Gestapos usynlige fiender handler om motstandskampen i Bergensdistriktet i krigens siste og råeste år, 1944-45. Mange sivile liv går tapt i den store eksplosjonen på Vågen 20. april 1944, og i tre allierte bombeangrep nabokommunen Laksevåg. Mens mennene kjemper med våpen og dynamitt, sørger et uunnværlig nettverk av kvinner for husly for motstandsfolk i dekning, for mat, falske id- papirer, skjulesteder og for våpen. Kvinner spaner, leverer livsviktige meldinger, og hjelper fangene i Espeland fangeleir. Ved bruk av angivere og brutal tortur prøver etterforskerne i Gestapohuset å knuse all motstand.