Radko Avi, PhD

VIRIOOMI JA INIMESE ENDOGEENSETE RETROVIIRUSTE MÕJU IMMUUNAKTIVATSIOONILE SUPRESSEERIVA ANTIRETROVIIRUSRAVI KÄIGUS EESTI SÜSTIVATEL NARKOMAANIDEL

Arsti- ja terviseteadused Grant PUT1580, kokku 280 320 eurot 2017–2020

Probleem

Radko Avi, PhD Tartu Ülikool radko.avi@ut.ee

Foto: erakogu

VLP (viral like particle) – viiruse sarnaste partiklite eraldamine bioloogilisest materjalist

VLP-dest DNA ja RNA eraldamine ning mitte-PCR meetoditel amplifitseerimine ja sekveneerimine

CTTTAGATCGCTAGAA CTTTAGATCGCTAGAA CACCATAAG

AGTCTCGTAGCTTTAGATCGCTAGAA CTTTAGATCGCTAGAA TTTAGATCGCTAGAA ACACACCAGAGATAG AGATCGCTAGAA AGTGATACCATACACACACCG ACACACCATATGAGATAG

TTTAGATCGCTAGAA GATCGCTAGAA CTTTAGATCGCTAGAA Väljatöötatud bioinformaatiline pipeline seedekulgla viroomi suur-andmete analüüsiks VIIRUSED – KUIDAS NEID PAREMINI MÕISTA?

Projekti eesmärk oli uurida HIV infektsiooniga kaasnevat immuunaktivatsiooni seedekulgla virioomi kirjeldamise kaudu.

lmmuunaktivatsioon – organismi kaitsemehhanism, kui immuunsüsteemi rakud avastavad võõrad sissetungijad ja saadavad keemilisi signaale teiste rakkude võitlusse tõmbamiseks. Retroviirus – viirus, mille geneetiline informatsioon säilitatakse RNA-s ja mis pöördtranskriptaasi (teatud ensüümi) abil kopeerib end DNA vormi ja suudab liituda peremeesorganismi pärilikkusainega. Virioom – kõikide viiruste kogu, mis on leitav kindlas keskkonnas või proovis.

Virioomi eraldamise ja paljundamise metoodika bioloogilistest proovidest.

Joonis: Radko Avi

Projekti olulisemad tulemused

| Optimeeriti meetod viiruspartiklite eraldamiseks bioloogilisest materjalist, sh roojast. | Välja töötatud meetodit rakendati edukalt mikrobioomi ja virioomi uurimisel HIV positiivsetel patsientidel ravi efektiivsuse hindamisel. | Nii viiruste eraldamisel kui ka viiruste genoomsete suurandmete töötlemisel saadi kogemusi, mis olid võtmetähtsusega Eestis SARS-CoV-2 epideemiat põhjustanud viiruste täisgenoomide sekveneerimisel.

Miks on need tulemused olulised?

| Arvestades HIV positiivsete patsientide suurt arvu Eestis, on nende immuunaktivatsiooni tasemel otsene mõju meditsiinisüsteemi koormusele. Mida madalam on HIV positiivsete isikute immuunaktivatsioon, seda väiksem on tõenäosus, et need isikud nakatuvad haigustesse, mis vajavad meditsiinisüsteemi sekkumist. See on muutunud eriti aktuaalseks COVID-19 epideemia kontekstis, kus meditsiinisüsteemi, eriti aga nakkushaiguste arstide ressurss, on väga piiratud.