Issuu on Google+

PARC RECERCA BIOMÈDICA BARCELONA CONNECTEM CIÈNCIA I DIVERSITAT EN UN ESPAI CREATIU ÚNIC

Editorial

Febrer de 2017  NÚM. 101  www.prbb.org  GRATUÏT

DADES DEMOGRÀFIQUES 2016

Congratulations!

A

fter 10 years, magic is still conjured at the park. In 2016, the scientists at the PRBB centres once again produced an excellent crop of high impact research articles. Of the more than 1,200 origi· nal articles in indexed journals, 11 were published in Nature, 4 in Science, 30 in other Nature group journals and 5 in Cell.     Also outstanding is the scien· tific exchange with international researchers at the PRBB. Last year, 268 scientific conferences were held with 43 speakers from centres in Spain and 139 from abroad, from 25 different coun· tries, including the USA (43), UK (16), France (10) and Germany (10).   Especially encouraging is the increasing trend in the percen· tage of female invited speakers. In 2016, 60 (33%) of the external speakers were women. Just 2 years ago this quota was not even 10% and we wanted to make a change. Congratulations to you all and thank you for con· tributing once again to the PRBB being a hotspot within Europe. Reimund Fickert

Enhorabona!

D

esprés de 10 anys, al Parc encara hi té lloc la màgia. El 2016 els cien· tífics dels centres del PRBB han produït, un cop més, uns excel· lents resultats de recerca d’alt impacte. Dels més de 1.200 articles originals en revistes in· dexades, 11 es van publicar a la revista Nature, 4 a Science, 30 en altres revistes del grup Na· ture i 5 a Cell.   També és destacable l’acti· vitat d’intercanvi científic amb investigadors internacionals al PRBB. L’any passat van tenir lloc 268 conferències científiques, 43 d’elles amb convidats de centres d’Espanya i 139 de l’es· tranger, procedents de 25 països diferents, entre ells els EUA (43), el Regne Unit (16), França (10) i Alemanya (10).   És especialment encoratja· dora la tendència positiva en el percentatge de conferenciants convidats que són dones. El 2016, el 33% dels conferenciants externs van ser dones. Fa tot just dos anys aquest percentatge ni tan sols arribava al 10%, i era una cosa que calia canviar. Feli· citats a tots vosaltres, i gràcies un cop més per posicionar el PRBB com a punt clau dins d’Europa. Reimund Fickert

Personal d’entitats relacionades

Persones a l’edifici

1.468

443

TÈCNICS RECERCA

POSTDOCS

ADMINISTRACIÓ, GESTIÓ, SUPORT, I SERVEIS CIENTIFICOTÈCNICS

ESTUDIANTS PREDOCTORALS INVESTIGADORS

282

333

230

335

288

Personal investigador: 842 (57%)

Total: 1.911

Creix la gran família del PRBB Maruxa Martínez-Campos

D

eu anys després de la seva creació, el PRBB continua creixent, ara ja més en· llà del mateix edifici. Tot i que el nombre de residents és semblant al d’altres anys (1.468), fins a 443 persones més treballen a entitats estretament associades al PRBB.   El parc ha estat pràcticament ple des del seu inici, de manera que algunes institucions han ha· gut de proveir-se de nous espais (IBE-CSIC) i d’altres no s’han pogut traslladar o desplegar en la seva plenitud dins de l’edifici (CNAG, FPM). Hi ha hagut cen· tres que han evolucionat cap a es· tructures més grans (del CREAL a

l’ISGlobal) i empreses que s’han ubicat en espais propis (Acellera, IRAB). Així doncs, entre els que re· sideixen a l’edifici i els que hi estan vinculats, la gran família del PRBB suma ja quasi 2.000 persones.   La distribució demogràfica dels residents no ha variat gaire en els darrers anys: el PRBB continua sent jove (un 46% del personal té menys de 36 anys, i un 33%, en· tre 36 i 45) i femení, amb un 57% de dones, percentatge que dismi­ nueix entre els investigadors sèni· or (36%). El nombre d’estrangers també ha oscil·lat poc: són 356 persones —un 24% del total o un 31% del personal investigador— provinents de 51 països, sobretot d’Itàlia (80), Alemanya (42), Fran· ça (36) i l’Índia (18).

The PRBB family keeps growing

T

en years after its creation, the PRBB is still growing, now beyond the building itself. Although the number of residents is similar to that of other years (1468), a further 443 are working in closely-related organisations.   The park has been nearly at capacity since its beginnings, which is why some institutions have provided themselves with new spaces (IBE-CSIC), and others have not been able to re· locate or deploy fully within the building (CNAG, FPM). Some centres have evolved into larger structures (CREAL into ISGlobal),

and two companies have esta· blished themselves in the buil· ding (Acellera, IRAB). So in· cluding the building residents themselves and the people who are linked to it, the PRBB family is now almost 2,000 strong.   The demographics of the re· sidents have not changed much in recent years: the PRBB is still young (46% of staff is aged under 36 and 33% between 36 and 45) and female, with 57% being wo· men, a percentage which drops among senior researchers to 36%. The number of foreigners has stayed fairly constant: 356 peo· ple, making up 24% of the total or 31% of researchers, from 51 coun· tries like Italy (80), Germany (42), France (36) and India (18)

DESTACAT / HIGHLIGHT Ciència d’excel·lència per a joves Els centres del PRBB continuen incentivant vocacions científi· ques a través de diverses inicia· tives, com el Premi PRBB per a treballs de recerca (premi.prbb. org), organitzat per PRBB i UPF, o el programa internacional BIYSC (biysc.org), on 100 estudiants de secundària passaran 10 dies a l’estiu resolent reptes científics en centres com l’IBE i el CRG. Ambdós centres també partici·

pen novament al Programa Joves i Ciència (jovesiciencia.cat), que aproparà 50 estudiants a la re· cerca de primera mà durant tres anys: primer, al MónNatura Piri· neus, i després, a través de dues estades a centres d’investigació. Enguany, com a novetat, tots els centres del PRBB participa· ran conjuntament en el primer Youth Mobile Festival – YOMO (www.mwc yomo.com), que tindrà lloc del 27 de febrer al 2 de març en el marc del Mobile World Congress.

Excellent science for young people The PRBB centres continue to encou­ rage scientific vocations thro­ugh several initiatives like the PRBB Award for the best high school research project (premi. prbb.org), organised by PRBB and UPF, and the international programme BIYSC (biysc.org) whe­ re 100 high school students will spend 10 days in the summer solving scien­tific challenges in cen­ tres such as the CRG and the IBE.

Both centres are again partici­pating in the “Joves i Ciència” pro­gramme (jovesiciencia.com), which will allow the 50 selected students to get closer to first-hand research over a three year period: first at MónNa· tura Pirineus and then through two stays at prestigious research centres. And this year, all the PRBB centres will participate jointly in the first Youth Mobile Festival – YOMO (www.mwcyomo.com), which will take place from February 27 to March 2 within the framework of the Mobile World Congress


Ciència

www.prbb.org  |  febrer de 2017       

2

PERFIL DE GRUP / GROUP PROFILE

EDUARD SABIDÓ – UNITAT DE PROTEÒMICA (CRG-UPF)

«Tenim els millors espectròmetres de masses per a aplicacions biomèdiques» cross several electric fields which separate the peptide ions according to their mass and charge, so that when they reach the detector they can be distinguished from one another”, explains Sabidó.

Maruxa Martínez-Campos

E

Servei, recerca i formació L’activitat de la Unitat de Proteòmica es basa en tres pilars. El més evident és el suport a la recerca bàsica i translacional, però alho· ra fan la seva pròpia recerca per avançar en els principals reptes del camp de la prote· òmica. En aquest sentit, han rebut un Plan Nacional per desenvolupar mètodes que permetin detectar i caracteritzar unes mo· dificacions de proteïnes que es coneixen poc perquè són difícils d’analitzar, però que tenen un rol important en càncer de mama. Finalment, la unitat fa una tasca important de divulgació científica i formació. En els úl·

Service, research and training

Foto del CRG

duard Sabidó va arribar al PRBB el 2012 per dirigir la Unitat de Proteò· mica del CRG i la UPF. «El 50% del servei que donem és a residents del parc, però tenim molts usuaris d’arreu d’Espa· nya, Portugal i Alemanya, un dels països on l’espectrometria de masses està més arrelada. Tenim els millors espectròmetres de masses per a aplicacions biomèdiques i un equip de persones amb un coneixement extraordinari de la tècnica, i això crea con­ fiança entre els nostres usuaris», afirma.   La unitat es va originar fa més d’una dè· cada al DCEXS-UPF i posteriorment la UPF i el CRG van unir esforços per fer un ús més eficient dels recursos. Avui dia forma part de ProteoRed, una plataforma distribuïda de l’Institut de Salud Carlos III que dóna recursos per apropar les tecnologies de proteòmica a la recerca clínica i biomèdica.   Actualment la Unitat disposa de cinc es· pectròmetres de masses que s’utilitzen per a diversos tipus d’anàlisi de proteïnes en mos· tres complexes, com quantificar proteïnes, caracteritzar interaccions proteïna-proteïna, o elucidar l’estructura de dominis proteics. L’anàlisi comença amb l’extracció de les pro· teïnes de la mostra inicial —cèl·lules, biòp· sies o líquids corporals— seguida d’una di· gestió enzimàtica per trencar-les en unitats més petites, els pèptids. «En entrar a l’espec· tròmetre de masses, els pèptids travessen di· versos camps elèctrics que separen els ions peptídics segons la seva càrrega i massa, de forma que quan arriben al detector es distin· geixen els uns dels altres», explica Sabidó.

Un equip interdisciplinari de set experts en biologia, bioquímica, química, física i informàtica A multidisciplinar team of experts in biology, biochemistry, chemistry, physics and computing

tims quatre anys han organitzat anualment cursos internacionals com l’EMBO Practical Course on Targeted Proteomics i el Courses@ CRG: Advanced Proteomics Course, així com el simposi anual de proteòmica, en el qual han participat els principals líders mundials en el camp. «Aquestes activitats mostren als investigadors les oportunitats que els ofereix la proteòmica, així com els principals reptes del camp», explica Sabidó. «Això ha permès engegar projectes que d’una altra manera potser no s’haurien dut a terme. Per exem· ple, un estudiant del grup d’Iñaki Ruiz-Trillo a l’IBE va fer el curs i va veure el potencial que l’espectrometria de masses li oferia per al seu projecte. Vam dissenyar junts els ex· periments i hem col·laborat durant dos anys per estudiar el proteoma del cicle vital de Capsaspora, en un estudi sobre com es van originar els organismes multicel·lulars».   També estan treballant en la creació d’eines de pronòstic per a l’esclerosi múlti· ple, en estreta col·laboració amb l’hospital de la Vall d’Hebron. Durant la primera fa· se de cribratge van identificar 24 proteïnes presents al líquid cefaloraquidi de pacients. El valor pronòstic d’aquestes proteïnes es va validar en una segona fase en la qual es van quantificar de forma dirigida en 100 in· dividus amb la malaltia o sense. El resultat: una combinació de tres proteïnes permet predir si un pacient amb símptomes inicials acabarà desenvolupant la malaltia o no. Ara estan fent un estudi semblant amb pacients amb Alzheimer a Sant Pau, per intentar pre· dir com de ràpid evolucionarà la malaltia i poder afinar millor el tractament.

“We have the best mass spectrometers for biomedical applications”

E

duard Sabidó arrived at the PRBB in 2012 to lead the CRG/UPF Pro· teomics Unit. “50% of the services we give are directed at park residents, but we have many other users around Spain, Portugal and Germany, a country whe· re mass spectrometry is deeply-rooted. We have the best mass spectrometers for biomedical applications and a team of people with extraordinary knowledge of the technique, and this creates confiden· ce among our users”, he says.   The unit was created more than a deca· de ago at the DCEXS-UPF. Later the CRG joined forces with them to use resources more efficiently. Today the mixed unit is part of ProteoRed, a distributed platform from the Institute of Health Carlos III that provides resources to help bring proteo· mics technologies to biomedical and cli· nical research.   Currently, the unit has five mass spec· trometers that are used for various types of protein analysis in complex samples, such as protein quantification, characte· risation of protein-protein interactions, and elucidation of the structure of protein domains. The analysis begins with the ex· traction of proteins from the initial sample - cells, biopsies or body fluids - followed by enzymatic digestion to break them into smaller units, the peptides. “Upon ente· ring the mass spectrometer, the peptides

There are three cornerstones to the activity in the Proteomics Unit. The most obvious is support to basic and translational research. But they also do their own research into the main challenges in the field of proteomics. For this they have received a National Plan grant to develop methods for detecting and characterising a specific type of protein mo· dification that is little-known because it is difficult to analyse, but which plays an im· portant role in breast cancer. Finally, the unit does important scientific dissemination and training work. Over the last four years they have organised yearly international cour· ses such as the “EMBO Practical Course on Targeted Proteomics”, “Courses@CRG: Ad· vanced Proteomics Course”, and the annual proteomics symposium, bringing together world leaders in the field. “These activities show researchers the opportunities offered by proteomics, as well as the main challen· ges in the field”, explains Sabidó. “This has helped launch projects that otherwise may not have been carried out. For example, a student from Iñaki Ruiz-Trillo’s group at the IBE attended a course and realised the potential of mass spectrometry for his pro· ject. We designed experiments together and have been collaborating with them for two years to analyse the Capsaspora life cycle proteome, in a study on how multicellular organisms originated.”   They are also working on creating tools for prognosis in multiple sclerosis, in close cooperation with Vall d’Hebron Hospital. During the first screening phase they identi· fied 24 proteins present in the cerebrospinal fluid of patients. The prognosis value of the· se proteins was validated in a second phase in which they quantified them in 100 indivi· duals with or without the disease. The result: a combination of three proteins enables doctors to predict whether a patient with early symptoms will eventually develop the disease. They are now doing a similar study on Alzheimer patients with Hospital de Sant Pau, to try and predict how rapidly the disea­ se will evolve and to refine the treatment

NOTÍCIA CIENTÍFICA / SCIENTIFIC NEWS

Efectes positius de la lactància prolongada Marta Solano

U

n estudi liderat per ISGlobal confir· ma que la lactància prolongada mi· llora el desenvolupament cognitiu del nadó i suggereix, a més, que pot reduir el desenvolupament de trets autistes. L’estu· di prospectiu, publicat a Pediatric Research, ha seguit més de 1.346 nens espanyols de

l’estudi de cohorts multicèntric d’INMA. Es van començar a reclutar les mares en la set· mana 12 d’embaràs i s’han anat fent avalua­ cions periòdiques als nens fins als quatre anys d’edat. Els efectes més significatius apareixen a les lactàncies de més de sis me· sos de durada. Els autors van tenir en comp· te el paper de factors de confusió, com ara el nivell socioeconòmic, el nivell educatiu dels pares o el coeficient intel·lectual matern.

Positive effects of extended breastfeeding

A

study led by ISGlobal confirms that breastfeeding for longer im· proves a child’s cognitive develop· ment and suggests that, in addition, it may protect against the appearance of autistic traits. The prospective study, published in Pediatric Research, followed more than

1,346 Spanish children in the INMA multicentre cohort study. The researchers be· gan recruiting mothers in the 12th week of pregnancy and assessed the children pe· riodically until the age of four. The effects were most significant after more than six months of breastfeeding. The role of con· founding factors such as the parents’ edu· cation, socioeconomic level, and maternal IQ, were also included in the study


7 3

Ciència

     febrer   febrer dede 2011  2017  |  www.prbb.org |  www.prbb.org     

NOTÍCIES CIENTÍFIQUES / SCIENTIFIC NEWS

La informació genètica millora la quantificació del risc d’infart de miocardi Rosa Manaut

L

’IMIM ha participat en el major es· tudi clínic epidemiològic sobre risc cardiovascular, publicat a Circulation: Cardiovascular Genetics. Durant sis anys, els investigadors han fet el seguiment de 52.000 pacients d’entre 30 i 74 anys amb diferents graus de risc cardiovascular (RCV) i han validat el test genètic Cardio inCode®.   Per quantificar l’RCV d’un pacient es mesuren diferents factors de risc (edat, gènere, si fuma, colesterol, pressió arte· rial i diabetis). Les estratègies preventives se solen centrar en les persones d’alt risc. Tot i així, el 60% dels casos d’infart es pro­ dueixen en persones amb un RCV mode· rat o baix. Segons el perfil genètic, el risc

de patir una cardiopatia isquèmica pot augmentar fins a un 80%. L’objectiu del test genètic validat en aquest estudi, els resul· tats del qual es combinen amb les dades clíniques del pacient, és permetre al metge anticipar, a deu anys vista, la possible evo· lució del pacient per situar-lo de manera precisa en el seu índex de risc i dissenyar la millor estratègia de prevenció.   El test és especialment interessant per a pacients amb risc moderat, el 24% de la població, o aquells amb antecedents fa· miliars. Segons Roberto Elosúa (IMIM), «es podrien evitar fins al 13% dels infarts en aquest grup de població».   A més de l’IMIM, en l’estudi hi han participat la Divisió d’Investigació Kaiser Permanente i la companyia Gendiag / Ferrer inCode.

Genetic information improves the quantification of myocardial infarction risk

T

he IMIM has taken part in the lar· gest epidemiological clinical study on cardiovascular risk, published in Circulation: Cardiovascular Genetics. Over a six year period, the researchers monitored 52,000 patients aged between 30 and 74, with various degrees of cardio­ vascular risk (CVR), enabling them to va· lidate the genetic test Cardio inCode®.   A patient’s CVR is quantified by mea· suring several risk factors (age, gender, smoking, cholesterol, blood pressure and diabetes). Preventive strategies tend to fo· cus on high-risk patients. However, 60%

of heart attacks affect people with a low or moderate CVR, and it is known that the genetic profile can increase the risk of ischemic heart disease up to 80%. The purpose of the genetic test validated in this study, in combination with patient clinical data, is to allow doctors to make a 10 year prediction of a patient’s possible evoluti· on, assess their risk more accurately, and design the best prevention strategy.   The test is especially useful for patients with moderate risk, 24% of the populati· on, and those with a family history of he· art disease. According to Roberto Elosúa (IMIM), “up to 13% of heart attacks in this population group could be prevented.”   Kaiser Permanente Division of Re­ search and the company Gendiag / Ferrer inCode also participated in the study

Per què l’exposició a certs estímuls rítmics provoca crisis epilèptiques? xador oscil·larà amb major amplitud i el nen pujarà més i més; fins i tot pot caure. Aquesta caiguda és una analogia a la cri· si epilèptica que pot ocórrer en el cervell quan s’exposa a la sobreestimulació amb unes freqüències determinades.

Carolina Pozo

I

nvestigadors del CEXS-UPF liderats per Jordi Garcia Ojalvo, en col·laboració amb d’altres de la Universitat Politèc· nica de Catalunya i la Universitat d’Exeter (Regne Unit), proposen una explicació per a l’aparició de les convulsions epilèp· tiques davant l’exposició a certs estímuls. L’estudi publicat a NeuroImage ajuda a en· tendre per què als anys noranta centenars de nens japonesos van patir atacs epilèp· tics mentre veien un capítol de Pokémon.   L’equip ha utilitzat un model compu· tacional d’una columna cortical, un grup de neurones en què s’organitza l’escorça cerebral, per mostrar que les neurones adquireixen un comportament epilèptic quan s’exposen a estímuls de determina· des freqüències. Aquests estímuls poden provenir de la mateixa activitat del cervell

Why exposure to rhythmic stimulation triggers epileptic seizures o ser externs, com els patrons parpelle· jants dels dibuixos animats.   L’estimulació visual amb freqüències properes als ritmes alfa pot interferir amb l’activitat alfa natural de l’escorça visual del cervell i, per tant, augmentar l’ampli· tud de les descàrregues, i pot desencade· nar convulsions epilèptiques. Ho podem comparar amb un nen en un gronxador: si l’empenyem a la mateixa freqüència que la freqüència de balanceig, el gron·

R

esearchers at the UPF led by Jordi Garcia-Ojalvo, in collaboration with researchers at the Polytechnic Uni· versity of Catalonia (UPC) and the Univer· sity of Exeter (UK) have proposed an expla· nation for epileptic seizures resulting from exposure to certain stimuli. The study pu· blished in NeuroImage helps reveal why, in the 1990s, hundreds of Japanese children suffered epileptic seizures while watching a particular episode of Pokémon.

  The team used a computational mo· del of a cortical column -a putative basic functional unit of the cerebral cortex- to show that neuronal tissue displays epi· lepsy-like activity when overstimulated by certain frequencies. This may be a re· sult of the brain’s own activity or a con· sequence of external stimulation, such as flickering in the cartoon on TV.   Visual stimulation with frequencies clo· se to the alpha rhythm may interfere with the natural alpha activity prevailing in the visual cortex, leading to an increased am· plitude of discharges and, consequently, epileptic seizure. This phenomenon can be compared to a child on a swing. If we push it with a frequency equal to that of the swinging, it will move further and further and may eventually fall off. This fall is ana· logous with the epileptic crisis that could occur in the brain if overstimulated by a certain frequency

Prediuen la interacció de proteïnes i ARNlnc Laia Cendrós

E

n un article publicat recentment a Nature Methods, els investigadors del CRG Davide Cirillo, Alexandros Armaos i Gian Gaetano Tartaglia han pre· sentat Global Score, una nova eina com· putacional que permet, per primera ve· gada, predir les interaccions de proteïnes amb ARN llargs no codificants (ARNlnc). Aquests són molècules d’ARN llargues so· vint implicades en funcions biològiques importants que constitueixen el 68% del transcriptoma humà. El nombre d’ARN no codificants en el genoma humà és descone· gut, però el seu paper és clau en la regulació gènica. Fins ara, no hi havia models com· putacionals disponibles per analitzar les

seqüències d’ARN llargues i el seu tracta· ment experimental és un gran desafiament.   Global Score també ajuda els cientí· fics a identificar les proteïnes a les quals s’uneixen aquests ARN i a prioritzar-les per a la seva validació experimental, la qual cosa contribuirà a conèixer millor els ARN llargs no codificants i el seu rol.   L’algoritme no només integra la infor· mació genòmica, sinó també les propie· tats locals de la proteïna i l’estructura de l’ARN, que permeten als científics obtenir la propensió d’unió en general. «Identifi· car aquestes interaccions pot ser un punt de partida per entendre el paper dels ARNlnc tant en el funcionament normal de les cèl·lules com en la malaltia», expli· ca Gaetano Tartaglia, investigador princi· pal d’aquest article.

Predicting the interaction of proteins and lncRNAs

I

n a recent article published in Nature Methods, CRG researchers Da· vide Cirilllo, Alexandros Armaos, and Gian Gaetano Tartaglia, described Global Score, a new computational tool that allows protein interactions with long non-coding RNAs (lncRNAs) to be pre· dicted for the first time. These long RNA molecules are often involved in impor· tant biological functions and comprise 68% of the human transcriptome. The number of non-coding RNAs in the hu· man genome is unknown but their role is key in gene regulation. Up to now, the· re had been no computational models

available to manage long RNA sequences and approaching them experimentally is also a huge challenge.   Global Score also helps scientists iden· tify binding partners and prioritise them for experimental validation, which will contribute to our knowledge of lncRNAs. The algorithm integrates not only geno· mic information but also the local pro· perties of the protein and the RNA struc· ture, allowing scientists to estimate the overall binding propensity. “Identifying these interactions may be a starting point for understanding the role of lncRNAs in both normal cell function and disease”, explains Gaetano Tartaglia, principal in· vestigator in this study


Ciència PRBB-CRG CONFERENCES

Conference Programme financed by the CRG and the PRBB RUTH SCHERZ, Friday Februar y 17. Scherz, from the Weizmann Institute of Science, Israel, aims to elucidate the mechanisms by which tumors reprogram their local environments. Her goal is to provide a deeper understanding of how tumors develop into systemic malignancies, predict which tumors are more likely to do so, and design therapeutic strategies to overcome these malignancies by targeting genetically stable elements in the tumor microenvironment. She has been invited by Ben Lehner (CRG). RODRIGO QUIAN QUIROGA, Monday February 27. Quian, from the University of Leicester, UK, is interested in the study of the principles of visual perception and memory. In particular he is focused on principles of Neural Coding, visuo-motor transformations, single-trial evoked potentials, synchronization and the development of methods for the analysis of neurophysiology data. He discovered the so-called “Concept cells” or “Jennifer Aniston neurons” - neurons in the human brain that play a key role in memory formation. He has been invited by Rodrigo Alberto Rocamora (IMIM).

www.prbb.org  www.prbb.org | | febrer maig de 2011 2017       

CARRERA CIENTÍFICA / SCIENTIFIC CAREER

ELISABETH CARDIS – DIRECTORA DEL PROGRAMA DE RADIACIÓ (ISGLOBAL)

«Als 24 anys, vaig anar a Hiroshima a estudiar els efectes de la radiació» Maruxa Martínez-Campos Com et vas introduir al camp de la radiació? ’agradaven la medicina i les ma· temàtiques. Un tutor a Ottawa em va parlar sobre la bioestadística i l’epidemiologia i vaig fer el doctorat a l’Esco· la de Salut Pública de la Universitat de Was· hington a Seattle. Allà vaig tenir l’oportuni· tat d’anar durant 15 mesos a Hiroshima per aprendre sobre els efectes de la radiació —al lloc on va explotar la primera bomba atòmi· ca llançada en temps de guerra!

M

D’on va venir aquesta oportunitat? La Fundació per a la Investigació dels Efectes de la Radiació està finançada pels EUA i el Ja· pó, i cada any els EUA hi envia investigadors. L’Acadèmia Nacional de Ciències tenia un acord amb la meva universitat i jo vaig ser la segona estudiant que hi va anar. La majoria no estaven interessats en anar al Japó, però jo sí. Potser a causa del meu bagatge internaci· onal i del meu interès previ per la Xina.

GRANT LYTHE, Monday March 6. Lythe, from the University of Leeds, UK, is focused on stochastic models of immune cell, and immune system dynamics. In collaboration with academic and industrial partners, he seeks to describe T cell homeostasis, the TCR repertoire and dynamics of responses to infection. He coordinates “Quantitative T-cell Immunology” (QuanTI), an Initial Training network with partners in the UK, Ireland, France, Germany and the Netherlands. He has been invited by Jordi García-Ojalvo (UPF).

Què vas aprendre allà? El meu doctorat es va centrar en el càncer induït per la radiació. A causa de les bombes atòmiques sabem molt sobre les persones amb exposicions moderades i altes, però em vaig adonar que no sabem tant sobre els efec· tes de les dosis baixes: és difícil estudiar-les per estimar els efectes. Tanmateix, moltes més persones estan afectades per elles: a través de la medicina diagnòstica, als llocs de treball i al nostre entorn en general... De manera que les radiacions a dosis baixes són importants, però estudiar-les és més difícil i controvertit. De fet, em vaig prometre que mai les estudiaria!

A N D R E W F I R E , Fr i d ay March 10. Fire, from the Stanford Medicine University, USA, studies the mechanisms by which cells and organisms respond to genetic change. His lab studies a variety of natural mechanisms that are utilized by cells adapting to genetic change. These include mechanisms activated during normal development and systems for detecting and responding to foreign or unwanted genetic activity. They primarily make use of the nematode C. elegans in their experimental studies. Much of his team’s current effort is directed toward a molecular understanding of the RNAi machinery and its roles in the cell. He has been invited by the CRG PhD Students committee.

I no obstant... Sí, és el tema principal al que em dedico ara! Després de la meva tesi doctoral vaig rebre una oferta de treball a Montreal i una altra a la IARC (Agència Internacional per a la Inves· tigació sobre el Càncer) a Lyon. Vaig acceptar la feina a Montreal, amb la condició d’anar a Lyon un any. Un cop a Lyon, l’IARC havia de fer un estudi sobre els treballadors de la in· dústria nuclear, i, amb la meva experiència a Hiroshima, em van demanar a mi que ho fes. La primera etapa, la combinació de dades de tres països, va trigar més del previst, així que mentrestant vaig començar a fer més feina... Llavors va ocórrer l’accident de Txernòbil. Vaig acabar creant una unitat de radiació a l’IARC i m’hi vaig quedar 22 anys!

GUIDO BARBUJANI, Monday March 13. Barbujani, from the Ferrara University, Italy, has been working on different aspects of human genetic diversity and evolutionary biology. He produced a statistical method for comparing genetic and linguistic data and thus reconstruct the evolutionary history of human popula­ tions. His studies of DNA and distribution of genetic differences have demonstrated that the traditional concept of race fails to provide a satisfactory account of human diversity. He has been invited by Jaume Bertranpetit (UPF).

4

Per què vas marxar? Quan es va crear el CREAL l’any 2005, Mano· lis Kogevinas em va escriure dient que estaven buscant gent. Em va costar un any decidir-me però vaig animar-me a participar en el desen· volupament d’aquest nou centre. Va ser una bona decisió. Al CREAL (ara ISGlobal) tenim un entorn estimulant, no jeràrquic, les deci· sions es prenen de manera compartida, i per descomptat estem molt a prop del mar! Quines són les principals qüestions obertes en el camp de la radiació? Una d’elles seria la radio­sensibilitat. Algunes persones són més sensibles que altres als efectes de la radiació; per què? I necessitem saber més sobre els efectes no cancerígens,

PERFIL / PROFILE Nascuda a Ottawa (Canadà), Elisabeth Cardis viu a Sant Pere de Ribes amb el seu marit i els seus dos fills de 14 i 17 anys. Aquesta epidemiòloga, una experta mundial en radiació, parla francès, espanyol, anglès, una mica de japonès i rus, i ara català des que va arribar a Barcelona fa vuit anys per establir el programa de radiació del CREAL - ara ISGlobal. Recent­ment ha rebut la medalla «Txernòbil - 30 anys» d’un institut de recerca del Ministeri de Salut de Rússia, pel seu treball en l’avaluació i mitigació de les conseqüències de l’accident. Born in Ottawa, Canada, Elisabeth Cardis lives in Sant Pere de Ribes with her husband and their two boys (14 and 17). This epidemiologist, a world expert in radiation, speaks French, Spanish, English, some Japanese and Russian, and now Catalan since she came to Barcelona eight years ago to establish the radiation program at CREAL — now ISGlobal. She recently received the “Chernobyl - 30 years” medal by a research institute in the Russian Ministry of Health, for her work on evaluating and mitigating the consequences of the accident. com les malalties cardiovasculars o les cata· ractes. També, són els efectes de la radiació externa i de la que inhalem o ingerim simi· lars o diferents? I, finalment, la radiació no ionitzant: té efectes en la salut?

and controversial. In fact, I promised I’d never study them!

How did you get into the field of radiation? liked both medicine and maths. An advisor in Ottawa told me about bios· tatistics and epidemiology, so I did my PhD in the school of public health at the University of Washington, in Seattle. There I had the opportunity to go to Hiroshima for 15 months to learn about the effects of ra­diation — in the place where the first ato· mic bomb launched in war time exploded!

And yet, here you are now… Yes, that’s mainly what I am doing now! After my PhD I got a job offer in Montreal and one at the IARC (International Agency for Research on Cancer), in Lyon. I took the job in Montreal with the condition to go to Lyon for one year. Once in France, IARC was asked to do a study on workers in the nu­ clear industry, and, with my Hiroshima ex· perience, they asked me to get involved. The first stage, combining data from 3 countries, took longer than planned, so in between I started doing more work. Then the Cher· nobyl accident happened - I ended up crea· ting a radiation unit at the IARC and stayed there for 22 years!

How did that opportunity come about? The Radiation Effects Research Founda· tion is funded by the US and Japan, and each year the US sends some researchers to help. The National Academy of Sciences had an agreement with my university and I was the second student to go. Most students were not interested in going to Japan, but I was. Perhaps because of my international background and previous interest in China.

Why did you leave? When the CREAL was created in 2005, Manolis Kogevinas wrote saying they were looking for people. It took me a year to de· cide but I felt I wanted to take part in the development of this new centre. It was a good decision. At the CREAL (now ISGlobal) we have a stimulating, non-hierarchical en· vironment, decisions are taken collegially, and of course we are close to the sea!

What did you learn there? My PhD focused on radiation-induced cancer. We know a lot about effects to high exposure from the atomic bombs. I rea· lised we don’t know so much about the effects of low doses: it’s difficult to study them and estimate the effects. Yet many more people are affected: in diagnostic medicine, occupational settings, in our ge· neral environment. So low dose radiations are important, but more difficult to study

What are the main open questions in the field of radiation? One is radiosensitivity. Some people are more sensitive than others to the effects of radiation, and the question is why? We also need to know more about non-cancer effects, such as cardiovascular diseases or cataracts. Also, are the effects of external ra· diation and inhaled or ingested radiation si· milar or different? And finally are there any health issues with non-ionising radiation?

“At 24, I went to Hiroshima to learn about the effects of radiation”

I


7 5

Ciència

     febrer   febrer dede 2011  2017  |  www.prbb.org |  www.prbb.org     

NOTÍCIES CIENTÍFIQUES / SCIENTIFIC NEWS

Envelliment accelerat en pacients amb ictus isquèmic Rosa Manaut

I

nvestigadors del Servei de Neurolo· gia de l’Hospital del Mar i del Grup de Recerca Neurovascular de l’IMIM, li· derats per Jaume Roquer i Jordi JiménezConde, han descobert un envelliment accelerat en els pacients amb ictus isquè· mic. L’estudi, publicat a la revista Aging, mostra que l’edat biològica dels pacients joves —menors de 57 anys— que han tin· gut un ictus isquèmic és 3,3 anys més alta que la seva edat cronològica.   Els investigadors han pogut calcular l’edat biològica de més de 120 subjectes mitjançant l’anàlisi dels canvis en la metila· ció de l’ADN. «El genoma humà conté un 1%

de regions riques en els nucleòtids citosina i guanina, anomenades illes CpG, que per· meten encendre o apagar l’expressió dels gens segons si es troben més o menys me· tilades. La metilació de l’ADN varia al llarg de la vida en funció de l’edat i de l’exposició a factors externs», exposa Jiménez-Conde.   L’estudi revela doncs que els pacients amb ictus isquèmic estan biològicament més envellits, probablement a causa de factors de risc vasculars, hàbits de vida, consum de tabac i exposició a factors ambientals. «Per tant, l’edat biològica es podria considerar com un factor de risc d’aquesta patologia i esdevenir un nou i valuós biomarcador, sobre el qual, a més, es pot incidir variant certs hàbits de vi· da», concreta Jiménez-Conde.

Ischemic stroke sufferers age more rapidly

R

esearchers at the Hospital del Mar Neurology Service and the Neu· rovascular Research Group at the IMIM, led by Jaume Roquer and Jordi Jiménez-Conde, have discovered acce· lerated ageing in patients with ischemic stroke. The study, published in the journal Aging, reveals that patients under the age of 57 who have had an ischemic stroke are biologically 3.3 years older than their chronological age.   By analysing changes in DNA methyla· tion, the researchers determined the bio· logical age of more than 120 people. “The human genome contains 1% of regions

rich in guanine and cytosine nucleotides, called CpG islands. These islands allow turning on or off the expression of genes depending on whether they are more or less methylated, and DNA methylation varies throughout life depending on age and exposure to external factors”, ex· plains Jiménez-Conde.   The study reveals thus that patients with ischemic stroke are biologically ol· der, probably due to vascular risk factors, lifestyle, tobacco consumption and ex· posure to environmental risks. “Biologi· cal age could therefore be considered a risk factor for this disease and become a valuable new biomarker; it could also be influenced by modifying certain habits”, says Jiménez-Conde

Observen en 4D la formació de l’oïda interna a l’embrió de peix zebra funció de les neurones sensorials en el gan· gli depenien del comportament de les seves progenitores durant la delaminació. Aquest vincle entre el lloc i l’ordre de delaminació dels progenitors i la seva identitat neuronal dins del gangli suggereix l’existència d’una fina regulació espacial i temporal en el des· envolupament embrionari de l’oïda interna.

Carolina Pozo

U

n estudi publicat a eLife proporcio· na imatges en 4D del desenvolupa· ment embrionari de l’oïda interna en el peix zebra. Les cèl·lules ciliades de l’oïda interna perceben els estímuls externs i les neurones sensorials condueixen la in· formació al cervell. Totes dues s’originen durant el desenvolupament embrionari a partir de cèl·lules progenitores situades a la vesícula òtica, i a partir d’aquí segueixen diferents instruccions per donar lloc a un tipus cel·lular o un altre. La interpretació d’aquesta informació resulta en l’activació o la repressió de diversos gens importants per al destí final d’aquestes cèl·lules.   La combinació de la microscòpia en 4D —que inclou la magnitud temporal— amb altres eines de processament d’imatge ha

Formation of the inner ear in zebra fish embryos observed in 4D

The sensory organ of the inner ear

permès a l’equip liderat per Cristina Pu· jades de la UPF observar com les cèl·lules progenitores neuronals surten de la vesícu· la òtica, seguint un procés anomenat dela· minació, i formen el gangli neuronal. Els in· vestigadors van veure que l’organització i la

A

study published in eLife by CEXSUPF researchers provides 4D ima· ges of the embryonic development of the inner ear in zebra fish. Hair cells in the inner ear perceive external stimuli and sensory neurons relay this informa· tion to the brain. Both types of cells origi· nate from a pool of “progenitors” located in the otic vesicle. They then follow diffe·

rent sets of instructions to become one cell type or the other. The interpretation of this information results in the activa­ tion or repression of several genes that are important for the cells final fate.   The combination of 4D microscopy, which includes time, with other imaging tools, allowed the team led by Cristina Puja· des to observe how the neuronal progenitor cells depart from the otic vesicle, through a process called delamination, and form the neuronal ganglion. The researchers saw that the organisa­tion and function of the sensory neurones in the ganglion depen· ded on the behaviour of their progenitors during delamination. This link between the site and order of delamination of pro· genitors with their neuronal identity inside the ganglion suggests the existence of a fine spatial and temporal regulation in the em· bryonic development of the inner ear

La contaminació atmosfèrica redueix l’esperança de vida

U

na recerca liderada per ISGlobal i publicada a Environment International posa de manifest que les concentracions de contaminació at· mosfèrica estan associades amb impor· tants reduccions en l’esperança de vida.   Els investigadors van analitzar per pri· mera vegada dades corresponents a la mortalitat, els nivells de contaminació i les zones verdes de tot el territori espanyol entre els anys 2009 i 2013, dividint l’Es· tat espanyol en 2.148 àrees amb almenys 3.500 habitants que comprenien una po· blació total de 44,5 milions de persones. Van trobar que un increment de 5 μg/m3 en la concentració de partícules PM10 —inferiors a 10 μm— resultava en una pèr· dua de gairebé un any de vida. Al seu torn, un augment de 2 μg/m3 en la concentració de partícules PM2.5 —infe­riors a 2,5 μm—

es va relacionar amb una reducció de set mesos de vida. Segons Xavier Basagaña, el qual ha coordinat l’estudi, «fer front a la contaminació atmosfèrica hauria de ser una prioritat de salut pública».   De fet, investigadors d’ISGlobal han par· ticipat recentment en dos estudis més que relacionen alts nivells de contaminants at· mosfèrics amb més hiperactivitat i dèficit d’atenció en adolescents, en un cas, i amb un major risc de desenvolupar asma, en l’altre.

Air pollution reduces life expectancy

A

study led by ISGlobal and publi­ shed in Environment International reveals that airborne polluti· on is linked to significant decreases in life expectancy. The researchers carried out the first ever analysis of mortality, air pollution and vegetation level data (green· ness) in Spain for the period 2009 and 2013.

Autor foto: David Holt

Pau Rubio

They divided the country up into 2,148 areas containing at least 3,500 inhabi· tants, covering the total population of 44.5 mil­lion. They found that a 5 μg/m3 increa· se in PM10 particles (those smaller than 10 μm) was associated with a decrease in life expectancy of almost a year. Similarly, a 2 μg/m3 increase in PM2.5 particles (smaller than 2.5 μm) was associated with a sevenmonth reduction. Xavier Basagaña, who

coordinated the study, concludes that “it is clear that tackling the problem of air pol­ lution should be a public health priority.”   In fact, ISGlobal researchers have re· cently participated in two related studi· es. One of them linked high levels of air pollutants to hyperactivity and attention deficit in adolescents, and the other lin· ked exposure to pollutants to a greater risk of developing asthma


Ciència

www.prbb.org  www.prbb.org | | febrer maig de 2011 2017       

4 6

CIÈNCIA AL DESCOBERT / SCIENCE UNCOVERED

Dades biomèdiques anònimes Montse Torà

S

i darrerament us heu fet alguna prova a l’hospital, potser us han demanat de signar un document de consentiment informat per cedir les vos· tres mostres a la recerca. Què vol dir això? I què implica per a la vostra privacitat?   Per poder trobar solucions als proble· mes de salut, a la recerca biomèdica li ca· len mostres biològiques de pacients i do· nants associades a les seves dades clíni· ques (per exemple, nivells de colesterol o marcadors tumorals en sang), dades d’es· til de vida (alcohol, tabac, dieta), dades genètiques, etc. Però aquesta informació és confidencial, i per això, el pas previ en tot projecte de recerca és l’anonimització de les dades.   L’anonimització consisteix a separar aquestes valuoses dades biomèdiques d’aquelles personals —com ara el nom o l’adreça— que podrien identificar la persona, i que no són rellevants per a la recerca. Això se sol fer atribuint un codi identificatiu a cada donant, que s’utilitza durant tot l’estudi en lloc del seu propi nom. El lligam entre el nom de la persona

i el codi identificatiu es troba en un arxiu independent, fora de l’abast dels investi· gadors que fan la recerca.   Només es podran relacionar les dades anònimes amb el donant en situacions ex· traordinàries, com ara en necessitar més mostres per continuar l’estudi, o en cas de troballes inesperades que requerissin contactar amb el donant; però sempre serà un accés restringit i preservant al mà· xim la confidencialitat.

RESSENYA / REVIEW

Anonymous biomedical data

I

f you have recently had some tests done at hospital, you may have been asked to sign an informed consent document to donate your samples for re· search. What does this mean, and what does it imply for your privacy?   In order to find solutions to health problems, biomedical research requires biological samples from patients and do·

nors associated with their clinical data for example, cholesterol levels or tumour markers - lifestyle data such as alcohol, tobacco or diet and genetic data. But this information is confidential and therefo· re the first step in any research project is making the data anonymous. This means separating the valuable biomedical data from personal data —such as names or addresses— that could identify a person, and that are not relevant to research.   Anonymisation is usually achieved by assigning each donor an identifying code, which is used throughout the study in pla· ce of his or her real name. The link betwe· en the person’s name and the identifica­ tion code is kept in a separate file, beyond the reach of the scientists carrying out the research. The anonymous data is only related back to the donor in extraordi· nary circumstances, such as when more samples are needed to continue with the study or in the case of unexpected fin· dings that require contact with the donor; but access will always be very strictly res· tricted and preserve confidentiality

FOTO CIENTÍFICA / SCIENTIFIC PHOTO

Genes, reyes e impostores Flors neurals nètica, la «genohistòria». Segons l’autor, les grans decisions que van prendre els perso· natges històrics estaven condi­cionades pels seus gens. Per tant, a la interpretació dels di· ferents esdeveniments històrics s’hi podria sumar una nova òptica, la genètica.

Genes, kings and impostors

Jordi Lanuza

E

ls projectes científics del genetista Carles Lalueza-Fox acostumen a es· tar relacionats amb neandertals, com va ser el cas del seu primer llibre, Palabras en el tiempo. Aquest cop, en canvi, LaluezaFox fa un repàs de la història de les monar· quies europees a través de les aventures científiques del seu propi laboratori.   Recentment ha analitzat una carbassa plena de sang de fa més de 200 anys, un cap momificat i fins i tot una cama amb nou potencials propietaris. Normalment, aquesta és la font del problema: un únic tron per a més d’un candidat, als quals a sobre s’han de sumar els impostors. Per sort, les proves genètiques que explica La· lueza-Fox permeten descartar els últims.   La història, en aquest cas la del llibre, està plena d’humor i anècdotes estrambòtiques (per no dir macabres) que fan la lectura molt amena. Tot i això, no s’ha d’oblidar que es tracta d’un llibre de divulgació, ai· xí que a mesura que passen les pàgines és inevitable anar aprenent tant d’història com de genètica. De fet, l’investigador de l’Insti· tut de Biologia Evolutiva, acaba reivindicant una nova visió de la història basada en la ge·

T

he scientific projects of the gene· ticist Carles Lalueza-Fox usually revolve around Neanderthals, like his first book, “Palabras en el tiempo”. But in his new books, Lalueza-Fox looks at the history of European monarchies through the adventures in his own lab.   A two-century-old pumpkin full of blood, a mummified head, and even a leg with nine potential owners have all been analysed recently. The latter is an exam· ple of a common problem: a single throne being disputed by more than one candi· date, in addition to the impostors. Fortu· nately, the genetic testing explained by Lalueza-Fox allows us to dismiss the latter.   The stories explained in the book are full of humour and bizarre (if not macabre) anecdotes, making it a very entertaining read. However, we must not forget that this is a popular science book, so as you leaf through the pages, learning about history and genetics is inevitable.   In fact, Lalueza-Fox, from the Institute of Evolutionary Biology (IBE:CSIC-UPF), shows us a new perspective of history ba· sed on genetics, something he calls “geno· history”. According to the author, important decisions taken by historical figures were affected by their genes, meaning a new ge· netic perspective could be added to the in· terpretation of historical events

A

questa imatge fou obtinguda mit· jançant un microscopi confocal (Leica TCS SP5) per Anna Duarri, investigadora postdoctoral del CMR[B], amb la col·laboració de les responsables de les unitats de Microscòpia Òptica i d’Histologia del mateix centre, Carme Casal i Lola Mulero. S’hi observen rose· tes neurals en cultiu obtingudes a partir de cèl·lules mare pluripotents induïdes (iPSC) humanes. S’identifiquen visual· ment l’expressió dels marcadors de pro· genitors neurals Nestin, que tenyeix el ci· toesquelet cel·lular en verd, i Sox1, un fac· tor de transcripció marcat en vermell, així com els nuclis que es mostren en blau.   Les rosetes neurals (neuroectoderm) són formacions radials de cèl·lules mare neurals, les quals tenen la capacitat d’ori· ginar els tres principals tipus de cèl·lules del sistema nerviós central: neurones, astròcits i oligodendròcits. Actualment, al CMR[B], aquestes cèl·lules progenitores es diferencien a oligodendròcits, les cèl· lules especialitzades en la formació de la mielina en el cervell. Així, són un model cel·lular perfecte per a l’estudi dels meca· nismes patològics que causen l’esclerosi múltiple, en un projecte en col·laboració amb el grup de Xavier Montalbán al VHIR.

Neural flowers

T

his confocal microscope (Leica TCS SP5) image was taken by Anna Duarri, a postdoctoral researcher at the CMR[B], with the collaboration of Carmen Casal and Lola Mulero, who are in charge of the Optical Microscopy and His· tology Units at the same centre. It shows

neural rosettes in culture, obtained from human induced pluripotent stem cells (iPSC). The expression of neural progenitor marker Nestin, which dyes the cell cytoske· leton green, and Sox1, a transcription factor, marked in red, can be visually identified, along with the nuclei, depicted in blue.   The neural rosettes (neuroectoderm) are radial formations of neural stem cells, which have the ability to give rise to the three main types of central nervous system cells: neurones, astrocytes and oligodendrocytes. At the CMR[B] these progenitor cells are currently differenti· ated to oligodendrocytes, stem cells spe· cialised in the formation of myelin in the brain. This is a perfect cellular model for studying the pathological mechanisms that cause multiplesclerosis, a project being undertaken in cooperation with Xavier Montalbán’s group at the VHIR


7 7 

Diversitat

    febrer febrerdede2011  2017 |  | www.prbb.org www.prbb.org      

DEBAT ACTUAL / CURRENT-AFFAIRS DEBATE

RETRAT / PORTRAIT

Llibretes electròniques o de paper? Les llibretes electròniques de laboratori (ELN, per les sigles angleses) s’estan convertint en una alternativa als tradicionals quaderns de paper (PLN) que els investigadors utilitzen per documentar tots els detalls dels seus experiments. D’acord amb el Codi de Bones Pràctiques Científiques del PRBB, el Parc distribueix al voltant de 300 PLN cada any de forma gratuïta als científics dels centres i manté un registre de totes les llibretes (4.000 des de 2003). Aquestes tenen les pàgines enquadernades i numerades, i es mantenen en propietat dels centres durant almenys 10 anys. El CRG va publicar recentment un estudi pilot en el qual 28 científics van utilitzar sistemes ELN durant tres mesos. Els resultats, publicats a PLOS ONE, van ser positius, i ara s’està expandint aquesta pràctica a tot el centre. Però biòlegs moleculars, bioinformàtics, epidemiòlegs i metges tenen necessitats molt diferents quant a la gestió de dades. Serviran les llibretes electròniques per a tots ells? El·lipse ha demanat l’opinió de científics de diferents camps al PRBB.

Electronic versus paper laboratory notebooks Researchers are beginning to use electronic laboratory notebooks (ELNs) as an alternative to paper lab notebooks (PLNs) for documenting all the details of their experiments. In accordance with the PRBB’s Code of Good Scientific Practice, the park distributes about 300 free PLNs every year to scientists at the centres and keeps a registry of all the books (4,000 since 2003). These are bound, numbered, are the property of the centres, and are kept for up to 10 years. The CRG recently ran a pilot study where 28 scientists used ELN systems for a 3-month period. The results, published in PLOS ONE, were positive, and they are now extending this practice. But computational scientists, molecular biologists, epidemiologists and medical doctors have very different data management needs. Would ELNs work for everyone? El·lipse has asked scientists from different fields at the PRBB.

Clara Pérez (Unitat d’assaigs clínics, IMIM) «A la Unitat de Recerca Clínica utilitzem un qua· dern de recollida de dades (QRD) en pa· per on es copien a mà les dades clíniques dels documents font (història clínica, electrocardiograma, analítica), i després es transcriuen a les bases de dades. El QRD electrònic (QRDe) l’hem utilitzat en comptades ocasions, en estudis finançats per empreses farmacèutiques: estalvien temps, no requereixen la transcripció de dades i detecten discrepàncies en les da· des introduïdes. Cal, però, que sigui senzill d’utilitzar i que asseguri la confidencialitat de les dades i la traçabilitat dels canvis. Crec que els QRDe són el futur i s’haurien d’implementar en tots els assaigs clínics d’investigació independent; el problema és el cost del seu disseny, que ha de ser específic per a cada estudi, i la formació del personal per utilitzar-lo. Això s’hauria de contemplar ja a l’hora de sol·licitar els ajuts.» “At the Clinical Research Unit we use a Data Collection Notebook (QRD in Catalan) where we handwrite the clinical data from the source documents (medical history, electrocardiogram, blood test), and later transcribe this to a database. We have only rarely used an electronic version of these notebooks (QRDe), in studies funded by pharmaceutical companies: they do indeed save time, they don’t require the transcription of data, and discrepancies in the data are immediately detected. They do need to be simple to use and ensure data confidentiality as well as traceability of changes. I think electronic notebooks are the future and should be implemented in all clinical trials of independent research; the problems are the cost of their design, which must be specific for each study, and the staff training involved. Their use should, therefore, already be contemplated at the grant application stage.”

Marta Benet (Estadística, ISGlobal) «Jo utilitzo una llibreta de paper i documents digi· tals com Google Docs per apuntar les tasques que he de fer i les taules que he de preparar, i les anàlisis de dades les duc a terme amb un programa estadístic que té un editor on vaig guardant tot el que faig amb comentaris i hi escric qualsevol canvi que realitzo. Per a mi, el sistema per· fecte hauria de permetre un registre auto· màtic de les dates en què es realitzen els di· ferents processos (descripció, edició, correc· ció, anàlisi), disposar de colors diferents per als diversos usuaris que comentin, i poder posar-hi imatges, per exemple de correus electrònics o d’articles necessaris per enten· dre el què s’ha fet. Les llibretes electròniques presenten alguns avantatges, però crec que, com passa amb els llibres, no substituiran del tot les de paper; són complementàries.» “I use a paper notebook and digital docu· ments like Google Docs, to keep track of the tasks I need to do the tables I need to prepa· re. For the analysis I do, with large amounts of data, I use a statistical program with an editor where I record everything I do, and in particular any changes to the data, with comments. For me, the perfect system would allow the automatic registry of the date when each process was complete (des· cription, editing, correction, analysis), utili· sing different colours for the various users commenting; and including images, for example email screenshots, or parts of arti· cles necessary to understand what has been done. Electronic notebooks certainly have some advantages, but I think that, as is hap· pening with books, they won’t completely replace paper; they are complementary.”

Jana Selent (Biologia computacional, GRIB: IMIM-UPF) «En biologia computacio· nal, una llibreta electrònica

hauria de ser una solució natural per al regis· tre d’experiments, ja que totes les dades que utilitzem s’emmagatzemen en dispositius electrònics per defecte i són etiquetades amb una marca de temps. No obstant això, sovint es pensa que en bioinformàtica no cal pren· dre notes del que fas, i hi ha pocs laboratoris computacionals amb polítiques específiques sobre com fer aquest registre. Perquè una lli· breta electrònica sigui atractiva en el nostre camp, s’ha de poder adaptar a diferents ruti· nes de treball que varien d’acord amb el tipus de tasques que cal realitzar. Una necessitat co· muna és tenir una forma fàcil de crear, orga· nitzar i gestionar enllaços actius a directoris de projectes, bases de dades i protocols, així com poder afegir-hi captures de pantalla o gràfics amb resultats. A més, cal implementar una plataforma per a l’intercanvi segur d’arxius.» “In computational biology, an ELN should be a natural solution for daily record-keeping, as all data are stored on electronic devices by de· fault and tagged with a time stamp. Still, it is often thought that taking notes is only useful in experimental labs, and frequently no poli· cies for daily record-keeping exist for compu· tational groups. To make ELNs attractive in our field, they must adapt to different working routines that vary with the types of tasks to be done. A common need is an easy way of crea­ ting, organising and handling active links to project directories, protocols and datasets, as well as pasting result plots and screenshots. Also, special attention should be paid to im· plementing a platform for secure file sharing.”

Santiago Guerrero (Postodc, CRG) «Al meu entendre, les lli· bretes electròniques (ELN) són adequades per a totes les disciplines científiques i reemplaçaran inevitablement les de paper. No obstant això, depenent de les necessitats institucionals, cal analitzar les característi· ques de l’ELN abans de la seva aplicació, com ho vam fer en l’estudi al CRG. Per exemple, les institucions mèdiques han d’avaluar primer si l’ELN estableix l’estàndard necessari per a la protecció de dades dels pacients, mentre que els centres d’investigació bàsica poden no requerir això. En bioinformàtica, hi ha la idea errònia que una ELN només és útil per als laboratoris experimentals. Però els biòlegs computacionals també haurien d’utilitzar un quadern detallat com a eina d’organització, per documentar les idees —per tal de tenir un registre legal de la propietat— o per ajudar en l’intercanvi segur de dades, com s’explica molt bé en un article de Santiago Schnell a PLOS.» “In my opinion, ELNs are suited to all scien· tific disciplines and will inevitably replace PLNs. However, depending on the institu­ tional needs, the features of ELNs should be analysed before they are implemented, as we did in the study at the CRG. For exam· ple, medical institutions must first evaluate if the ELN achieves the necessary standards for patient data, while basic research centres may not require this. In bioinformatics, there is a misconception that ELNs are only useful for wet labs. But computational biologists should also keep a detailed notebook as an organisational tool, for documenting ideas in order to have a legal record of ownership, or help secure data sharing, as discussed in a PLOS paper by Santiago Schnell.”

Annick Labeeuw Brussel·les, 1973 Citizen Science Facilitator, CRG Què és el que més t’agrada de la teva feina? Els reptes: la ciència ciutadana és un nou format; una nova eina per augmentar la participació del públic (els ciutadans). Hi ha molt pocs projectes de ciència ciutadana que no siguin del camp «mediambiental». Un exemple és el projecte on faig de facilitadora, «Saca la lengua», que estudia el microbioma oral: ara comencem la segona edició! Quin és el menjar que més t’agrada? Les patates fregides belgues i la xocolata belga (heu endevinat la meva nacionalitat?) En quin moment del dia se t’acudeixen les idees? Darrerament el meu cervell només em dóna idees un cop al dia, durant la dutxa matinal! Què et faria absolutament feliç? Un món on la gent pensi en clau de solucions, no de problemes. Un lloc per viure? On viuré en un futur proper: una caseta a la muntanya a Santa Bàrbara, Califòrnia (EUA)! What do you like most about your work? The challenges: citizen science is a new format, a new tool to increase Public Engagement Participation. The study I try to facilitate, Saca la lengua, is one of the very few citizen science projects that exist outside the environmental field; it is aimed at the oral microbiome. We are just starting the second edition! What kind of food do you like? Belgian fries and Belgian chocolate (Have you guessed my nationality?) What time of day do you have your best ideas? Lately, my brain only seems to produce ideas once a day, during my morning shower! What would make you absolutely happy? A world where people think in terms of solutions, not in terms of problems. A place to live? Where I will be living in the near future, in Santa Barbara (CA), in a cottage in the mountains!


Edifici

www.prbb.org  |  febrer de 2017       

NOTÍCIA GENERAL / GENERAL NEWS

NOTÍCIES BREUS / BRIEF NEWS

Nou aparcament de bicicletes al PRBB

ZeClinics rep una subvenció d’1,87 milions d’euros de la Comissió Europea. Aquesta spin-off de la UPF basada al PRBB va ser guardonada amb l’SME Instrument Phase 2, la concessió més im· portant per a petites i mitjanes empreses a Europa, que promou projectes innova· dors per transformar-los en solucions co· mercials d’alt impacte social i econòmic.

Reimund Fickert

E

l 10 de gener passat es va habilitar un nou aparcament de bicicletes dins el recinte del PRBB, a la con· fluència entre els carrers Trelawny i Doctor Aiguader. Aquesta instal·lació s’ha realitzat després d’analitzar, en col·laboració amb el Comitè de Bicicletes del PRBB, els resultats de l’Enquesta de Mobilitat realitzada al ju· liol de 2016, que va mostrar que un 44,5% dels residents del parc utilitzen la bicicle· ta per anar a la feina. En aquest comitè hi participen residents de tots els centres i es va crear amb l’objectiu de millorar la situa· ció d’aparcament de bicicletes al Parc.   El nou aparcament té capacitat per a 130 bicicletes i en funció de la intensitat

de l’ús que se’n faci es podrien instal·lar nous ancoratges en un termini proper. Per accedir-hi cal utilitzar la rampa del carrer Doctor Aiguader, cedint sempre el pas als vianants. No es pot circular per altres espais del recinte, com la plaça o els laterals. Tro· bareu més informació a la Guia de Bicicle· tes per als Residents del PRBB.

New bike park at the PRBB

A

new bicycle parking area for resi· dents was installed on PRBB pre· mises on January 10th at the corner of Doctor Aiguader and Trelawny streets.   This measure has been implemented after analysing, in collaboration with the PRBB Bicycle Committee, the results of the Mobility Survey from July 2016, in which 44.5% of PRBB residents stated they used their bicycle to come to work. The Bicycle Committee includes representatives from all centres and was created to improve the bicycle parking situation at the PRBB.   The new bike park has room for 130 bicycles and, depending on the intensity of use, more stands will be installed. Ac· cess to the bicycle parking zone is up the ramp in Doctor Aiguader Street, always giving way to pedestrians. Bikes cannot be ridden in other areas of the PRBB premi· ses, like the inner square of the building or the lateral areas. For more informa· tion, please consult the Bicycle Guide for PRBB Residents

Direcció: Jordi Camí, Reimund Fickert i Elvira López Assessor: Manuel Lamas Editora: Maruxa Martínez-Campos Ajudant de redacció i edició: Mari Carmen Cebrián Comitè editorial: Rosa Manaut (IMIM) Carolina Pozo (UPF) Glòria Lligadas (CRG) Mireia Nel·lo (CMRB) Marta Solano (ISGlobal) Jordi Lanuza (IBE) Mònica Rodríguez (PRBB) Centres: Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM) Departament de Ciències Experimentals i de la Salut de la Universitat Pompeu Fabra (CEXS-UPF) Centre de Regulació Genòmica (CRG) Centre de Medicina Regenerativa de Barcelona (CMRB) Institut de Salut Global de Barcelona (ISGlobal) Institut de Biologia Evolutiva (CSIC-UPF) Adreça: Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB) c/ Dr. Aiguader, 88 • E-08003 Barcelona E-mail: comunicacio@prbb.org Web: www.prbb.org Maquetació i impressió: www.cegeglobal.com Imprès en paper reciclat Dipòsit legal: B. 23.796-2009

AGENDA Reptes ètics de la recerca clínica en Alzheimer

14 de febrer. Acte de celebració de la nova etapa d’ISGlobal al Palau Macaya a les 17 h amb Andrew Haines. More info: www.isglobal.org/events 21 de febrer, 21 de març i 25 d’abril. “Peer mentoring scheme – postdoc edition”, an Intervals course with Louise Schubert. Only for PRBB residents. More info: intervals.prbb.org 22 de febrer. «Avancem amb tu i per tu», cafè científic sobre addiccions organitzat pel DCEXS-UPF. A les 18 h a la sala Marie Curie. 28 de febrer. Cafè científic «Immunoteràpia: la gran esperança contra el càncer», organitzat per l’IMIM. A la Biblioteca Xavier Benguerel a les 19 h. Més info: www.imim.cat/mar_de_ ciencia/index.html 1 i 3 de març. “Cross-cultural working: understanding diversity for enhanced performance”, an Intervals course with Alicia Marin. Only for PRBB residents. More info: intervals.prbb.org 7 i 8 de març. B-Debate Artificial Intelligence: Dreams, Risks and Reality. In CosmoCaixa. More info: www.bdebate. org/en/forum/artificial-intelligencenext-step-evolution Per a més informació, aneu a www.prbb.org For more information please go to www.prbb.org

ZeClinics receives a 1.87M euro grant from the European Commission. This spin-off of the UPF based at the PRBB has been awarded SME Instrument Phase 2 funding, the most important for small and medium-sized enterprises in Europe to promote innovative projects and trans· form them into commercial solutions with a high level of social and economic impact. Jordi Camí, Premi d’Excel·lència Professional del Col·legi de Metges de Barcelona. El director de la FPM i del PRBB ha estat un dels 51 metges guardonats amb aquest reconeixement a una trajectòria exemplar i a l’enaltiment dels valors del professionalisme mèdic. L’especialista en pneumologia de l’Hospital del Mar Víctor Curull també ha rebut aquest premi. Jordi Camí receives the Professional Excellence Award from the Barcelona Medical Association. The director of both the Pasqual Maragall Foundation and PRBB is one of the 51 doctors being honoured for their exemplary practice and their medi· cal professionalism values. The specialist in respiratory medicine at the Hospital del Mar, Victor Curull, also received this award. Toni Gabaldón, guardonat amb una ERC Consolidator Grant. El líder del grup de

8

Genòmica Comparativa i professor d’in· vestigació ICREA al CRG ha rebut aquesta beca per al projecte RETVOLUTION, l’ob· jectiu del qual és millorar la comprensió dels processos reticulars com a motors de l’evolució del genoma eucariota. El finançament per al projecte de cinc anys ascendeix a gairebé dos milions d’euros. Toni Gabaldón awarded an ERC Consolidator Grant. The Comparative Genomics group leader and ICREA research profes· sor at the CRG, has received this grant for his project RETVOLUTION, which aims to improve our understanding of reticular processes as drivers of eukaryotic geno· me evolution. The funding for the 5-year project amounts to nearly 2 million euros. Tres investigadors del PRBB formen part del Consell Consultiu de Diplocat. Roderic Guigó (CRG), l’investigador ICREA Tomàs Marquès-Bonet (IBE:CSIC-UPF), i Anna Veiga, directora del Banc de Línies Cel·lulars (CMRB), assessoraran al Consell de Diplo· màcia Pública de Catalunya (Diplocat) du· rant quatre anys. Els 39 integrants del nou Consell són de reconegut prestigi interna­ cional en els àmbits de l’economia, la po· lítica, la recerca, la cultura, entre d’altres. Three PRBB researchers on the Diplocat Advisory Board. Roderic Guigó (CRG), Tomàs Marquès-Bonet, ICREA professor and researcher at IBE (CSIC-UPF), and Anna Veiga, director of the Stem Cell Bank at the CMRB, will be advisors for the Public Diplomacy Council of Catalonia (Diplocat) for four years. The 39 members of the new Advisory Board are of recognised interna­ tional prestige in the fields of economy, politics, research, culture and others

LA FOTO DEL MES / PHOTO OF THE MONTH Envieu les vostres fotos relacionades amb el PRBB a / Send your pictures related to the PRBB to: comunicacio@prbb.org

Foto de Esther Aparicio (CRG) / Photo by Esther Aparicio (CRG)

Si voleu rebre una versió digital d’aquest diari, registreu-vos a www.prbb.org/ca/divulgacio. If you would like to receive a digital copy of this newspaper, please register at www.prbb.org/divulgacio


El lipse 101: "The PRBB family keeps growing"