Tableau récapitulatif des agents de clivage des protéines (peptides) Coupure Chimique Ж
Coupure Enzymatique<>
Clivage à l’extrémité du Peptide (Exopeptidase) Méthode Site d’Action Spécificité Aminopeptidases <> Dégradation d’EDMANE donne P.T.H-AA Ж Réactif : Phénol-iso- Thiocyanate /Ninhydrine/Fluorescamine Dégradation de SANGER donne DNP-AA Ж Réactif est DNFB
AA N-terminal
Tout AA sauf Pro
AA N-terminal
Tout AA sauf Pro
AA N-terminal
Tout AA sauf Pro
Prolinase <>
AA N-terminal
AA est Pro
Carboxypeptidase A <>
AA C-terminal
Tout AA sauf : Arg, Lys, Pro
Carboxypeptidase B <>
AA C-terminal
AA : Arg, Lys
Prolidase <>
AA C-terminal
AA est Pro
Coupure Chimique Ж
Coupure Enzymatique<>
Clivage à l’intérieur du Peptide (Endopeptidase) Méthode Site d’Action Spécificité Coupe les liaisons Bromure de SUCCINAMIDE Ж incluant le COOH : Tyr ou Trp (NBS) Coupe après l’AA Bromure de Cyanogène Ж (BrCN)
Acide Perchlorique Ж Béta Mercaptoethanol Ж (BME)
Coupe les liaisons incluant le COOH : Met Coupe après l’AA Coupe les ponts disulfures S-S
Coupe les liaisons: disulfures S-S Coupe les liaisons 2-Nitro-5-Thio-CyanoBenzoate incluant le NH2 : (NTCB) Ж Coupe avant l’AA Coupe les liaisons TRYPSINE <> incluant le COOH : Coupe après l’AA Coupe les liaisons CHYMIOTRYPSINE <> incluant le COOH : Coupe après l’AA
Entre deux Cys Entre deux Cys Cys Lys, ou Arg sauf Pro à droite Tyr, Phe, Trp sauf Pro à droite
Leïla HALITIM
Tableau récapitulatif des agents de clivage des protéines (peptides) Coupure Chimique Ж
Coupure Enzymatique<>
Carboxypeptidase C <>
AA C-terminal
Tous
Carboxypeptidase Y <>
AA C-terminal
Tous sauf la Gly
Leucine amino peptidase <>
AA N-terminal
Pro
Hydrazine Ж
Coupe toutes AA C-terminal les liaisons peptidiques AA N-terminal
Tryptophane est entièrement détruit par Hcl (6M) Asn, Gln sont hydrolysées en acides correspondants Asp, Glu
Coupure Chimique Ж Hydroxylamine Ж (NH2OH) Asp N protéase <>
Endoprotéase V8 <> PEPSINE <>
THERMOLYSINE<>
Coupure Enzymatique<> Coupe toutes les liaisons peptidiques Coupe les liaisons incluant le NH2 de : Coupe avant l’AA Coupe les liaisons incluant le COOH de : Coupe après l’AA Coupe les liaisons incluant le NH2 de : Coupe avant l’AA Coupe les liaisons incluant le NH2 de : Coupe avant l’AA
entre Asn et Gly Asp, Cys, parfois Glu de Glu, parfois de Asp Phe, Tyr,Leu, Asp, Glu, Trp sauf Pro à gauche Leu, Ile, Val sauf Pro à gauche
Rappel : Hydrazinolyse consiste à traiter le Peptide par l’hydrazine de formule H2N-NH2 que je symbolise (x) à 100°C, les liaisons peptidiques sont rompues(coupées) et les AA apparaissent sous forme d’hydrazides (AA-X). Seul le résidu C-terminal n’est pas attaqué et se trouve sous forme libre qui peut être isolé, identifié et dosé. Remarque : L’’hydrazine ne se lié qu’avec l’acide aminé dont la fonction COOH est lié c’est-à-dire engagé dans la liaison peptidique.
Leïla HALITIM