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NETVIBES: Integración de información en Ciencias de la Salud El proyecto “Medical Information Library and Knowledge” (MILK)

Helena Martín Rodero helena@usal.es

Madrid 6 de mayo de 2010


sUMARIo • Introducción • ¿Qué son los Mashups ? - Editores de mashups - Tipos: mashups en ciencias de la salud • Escritorios virtuales - Los más populares • Netvibes: escritorio virtual personalizado - Ejemplos de universos Netvibes - El proyecto MILK • Prácticas: Integrando información en ciencias de la salud en nuevos entornos


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Introducci贸n Contexto

Web 2.0


Introducci贸n Contexto

Google

Web 2.0

Mashups

WEBTOP


Contexto

El término Web 2.0 fue acuñado por O'Reilly Media en 2004 para referirse a una segunda generación de Web basada en comunidades de usuarios y a una gama especial de servicios, como las redes sociales, los blogs, los wikis o las folksonomías, que fomentan la colaboración y el intercambio ágil de información entre los usuarios.

http://www.wikipedia.com


web 1.0 / web 2.0 Web 1.0 (1993-2003)

Web 2.0 (2003-)

Publicación

Participación

Páginas personales

Bitácoras, blogs

Directorios (“taxonomías”)

Etiquetas (“folksonomías”)

Newsgroups / listas de distribución

Sindicación RSS

Portales web

Portales personalizados

HTML

CSS, XML y web semántica

Britanica online

Wikipedia


web 1.0 / web 2.0 Web 1.0

Web 2.0

Unidireccional

Multidireccional

Información en una única dirección  Fundamentalmente texto  Con enlaces o sin ellos  Controlada por un administrador o webmaster





  

Información fluye en todas direcciones Interacción entre usuarios Creación colaborativa del conocimiento Evaluación cooperativa


web 2.0 •Web como plataforma •Web del usuario • Conjunto de herramientas

comunicar conectar

compartir

comunicar confiar

colaborar

crear

WEB 2.0 es una actitud


Herramientas / Servicios   



 





Blogs o portfolios personales Wikis para compartir conocimientos Microblogging para comunicarse rápidamente Marcadores sociales para almacenar, clasificar y compartir enlaces e información Sindicación para estar actualizado Sitios web para compartir fotografías, presentaciones, vídeos… Aplicaciones de escritorio para personalizar un espacio de trabajo en línea Redes sociales para relacionarse y compartir e intercambiar información


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Mashups ¿Qué son?

http://www.youtube.com/watch?v=gG-IEsihJbk


Mashups ¿Qué son?


mashups  El término mashup procede del mundo de la música donde significa mezclar música de distintos tipos para hacer una nueva canción o sonido.

 En el mundo de la tecnología, un mashup consiste en la fusión de contenidos o funcionalidades de dos o más fuentes, y donde, al menos una, es ajena al desarrollador del mashup.

http://www.vibinaria.com


mashups Definici贸n

Mashup es un sitio Web o aplicaci贸n Web que usa contenido de otras aplicaciones Web para crear un nuevo contenido completo, consumiendo servicios directamente, siempre a trav茅s de protocolos http. (Wikipedia, 2010)


mashup Ingredientes de un mashup

 Interfaz pĂşblica  API (Aplication Programming Interface)  RSS feed


mashups En el momento actual en programmableweb.com: 4741 Mashups | 1868 APIs


mashups Top mashups en programmableweb.com:

Datos globales

Datos 14 Ăşltimos dĂ­as


mashups Top APIs en programmableweb.com:

Protocolos para APIs:

http://www.programmableweb.com


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Editores de mashups • Google Maps: http://maps.google.es • Yahoo Pipes: http://pipes.yahoo.com/pipes • Dapper: http://www.dapper.net/ • Geocommons: http://maker.geocommons.com/


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mashups “sociales” Ejemplos de mashups MapYourBuddies = facebook + Google maps + amazon Twittermap = Google maps + Twitter Twittervision = Poly9 FreeEarth + Twitter Portwiture = flickr + twitter


mashups MapYourBuddies


http://twittermap.es/


http://portwiture.com


mashups


mashups de ciencias de la salud  Avian flu mashup: http://www.nature.com/avianflu/googleearth/index.html

HealthMap: Mapa Mundial de Alertas EpidĂŠmicas: http://www.healthmap.org/es  EpiSPIDER: http://www.epispider.org

FluTracker map: http: //flutracker.rhizalabas.com


mashups – Avian-Flu

http://www.nature.com/avianflu/google-earth/index.html


mashups – HealthMap

http://www.healthmap.org/es


mashups – HealthMap

http://www.healthmap.org/swineflu/


mashups – HealthMap

J.S. Brownstein, C.C. Freifeld, and L.C. Madoff (2009) Influenza A (H1N1) Virus, 2009 - Online Monitoring, New England Journal of Medicine http://www.healthmap.org/swineflu/


mashups – HealthMap


mashups - EpiSPIDER

http://www.epispider.org/


mashups - EpiSPIDER EpiSPIDER ahora produce Wordle visualizaciones de los datos recogidos. Estas visualizaciones se actualizan cada hora.

http://www.wordle.net/

http://www.epispider.org/


mashups - EpiSPIDER


mashups - FluTracker FluTracker: mapa compilado con datos de fuentes oficiales, informes de prensa y contribuciones de usuarios. Es actualizado varias veces al dĂ­a

http://flutracker.rhizalabs.com


PubMed:

mashups e interfaces alternativas

 PubMed Faceoff: http://www.postgenomics.com/faces/index.php Biowizard: http://www.biowizard.com  eTBLAST: http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/  JANE: http://biosemantics.org/jane  HubMed: http://www.hubmed.org


mashup – PubMed Faceoff

http://www.postgenomic.com/faces/index.php


mashup – Biowizard

http://www.biowizard.com/


mashup – eTBLAST

http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/


mashup – eTBLAST

Mounir Errami & Harold Garner (2008) A tale of two citation, Nature 451, 397-399

http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/

http://etest.vbi.vt.edu/etblast3/


mashup – eTBLAST Ejemplo: Lam DA, Miron JA The effects of temperature on human fertility Abstract Monthly birth and temperature data for a variety of states and countries are used to estimate the effect of short-run temperature fluctuations on fertility. Regressions of monthly births on a flexible specification of lagged monthly temperature show that temperature has quantitatively important effects on both seasonal and nonseasonal variation in births. Summer temperature extremes reduce conceptions in the southern United States, explaining a substantial part of the observed seasonal birth pattern. Extreme cold shows no evidence of affecting conceptions. The results also show significant seasonality in births even after accounting for temperature. Controls for monthly temperature do not explain the persistent spring peak in births in northern Europe. This finding suggests that other factors play an important role Demography. 1996 Aug;33(3):291-305

http://invention.swmed.edu/etblast/etblast.shtml


mashup – eTBLAST


mashup – eTBLAST


mashup – HubMed

http://www.hubmed.org


PubMed:

mashups e interfaces alternativas

PubFocus: http://pubfocus.com  ClusterMed http://clustermed.info  XplorMed: http://www.ogic.ca/projects/xplormed/  PubWindows : http://www.neurotransmitter.net/pubmed_browser.php?topheight=40 Get Better Diet Info: PubMed and Amazon.com Ratings: http://nocarb.net/


PubMed – Interfaces alternativas

 Hakia: http://pubmed.hakia.com GoPubMed: http://www.gopubmed.com Novoseek: http://www.novoseek.com PubGet: http://pubget.com/search SemanticMedline: http://www.semanticmedline.com


PubMed – Interfaces alternativas

http://www.hakia.com


PubMed – Interfaces alternativas

http://www.gopubmed.org


PubMed – Interfaces alternativas

http://www.novoseek.com


PubMed – Interfaces alternativas

http://pubget.com


PubMed – Interfaces alternativas

http://www.semanticmedline.com


PubMed – Interfaces alternativas

 Quertle: http://www.quertle.info/ PubMedReMiner: http://bioinfo.amc.uva.nl/human-genetics/pubreminer Pubgle: http://www.pubgle.com/buscar.htm  PubMed Interact (SLIM V.2): http://pmi.nlm.nih.gov/interact  Ali Baba-PubMed as a graph: http://alibaba.informatik.hu-berlin.de


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Escritorios Virtuales

http://www.wordle.net


Escritorios Virtuales

• Los escritorios virtuales forman parte de las herramientas y aplicaciones de la web 2.0

• Son servicios web que permiten agrupar en un único espacio web aplicaciones, recursos e información de manera personalizable


Características •

Utilizan el lenguaje de programación AJAX

Permiten: - La agregación de canales RSS - Widgets / gadgets predefinidos - Contenidos de otras páginas web - Crear redes de contactos

Pueden ser públicos o privados o ambos.


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Los más populares

Página privada

Página privada & pública


www.google.es/ig


www.google.es/ig


http://es.my.yahoo.com/


http://es.my.yahoo.com/


http://es.my.msn.com/


http://es.my.msn.com/


http://www.pageflakes.com/


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Netvibes  Plataforma desarrollada por Tariq Krim en 2005  Herramienta pionera de la web 2.0 en ofrecer escritorios virtuales personalizados  Dispone de una parte pública y una privada  Permite reunir en un único espacio, widgets, sitios web, blogs, cuentas de correo electrónico, fotos, videos, etc.  Es una comunidad global de usuarios


http://www.netvibes.com


Netvibes Elementos  APIs  Widgets  RSS feed


API API: interfaz de comunicación entre componentes software… Uno de los principales propósitos de una API consiste en proporcionar un conjunto de funciones de uso general (Wikipedia)


Widget Widget: pequeña aplicación o programa, usualmente presentado en archivos o ficheros pequeños que son ejecutados por un motor de widgets o Widget Engine. Entre sus objetivos están los de dar fácil acceso a funciones frecuentemente usadas y proveer de información visual (Wikipedia)


RSS • Consiste en un lenguaje basado en XML que describe en un canal o feed las novedades de un sitio web. • El contenido XML es interpretado por un lector RSS o una página web. • En el momento actual el RSS es uno de los instrumentos más potentes para la recopilación y difusión de información


Netvibes

• Emplea la API UWA, Universal Widget Api • Los widgets de Netvibes son multiplataforma, utilizan lenguaje XHTML, estilos CSS y JavaScript/Ajax


Características Rápido y simple: listo en pocos minutos Compatible: los widgets UWA son compatibles con las principales plataformas de widgets: iGoogle, Vista, Live.com, iPhone, Opera… Sencillo y elegante: plantillas CSS y JavaScript Adaptable: plataforma de apoyo a gran número de tecnologías


Características Netvibes está organizado en solapas o pestañas Cada pestaña es un agregador de diferentes módulos y widgets que el usuario puede organizar y diseñar a su gusto. Permite acceder a contenidos de otras páginas web

Una de las características de Netvibes es el desarrollo rápido de contenidos y su facilidad de uso


Netvibes Creamos una cuenta.

Entramos en Netvibes y nos registramos

http://www.netvibes.com


Netvibes

Entramos en Netvibes y nos registramos

http://www.netvibes.com


Netvibes Configuramos nuestra pรกgina

En Ajustes podemos configurar nuestra pรกgina

http://www.netvibes.com


Netvibes Editamos contenidos

Podemos crear nuevas pesta単as, editar una ya existente, seleccionar su dise単o, etc.

http://ww.netvibes.com


Netvibes Editamos contenidos

http://ww.netvibes.com

Podemos crear nuevas pesta単as, editar una ya existente, seleccionar su dise単o, etc.


Netvibes Editamos contenidos

http://ww.netvibes.com

Podemos crear nuevas pesta単as, editar una ya existente, seleccionar su dise単o, etc.


Netvibes Eliminanos contenidos

http://ww.netvibes.com

Podemos crear nuevas pesta単as, editar una ya existente, seleccionar su dise単o, etc.


Netvibes

Podemos a単adir contenido a nuestras pesta単as

http://ww.netvibes.com


Netvibes

Podemos a単adir contenido a nuestras pesta単as

4 formas de a単adir contenido


Netvibes

Podemos a単adir contenido a nuestras pesta単as

A単adir un widget


Netvibes

Podemos a単adir contenido a nuestras pesta単as

A単adir contenidos RSS


Netvibes

Podemos añadir contenido a nuestras pestañas

Suscripción “el pais salud”


Netvibes

Podemos a単adir contenido a nuestras pesta単as


Netvibes

Visualizaciones

Widget view


Netvibes

Visualizaciones

reader view - lista


Netvibes

Visualizaciones

reader view - expandida


Netvibes

Visualizaciones

reader view - mosaico


Netvibes Configurar los widgets y compartirlos

Podemos añadir contenido a nuestras pestañas


Netvibes Configurar los widgets y compartirlos

Podemos a単adir contenido a nuestras pesta単as


Netvibes

Netvibes permite crear varias pรกginas privadas


Netvibes

Netvibes permite crear UNA página pública


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Netvibes

Universos Netvibes. Ejemplos

http://www.netvibes.com/elgipi#Portada


Netvibes

Universos Netvibes. Ejemplos

http://www.netvibes.com/rubenroa#General


Netvibes

Universos Netvibes. Ejemplos

http://www.netvibes.com/usalbiomedica#General


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El proyecto MILK

C贸mo surge


El Proyecto surge de la iniciativa de profesionales del ĂĄmbito de ciencias de la salud de diferentes organizaciones, regiones, paĂ­ses y lenguas.


• Proyecto “Open Medical Library” = servicio de información 2.0 de carácter cooperativo. • Utiliza como plataforma tecnológica: Netvibes.


El objetivo del proyecto Open Medical Library, a través del portal MILK, es desarrollar un sistema de información flexible, adaptable e impulsado por la comunidad de participantes para servir de apoyo a la enseñanza superior, la investigación y la práctica clínica o asistencial.

http://www.netvibes.com/milmedicalinformationlibrary


Milk es un espacio virtual que permite trabajar en cooperación, compartiendo conocimientos y recursos para crear nuevos materiales y servicios.

El marco de Open Medical Library proporciona información sobre nuevas adquisiciones, facilitando la gestión y comunicación.

El Proyecto favorece el desarrollo de servicios de calidad a bajo coste o a coste cero.

http://www.netvibes.com/milmedicalinformationlibrary


Privada • Intranet. • Comunicación interna. • Materiales de prueba. • Noticias profesionales. • Nuevos servicios.

Público • Información general. • Sumarios de revistas. • Referencia en línea. • Novedades bibligráficas. • Blogs. • Ofertas de empleo. • Eventos de formación. • Tutoriales.


MILK, Medical Information Library & Knowledge : •

Flexibilidad: amplia gama de recursos dirigida a un gran número de usuarios de diferentes contextos. Proporciona estructuras que permiten la ampliación de estos elementos.

Comunidad virtual: constitución de una red social basada en la utilización de herramientas de código abierto procedentes de la web 2.0.

Eficiencia: ofrece una aplicación modular que puede integrarse en otras estructuras académicas y de investigación ya existentes, mejorando la eficacia y la eficiencia de la institución.

http://www.netvibes.com/milmedicalinformationlibrary


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驴Practicamos?

Integrando recursos de informaci贸n en ciencias de la salud en NETVIBES


Ejercicio 1

 Crea una cuenta en Netvibes / Regístrate  Confírmala desde tu cuenta de correo electrónico  Crea tu universo Netvibes - Página privada relacionada con tus intereses personales (accesible sólo para ti) - Página pública relacionada con tu actividad profesional  Crea una primer pestaña donde incluirás: un widget con información sobre ti, sobre tu actividad profesional o sobre el objetivo de tu “universo netvibes”, un widget del tiempo de tu ciudad, fotos de tu ciudad en Flickr, tu perfil de facebook, si lo tienes, o tu cuenta en twitter, etc.


Ejercicio 2 Debes realizar un trabajo sobre el asma infantil 1º Deseas recuperar documentos gratuitos a texto completo en español, publicados desde el año 2008 2º Para ello realizarás la búsqueda en PubMed 2ª Los resultados obtenidos los vas a integrar en tu escritorio personalizado Netvibes, en una segunda pestaña que habrás creado previamente.


Pasos a seguir

Realizamos la búsqueda en Pubmed http://www.pubmed.gov Creamos un RSS de la búsqueda Añadimos el “feed” a nuestro Netvibes Lo incorporamos a la pestaña correspondiente.


http://www.pubmed.gov


Búsqueda y aplicación de límites


• Creamos un canal RSS • Asignamos un nombre al “feed” y pulsamos “Create RSS” • Pulsamos el icono XML y nos suscribimos a la fuente


- El enlace quedar谩 archivado en nuestro ordenador de modo similar a los Favoritos. - Otra opci贸n es copiar el enlace directamente de la barra del navegador.


Añadir los canales RSS a Netvibes

Localizar en Favoritos la fuente que queremos añadir, identificar su URL con el botón derecho, copiar y pegar en Netvibes.


Ejercicio 3 Vamos a crear una tercera pestaùa donde incluiremos widgets de los siguientes buscadores especializados‌ - PubMed - Medline Plus - Hon MedHunt - Scienceroll - Search MedWorm - Scirus


Pasos a seguir

Para localizar los widgets podemos: Utilizar el buscador de Netvibes ( en la pestaña “añadir contenido”) Visitar la página “Netvibes ecosystem” http://eco.netvibes.com/widgets Acudir a la pagina “WidgetBox” http://www.widgetbox.com/


Buscamos en “Widgetbox” el widget del buscador científico Scirus


Pulsamos sobre “get a widget”. A continuación copiamos el código “html”


En nuestro Netvibes buscamos el “widget esencial” <HTML>


Pulsamos sobre el widget y sobre la opción editar. A continuación pegamos el código html y pulsamos añadir a mi página.


Ejercicio 4 Vamos a construir un mapa en el que se localicen geográficamente los artículos de PubMed realizados en centros de investigación de diferentes localidades españolas. Esta información ha de actualizarse automáticamente. 1º Generar en PubMed tantos feeds como Centros de investigación de localidades españolas deseemos localizar. 2º Localizar las búsquedas en el mapa. Para ello utilizaremos Google maps. 3º Insertar el mapa en nuestro escritorio Netvibes


Cómo empezar…


Pasos a seguir

Nos registramos en gmail http://www.gmail.com Accedemos a Google Maps Realizamos la búsqueda en Pubmed Creamos un RSS de la búsqueda Enlazamos los RSS de nuestras búsquedas en el mapa de Google Insertamos el mapa en Netvibes

Al realizar la búsqueda en PubMed utilizaremos la etiqueta de afiliación [ad]


Entramos en Google maps y accedemos a travĂŠs de una cuenta de gmail. Si no disponemos de cuenta, podemos crearla en este momento.


Entramos en PubMed, realizamos la b煤squeda por afiliaci贸n y generamos un RSS mediante el bot贸n de sindicaci贸n.

http://www.pubmed.gov


Pulsar “Mis mapas”; a continuación, si es la primera vez que creamos un mapa, hay que pulsar “introducción”. Si no, elegimos la opción “crear un nuevo mapa”.


click

Para situar un marcador de posición, haz “click” una vez sobre el icono, y “click” otra vez en el lugar donde deseamos localizarlo


Cumplimentar los datos relativos al marcador de posición y seleccionar la opción “texto enriquecido”


Seleccionar el texto donde queremos enlazar el RSS, seleccionar el icono del enlace y copiar y pegar el feed


Pulsamos sobre enlazar y a continuaci贸n sobre personalizar para obtener vista previa del mapa


Personalizamos nuestro mapa y copiamos el código html. Seleccionamos en Netvibes la opción “widgets esenciales” y dentro de esta, el widget “html” y copiamos el código.


… y por último


Yahoo Pipes ¿Qué es?  Herramienta que nos permite combinar feeds, filtrarlos, utilizar servicios de terceros…  Para poder usar Yahoo Pipes necesitamos estar registrados en Yahoo.  Desde la pantalla de inicio podremos navegar por los “pipes” más populares  Y comenzar a crear el nuestro


Yahoo Pipes Nos registramos

http://pipes.yahoo.com/pipes/


Yahoo Pipes

http://pipes.yahoo.com/pipes/


Yahoo Pipes

Fuentes

Módulos

Al dar click en cualquiera de los módulos, nos mostrará una pequeña descripción

http://pipes.yahoo.com/pipes/


Yahoo Pipes

Sources: Fuentes, algunas predefinidas como Flickr, Yahoo Search… User imputs: módulo para que el usuario ingrese datos (texto, fechas, etc.) Operators: operadores para manipular feeds (unir, truncar, ordenar, traducir, etc.)

módulos

URL: permite construir URLS String: concatena cadenas de texto Date: maneja fechas…

http://pipes.yahoo.com/pipes/


Yahoo Pipes

Para empezar a crear un pipe lo primero que tenemos que hacer es arrastrar al รกrea de trabajo el mรณdulo o mรณdulos que queremos utilizar. En este caso se trata del mรณdulo Fetch Feed. Lo segundo ingresar la direcciรณn de un feed

http://pipes.yahoo.com/pipes/


Yahoo Pipes

• Enlazamos el módulo Fletch con Pipe Output y podemos ver en la parte inferior los resultados. • Podemos guardarlo “Save” • Visualizarlo en run pipes • Publicarlo

http://pipes.yahoo.com/pipes/


Yahoo Pipes

http://pipes.yahoo.com/pipes/

Resultados


Ejercicio 5  Quieres ofrecer un servicio de noticias de actualidad mĂŠdico-sanitaria a tus usuarios.  Para ello vas a utilizar varias fuentes de noticias y las va a mostrar de manera integrada en tu pĂĄgina web: Noticias de MedlinePlus: http://www.nlm.nih.gov/medlineplus/spanish/ Biomedicina y Salud: http://www.plataformasinc.es/index.php/esl/Biomedicina-y-Salud Elmundo.es salud: http://www.elmundo.es/elmundosalud/ Elpais.com: http://www.elpais.com/

 Vas a utilizar Yahoo Pipes

http://pipes.yahoo.com/pipes/


Pasos a seguir Nos registramos en Yahoo pipes http://pipes.yahoo.com/pipes/ Utilizamos el módulo “Fletch Feed” para agregar los feeds de noticias que queremos presentar. Podemos utilizar tantos módulos como feeds tengamos. Utilizamos el módulo unión (Operators) para enlazar todos los fletch feeds. Utilizamos el módulo “Sort” (Operators) para ordenar las noticias, por título, por fecha de publicacion, etc., de forma descendente o ascendente y lo enlazamos al módulo unión Enlazamos el módulo “sort” al módulo Pipe Output. Guardamos el Pipe (save) Para ver los resultado (run pipe) Publicamos el Pipe (publish) Incrustamos en nuestra página web


El módulo “Union” tiene varias entradas (círculos celestes en la parte superior) y cada módulo Fetch tiene una salida (círculo en la parte inferior). Lo que hacemos es enlazar la salida de cada módulo Fetch a una entrada de Union, la salida de “Union” a la entrada del modulo “sort” y la salida del módulo “sort” a la entrada del módulo “Pipe Output”.


Para obtener el c贸digo html


Resultado


Gracias!!!

Helena MartĂ­n Rodero helena@usal.es

Madrid 6 de mayo de 2010

Netvibes: integración de recursos de información en Ciencias de la Salud  

Mashups y escritorios virtuales personalizados

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