a Brna a v sezoně do Kutné Hory. Ale ani na těchto výkonech nebyla lokomotivní řada S 499.1 dlouho. V roce 1977 byla povolena rekonstrukce č. 7020
„Změna převodu lokomotiv 47 E 6“ výnosem FMD Praha
čj. 6806/77-12 ze dne 9. 3. 1977. Jako první byla novým převodem vybavena lokomotiva S 499.1021 a přeznačena na S 499.0139. Již v srpnu 1978 byla zařazena do provozu v LD České Budějovice, kde byla před rekonstrukcí dislokována. Ostatní lokomotivy této řady setrvaly v osobní dopravě zhruba do roku 1984, kdy začaly ŽOS Vrútky provádět rekonstrukci převodu. Jako první byla provedena rekonstrukce na lokomotivě S 499.1016, poslední rekonstruovaný stroj byl S 499.1024. Rekonstrukce se prováděly zpravidla v rámci středních oprav v ŽOS Vrútky, nebo při redukovaných středních opravách v RD Bratislava východ 2, kde byly upraveny lokomotivy S 499.1012 a 025. Lokomotiva S 499.1023 byla rekonstruována v RD Bratislava hl. st. Po dokončení změny převodu každá lokomotiva absolvovala novou technickobezpečnostní zkoušku na traťovém úseku Senec – Bernolákovo za přítomnosti zkušebního komisaře Ing. Kolomana Mádiho. Do konce roku 1987 nezůstala již ani jedna lokomotiva této řady, když po rekonstrukci byly všechny lokomotivy přeznačeny na řadu S 499.0, inventárních čísel 121–145. Lokomotiva S 499.1002 byla zpětně přeznačena na S 499.0070.
Tím úplně zanikla lokomotivní řada S 499.1. Lokomotivy S 499.0121–0145 v podstatě zůstaly na stejných výkonech, jako byla řada S 499.1. Z počátku devadesátých let je dobře znám jejich výkon na osobním vlaku Bratislava–Leopoldov a zpět, kde jezdily s patrovou jednotkou řady Bpjo.
Vozily i osobní vlaky do Trenčianské Teplé, Kútů, Štúrova i Zvolena. Dobře známé je i nasazení lokomotiv na přetahy osobních souprav mezi stanicemi bratislavského uzlu a na výkony „dispečerky“.
Lokomotivy, které se rekonstrukce nedočkaly, jsou
S 499.1001, která byla zrušena dne 17. 3. 1977 po požáru na vlaku R 674 ve stanici Malacky dne 7. 5. 1976, a lokomotiva
S 499.1020, která byla zrušena dne 29. 6. 1983 po těžkém násilném poškození při nehodě u stanice Velké Leváre, když Ex 1371 najel na konec nákladního vlaku, který stál u vjezdového návěstidla. Stalo se tak dne 11. června 1983.
Změnou převodu lokomotiv řady S 499.1 došlo i k další úpravě na brzdovém zařízení. Úprava spočívala v zablokování brzdy DAKO GPR s rozvaděčem DAKO LTR v poloze „R“. To znamená, že brzdu lze použít jen v systému nákladního (G) a osobního (P) brzdění. Tato úprava byla schválena rekonstrukcí číslo 7021.
Lokomotiva 240.139 byla od 1. prosince 2007 začleněna pod ČD Cargo – SOKV České Budějovice a byla nasazena v nákladní dopravě spolu s ostatními lokomotivami řady 240, převážně na trati Horní Dvořiště – České Budějovice – Jihlava – Havlíčkův Brod.
Lokomotivy 240.121–145 RD Bratislava byly po dodávce deseti lokomotiv řady 263 částečně převedeny na vozbu nákladních vlaků, několik lokomotiv bylo nasazováno na dispečerské výkony v okolí Bratislavy. V průběhu roku 2005 se začaly objevovat v čele Nex vlaků i v Kutné Hoře spolu s původní řadou 240, kam jezdí s vlaky, jejichž výchozí stanice je Děvínská Nová Ves a cíl cesty se nachází v bývalé
NDR. Od GVD 2006/2007 se ale jejich počet zredukoval na jeden pár vlaků. V současné době je již 10 lokomotiv zrušeno a část jich byla odprodána soukromým dopravcům.