I oppfølgeren til klassikeren Til huttetuenes land følger vi Mikkel som drømmer at han blir vekket av bråk nedenfra. Slik begynner en surrealistisk nattlig reise gjennom et forunderlig kjøkken hvor tre blide, men skumle bakere er i full gang med å bake kake i et Manhattan-aktig kjøkkenlandskap.
I nattbakeriet er en vakker og morsom, men også mørk og skremmende reise gjennom et barns drømmeverden.