Issuu on Google+

Peptid-nukleinsavak konformációs analízise

Agócs Róbert III. vegyész

Projektmunka

Témavezető: Pálinkó István, egyetemi docens SZTE, Szerves Kémiai Tanszék

2008


2 Tartalomjegyzék 1. Irodalmi bevezetés

3

2. Célkitűzés

4

3. A számításos kémia módszereinek áttekintése

5

3.1. Kvantumkémiai módszerek

5

3.1.1. Az ab initio módszer

5

3.1.2. Szemiempirikus módszerek

6

3.1.2.1. J.A. Pople és munkatársai által kidolgozott eljárások

7

3.1.2.2. M.J.S. Dewar és munkatársai valamint J.J. Stewart által kifejlesztett eljárások

7

3.2. Molekuláris mechanika

9

3.2.1. A molekulamechanikai erőterek

9

4. A Hyperchem programcsomag

11

4.1. Konformációanalízis

11

5. Eredmények és értékelésük

13

6. Összefoglalás

15

7. Irodalomjegyzék

16

8. Köszönetnyilvánítás

17


3

1. Irodalmi bevezetés A 80-as évek elején Buchardts és Nielsen létrehozott egy vegyületcsaládot, amely a Watson-Crick vagy a Hoogsteen hidrogénkötési séma szerint képes volt szekvenciaszelektíven kötődni akár az RNS-hez, akár a DNS-hez [1, 2]. Ez volt a peptid-nukleinsavak családja. Elektromos kisülési kísérletek alapján mostanában azt feltételezik, hogy valójában a peptid-nukleinsavak (PNA) voltak az első genetikai szempontból fontos molekulák és nem az RNS [3, 4]. E molekulák a DNS analógjainak tekinthetők, csak bennük a cukor-foszfát vázat általában N-(2-aminoetil)-glicin egységekkel helyettesítik, amely egységek peptidkötéssel kapcsolódnak össze. A N-atomhoz csatlakozó oldallánchoz kapcsolódik a természetes vagy módosított nukleotid bázis. A kialakuló molekula (1. ábra) akirális és hidrofób lesz. H N N

n

O

O

B

1. ábra Egy peptid-nukleinsav sematikus képe

Ezek a vegyületek kémiailag stabilisak és ellenállnak az enzimatikus hasításnak is. Más peptid-nukleinsavakkal vagy a DNS-sel alkotott hibridjei hőstabilisak és alig befolyásolhatók az ionerősség változtatásával. A molekulaváz változtatásával új peptidnukleinsavak készíthetők. Szintetizáltak már királis [5] és kevéssé flexibilis, négytagú gyűrűt tartalmazó peptid-nukleinsavakat [6] is. A peptid-nukleinsavak alkalmazási szempontból négy csoportba oszthatók [7], lehetnek (i) a molekuláris biológia és a biotechnológia molekuláris eszközei, (ii) gyógyszerfejlesztések vezérmolekulái, (iii) diagnosztikumok és bioszenzorok, és (iv) alkalmazhatók új peptid-nukleinsav molekulák készítésére. Sok áttekintő cikk szól a peptid-nukleinsavak, peptid-nukleinsav duplexek, peptid-nukleinsav DNS-sel vagy RNS-sel alkotott hibridjeinek szintéziséről, tisztításáról, fizikai és kémiai tulajdonságaikról [7-9]. Manapság is nagy erőkkel fejlesztenek új szintézismódszereket, változtatják a molekulavázat és az oldalláncot egyaránt [11-13]. Peptid-nukleinsavakat alkalmasak DNS és RNS láncrészletek felismerésére. Ekkor duplexek képződnek. E duplexek (PNA.RNS, PNA.DNS) térszerkezetét NMR alkalmazásával [14, 15] vagy egykristály röntgen diffraktrometriával (PNA.PNA [16]) térképezték fel. A (PNA)2.DNS triplex szerkezetét egykristály röntgen diffraktrometria segítségével vizsgálták. [17]. A szerkezeteket és a szerkezetet stabilizáló hatásokat vizsgálták kísérletes [13,18-26] és elméleti módszerekkel egyaránt [27-30].


4

2. Célkitűzés A bevezetésből látható, hogy a peptid-nukleinsavak igen fontos vegyületek, sokféle felhasználási lehetőségük van, közülük néhányan gyógyszerekké is válhatnak. A molekulák, még az egyszerűbb modellek is, sok rotációs szabadsági fokkal rendelkeznek, azaz nagyszámú konformerük lehetséges. A PNA.PNA, PNA.RNS, PNA.DNS, (PNA)2.RNS és a (PNA)2.DNS kölcsönhatások szempontjából fontos a molekulák konformációs sajátságainak megismerése, amelyhez vezető első lépés az egyszerű peptid-nukleinsavak konformációs analízise. A projektmunka ennek a lépésnek az eredményeit mutatja be.


5

3. A számításos kémia módszereinek áttekintése A számításos kémia módszereit, az általuk alkalmazott elmélettől függően több csoportra oszthatjuk. Az alábbiakban a számításos kémiai módszerek három csoportját, az ab initio [31], szemiempirikus [32] és molekuláris mechanikai módszereket [33] tekintjük át. E munkában a DFT (sűrűségfunkcionál) módszerrel nem foglalkozunk.

3.1. Kvantumkémiai módszerek A kvantumkémia a kvantummechanika alapjait, eredményeit felhasználva vizsgálja a kémiai rendszereket. Alapegyenlete a Schrödinger egyenlet: HΨ=EΨ ahol a H a Hamilton operátor, a Ψ az adott rendszer hullámfüggvénye, E pedig a rendszer teljes energiája. Az egyenlet megoldásával az adott rendszer geometriáját, relatív stabilitását, dipólusmomentumát, reaktivitását tudjuk meghatározni. Az egyenletet egzakt módon csak a H-atomra tudjuk megoldani, minden más esetben közelítéseket kell alkalmaznunk.

3.1.1. Az ab initio módszer Az ab initio szó szerinti jelentése a kezdetektől [31]. Az egyenlet megoldásának első lépése, hogy a magok és az elektronok mozgását elkülönítjük. Ez a Born-Oppenheimer közelítés lényege. Az alapja az, hogy az atommagok, jóval nagyobb tömegükből kifolyólag, az elektronokhoz képest jóval lassabban mozognak, s így állónak tekinthetők. Ha rögzítjük a magok közötti távolságot, akkor a Schrödinger-egyenletet csak az elektronokra kell megoldanunk, és az egyenlet a következő alakra hozható: HelΨel (r,R)=Eeff(R)Ψ el (r,R) ahol Hel az elektronok Hamilton-operátora, Ψel az elektron hullámfüggvénye, amely az elektronok és magok helyzetétől függ és Eeff az elektronok effektív energiája, amely csak a


6

magok koordinátáitól függ. A Hamilton-operátor magában foglalja az elektronok kinetikus, a mag-elektronvonzási és az elektron-elektrontaszítási energiákat. A megoldás következő lépése a hullámfüggvény megtalálása. A hullámfüggvénnyel szemben támasztott követelmények egyike az elektronok megkülönböztethetősége valamint, hogy a hullámfüggvény előjelet váltson, ha az elektronok koordinátáit felcseréljük. Ahhoz, hogy mind a két feltétel teljesüljön a hullámfüggvényt Slater-determináns formájában, írjuk fel. Miután meghatároztuk az elektron Hamilton-operátorát, a hullámfüggvényt, az elektronok effektív energiáját a variációs elv segítségével megtalálhatjuk. Az elv kimondja, hogy bármilyen hullámfüggvényt használunk a rendszer teljes energiájának meghatározásához, a kiszámított érték soha nem lesz kisebb a valódi értéknél.

PRÓBAPÁLYA

EREDMÉNYEK

Eeff BECSLÉSE

FOCK OPERÁTOR

KONVERGENCIA TESZT

PÁLYAFÜGGVÉNYEK MEGOLDÁSA

2. ábra Egy ab initio algoritmus sémája

3.1.2. Szemiempirikus módszerek A szemiempirikus módszerek az ab initio és a molekuláris mechanikai módszerek között helyezkednek el. Hasonlóságot mind a két módszerrel mutatnak. A molekuláris mechanikához hasonlóan használnak kísérletileg meghatározott paramétereket, és mint az ab initio módszerek, a kvantummechanikára épülnek, azzal a jelentős különbséggel, hogy „nagyobb mértékben” használnak közelítéseket. Számos tanulmány jelent meg a kvantumkémiai eljárások előnyeiről illetve hátrányairól [34]. Az irodalmi adatok alapján azt a következtetést vonhatjuk le, hogy mind a molekuláris mechanikának, mind a kvantumkémiai eljárásoknak van előnye és hátránya, a gyakorlatban azonban jól kiegészítik egymást.


7

3.1.2.1. J.A. Pople és munkatársai által kifejlesztett eljárások A J.A. Pople és munkatársai által kidolgozott eljárások voltak az első olyan módszerek, amelyek felhasználást nyertek akkor, amikor az ab initio módszerek még csak kis rendszerek vizsgálatára voltak alkalmasak. A kezdeti eljárások azonban nem adtak megfelelő eredményeket sem, az egyensúlyi geometriára sem a képződés hőre. Mindamellett jól alkalmazhatók voltak olyan tulajdonságok számítására, mint a dipólusmomentum, a töltéseloszlás és a molekula elektrosztatikus térképének kiszámítása. A CNDO [34] kód volt a legelső háromdimenziós SCF-eljárást alkalmazó módszer. Ebben az eljárásban figyelmen kívül hagytak olyan integrálokat, amelyeket az ab initio módszerek használnak, és sok kifejezés kísérleti adatokból származik. A CNDO módszer hiányosságaira hamar fény derült. Nem tudta kezelni például azt, hogyha két semleges atom egymástól több Å-nyi távolságra van, akkor is kialakulhat közöttük vonzó kölcsönhatás. Ennek kiküszöbölésére fejlesztették ki a CNDO/2-es módszert. Azonban a CNDO módszerek egyike sem volt képes a spin állapotok megkülönböztetésére gyökök esetén, ezért fejlesztették ki az INDO [34] eljárást. Az eddig tárgyalt módszerek közül egyik sem volt képes arra, hogy a nemkötő elektronpárokat kezelje. Sok időbe és munkába telt az NDDO [34] módszer kidolgozása, amelyben ezt a hibát már kiküszöbölték.

3.1.2.2. M.J.S. Dewar és munkatársai, valamint J.J.P. Stewart által kifejlesztett eljárások 1975-ben Dewar és munkatársai fejlesztették ki az MINDO/3-as [35] módszert, amely az INDO módszer módosított változata. Az INDO közelítéseire épült, éppen ezért nem képes a nemkötő elektronpárok vizsgálatára. Kiderült az is, hogy a képződési entalpia hibája


8

túlságosan nagy, valamint egyes aminok szerkezete planárisnak adódott a kísérleti tapasztalatokkal ellentétben. Később, amikor több elemre kiterjesztették a paraméterezést újabb hibák adódtak. 1977-ben jelent meg az MNDO [35] módszer. Alapja az INDO volt, de belevették a nemkötő elektronpárok taszítási kölcsönhatását is. Matematikai értelemben az AM1 és PM3 eljárások, csak a mag-mag taszító kölcsönhatás leírására szolgáló függvény (CRF) formájában különböznek az MNDO módszertől. Erre azért volt szükség, mert az MNDO módszer a mag-magtaszítási kölcsönhatásokat túlbecsülte, mikor a magok, van der Waals távolságra voltak egymástól. Éppen ezért H-híd kölcsönhatás vizsgálatára nem volt alkalmas a módszer. Dewar és munkatársai nem találtak elfogadható analitikai függvényt, hogy a taszítást jól leírják, ezért a CRF új formát kapott, s kiegészítették Gauss-függvények lineáris kombinációjával: CRF(ABAM1)=CRF(ABMNDO)+ZAZB(GA+GB)/RAB CRF(ABMNDO)=ZAZB<sAsA|sBsB>(1+e-αARAB+e-αBRAB) ahol ZA és ZB az A és B mag töltése, RAB a két mag távolsága, αA és αB azok a paraméterek, amelyeket számoltatunk, < sAsA|sBsB> az egyszerű kétcentrumú Coulomb-integrál és GA, GB a Gauss függvények lineáris kombinációját kifejező tagok A-ra és B-re: GA=∑KAiexp[LAi(RAB-MAi)2] A KAi előjelétől függően a Gauss függvény által reprezentált kölcsönhatás lehet taszító, illetve vonzó. Az AM1 módszerben általában négy ilyen Gauss-függvényt használnak, míg a PM3 eljárás estén csak kettőt. A Gauss-függvényben szereplő KAi, LAi és MAi paraméterek közül a LAi-t állandónak veszik, mivel azt találták, hogy csak kismértékben befolyásolja az illesztés jóságát. Később az értékét paraméterbecsléssel határozták meg. Ha A=N,O és B=H akkor a CRF(ABMNDO) függvény más alakot ölt:


9

CRF(AHMNDO)=ZAZH<sAsA|sHsH>(1+RAHe-αARAH+e-αHRAH)

3.2. Molekuláris mechanika A molekulamechanikai módszerek közelítése az, hogy a magok helyzetét vizsgálják úgy, hogy az elektronokat csak az általuk létrehozott erőtér révén veszik figyelembe [36]. Az erőtér-eljárás alapötlete onnan származik, hogy a kisméretű molekulákról sok adat (kötéstávolság,

kötésszög,

geometriai,

energetikai

jellemzők)

áll

rendelkezésre

spektroszkópiai kísérletek eredményeiből. Tudjuk azt is, hogy a nagyobb molekulák kisebb szerkezeti elemeket tartalmaznak, s ezek számos módon kombinálódhatnak. Így tehát a nagyobb molekulák felírhatóak kisebb szerkezeti egységek alkalmas kombinációjával. Az erőtéreljárás alapját Andrews 1930-ban közölt mechanikai modellje képezi, amely szerint a gömbökkel modellezett atomokat "rugók" tartják össze. Az atomok állandó mozgásban vannak, és a mozgás következtében létrejövő bármilyen szerkezetváltozás a teljes energia megváltozását vonja maga után. Ezek az energiaváltozások egyszerű erőtörvények alapján számíthatóak, ha ezen törvények alakja, valamint az erőállandók ismertek.

3.2.1. A molekulamechanikai erőterek Az irodalomban található nagyszámú erőtér közül itt csak az általam is használt MMX típusú tereket tárgyalom. Allinger és munkatársai [36, 37] fejlesztették ki ezt az általánosan alkalmazható molekulamechanikai erőteret. Az MM2 és az ennek továbbfejlesztésével készített MM3 erőterek elsősorban klasszikus szerves molekulák számítására használhatók jó eredménnyel. Az MM2 a nyújtási tag számítása során figyelembe veszi a harmonikus közelítés okozta hibát egy harmadrendű tag bevezetésével. Beépítettek egy olyan rutint is, amely csak harmonikus közelítésnek megfelelő taggal előzetesen optimált geometria esetén engedélyezi a számítást.


10

A pontosság további növelése érdekében bevezettek egy negyedrendű nyújtási tagot, amellyel nagy kötéstávolságoknál is igen jól közelítik a Morse-függvényt. A hajlítási energiatag leírására legtöbb esetben elegendő a négyzetes összefüggés, különösképp 10°-nál kisebb deformációkra biztosít megfelelő pontosságot, így az MM2 módszer hajlítási energia kifejezése csak másodrendű és hatodrendű tagot tartalmaz. Az utóbbit a nagymértékben feszített biciklo[1.1.1]pentán molekula geometriájának leírását szolgálja. Az MM3 a nagyobb deformációk esetén magasabbrendű tagok segítségével végzi a számításokat. A molekula belső forgásához rendelhető torziós energiatagot az MM2/MM3 erőterek a diéderes szög segítségével számítják. A van der Waals-kölcsönhatások leírására az MM2/MM3 erőterekben a Buckinghampotenciállal történik, amelyben a 12. hatványt tartalmazó tagot egy exponenciális kifejezéssel helyettesítik. Az MM2-höz képest az MM3 kódban a vonzó van der Waals paramétereket megváltoztatták, mivel az MM2 módszer túlbecsülte a taszítási potenciált. Hasonlóan a túlbecsült szublimációs hő miatt a taszítási tagban szereplő exponens értékét is módosították. A kötésszögek hajlításával egyidejűleg bekövetkező kötéstávolság-változásokkal járó energiatag számítása a nyújtási-hajlítási kifejezéssel történik: Az MM2/MM3 erőterek nem tartalmaznak torziós-hajlítási tagot, ezért gauche és anti konformációk egyidejű figyelembevételére jelenleg nem alkalmasak. Az MM+ erőtér [34] az MM2 erőtér [35] egy továbbfejlesztett változata. Az MM2 erő-térhez hasonlóan klasszikus szerves molekulákra alkalmazható. Allinger és munkatársai egy újabb erőtér kidolgozását és alkalmazását is megkezdték MM4 néven, azonban az eljárás az általunk használt programcsomagban (Hyperchem 8.0) még nem hozzáférhető.


11

4. A Hyperchem programcsomag Munkám során a Hyperchem 8.0 [38] programcsomagot használtam. A program grafikus kezelőfelülettel rendelkezik. Ezen a felületen lehetőség van mind klasszikus szerves molekulák, mind pedig szerves makromolekulák megszerkesztésére. A programba beépítették mind a kvantumkémiai, mind a molekuláris mechanikai módszereket. A molekuláris mechanikán belül választhatunk az MM+, az AMBER, a CHARM (BIO+) és az OPLS erőterek közül. Gyakorlatilag minden szemiempirikus módszert megtalálunk a programon belül (Hückel-közelítés, CNDO, INDO, MINDO3, MNDO, AM1, PM3, ZNDO/1, ZNDO/2). Ha ab initio módszert szeretnénk használni, akkor az összes ismert bázis használatára lehetőségünk van. A program lehetővé teszi a modellezni kívánt rendszer optimális geometriájának, energetikai adatainak és rezgési spektrumának számolását. Ezeken kívül vibrációanalízist, konformációanalízist, illetve szimulált hőkezelést is tudunk végezni.

4.1. Konformációanalízis A Hyperchem programcsomag lehetőséget ad konformációs analízisre. Ennek során a rutin véletlenszerűen változtatja a kijelölt diéderes szögeket, és a megadott optimalizálási kritérium szerint, a megadott számítási módszerrel teljes geometriai optimalizálást végez. A megadott peremfeltételek szerint választ ki vagy eldob szerkezeteket. A megtartottak a konformerek, amelyek az új keresések kiindulási geometriái. A rutin fogyatékossága, hogy nem tudjuk, hogy mikor teljes a konformáció analízis. A végpontot csak sejthetjük abból, hogy a konformerek száma már jelentős ideje nem változik annak ellenére, hogy a kiindulásinak (automatikusan) választott geometriák száma (a rutin ezt számom tartja) folyamatosan nő.


12

Számolásaim során hét diéderes szöget változtattam (3. ábra). A geometriai optimalizálás peremfeltétele az volt, hogy az energiaminimumban a gradiensnormának kisebbnek kell lennie, mint 0.01.

3. ábra A kötések, amelyek mentén szobahőmérsékleten szabadnak tekinthető a rotáció


13

5. Eredmények és értékelésük E dolgozathoz vezető munkám során peptid-nukleinsavak konformációs analízisét végeztem el, úgy, hogy a peptidmimetikum változatlan volt, míg a nukleotid bázisokat változtattam (3. ábra). Öt különböző peptid-nukleinsavat vizsgáltam, melyeknek a nukleotid bázisa az adenin, az uracil, a citozin, a timin vagy a guanin voltak. Minden molekulánál ugyanazt a hét diéderes szöget változtattam. Ezek a 3. ábrán jelölt kötésekhez tartoznak. A PM3 módszerrel történő geometriai optimalizálást követően, a talált konformerek száma az adenin bázis esetén 50, uracil bázis esetén 4, citozin esetén 7, timin esetén 75, guanin esetén 16. A térbeli konformereloszlás a nagyszámú változó miatt koordinátarendszerben nem szemléltethető, az egyedüli bemutatási lehetőség a konformerek egymásra illesztése valamely (közös) szerkezeti elem segítségével. Közös szerkezeti elemként a láncelágazás O−C−N síkját választottam. Az így egymásra illesztett konformereket a 4.-8. ábrákon mutatom be. Az ábrákon megfigyelhető, hogy a konformerek térbeli eloszlása nem nagyon függ a nukleotid bázis milyenségétől. A bázisok geometriai elrendezése majdnem egy félkörformát ad és ez meghatározza a peptidmimetikum konformereinek térbeli eloszlását is a nagyszámú változó ellenére. Megfigyelhető, hogy a rövidebb és a hosszabb oldalláncok is egy-egy különálló térrészben csoportosulnak. Érdekes, hogy a talált konformerek száma bázisonként nagyon eltér. Sajnos ennek magyarázatát nem tudjuk adni. Valószínűleg valami térbeli oka lehet, amelyet az jelez, hogy a más térigényű, de egyébként majdnem ugyanolyan timin- és uraciltartalmú peptidnukleinsavak konformereinek száma közt igen jelentős a különbség (75 és 4). A molekulák konformációs flexibilitása előnyös lehet bármely molekuláris biológia felhasználáskor illetve gyógyszerként történő hasznosításkor.


14

4. ábra peptidmimetikum−adenin

5. ábra peptidmimetikum−uracil

6. ábra peptidmimetikum−citozin

7. ábra peptidmimetilum−timin

8. ábra peptidmimetikum−guanin


15

6. Összefoglalás Öt egyszerű peptid-nukleinsav konformációs analízisét végeztük el a Hyperchem programcsomag konformációs analízis moduljával, a PM3 szemiempirikus kódot alkalmazva. Minden molekula esetén több konformert találtunk, de a konformerek számossága molekuláról molekulára haladva, akár jelentősen is változott. A konformerek a konformációs teret nem egyenletesen töltötték ki, a bázisok geometriai geometriai elrendezése nagyjából egy félkörformát ad, és ez meghatározza a peptidmimetikum konformereinek térbeli eloszlását.


16

7. Irodalomjegyzék [1] [2] [3] [4] [5] [6] [7] [8] [9] [10] [11] [12] [13] [14] [15] [16] [17] [18] [19] [20] [21] [22] [23] [24] [26] [27] [28] [29] [30] [31] [32] [33] [34] [35] [36] [37] [38]

P.E. Nielsen, M. Egholm, R.H. Berg, O. Burchardt, Science, 254 (1991) 1497. M. Egholm, O. Burchardt, P.E. Nielsen, R.H. Berg, J. Am. Chem. Soc., 114 (1992) 1895. K.E. Nelson, M. Levy, S.L. Miller, Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 97 (2000) 3868. S.G. Srivatsan, Pure Appl. Chem., 76 (2004) 2085. A. Lenzi, G. Reginato, M. Taddei, Trifilieff, Tetrahedron Lett., 36 (1995) 1717. P. Pádár. M. Hornyák, P. Forgó, Z. Kele, G. Paragi, N.M. Howarth, L. Kovács, Tetrahedron, 61 (2005) 6816. A. Ray, B. Nordén, FASEB J., 14 (2000) 1041. Peptide Nucleic Acids: Protocols and Applications (P.E. Nielsen, M. Engholm, eds.) Horizon Scientific, Wymondham, UK, 1999. P. Nielsen, Pure Appl. Chem., 70 (1998) 105. M.C. de Koning, G.A. van der Marel, M. Overhand, Curr. Opin. Chem. Biol., 7 (2003) 734. V. Menchise, G. de Simone, T. Tedeschi, R. Corradini, S. Sforza, R. Marchelli, D. Capasso, M. Saviano, C. Pedone, Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 100 (2003) 12021. K.F. McKinnon, D.F. Qually, S.A. Woski, Tetrahedron Lett., 48 (2007) 8074. B. Armitage, L. Danyth, T. Koch, H. Frydenlund, H. Orum, H.G. Batz, G.B. Schuster, Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 94 (1997) 12320. S.C. Brown, S.A. Thomson, J.M. Veal, D.G. Davis, Science, 268 (1994) 777. M. Eriksson, P.E. Nielsen, Nature Struct. Biol., 3 (1996) 41. L. Betts, J.A. Josey, J.M. Veal, S.R. Jordan, Science, 270 (1995) 1838. H. Rasmussen, J.S. Kastrup, J.N. Nielsen, J.M. Nielsen, P.E. Nielsen, Nature Struct. Biol., 4 (1997) 98. N. Sugimoto, N. Satoh, K. Yamamoto, Nucl. Acid Symp. Ser., 42 (1999) 93. N. Sugimoto, N. Satoh, K. Yasuda, S. Nakano, Biochem., 40 (2001) 8444. N.C. Silvester, G.R. Bushell, D.J. Searles, C.L. Brown, Org. Biomol. Chem., 5 (2007) 917. N.J. Peffer, J.C. Hanvey, J.E. Bisi, S.A. Thomson, C.F. Hassman, S.A. Noble, L.E. Bariss, Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 90 (1993) 10648. V.V. Demidov, M.V. Yavanilovich, B.P. Belotserkovskii, M.D. Kamenetski, P.E. Nielsen, Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 92 (1995) 2637. A. Sen, P. E. Nielsen, Nucl. Acid Res., 35 (2007) 3367. Ö. Almarsson, T.C. Bruice, Proc. Natl. Acad. Sci, USA, 90 (1993) 9542. T. Kersebohm, S.I. Kirin, N. Metzler-Nolte, Bioorg. Med. Chem. Lett., 16 (2006) 2964. A. Mokhir, R. Kramer, Y.Z. Voloshin, O.V. Varzatskii, Bioorg. Med. Chem. Lett., 14 (2004) 2927. H.E. Herbert, M.D. Halls, H.P. Hratchian, K. Raghavachari, J. Phys. Chem. B, 110 (2006) 336. T.J. Griffin, L.M. Smith, Anal. Biochem., 260 (1998) 56. C.M. Topham, J.C. Smith, Biophys. J., 92 (2007) 769. W.J. Hehre, L. Radom, P.R. Schleyer, J.A. Pople, Ab initio Molecular Orbital Theory, Wiley, New York, 1970. G. Náray-Szabó, P.R. Surján, J.G. Ángyán, Applied Quantum Chemistry, Akadémiai Kiadó, Budapest, 1987. U. Burkert, N.L. Allinger, Molecular Mechanics, Am. Chem. Soc., Washington, D.C., 1982. K.B. Lipkowitz, D.B., Boyd, (ed), Reviews in Computational Chemistry Vol. I.-IV., VCH Publishers, New York, 1990. M.J.J. Dewar, B.M. O’Connor, Chem. Phys. Lett., 138 (1987) 141; N.C. Baird, G.C. Hagley, Chem. Phys. Lett., 128 (1986) 31. Compchem, Hyperchem 6.03 Manuals, Hypercube, Inc., Gainesville, Florida, 1999. Gy.M. Keserű, G. Náray-Szabó, A kémia legújabb eredményei – Molekulamechanika, Akadémiai Kiadó, Budapest, 1995. Hyperchem 8.0, Hypercube, Inc., Gainesville, Florida, 2007.


17

7. Köszönetnyilvánítás Köszönettel tartozom témavezetőmnek, dr. Pálinkó Istvánnal egyetemi docensnek a projektmunka elkészítésében nyújtott segítségéért, értékes tanácsaiért.


projektmunka