Biskopens hemmelighet er den fengslende historien om misjonsstrategen Fridtjov Birkeli - oppvokst på et barnehjem, misjonær på Madagaskar, biskop i Stavanger og senere i Oslo. I 1972 søkte Birkeli avskjed fra sin stilling. Søknaden var begrunnet med alvorlig sykdom. Først nå blir historien fortalte i sin fulle bredde. Biskop Birkeli ble presset ut av bispestolen fordi han hadde en elskerinne.