Page 7

7 7 

Diversitat

    febrer febrerdede2011  2017 |  | www.prbb.org www.prbb.org      

DEBAT ACTUAL / CURRENT-AFFAIRS DEBATE

RETRAT / PORTRAIT

Llibretes electròniques o de paper? Les llibretes electròniques de laboratori (ELN, per les sigles angleses) s’estan convertint en una alternativa als tradicionals quaderns de paper (PLN) que els investigadors utilitzen per documentar tots els detalls dels seus experiments. D’acord amb el Codi de Bones Pràctiques Científiques del PRBB, el Parc distribueix al voltant de 300 PLN cada any de forma gratuïta als científics dels centres i manté un registre de totes les llibretes (4.000 des de 2003). Aquestes tenen les pàgines enquadernades i numerades, i es mantenen en propietat dels centres durant almenys 10 anys. El CRG va publicar recentment un estudi pilot en el qual 28 científics van utilitzar sistemes ELN durant tres mesos. Els resultats, publicats a PLOS ONE, van ser positius, i ara s’està expandint aquesta pràctica a tot el centre. Però biòlegs moleculars, bioinformàtics, epidemiòlegs i metges tenen necessitats molt diferents quant a la gestió de dades. Serviran les llibretes electròniques per a tots ells? El·lipse ha demanat l’opinió de científics de diferents camps al PRBB.

Electronic versus paper laboratory notebooks Researchers are beginning to use electronic laboratory notebooks (ELNs) as an alternative to paper lab notebooks (PLNs) for documenting all the details of their experiments. In accordance with the PRBB’s Code of Good Scientific Practice, the park distributes about 300 free PLNs every year to scientists at the centres and keeps a registry of all the books (4,000 since 2003). These are bound, numbered, are the property of the centres, and are kept for up to 10 years. The CRG recently ran a pilot study where 28 scientists used ELN systems for a 3-month period. The results, published in PLOS ONE, were positive, and they are now extending this practice. But computational scientists, molecular biologists, epidemiologists and medical doctors have very different data management needs. Would ELNs work for everyone? El·lipse has asked scientists from different fields at the PRBB.

Clara Pérez (Unitat d’assaigs clínics, IMIM) «A la Unitat de Recerca Clínica utilitzem un qua· dern de recollida de dades (QRD) en pa· per on es copien a mà les dades clíniques dels documents font (història clínica, electrocardiograma, analítica), i després es transcriuen a les bases de dades. El QRD electrònic (QRDe) l’hem utilitzat en comptades ocasions, en estudis finançats per empreses farmacèutiques: estalvien temps, no requereixen la transcripció de dades i detecten discrepàncies en les da· des introduïdes. Cal, però, que sigui senzill d’utilitzar i que asseguri la confidencialitat de les dades i la traçabilitat dels canvis. Crec que els QRDe són el futur i s’haurien d’implementar en tots els assaigs clínics d’investigació independent; el problema és el cost del seu disseny, que ha de ser específic per a cada estudi, i la formació del personal per utilitzar-lo. Això s’hauria de contemplar ja a l’hora de sol·licitar els ajuts.» “At the Clinical Research Unit we use a Data Collection Notebook (QRD in Catalan) where we handwrite the clinical data from the source documents (medical history, electrocardiogram, blood test), and later transcribe this to a database. We have only rarely used an electronic version of these notebooks (QRDe), in studies funded by pharmaceutical companies: they do indeed save time, they don’t require the transcription of data, and discrepancies in the data are immediately detected. They do need to be simple to use and ensure data confidentiality as well as traceability of changes. I think electronic notebooks are the future and should be implemented in all clinical trials of independent research; the problems are the cost of their design, which must be specific for each study, and the staff training involved. Their use should, therefore, already be contemplated at the grant application stage.”

Marta Benet (Estadística, ISGlobal) «Jo utilitzo una llibreta de paper i documents digi· tals com Google Docs per apuntar les tasques que he de fer i les taules que he de preparar, i les anàlisis de dades les duc a terme amb un programa estadístic que té un editor on vaig guardant tot el que faig amb comentaris i hi escric qualsevol canvi que realitzo. Per a mi, el sistema per· fecte hauria de permetre un registre auto· màtic de les dates en què es realitzen els di· ferents processos (descripció, edició, correc· ció, anàlisi), disposar de colors diferents per als diversos usuaris que comentin, i poder posar-hi imatges, per exemple de correus electrònics o d’articles necessaris per enten· dre el què s’ha fet. Les llibretes electròniques presenten alguns avantatges, però crec que, com passa amb els llibres, no substituiran del tot les de paper; són complementàries.» “I use a paper notebook and digital docu· ments like Google Docs, to keep track of the tasks I need to do the tables I need to prepa· re. For the analysis I do, with large amounts of data, I use a statistical program with an editor where I record everything I do, and in particular any changes to the data, with comments. For me, the perfect system would allow the automatic registry of the date when each process was complete (des· cription, editing, correction, analysis), utili· sing different colours for the various users commenting; and including images, for example email screenshots, or parts of arti· cles necessary to understand what has been done. Electronic notebooks certainly have some advantages, but I think that, as is hap· pening with books, they won’t completely replace paper; they are complementary.”

Jana Selent (Biologia computacional, GRIB: IMIM-UPF) «En biologia computacio· nal, una llibreta electrònica

hauria de ser una solució natural per al regis· tre d’experiments, ja que totes les dades que utilitzem s’emmagatzemen en dispositius electrònics per defecte i són etiquetades amb una marca de temps. No obstant això, sovint es pensa que en bioinformàtica no cal pren· dre notes del que fas, i hi ha pocs laboratoris computacionals amb polítiques específiques sobre com fer aquest registre. Perquè una lli· breta electrònica sigui atractiva en el nostre camp, s’ha de poder adaptar a diferents ruti· nes de treball que varien d’acord amb el tipus de tasques que cal realitzar. Una necessitat co· muna és tenir una forma fàcil de crear, orga· nitzar i gestionar enllaços actius a directoris de projectes, bases de dades i protocols, així com poder afegir-hi captures de pantalla o gràfics amb resultats. A més, cal implementar una plataforma per a l’intercanvi segur d’arxius.» “In computational biology, an ELN should be a natural solution for daily record-keeping, as all data are stored on electronic devices by de· fault and tagged with a time stamp. Still, it is often thought that taking notes is only useful in experimental labs, and frequently no poli· cies for daily record-keeping exist for compu· tational groups. To make ELNs attractive in our field, they must adapt to different working routines that vary with the types of tasks to be done. A common need is an easy way of crea­ ting, organising and handling active links to project directories, protocols and datasets, as well as pasting result plots and screenshots. Also, special attention should be paid to im· plementing a platform for secure file sharing.”

Santiago Guerrero (Postodc, CRG) «Al meu entendre, les lli· bretes electròniques (ELN) són adequades per a totes les disciplines científiques i reemplaçaran inevitablement les de paper. No obstant això, depenent de les necessitats institucionals, cal analitzar les característi· ques de l’ELN abans de la seva aplicació, com ho vam fer en l’estudi al CRG. Per exemple, les institucions mèdiques han d’avaluar primer si l’ELN estableix l’estàndard necessari per a la protecció de dades dels pacients, mentre que els centres d’investigació bàsica poden no requerir això. En bioinformàtica, hi ha la idea errònia que una ELN només és útil per als laboratoris experimentals. Però els biòlegs computacionals també haurien d’utilitzar un quadern detallat com a eina d’organització, per documentar les idees —per tal de tenir un registre legal de la propietat— o per ajudar en l’intercanvi segur de dades, com s’explica molt bé en un article de Santiago Schnell a PLOS.» “In my opinion, ELNs are suited to all scien· tific disciplines and will inevitably replace PLNs. However, depending on the institu­ tional needs, the features of ELNs should be analysed before they are implemented, as we did in the study at the CRG. For exam· ple, medical institutions must first evaluate if the ELN achieves the necessary standards for patient data, while basic research centres may not require this. In bioinformatics, there is a misconception that ELNs are only useful for wet labs. But computational biologists should also keep a detailed notebook as an organisational tool, for documenting ideas in order to have a legal record of ownership, or help secure data sharing, as discussed in a PLOS paper by Santiago Schnell.”

Annick Labeeuw Brussel·les, 1973 Citizen Science Facilitator, CRG Què és el que més t’agrada de la teva feina? Els reptes: la ciència ciutadana és un nou format; una nova eina per augmentar la participació del públic (els ciutadans). Hi ha molt pocs projectes de ciència ciutadana que no siguin del camp «mediambiental». Un exemple és el projecte on faig de facilitadora, «Saca la lengua», que estudia el microbioma oral: ara comencem la segona edició! Quin és el menjar que més t’agrada? Les patates fregides belgues i la xocolata belga (heu endevinat la meva nacionalitat?) En quin moment del dia se t’acudeixen les idees? Darrerament el meu cervell només em dóna idees un cop al dia, durant la dutxa matinal! Què et faria absolutament feliç? Un món on la gent pensi en clau de solucions, no de problemes. Un lloc per viure? On viuré en un futur proper: una caseta a la muntanya a Santa Bàrbara, Califòrnia (EUA)! What do you like most about your work? The challenges: citizen science is a new format, a new tool to increase Public Engagement Participation. The study I try to facilitate, Saca la lengua, is one of the very few citizen science projects that exist outside the environmental field; it is aimed at the oral microbiome. We are just starting the second edition! What kind of food do you like? Belgian fries and Belgian chocolate (Have you guessed my nationality?) What time of day do you have your best ideas? Lately, my brain only seems to produce ideas once a day, during my morning shower! What would make you absolutely happy? A world where people think in terms of solutions, not in terms of problems. A place to live? Where I will be living in the near future, in Santa Barbara (CA), in a cottage in the mountains!

El lipse 101: "The PRBB family keeps growing"  
El lipse 101: "The PRBB family keeps growing"  

The news of this month include positive effects of extended breastfeeding, the formation of the inner ear in zebra fish embryos observed in...

Advertisement