A semelhança entre a bionomia de espécies nativas e introduzidas é um aspecto que pode conduzir a um processo de exclusão de grupos que possuem menor potencial biótico. Possivelmente este fenômeno, associado às alterações ambientais sofridas pela bacia, poderia explicar a redução nos estoques de piabanhas (B. opalinus) na bacia e o concomitante aumento na população de dourados (S. maxilosus). Espécies ictiófagas, como Clarias gariepinnus. e Cichla spp., se expandirem sua distribuição para áreas que se notabilizam por manterem ictiocenoses com alto grau de endemismo poderão, através de interação predatória, gerar impactos significativos sobre a biodiversidade do Rio Paraíba do Sul. Quanto a sua fauna de água doce nativa, a Bacia do Rio Paraíba do Sul se destaca, dentro da unidade ictiogeográfica do sudeste brasileiro (sensu BIZERRIL, 1994 e BRITSKI, 1994), por exibir alta biodiversidade, representando, provavelmente, a área com maior riqueza ictiofaunística deste local. De fato, dentro da área em questão apenas as Bacias dos Rios Ribeira de Iguape (SP) e Cachoeiro de Itapemirim (ES) apresentam dimensões próximas à apresentada pela Bacia do Rio Paraíba do Sul, embora exibam riquezas bióticas muito inferiores [i.e., para o Rio Ribeira (cf. BIZERRIL & LIMA, 2000) e para o Rio Itapemirim (cf. ENGEVIX, 1997)] Em sua composição geral verifica-se, na bacia como um todo, a ocorrência da maior parte dos gêneros de peixes de água doce registrada nos rios integrados à província ictiogeográfica do sudeste brasileiro dos estados de São Paulo e do Rio de Janeiro, estando ausentes apenas os gêneros Kronichthys, Leptolebias, Rivulus, Pseudotothyris, Trichogenes, Listrura, Pseudocorynopoma, Rachoviscus, Pareiorhaphis, Spintherobolus, Nematolebias e Sympsonichthtys. A bacia mantém ainda uma série de taxa que, dentro dos limites geográficos considerados, lhe são exclusivos (e.g., Pogonomopoma, Oligobrycon) ou compartilhados com Rios do Espírito Santo (e.g. Delturus, Steindachneridion). Aos grupos supracitados somam-se algumas espécies com representantes em bacias integradas às drenagens do Paraná e do São Francisco (e.g., Pareiorhina, Cheirodon, Rhamdiopsis, Pseudotocinclus, Phallotorhynus) e ausentes em outros sistemas fluviais do leste brasileiro, aspecto este de especial interesse biogeográfico, como será discutido. A fauna de água doce nativa é formada essencialmente por peixes Otophysi, um arranjo comum às demais bacias da região Neotropical (LOWE McCONNELL, 1987). Dentre as ordens inventariadas, os Siluriformes foram os que mostraram maior riqueza de espécies, o que concorda com o padrão descrito por BIZERRIL (1994, 1995) para rios do leste Brasileiro. A ordem Characiformes reúne, na bacia, um grande número de espécies (Quadro 60) com tamanhos variando entre menos de 1 cm a algo próximo de 80 cm. Os táxons inseridos nesta ordem encontram-se agrupados em 6 famílias, das quais Characidae engloba a maior riqueza de espécies.
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