Page 1


                         ORES 520-01 3 credit hours   Introduction to Statistics for the Biomedical Sciences  Summer 2012    Syllabus    Tuesday and Thursday  2:30 pm – 5 pm  June 4 through July 27th    Caroline 204         Coursemasters:   

Paula Buchanan, PhD, MPH   Assistant Professor  Salus 409B  Phone: 977‐9446   Fax: 977‐1101    Office Hours:  By appointment only   

ORES 520-01 Syllabus Buchanan, Summer 2012

Page 2 of 8

Course Overview    Introduction,  Purpose,  and  Goals:    The  purpose  of  this  course  is  to  introduce  the  basic  principles  and  methods  of  statistics,  providing  students  with  a  sound  methodological  foundation.  This  course  will  cover  fundamental  concepts  and  techniques  of  descriptive  and  inferential  statistics  with  applications  in  the  biomedical  sciences.  Basic  statistics,  including  probability,  descriptive  statistics,  inferences  for  means  and  proportions,  regression  methods,  and nonparametric statistics are presented.   Learning Objectives:    Upon completion of the course students will:  1. Appropriately perform and interpret descriptive and inferential statistical techniques  including the construction of tables and graphs, and the use of t‐tests, Chi‐square  tests, ANOVA, and regression analysis  2. Communicate with statisticians and other professionals about the planning,  implementation, and interpretation of analytic studies  3. Use appropriate software packages to solve analytic problems  4. Critically read, critique, and interpret published research as well as statistical  reporting in the news media  This course will provide:  1. An introductory knowledge of probability and distribution theory  2. An understanding of basic descriptive and inferential statistics including the  concepts and principles of research design and statistical inference    Prerequisites:  Enrolled in Core Graduate Programs in the Biomedical Sciences       Course Description    Course Format: Course content will be covered through readings, lectures, computer exercises,  and practical problems.   Required Textbooks:  Zar, J.  (1999).  Biostatistical Analysis, 4th ed.  Prentice Hall.    Course Elements and Requirements:    Homework Assignments:  There will be 10 problem sets assigned over the course of the  semester.  You may drop your 1 lowest scoring assignments.      Quizzes:  There will be 10 quizzes over the course of the semester (Expect one every class  period after a lecture day).  You may drop your 1 lowest scoring quiz.   

ORES 520-01 Syllabus Buchanan, Summer 2012

Page 3 of 8

Labs 1‐3:  We will have 3 in‐class computer labs.  Analyses for the lab may be done in pairs;  however lab write‐ups should be done individually.  The lab assignments are a chance for you to  analyze data using statistical software as well as an exercise in presenting results in a  professional manner.  Before submitting, each lab MUST BE REVIEWED/EDITED for content and  formatting.  Points will be deducted for improper formatting (Including tables and figures) as  well as egregious grammatical and typographical errors.    Please see the last page of the  syllabus for lab formatting.  The grade will be reduced by 20 points for each day past due.    Participation & Teamwork:  The participation and teamwork grade will be evaluated from your  attendance, in‐class exercises, lab participation.    Final:  The final will consist of two parts, a SPSS lab and a written final.  Bothe sections will be  take‐home however all work must be done individually.  The grade will be reduced by 10 points  for each day past due.    Grading Determination and Policy:    Assignment        % Grade    Homework assignments 20% Quizzes 20% Labs 1 – 3 30% Final lab 20% Participation & Teamwork 10%   Final Grades   Final grades will be assigned as follows:    A  ≥92 – 100      C+  ≥77 ‐ <80    A‐  ≥90 ‐ < 92      C  ≥72 ‐ <77    B+  ≥87 ‐ < 90      C‐  ≥70 ‐ < 72    B  ≥82 ‐ < 87      D  ≥60 ‐ < 70    B‐  ≥80 ‐ < 82      F  < 60                   Academic Integrity Policy    All students enrolled in SLUCOR courses are also expected to abide by and uphold the Saint  Louis University Graduate School’s Policy on Academic Integrity and Ethics.  The 2004 edition of  this policy is reprinted below and can be accessed at    The University is a community of learning; its effectiveness requires an environment of mutual  trust and integrity.  As members of this community, students share with Faculty and  Administrators the responsibility to maintain this environment.  Academic integrity is violated by 

ORES 520-01 Syllabus Buchanan, Summer 2012

Page 4 of 8

any dishonesty in submitting for evaluation assignment's, tests, research, reports, etc., required  to validate the student’s learning.  In a case of clear indication of such dishonesty, the Faculty  member or Administrator has the responsibility to apply sanctions to protect the environment of  integrity necessary for learning.    Although not all forms of academic dishonesty can here be listed, the instances listed below  should be seen as actions that not only violate the mutual trust necessary between Faculty and   students, but they also undermine the validity of the University's evaluation of students and  take unfair advantage of fellow students.  Soliciting, receiving, or providing any unauthorized  assistance in the completion of any work submitted toward academic credit is dishonest.    Examples of academic dishonesty would be copying from another student, copying from a book  or class notes during a closed‐book exam, submitting materials authored by or editorially  revised by another person but presented as the student’s own work, copying a passage or text  directly form a published source without appropriately citing/recognizing that source, taking a  test or doing an assignment or other academic work for another student, or securing or  supplying in advance a copy of an examination without the knowledge or consent of the  Instructor.    Any clear violation of academic integrity will be met with sanctions.  In a case of dishonesty  within a course, the Instructor may assign an appropriate grade and /or recommend further  sanctions to the Dean.  The Dean may, in a clearly serious instance of apparent or alleged  academic dishonest, appoint and ad hoc committees to hear, judge, render an opinion, and, if  warranted, recommend sanctions.  The Dean is responsible for the final decision and  notifications of all associated parties.    Disability Statement  Students with disabilities who believe that they may need accommodations in this class are  encouraged to contact the Office of Disabilities Services at 314‐977‐2930 as soon as possible to  better ensure that such accommodations are implemented in a timely fashion.    About the Course Instructor  Paula Buchanan is an assistant professor at St. Louis University Center for Outcomes Research.   In addition to teaching and doing research she is the Operations Manager for SLUCOR’s  Consulting Practice.  Her research areas include the cost of solid organ transplantation and  quality of care for patients with liver disease.       

ORES 520-01 Syllabus Buchanan, Summer 2012

Page 5 of 8

Courtesy Expectations:    Student Expectations and Requirements   Students are expected to attend all classes on time.  This course covers an immense  amount of material in a short time and it is important to be present for all lectures,  discussions, and activities.  I recognize that there may be extenuating circumstances  that prevent class attendance.  If you are going to miss class please let me know as soon  as possible.   Students are expected to complete all assigned readings before class and come  prepared to participate in class discussions, group exercises, and computer work.   Students are expected to complete all assignments on time.   Students are expected to seek clarification regarding course expectations or concepts  that are unclear.  Remember that help is always available to those who ask for it.      Instructor Expectations and Requirements   Will come to class prepared, organized, and enthusiastic.   Will be available to students after class and by appointment   Will provide timely feedback on assignments.         

ORES 520-01 Syllabus Buchanan, Summer 2012

Course Calendar      Topic  Class  Date  1  6‐5  Looking at your data   Types of Data   Tables & Graphs  Central tendency &  dispersion  2  6‐7  Lab 1  3  6‐12  Probability   Bayes Theorem   Sensitivity & Specificity  Odds Ratio & Relative Risk   4  6‐14  Distributions   Binomial distribution   Poisson distribution   Normal distribution   Central Limit Theorem  Standard scores/z‐scores  5  6‐19  Statistical inference:   Samples and  populations   Power   Confidence intervals   p‐values  Type I & II error  6  6‐21  One and  two groups  (continuous outcomes):   One‐sample population  mean   Paired sample t‐test   Independent samples t‐ test   Wilcoxon signed rank test  Mann‐Whitney test   Wilcoxon paired‐sample  7  6‐26  Lab 2  8  6‐28  Comparing more than two  groups (continuous  outcomes):   One‐way ANOVA   Kruskal‐Wallis test   

Page 6 of 8

Readings 1.1 – 3.4  4.1 – 4.7   


5.1 – 5.7 

HW 1  Lab 1 

6.1 – 6.3, 6.5,   24.1 – 24.2, 25.1 

HW 2 

6.4 Handout 

HW 3 

7.1 – 7.4, 7.9,   8.1 – 8.2, 8.9 – 8.10, 9.1 – 9.2, 9.5 – 9.6  

HW 4 

10.1 – 10.2,   10.4 – 10.5 

HW 5   

ORES 520-01 Syllabus Buchanan, Summer 2012

Class Date  Topic    7‐3  NO Class Happy 4th of July!  9  7‐5  Comparing more than two  groups (continuous  outcomes):   Contrasts   Two‐way ANOVA  10  7‐10  Comparing two groups  (categorical outcomes):   Chi‐square test   McNemar’s test   Odds ratio  11  7‐12   Correlation     Linear Regression   Rank correlation  12  13  14 


7‐17 Lab 3  7‐19   Logistic Regression   Wrap‐up and Review   7‐24  Power Analysis  Final handed out  7‐26  Final Lab work session  7‐27  Final Lab Due ‐  5pm 

Page 7 of 8

Readings   11.1 – 11.9,   12.1 – 12.6,   12.8 – 12.11 

Due   LAB 2  HW 6 

22.1 – 22.9  9.7 

HW 7 

17.1 – 17.7, 17.10,  19.1 – 19.3, 19.5,  19.7 – 19.9, 20.1 –  20.6, 20.11    Handout 

HW 8 

7.5 – 7.6, 8.3 – 8.4,  9.3, 10.3, 12.7, 17.8,  19.4, 22.10     


HW 9  Lab 3  HW 10       

ORES 520-01 Syllabus Buchanan, Summer 2012

Page 8 of 8

Labs - handout All Labs must be conducted and formatted in the manner stated within this handout in order to receive full credit. Analysis for labs (except for the final lab) may be done with a partner. However each student is responsible for turning in their own lab write-up. All labs are required to include annotated SPSS syntax attached to the end of the write-up. We will cover what annotated syntax is during the first lab. The write up must be typed, single space in 12 point font with 1 inch margins. Answers must be numbered and written in complete sentences. Whether implicitly stated or not, all statistical tests must include your null hypothesis, alternative hypothesis, results, and conclusions. In your results please give the exact p-values calculated. DO NOT include SPSS output directly. Rather create your own tables with the necessary results if needed. Your table must meet the definition of a “good” table as described on day 1. This means title at the top and minimizing lines within the table. Figures may be copied and pasted directly from SPSS. Please bear in mind that they will be printed in black and white for grading. They must also include an appropriate title.

Biostatistics syllabus 2012  
Biostatistics syllabus 2012