Page 1

Parc Recerca Biomèdica Barcelona ConNectem ciència i diversitat en un espai creatiu únic

Editorial

Juliol-agost de 2014  NÚM. 76  www.prbb.org  GRATUÏT

LA FAM NO FA VACANCES / HUNGER DOES NOT TAKE HOLIDAYS

Opening the doors

Obrint les portes

Q

uan l’any 2008 un grup de joves investigadors va impulsar les prime­ res Jornades de Portes Obertes —o l’Open Day del PRBB, com l’anomenem internament— ningú no pensava en l’èxit a llarg termini de la iniciativa. Amb més voluntat que expe­ riència i amb molta il·lusió, els 103 voluntaris d’aquella primera edició van demos­ trar que obrir les portes és un exercici saludable i necessari i, principalment, tot un encert.   Des de llavors la Jornada de Portes Obertes s’ha fet gran i cada any tot sembla més fàcil. No en va s’ha doblat amb es­ creix el nombre de voluntaris, que van arribar a ser 226 l’any passat. Decididament, és la gran festa conjunta anual en la qual tots ens sentim orgu­ llosos de treballar als nostres centres i de formar part d’una comunitat viva, diversa i acti­ va. El 4 d’octubre celebrarem la sisena edició convençuts, ara sí, que serà un èxit, que el públic tornarà a omplir la ca­ sa com cada any i que els re­ sidents del PRBB treballarem plegats, un cop més, per mos­ trar el que fem i el que som. Elvira López

© Toni Villén (PRBB)

W

hen in 2008 a group of young research­ ers launched the first PRBB Open Day, no­ body was thinking about the long term success of the initiative. With more willing­ ness than experience and a huge amount of enthusiasm, that first year’s 103 volunteers showed that opening our doors to the world is a neces­ sary and healthy exercise, and above all, totally worth it.   Since that time, the Open Day has grown up quite a bit and every year it seems easier. Not surprisingly, the number of volunteers has doubled, reaching 226 last year. It is a great annual festival where we all feel proud to work in our respective centres and to be part of such a lively, di­ verse and active community. On October 4 we will be ce­ lebrating the 6th edition, al­ ready convinced that it will be a roaring success, that the public will once again fill our halls, and that the PRBB resi­ dents will work together to demonstrate who we are and what we do. Elvira López

Setmana Solidària al PRBB Maruxa Martínez-Campos

D

el 10 al 13 de juny els resi­ dents del PRBB van mos­ trar, un cop més, la seva cara més solidària. Durant tota la setmana es van recollir aliments a la recepció principal i el primer dia es va fer una de les jornades de donació de sang que ja són habituals al Parc. Dijous prop de 80 residents van sortir a córrer o caminar fins a l’Hotel W amb la seva samarreta solidària, que es podia aconseguir aportant un mínim de cinc euros. La Setmana Solidària es va cloure divendres al matí amb un esmorzar solidari a la plaça interior organitzat pels Incubakers del CRG, un grup de residents que promou mensu­

alment esmorzars solidaris a la terrassa de la cinquena planta, en benefici de diverses ONG. L’esmorzar va comptar amb el patrocini de l’empresa de restau­ ració Clece, que va subministrar gratuïtament llet i cafè, i amb una gran varietat de pastissos apor­ tats per residents del PRBB.   En total, es van recollir uns 1.200 euros, entre la cursa i la venda d’esmorzars, i quatre cai­ xes grans d’aliments. Tot va ser destinat íntegrament a la cam­ panya del Banc dels Aliments «La fam no fa vacances», que té com a objectiu afrontar els me­ sos d’estiu amb prou menjar per cobrir les necessitats de persones en situació de pobresa. L’enti­ tat que el Banc dels Aliments va assignar com a destinatària dels

donatius del Parc és la Fundació Roure.

Charity week at the PRBB

F

rom 10 to 13 June the PRBB residents once again showed their charitable sides. Throughout the week there was a food collection at the main reception and Monday saw one of the typical blood drives that take place here at the park. On Thursday, about 80 residents came out to run or walk to the Hotel W sporting their charity t-shirts, which could be obtained by giving at least five Euros. The week ended on Friday morning with a charity breakfast in the inner square organised by the CRG’s Incubakers, a group of

residents who organise a month­ ly charity breakfast on the 5th floor terrace on behalf of several NGOs. The breakfast was spon­ sored by the catering company CLECE, which provided free milk and coffee, and there was a huge variety of cakes provided by PRBB residents.   In total about 1,200 Euros was raised between the race and the breakfast, as well as four large boxes of food. Everything went to the food bank campaign “Hun­ ger does not take holidays” that aims to provide enough food for people in situations of po­ verty throughout the summer months. The food bank assigned the park’s donations to the Roure Foundation organisation

DESTACAT / HIGHLIGHT Inaugurat l’edifici docent del Campus Mar Després de prop de sis anys en obres, la rehabilitació de l’edifici del Campus Universitari Mar situat al número 80 del carrer Dr. Aiguader, en el qual conviuen la Facultat de Ciències de la Salut i de la Vida (UPF), la Facultat de Medicina (UAB) i l’Escola Supe­ rior d’Infermeria del Mar (ESIM) —vinculada al Parc de Salut Mar i adscrita a la UPF—, ja està en­ llestida.   El 10 de juny va tenir lloc l’acte d’inauguració de l’edifici, en el qual es va recalcar la cooperació

entre institucions que implica el Campus Universitari Mar. Amb un total de 12.494 m2, l’edifici cons­ta de soterrani, planta baixa i tres plantes, així com d’una planta d’instal·lacions i maquinària. Les aules, la cafeteria i la biblioteca són d’ús compartit per als quasi 1.500 estudiants de les tres institu­ cions, mentre que cada institució té els seus espais administratius.   En la darrera fase s’hi han instal·lat els vestuaris, el servei de reprografia i la recepció. També s’ha reformat la sala Josep Marull del Parc de Salut Mar i s’ha obert l’accés entre l’Hospital del Mar i les instal·lacions docents.

Campus Mar teaching building inaugurated After almost six years of work, the restoration of the Campus Universitari Mar building is com­ plete. Located at Dr. Aiguader 80, it houses the Faculty of Health and Life Sciences of the UPF, the Me­ dicine Faculty of the UAB, and the Escola Superior d’Infermeria del Mar (ESIM) nursing school, which is linked to the Parc de Salut Mar and attached to the UPF.   The inauguration ceremony was held on June 10, and empha­ sis was placed on the cooperation between the institutions involved

in the Campus Universitari Mar. With a total of 12,494 m 2, the building has a basement, ground floor and three upper floors, as well as a floor full of facilities and equipment. The classroom, cafe and library are shared between almost 1,500 students from the three institutes, each of which has its own administrative spaces.   The final phase of the reno­ vation saw the creation of the changing rooms, photocopying service and reception. The Josep Marull conference hall in the Parc de Salut Mar has also been reno­ vated, and there is now access be­ tween the Hospital del Mar and the tea­ching facilities


Ciència

www.prbb.org  |  juliol-agost de 2014       

2

PERFIL DE GRUP / GROUP PROFILE

GUILLAUME FILION – grup de recerca d’arquitectura genòmica (CRG)

You can hear Filion talking about his research in this short video

«El genoma no és democràtic»

tes the start of gene expression. But this leads to new questions: why is that specific histone modified, and not another one?   “We have advanced a lot in the enginee­ ring side, for example in the creation of in­ duced pluripotent stem (iPS) cells, which are incredibly useful, but we don’t know how we are making them”, says the head of the group. “If we could actually understand the process, if we could tell a cell to express or inhibit a specific gene, then all diseases would be solved”, he reasons.

Maruxa Martínez-Campos

G

uillaume Filion va començar el seu grup fa dos anys i mig, quan es va traslladar al CRG des d’Amsterdam. Després d’un doctorat en un laboratori ex­ perimental i un postdoctorat en biologia computacional, va establir el seu laboratori com una equilibrada combinació d’ambdós camps per tal d’estudiar els principis uni­ versals que intervenen en la regulació del genoma. «Odio la cromatina: és un camp tan confús!», diu ell mateix. Aquesta àrea ha prosperat molt en els últims anys. Abans del 2000, es creia que la regulació dels gens no­ més depenia d’un tipus de proteïnes d’unió a l’ADN anomenades factors de transcripció («TF» en anglès). Llavors, va sorgir la «hipò­ tesi del codi d’histones», que suggeria que les histones —un tipus de proteïnes que ajuden a empaquetar l’ADN— hi juguen un paper crític. «Però 15 anys més tard és de­ cebedor veure que no s’ha aconseguit cap gran progrés en termes d’impacte en la sa­ lut», es queixa l’investigador. Regulació gènica, un trencaclosques molt complex   Això és degut, probablement, a la confu­ sió a la qual el científic francès es refereix. Encara que se sap que els TF reconeixen un motiu específic d’ADN i s’hi uneixen, el 70-80% dels motius no estan units a cap TF i alguns TF s’uneixen a ADN on no hi ha cap motiu. No és clar per què això és així, però les histones són part de la resposta: un TF s’unirà al seu motiu si troba una histona modificada d’una manera particular que faciliti l’inici de l’expressió gènica. Però això obre noves preguntes: què fa que aquesta histona, i no una altra, sigui modificada?   «Hem avançat molt en enginyeria, per exemple en la creació de cèl·lules mare plu­ ripotents induïdes (iPS), que són increïble­ ment útils, però no sabem com ho fem!», diu el cap del grup. «Si poguéssim entendre realment el procés, si poguéssim dir a una cèl·lula que expressi o inhibeixi un gen es­ pecífic, totes les malalties es resoldrien», raona. Per exemple, podríem dir a una cèl· lula d’un pacient d’Alzheimer que aturi la producció de proteïnes amiloides. La posició importa   Un dels misteris de la regulació de gens en què el laboratori se centra és el fenomen

Location matters Els vuit membres del laboratori: quatre investigadors experimentals, tres computationals i Filion The eight members of the group: four experimental researchers, three computational and Filion

anomenat «position effect variegation» o PEV. Es refereix al fet que l’expressió d’un gen pot variar depenent d’on es trobi situat en el genoma: en algunes posicions s’ex­ pressa el gen, però en d’altres es silencia. El grup està treballant per trobar una explica­ ció usant una tècnica desenvolupada per Filion anomenada TRIP (sigles angleses per indicar «milers de marcadors en paral·lel»), que mimetitza la PEV a gran escala. El grup ha inserit deu gens en milers de llocs a l’atzar en l’ADN de diferents cèl·lules. Alguns gens s’expressen sense importar on estan inse­ rits, mentre que d’altres són molt sensibles al context. «El genoma no és democràtic», conclou l’investigador. Ara intenta entendre quina part del context podria estar jugant un paper en el control de l’expressió: les seqüèn­ cies veïnes, les modificacions de les histones o, fins i tot, l’estructura 3D del genoma. Projectes paral·lels   Amb l’ús de TRIP el laboratori estudia altres preguntes relacionades amb la PEV. Per exemple, en col·laboració amb Andreas Meyerhans de la UPF, han integrat una se­ qüència del virus de la sida, el VIH, en dife­ rents llocs del genoma per comprovar si es veu afectat pel context en el qual s’integra. També utilitza TRIP per estudiar la repara­ ció de l’ADN, ja que se sap que una ruptura de la cadena d’ADN pot ser reparada de for­ ma diferent depenent del context genòmic en el qual es produeix.   La PEV és un fenomen important i estès. Prop del 80% dels gens que s’integren en cèl·lules de mamífer no s’expressen. «La majoria de la gent simplement ho veu com una molèstia i troba la manera d’evitar el

problema, per exemple, integrant el gen en un altre lloc on no es produeixi PEV», diu el científic. «Però jo vull entendre per què pas­ sa, saber què llegeix la cèl·lula», conclou. “The genome is not a democracy”

G

uillaume Filion became a group lea­ der two and a half years ago, when he moved to the CRG from Amsterdam. After a PhD in an experimental laboratory and a postdoc in computational biology, he set up his lab as a balanced combina­ tion of both in order to study the universal principles involved in genome regulation. “I hate chromatin: it’s so confusing”, he says of his own field. In fact, this area has come a long way in recent years. Before 2000, it was thought that the regulation of genes depended only on a type of DNA-binding proteins called transcription factors (TFs). Then the “histone code hypothesis” came to light, which suggested that histones —a type of proteins that help to package the DNA— played a critical role. “But 15 years later, it is disappointing to see not much progress has been achieved in terms of impact on health”, complains the researcher. Gene regulation, a very complex puzzle   The complexity is probably the cause of the confusion the French scientist is referring to. Although TFs are known to recognise a specific DNA motif and bind to it, 70-80% of the motifs are not bound by TFs, and some TFs bind to DNA without a motif. Why this is so is still not clear, but histones are part of the answer. A TF will bind its motif if it finds a particularly modified histone which facilita­

  One of the mysteries of gene regulation that the lab focuses on is the phenome­ non of “position effect variegation” or PEV. This refers to the fact that gene expression may vary depending on where in the cell the gene is located: in some positions it is expressed, but in others it is silenced. The reason for this is still not known today, but the group is working on an answer using a technique developed by Filion while he was in Amsterdam, called TRIP (thousands of reporters in parallel), which mimics PEV at high throughput. The group inserted 10 ge­ nes into thousands of random locations in different cells. Some genes were expressed no matter where they were inserted, while others were very sensitive to context. “The genome is not a democracy”, concludes the researcher. Now they are trying to unders­ tand what part of the context plays a role: neighbouring sequences, histone modifi­ cations or even the 3D genome structure. Side projects   Using TRIP the laboratory is studying other related questions. For example, in collaboration with Andreas Meyerhans from the UPF, they are integrating an HIV sequence into different locations to see whether the virus is affected by the genome context of its location. They are also using TRIP to study DNA repair, since it is known that a DNA strand break can be repaired dif­ ferently depending on its genomic context.   Position effect variegation is indeed an im­ portant and extensive phenomenon. About 80% of the genes integrated into mammalian cells are not expressed. “Most people just see it as a nuisance and find their way around it, for example they put the gene some­where else, where PEV doesn’t occur”, says the scientist. “But I want to understand why it happens, to know what the cell reads”

NOTÍCIA CIENTÍFICA / SCIENTIFIC NEWS

Nous marcadors per estudiar l’evolució dels mamífers Núria Pérez

D

isposar de marcadors de seqüència múltiples —trams d’ADN que són comuns en diferents espècies—és essencial per estudiar les seves relacions genealògiques entre espècies relaciona­ des. En un nou estudi publicat a PLoS ONE, el laboratori de José Castresana a l’IBE ha identificat uns 200 marcadors aptes per a

la seva amplificació en els rosegadors. És el primer estudi sistemàtic per detectar mar­ cadors informatius per a espècies de rose­ gadors, que representen gairebé la meitat de la diversitat dels mamífers.   Els investigadors han utilitzat la bioin­ formàtica per detectar els marcadors a bases de dades genòmiques. Després han provat experimentalment deu dels marca­ dors i han confirmat la seva facilitat d’ús en 11 espècies de rosegadors.

New markers to study the evolution of mammals

M

ultiple sequence markers —stret­ ches of DNA that are common in different species— are essenti­ al for studying closely related species and their genealogical relationships. In a new study published in PLOS ONE, the IBE labo­ ratory led by José Castresana has identified

around 200 markers suitable for studying evolution in rodents. This was the first syste­ matic study carried out to detect informa­ tive markers for rodents, which represent nearly half of the mammalian diversity.   The researchers used a bioinformatics approach to detect the markers in genomic databases, and then experimentally tested ten, confirming how easy they were to use in 11 rodent species


7 3

Ciència

     febrer   juliol-agost de 2011  de | 2014  www.prbb.org |  www.prbb.org      

NOTÍCIES CIENTÍFIQUES / SCIENTIFIC NEWS

Núria Pérez

L

es cèl·lules ciliades de l’orella inter­ na, indispensables per a l’audició, s’organitzen en un patró de dues di­ mensions en forma de reixeta en la qual s’alternen amb altres tipus de cèl·lules anomenades de suport. Ara, un article publicat a la revista Development ha posat de manifest com la interacció entre dos gens, Atoh1 i Notch, determina el destí de les cèl·lules ciliades i la seva precisa orga­ nització espacial. El treball ha estat fruit de la col·laboració de biòlegs del labora­ tori de Fernando Giráldez al CEXS-UPF i físics del grup de Marta Ibañes Miguez, de la Facultat de Física de la UB.   Emprant mètodes experimentals i computacionals, els autors han demostrat que l’organització de les cèl·lules ciliades generada pel gen Atoh1 és extraordinàri­

ament robusta i que depèn de l’autoacti­ vació d’Atoh1. L’article també dóna pistes sobre el fenomen d’inhibició lateral, pel qual les cèl·lules que esdevenen ciliades eviten que les del seu entorn s’hi trans­ formin, la qual cosa dóna lloc al patró alternat de cèl·lules ciliades i cèl·lules de suport. Estudis anteriors havien evi­ denciat que aquesta inhibició lateral està promoguda per la proteïna Notch. El nou treball mostra que la interacció entre dos lligands de Notch, concretament Delta1 i Jag1, es tradueix en un reforç comple­ mentari de l’estructura espacial en qua­ drícula. New clues to inner ear organisation

T

he inner ear’s ciliated cells, or hair cells, indispensable for hearing, are arranged in a two-dimensio­ nal pattern in a mesh-like arrangement

where they alternate with the so-called supporting cells. Now, an article publi­ shed in the journal Development reveals how the interaction between two genes, Atoh1 and Notch, determines the fate of the hair cells as well as their precise spatial organisation. The work is the re­ sult of collaboration between biologists from Fernando Giráldez’s laboratory at the CEXS-UPF and physicists from Marta Ibañes Miguez’s group in the physics fa­ culty at the UB.   Using experimental and computational methods, the authors have demonstrated that the hair cell organisation generated by the Atoh1 gene is extraordinarily ro­ bust and that it depends on the autoacti­ vation of Atoh1. The article also provides clues to the lateral inhibition phenome­ non, by which cells that become ciliated prevent their neighbours from becoming ciliated too, giving rise to the alternating

Imatge de laboratori de biologia del desenvolupament (CEXS-UPF)

Noves pistes sobre l’organització de l’orella interna

Secció de l’oïda interna d’un pollastre Section of a chicken inner ear

pattern of ciliated and supporting cells. Previous studies demonstrated that this lateral inhibition is promoted by the Notch protein. The new work shows that the interaction between two Notch li­ gands, Delta1 and Jag1, additionally rein­ forces the grid’s spatial structure

Disminució de la mortalitat maternoinfantil al món 2013, en comparació amb 1990; i l’aug­ ment d’ingressos per capita va salvar més de 900.000 vides de nens. «Les polí­ tiques que redueixen l’anèmia i la desnu­ trició, prevenen la malària durant l’em­ baràs, proporcionen calci i suplements i fomenten l’assistència qualificada en el part conduiran a una millora encara més gran de la salut infantil i materna», asse­ nyalen els investigadors.

Gisela Sanmartín / Raül Toran

L

’esforç internacional per fer front a la mortalitat maternoinfantil està donant els seus fruits, d’acord amb dos estudis publicats a The Lancet, que han comptat amb la participació d’inves­ tigadors del CREAL.   Tot i que el 2013 encara morien 6,3 milions de nens menors de cinc anys i 293.000 dones per causes relacionades amb l’embaràs, els estudis indiquen que la taxa de mortalitat infantil es va reduir un 48% a nivell global, i de manera espe­ cial al sud i el sud-est d’Àsia, entre 1990 i 2013. Les morts maternes també es van reduir en el mateix període.   Hi ha diversos factors clau en aquesta reducció de la mortalitat, entre els quals hi ha l’educació, les innovacions mèdi­ ques i de salut pública, i l’augment dels ingressos. Per cada any addicional que

Global maternal and infant mortality decreases

I les mares completaven a l’escola, la taxa de mortalitat infantil es reduïa més d’un 8%. Els nous medicaments, les vacunes i altres innovacions de salut van evi­ tar uns 4,2 milions de morts infantils el

nternational efforts against maternal and infant mortality are bearing fruit, according to two articles published in The Lancet involving researchers from the CREAL.   Although 2013 still saw the deaths of 6.3 million under fives, and 293,000 women died of pregnancy-related causes, studies indicate that between 1990 and 2013 the

infant mortality rate decreased 48% glo­ bally, particularly in south and south-east Asia. Maternal deaths also went down in the same period.   Several key factors are involved in this mortality drop, including education, medical and public health innovations, and higher incomes. For each additional year that mothers completed at school, the infant mortality rate fell by more than 8%. New medicines, vaccines and other health innovations prevented some 4.2 million infant deaths in 2013, compared with 1990; and the increase of income per capita saved the lives of more than 900,000 children. “Policies to reduce anae­mia and malnutrition, prevent ma­ laria during pregnancy, provide calcium and other supplements, and encourage qualified assistance during childbirth will lead to an even greater improvement in maternal and child health”, the rese­ archers point out

Juan Sarasua

U

n equip de recerca internacional dirigit per Leonid Moroz de la Universitat de Florida ha presen­ tat el genoma del ctenòfor Pleurobrachia bachei. Resultat d’una aventura de set anys, l’article de Nature suggereix que aquesta mena de petita medusa, una for­ ma aparentment simple de vida marina, va agafar un camí radicalment diferent que la resta del regne animal cap a la complexitat neuronal.   El laboratori de Fyodor Kondrashov al CRG ha col·laborat en l’estudi realitzant l’assemblatge del genoma de P. bachei. «És un gran repte reconstruir el geno­ ma complet a partir de fragments molt curts i plens d’errors generats per una màquina», diu Kondrashov. «Hem hagut de combinar vuit conjunts de dades di­

ferents produïdes per dues tecnologies de seqüenciació, Illumina i 454 Roche», afegeix.   Els autors han trobat que molts dels gens que controlen el desenvolupament neural en altres animals, com la sero­ tonina o la dopamina, estan absents o no s’expressen en P. bachei. En canvi, aquests organismes semblen utilitzar un conjunt únic de pèptids. Aquests po­ drien obrir les portes a nous descobri­ ments en la biologia sintètica, així com noves formes d’investigar les malalties neurodegeneratives. New chemical language of neural systems is revealed

A

vast international research team led by Leonid Moroz at the University of Florida has presented the draft genome of the comb jelly Pleurobrachia

bachei. The result of a seven-year adven­ ture around the globe, the Nature article suggests that the comb jelly, a seemingly simple form of marine life, took a radically different path to neural complexity than the rest of the animal kingdom.   Fyodor Kondrashov’s lab at the CRG collaborated in the study by assembling the genome of P. bachei. “It is a major challenge to reconstruct the complete genome from very short error-prone frag­ ments generated by the machine”, says Kondrashov. “We combined eight diffe­ rent datasets produced by two next-gene­ ration sequencing technologies, Illumina and 454 Roche”, he adds.   The authors found that many genes controlling neural development in other animals, such as serotonin or dopami­ ne, are either absent or not expressed in comb jellies. Instead, these organisms seem to use a unique array of peptides.

Foto de Leonid L. Moroz (University of Florida)

Nou llenguatge químic dels sistemes neuronals

Pleurobrachia bachei

These novel candidates for neurogenic molecules could lead the way to new dis­ coveries in synthetic biology, as well as new methods for investigating neurode­ generative diseases


Ciència PRBB-CRG conferencEs

Conference Programme financed by the CRG and the PRBB JORGE MOSCAT, Monday July 14. Moscat, from the Cell Death and Survival Networks Program at the NCI-Designa­ ted Cancer Center, SanfordBurnham Medical Research Institute in La Jolla (CA), US, is interested in the control of stress in cancer cells. Specifically, he tries to understand how tumours respond to situations of nutrient deprivation or to the existence of a proinflammatory and nutrient-rich environment. His work has focused on the role of p62 in cancer initiation and progression in mice, and this protein is being targeted therapeutically with the aim of designing better anti-cancer drugs. He has been invited by Antonio García de Herreros (IMIM). MOHAMED TREBAK, Wednesday July 16. Trebak, from the Sunny College of Nanoscale Biology and Engineering in Albany (NY), US, uses a variety of biochemical, biophysical and imaging techniques to gain insights into the activation and regulation mechanisms of native Ca2+ permeable channels in cancer cells, vascular and airway smooth muscle cells and endothelial cells. Basic research approaches are complemented by the use of animal models of disease as well as knockout mice that are exclusively deficient for a single ion channel molecule in a specific tissue. The basic science studies provide the foundation for the translational studies in animals that are necessary to validate the use of ion channels as targets for therapy of cancer, vascular and lung disease. He has been invited by Rubén Vicente (UPF). LEONARD ABBEDUTO, Thursday July 24. Abbeduto, the director of the UC Davis MIND Institute and Endowed Tsakopoulos-Vismara Chair in the Department of Psychiatry and Beha­ vioral Sciences in the UC Davis School of Me­dicine in Sacramento (CA), US, focuses on the language and communication challenges faced by individuals with fra­gile X syndrome, the most common known cause of inherited intellectual disability and the leading single-gene cause of autism. He also investigates the effects of stress on parents and care­givers who raise children with neurodevelopmental disorders and how their stress affects the behaviour and deve­ lopment of their children. He has been invited by Rafael de la Torre (IMIM). AURÉLIEN ROUX, Friday September 5. Roux, from the Biochemistry Department of the University of Geneva and the Chemical Biology Programme of the Swiss National Centre for Competence in Research, also in Geneva, Switzerland, is interested in membrane traffic mechanics. He aims to understand the mechanical and dynamic properties of lipids and proteins involved in membrane traffic and in particular how the special mechanical properties of membranes, a type of visco-elastic 2D fluids which can auto-seal if broken, produce efficient membrane deformation, lipid and protein sorting within traffic intermediates, and fission of separating membranes. He has been invited by Félix Campelo (CRG).

www.prbb.org  www.prbb.org  |  juliol-agost |  abril de 2011 2014       

4

entrevista CIENTÍFICA / SCIENTIFIC interview

ARCADI NAVARRO – arxiu Europeu del Genoma-Fenoma (EGA)

«És un reconeixement internacional a nivell científic cogestinar l’EGA» Maruxa Martínez-Campos Què és l’EGA? n registre de dades genòmiques humanes identificables, és a dir, resultants d’estudis realitzats amb perso­nes que han donat el seu consentiment perquè les seves dades es facin servir per a la recerca. Poden ser estudis de genotipació que busquen variants genètiques lligades a malalties com la diabetis, o estudis que, per exemple, comparin l’expressió gènica en pacients amb càncer i individus sans. Són dades que requereixen una alta seguretat i confidencialitat, que han estat molt costoses d’aconseguir i que poden ser d’una enorme utilitat si són analitzades més enllà de l’estu­ di original. Aquest és l’objectiu del registre.

U

És una base de dades, doncs? L’EGA revisa, encripta i emmagatzema la in­ formació, i després en gestiona l’accés. Tot i que és un recurs públic, precisament per la sensibilitat de les dades emmagatzemades, no s’hi dóna accés a qualsevol. Qui vulgui utilitzar les dades s’ha de registrar, i es com­ prova que sigui un grup de recerca legítim i sense ànim de lucre. A més, ha de garantir la confidencialitat de les dades, i assegurar que les utilitzarà només per a l’objectiu que indica i que citarà correctament els autors de l’estudi original. Ara, si això es compleix, no s’hi pot negar l’accés a ningú.   Però, a més d’aquesta gestió, l’EGA també té com a objectiu analitzar aquestes dades de forma útil, tant per a qui les ha generat com per a d’altres. És la feina de l’equip de desenvolupament de l’EGA, que crea eines d’anotació i visualització de les variants, in­ tegra les variants amb d’altres dades genòmi­ ques públiques, etc. Per què se’n fa una seu aquí i què representa per a Barcelona? La nostra seu té sentit des del punt de vista de la seguretat (serà una còpia del que hi ha a l’EBI, amb un sistema d’encriptament propi) i de la millora del servei pel fet d’in­ crementar el personal, però sobretot és una prova pilot per fer projectes de gestió i amb responsabilitats compartides entre l’EBI i altres centres d’arreu d’Europa. És un honor que l’EBI ens hagi escollit a nos­ altres per participar en aquest recurs estra­ tègic, i ens dóna molta visibilitat a escala mundial. El fet que, a pesar de la crisi, no es consideri descabellat fer aquesta inver­ sió aquí, diu molt del nucli de científics de prestigi internacional que tenim a Cata­ lunya en el camp de la bioinformàtica. És una mostra que disposem de prou massa crítica per fer projectes molt engrescadors compartint experiències i capacitats entre diversos centres. Qui hi ha participat? Els instigadors de la iniciativa van ser Jane Thornton, directora de l’EBI, i Roderic Gui­ gó, del CRG, centre que hi aporta una part substancial del finançament com a centre d’excel·lència Severo Ochoa. La UPF hi par­ ticipa amb coneixement tècnic i personal, i el BSC ha fet una gran inversió logística i d’equipaments. L’INB-ISCIII i ”la Caixa” han

PERFIL / PROFILE L’Arxiu Europeu del Genoma-Fenoma (EGA) és un gran registre de dades genòmiques lligades a malalties. Desenvolupat a l’Institut Europeu de Bioinformàtica (EBI) de Hinxton (Anglaterra), conté els resultats d’uns 800 estudis, amb un volum creixent de gairebé un milió de gigabytes. Ara, el registre comptarà amb una seu al CRG amb la capacitat computacional proporcionada pel Barcelona Supercomputing Center (BSC-CNS) i serà cogestionat entre l’EBI i un equip dirigit per Arcadi Navarro, director del CEXS-UPF i professor ICREA. The European Genome-phenome Archive (EGA) is an enormous repository of genomic data linked to disease. Developed in the European Bioinformatics Institute (EBI) in Hinxton, England, it contains the results of 800 studies, representing a still-growing million gigabytes. Now, the register will have another base at the CRG, with computing power provided by the Barcelona Supercomputing Centre (BSC-CNS). This way the EGA will be co-managed by the EBI and a group directed by Arcadi Navarro, director of the CEXS-UPF and an ICREA professor. col·laborat econòmicament en la posada en marxa del projecte. “Co-managing the EGA is international recognition at a scientific level” What is the EGA? t is a register of identifiable human ge­ nomic data, in other words, the results of studies carried out on people who consent for their data to be used for rese­ arch. These may be genotyping studies that look for genetic variants linked to diseases such as diabetes, or studies that, for exam­ ple, compare gene expression in patients with cancer and in control subjects. It is data that needs a high level of security and con­ fidentiality, that has been very costly to ob­ tain, and which could be extremely useful if it is analysed for more than just the original study. This is the aim of the archive.

I

So it is a database? The EGA revises, encrypts and stores the information, and later manages access to it. Even though it is a public resource, because of the sensitivity of the data stored, access cannot be granted to just anyone. Whoever wants to use the information has to register, and prove that they are from a legitima­ te, non-profit working group. In addition, anyone who wants the data has to guaran­ tee its confidentiality as well as the fact that it will only be used for the indicated purpo­ ses, and correctly cite the authors of the ori­ ginal study. Those who comply with these conditions will not be denied access.   But in addition to this management, the EGA also aims to analyse the data in a use­ ful way, both for the people who generated

them as well as others. This is the job of the EGA development team, which creates tools for annotating and visualising the variants, integrating them with other public genomic data and so on. Why are they setting up a base here and what does it mean for Barcelona? Our base makes sense from the point of view of security (it will be a copy of what there is in the EBI, with its own encryption system), and the improvement of the service by the fact of having more personnel. But more than anything it is a pilot study for management projects where the responsibility is shared between the EBI and other centres around Europe. It is an honour that the EBI has cho­ sen us to take part in this strategic resource, and it raises our international profile. The fact that, despite the crisis, they are still prepared to make this investment here says a lot about the core of internationally prestigious scien­ tists in the field of bioinformatics that we have in Catalonia. It demonstrates the fact that the­ re is enough critical mass to undertake many exciting projects, sharing experiences and ca­ pabilities between different centres. Who is taking part? The people who instigated the initiative are Jane Thornton, the director of the EBI, and Roderic Guigó from the CRG, a centre that has provided a substantial part of the funding as a Severo Ochoa centre of exce­ llence. The UPF is involved with technical knowledge and personnel, and the BSC has made a huge investment in terms of logistics and equipment. The INB-ISCIII and ”la Cai­ xa” have collaborated financially to the initi­ ation of the project


7 5

Ciència

     febrer   juliol-agost de 2011  de | 2014  www.prbb.org |  www.prbb.org      

NOTÍCIES CIENTÍFIQUES / SCIENTIFIC NEWS

Efecte de la calor i la pol·lució en els nadons Gisela Sanmartín / Raül Toran

U

n estudi liderat per Payam Dadvand i Mark Nieuwenhuijsen, investigadors del CREAL, ha trobat una associació entre la proximitat residencial de les mares a les principals carreteres i el baix pes en néi­ xer (BPN) dels seus nadons. «Viure a menys de 200 m de les carreteres principals s’asso­ cia amb un augment del 46% del risc de baix pes en néixer», ha indicat Dadvand.   El treball, publicat a Epidemiology, va ex­ plorar el possible paper mediador en aques­ ta associació de la contaminació de l’aire per partícules en suspensió, diòxid de nitrogen i òxids de nitrogen, la calor i el soroll, així com

how close mothers live to main roads and low birth weights (LBW) in their babies. “Living less than 200m away from a main road is associated with a 46% increase in the risk of low birth weight”, explains Dadvand.   The study, published in Epidemiology, explored the possible mediating role of air pollution in this association, through suspended particles, nitrogen dioxide and nitrogen oxides, as well as the role of heat and noise and the possible damping effect of trees at the roadside. The study reveals that combined exposure to both heat and air pollution explains about one-third of the association between re­ sidential proximity to major roads and

el possible efecte amortidor d’arbres al cos­ tat de la carretera. L’exposició conjunta a la calor i la contaminació atmosfèrica explica prop d’un terç de l’associació entre la proxi­ mitat residencial a les principals carreteres i el BPN, mentre que el paper atenuant dels arbres de la carretera adjacent no ha quedat clar en l’estudi. Effect of heat and proximity to roads on the risk of low birth weights

A

study led by the CREAL rese­ archers Payam Dadvand and Mark Nieuwenhuijsen has found an association between

LBW, while the attenuating role of trees at the side of the road is still not clear

Un model matemàtic prediu l’èxit d’un investigador homes tenen més possibilitats d’esdevenir investigadors principals que les dones.   «La predicció del model és merament informativa i suggereix que altres factors, com els contactes personals o les aptituds socials, poden ser importants i estar cor­ relacionades amb la promoció científica», puntualitza Carey.

Núria Pérez

© Mira Chendler

M

enys del 10% dels estudiants de doctorat acabaran sent inves­ tigadors principals. Què és el que determina l’èxit científic? Un model desenvolupat per Lucas Carey, investi­ gador principal del Single Cell Behavior Lab del CEXS-UPF, en col·laboració amb científics d’Estats Units i d’Israel, confir­ ma matemàticament que el nombre de publicacions és l’element clau.   PIPredictor (www.pipredictor.com) calcula la probabilitat que un investiga­ dor esdevingui cap de grup a partir de l’anàlisi de les seves publicacions.   El treball, publicat a la revista Current Biology, revela que el prestigi de la revis­ ta en què un científic publica és molt més

important que el nombre de vegades que el treball és citat per altres; és a dir, la qua­ litat percebuda supera la qualitat científica real. A més, el model també posa de ma­ nifest que, a igualtat de currículums, els

A mathematical model predicts a researcher’s success

L

ess than 10% of PhD students will be­ come principal investigators. What is it that determines the success of a scientific career? A mathematical model de­ veloped by Lucas Carey, principal investiga­ tor of the Single Cell Behaviour Lab at the CEXS-UPF, in collaboration with scientists from the USA and Israel, confirms the key

importance of the number of publications. PIPredictor (www.pipredictor.com) cal­ culates the probability that a researcher will become a group leader based on an analysis of their publications.   The study published in the journal Current Biology, reveals that the prestige of the journal in which a scientist publishes is far more important than the number of times the work is cited by others. In other words, perceived quality trumps scientific quality. In addition, the model also shows that men are more likely to become prin­ cipal investigators than women, even if their resumes are equally good.   “The model’s prediction is merely in­ formative and suggests that other factors, such as personal contacts or social skills, are important and correlated with pro­ motion in science”, adds Carey

Acció de la progesterona en l’endometri Juan Sarasua

L

es hormones ovàriques progesterona i estradiol avisen a l’endometri per­ què creixi en cada cicle menstrual i es prepari per rebre un possible embrió. Aquests esteroides generalment actuen a través de la seva unió directa a l’ADN, pe­ rò un estudi recent descriu un nou meca­ nisme cel·lular per induir la proliferació de forma independent de la unió del receptor

hormonal a les dianes genòmiques. L’estu­ di, codirigit per Miguel Beato al CRG i Patri­ cia Saragüeta a l’Argentina, va ser publicat a PLoS ONE.   Els autors han utilitzat cèl·lules en cul­ tiu per demostrar que la proliferació in­ duïda per la progestina, una hormona del grup de la progesterona, té lloc a través de l’acció de dues quinases, ERK1-2 i AKT. «Aquesta troballa posa de manifest la im­ portància de la senyalització de les quina­

ses per als efectes genòmics de l’hormo­ na», diu l’investigador Miguel Beato. New mechanism for progesterone control of endometrial genes

E

ach menstrual cycle the ovarian hor­ mones progesterone and oestradiol tell the endometrium to grow and prepare to receive a possible embryo. These steroids usually bind directly to DNA, but a

recent study describes a novel mechanism used by the progesterone receptor to indu­ ce cell proliferation at picomolar progestin concentrations. The work, co-led by Miguel Beato at the CRG and Patricia Saragueta in Argentina, was published in PLOS One.   The authors used cell lines to show that pro­ gestin-induced proliferation is mediated by two kinases, ERK1-2 and AKT. “This finding highlights the importance of kinase signalling for genomic hormone effects”, says Beato

Identifiquen un nou gen associat a l’ictus hemorràgic Rosa Manaut

I

nvestigadors del Consorci Internacional d’Ictus i Genètica, entre els quals figuren científics de l’IMIM, han identificat un nou gen, el PMF1, implicat en l’ictus hemor­ ràgic intracerebral. La troballa, publicada a l’American Journal of Human Genetics, ha estat possible gràcies al primer estudi d’as­ sociació del genoma complet (GWAS) fet

en aquesta malaltia. Els investigadors van analitzar sis estudis duts a terme en 1.545 pacients amb ictus hemorràgic i en 1.481 persones sanes. «Hem trobat que diferents variants genètiques s’associen amb hemor­ ràgies en localitzacions cerebrals concretes. Això ens pot ajudar a entendre millor les diverses causes de la malaltia i contribuir a prevenir-la o tractar-la», afegeix Jordi Jimé­ nez, investigador de l’IMIM i neuròleg de l’Hospital del Mar.

New gene in haemorrhagic stroke

R

esearchers from the International Stroke and Genetics Consortium (ISGC), who include scientists from the IMIM, have identified a new gene, PMF1, involved in intracerebral haemorr­ hagic stroke. The findings, published in the American Journal of Human Genetics, have been made possible thanks to the first ge­ nome-wide association study (GWAS) car­

ried out on this disease. The researchers analysed six studies involving 1,481 he­ althy individuals and 1,545 patients of haemorrhagic stroke. “We found that diffe­ rent genetic variants are associated with haemorrhages in specific cerebral loca­ tions. This can help us to better understand the various causes of the disease and help us prevent or treat it”, added Jordi Jiménez, a researcher at the IMIM and neurologist at the Hospital del Mar


Ciència

www.prbb.org  www.prbb.org  |  juliol-agost |  abril de 2011 2014       

6 4

CIÈNCIA AL DESCOBERT / SCIENCE UNCOVERED

Marcos Francisco Pérez

S

ydney Brenner, recentment nomenat doctor honoris causa per la UPF, va afirmar en el seu discurs d’acceptació del Nobel de 2002 que l’«“elecció de l’orga­ nisme model és tan important com trobar bons temes que investigar». Per triar el seu model ideal, Brenner va recórrer el món dels «micrometazous» —petits animals amb sistemes d’òrgans complets— abans de decidir-se pel Caenorhabditis elegans, un «elegant» cuc nematode de vida lliure.   Sent un hermafrodita que s’autoferti­ litza, un sol cuc pot produir 300 còpies idèntiques d’ell mateix en tan sols tres dies. També existeixen mascles, poc co­ muns, que permeten la transferència de gens entre les poblacions, molt útil per a la genètica. El cuc és transparent, per la qual cosa és ideal per a la microscòpia —la investigació pionera sobre les proteï­ nes fluorescents es va realitzar en part en C. elegans. El cablejat del seu sistema ner­ viós està completament descrit, fent-lo molt útil per a la neurociència, i continua

sent, amb molt, l’organisme model més utilitzat per a la recerca sobre l’envelliment.   C. elegans va ser el primer organisme multicel·lular a tenir el seu genoma total­ ment seqüenciat. I amb la tècnica de l’ARN d’interferència, es pot inhibir l’expressió de qualsevol gen alimentant el cuc amb un bacteri que expressi l’ARN adequat. A més, és molt fàcil de mantenir: els cucs sobre­ viuen a la congelació indefinida.   No en va la recerca duta a terme en cucs ha merescut tres premis Nobel, entre ells el de Brenner, per haver caracteritzat el pa­ per de la mort cel·lular en el desenvolupa­ ment. C. elegans pot ser un cuc humil, però ha fet una contribució essencial a la nostra comprensió de la biologia. An elegant worm

S

ydney Brenner, recently awarded an honorary doctorate from the UPF, stated in his 2002 Nobel speech that “choosing the right organism for one’s research is as important as finding the right problems to work on”. When Bren­ ner chose his model organism, he scou­

red the “micro-metazoa” —tiny animals with complete organ systems— before settling upon Caenorhabditis elegans, an “elegant” free-living nematode worm.   A self-fertilising hermaphrodite, a sin­ gle worm can produce 300 identical copi­ es of itself in just three days. Rare males also exist, enabling gene transfer between populations, which is perfect for genetics. The worm is transparent, making it ideal for microscopy —pioneering research on fluorescent proteins was partly conduc­ ted in C. elegans. The wiring diagram of its nervous system is completely descri­ bed, making it useful for neuroscience, and it is still by far the most widely used model organism for research on ageing and lifespan.   C. elegans was the first multicellular or­ ganism to have its entire genome sequen­ ced. And thanks to the RNAi technique, researchers can knockdown the expres­ sion of any gene simply by feeding the worms with bacteria expressing a com­ plementary RNA. Last but not least, they are easy to maintain: the worms can sur­ vive being frozen indefinitely.

Foto d’Adam Klosin (CRG)

Un cuc molt elegant

C. elegans, un cuc d’1 mm, comparteix el 35% dels seus gens amb els humans C. elegans is a 1 mm worm that shares 35% of genes with humans

  Not surprisingly, three Nobel prizes ha­ ve been awarded for research conducted with these worms, including Brenner’s for characterising the role of cell death in de­ velopment. C. elegans may be a humble worm, but it has made a mighty contribu­ tion to our understanding of biology

RESSENYA / REVIEW

FOTO CIENTÍFICA / SCIENTIFIC PHOTO

«Xarxes complexes»

Transplantament d’ovaris

Reimund Fickert

I

gual que el capità Nemo amb el seu Nautilus, Ricard Solé ens porta a un viatge a través de la naturalesa de les xarxes complexes per trobar refugi en els models matemàtics, de la mateixa manera que Nemo es va refugiar en una cova ocul­ ta de L’illa misteriosa. Aquesta novel·la de Jules Verne va ser el primer llibre que Ri­ card Solé va llegir i és probablement la raó per la qual Xarxes complexes (Ed. Empú­ ries, 2009) ens recorda més una fascinant aventura que una visió científica dels sis­ temes complexos per al públic en general.   Amb interessants exemples i anècdotes, aquest professor de la UPF i coordinador del programa de sistemes complexos de l’Institut de Biologia Evolutiva (CSIC-UPF) demostra que quasi tots els sistemes es­ tan basats en el principi conegut com una «xarxa de món petit», segons el qual la major part dels nodes no són veïns l’un de l’altre, però a la majoria dels nodes s’hi pot arribar des de qualsevol altre node amb un petit nombre de salts o passos. El viatge ens porta dels ecosistemes a Internet, del genoma a la propagació d’una epidèmia viral i de la complexitat de les xarxes neu­ ronals al llenguatge. Com a plus, al llibre hi podem trobar una imatge de l’autor de nen aferrant-se a la cua d’una iguana. Un regal que no té preu. “Complex networks”

L

ike Captain Nemo on the Nautilus, Ricard Solé takes us on a trip through the nature of complex networks but unlike Nemo he finds shelter in mathematical models, and not a hidden

cave on Mysterious Island. This novel by Jules Verne, was the first book Ricard Solé ever read and is probably the reason, why Complex networks (Tusquets Editores, 2009, in Spanish) reminds us more of a fascinating adventure than a scientific review of complex systems for the general public.   With well explained examples and anecdotes, the coordinator of the complex systems programme at the Institute of Evolutionary Biology (CSIC-UPF) and lecturer at the UPF demonstrates how the majority of the systems are based on the principle of a small-world network where most nodes are not neighbours, but can be reached from the others by a small number of hops or steps. The cruise takes us from ecosystems to the internet, from the genome to the propagation of a viral epidemic and from the complexity of neuronal networks to language. On top of all this there is also a picture of the author as a boy holding on to the tail of an iguana. Priceless

poder expandir la colònia i es va poder continuar amb la línia de recerca, que es­ tava en perill.   El trasplantament d’ovaris es practica també en dones amb càncer abans de ser sotmeses a quimioteràpia, de manera que recuperin la possibilitat de tenir fills un cop han acabat el tractament. Ovary transplants

A

quests ratolins són fills del mateix pare, però de dues mares diferents, tot i que han nascut del mateix ventre: el d’una ratolina blanca a la qual s’ha practicat un trasplantament de l’ova­ ri d’una ratolina negra.   Aquesta tècnica de reproducció as­ sistida és complexa i no es practica fre­ qüentment, però de vegades és la millor opció per recuperar una línia de ratolins en perill que ja no es pot reproduir per mitjans naturals. Això és el que va passar al PRBB quan a finals del 2013 es va prac­ ticar aquest trasplantament per primera vegada. Tomás García Robles, veterinari de l’estabulari, va aconseguir descen­ dència d’una línia de ratolins modificats genèticament de la qual tan sols quedava una femella de 68 setmanes —l’equiva­ lent a una dona d’uns 70 anys. «La ratoli­ na es quedava prenyada, però els fills no sobrevivien», explica. Per això li va treure els ovaris, els va tallar per la meitat i els va trasplantar a quatre altres femelles immunodeficients, per evitar el rebuig. D’aquests trasplantaments només en va néixer una femella amb la modificació genètica esperada, gràcies a la qual es va

T

hese mice are children of the same father but two different mothers, although they were born from the same womb: that of a white mouse which had an ovary transplant from a black mouse. This assisted reproduction technique is complex and not done often, but sometimes it is the best option for retrieving a line of endangered mice that can no longer reproduce by natural means. This is what happened at the PRBB when, at the end of 2013, this transplant was carried out for the first time.   Tomás García Robles, a vet in the animal house, managed to secure offspring from a line of genetically modified mice of which only one 68-week-old female remained —the equivalent of a 70-year-old woman. “The mouse kept getting pregnant, but the babies did not survive”, he explains. So he took out her ovaries, cut them in half and transplanted them into four other females, which were all immunodeficient in order to avoid rejection. From these transplants only one female was born with the hoped for genetic modification, thanks to which it was possible to expand the colony and follow the line of research that was in difficulties.   This technique is also applied to women with cancer, so that they can have children after a chemotherapy treatment


7

Diversitat

     febrer   juliol-agost de 2011  de | 2014  www.prbb.org |  www.prbb.org      

DEBAT ACTUAL / CURRENT-AFFAIRS DEBATE

RETRAT / PORTRAIT

Bona ciència, ciència honesta El coneixement científic es basa en l’evidència; però els científics són humans, i hi ha marge per a l’error, tant intencional com no intencional. La integritat ha estat sempre una prioritat al PRBB i el Codi de Bones Pràctiques Científiques (CGSP, per les sigles en anglès) és una pedra angular per al desenvolupament d’una cultura de la recerca ètica en l’edifici.   Diverses iniciatives ajuden a la implementació del codi: tots els estudiants de doctorat del CEXS-UPF han de fer un curs sobre bones pràctiques científiques, anomenat «Science in Action», i el grup de treball de Bones Pràctiques Científiques (GSP), un grup interinstitucional que està actualitzant el CGSP, té la comesa de millorar el coneixement de la integritat de la recerca al Parc. La primera activitat del grup va ser un seminari organitzat conjuntament pel programa Intervals del PRBB i pel CRG, amb Michèle Garfinkel, del Programa de Política Científica de l’EMBO, i Alison North, del Centre de Recursos Bio-Imaging de la Universitat Rockefeller.   En aquest debat, membres del grup de treball de GSP opinen quins són els principals reptes per a la integritat científica en el segle xxi. Good science, honest science Scientific knowledge is based on evidence; but because scientists are human there is always room for error –both unintentional and intentional. Integrity has always been a top priority at the PRBB and the Code of Good Scientific Practice (CGSP) is a cornerstone in developing a culture of ethical research in the building.   Several initiatives help the implementation of the code: all students registered for a PhD at CEXS-UPF must take the Science in Action course on good scientific practice. And the PRBB Good Scientific Practice working group, a cross-institutional group currently updating the CGSP, has a remit to enhance awareness of research integrity. One of the group’s first initiatives was a workshop jointly organised by the CRG and PRBB Intervals programme with Michèle Garfinkel, from the Science Policy Programme at the EMBO, and Alison North, from the Bio-Imaging Resource Centre at Rockefeller University.   In this debate, some members of the GSP working group talk about the main challenges for scientific integrity in the 21st century.

David Comas (UPF) « Afortunadament, ca­ da cop som més cons­ cients de la rellevància de les bones pràctiques científiques, malgrat que sovint pensem que els errors comesos queden lluny del nostre entorn. No és fàcil preveure quins seran els grans reptes d’aquí a unes dè­ cades a causa de la rapidesa dels canvis científics i socials, però crec que el gran desafiament estarà lligat a la massiva producció de dades i el seu emmagat­ zematge, qualitat, control, difusió, ús i privacitat.» “Fortunately we are becoming increa­ singly aware of the importance of good scientific practice, although we often think that mistakes are not part of our environment. It is not easy to predict the major challenges for the coming de­ cades as there are such rapid changes, both in society and science, but I think the big challenges will be linked to the massive production and storage of da­ ta, its quality, control, distribution, and privacy.”

Elisabeth Cardis (CREAL) «La integritat de la recerca no hauria de suposar un repte, sinó que més aviat hauria de ser un concepte inqüestionable subjacent al nostre treball. A la pràctica, però, la pressió per publicar en revistes d’alt factor d’impacte pot suposar una amenaça per a la integritat dels investi­ gadors, ja que fa que es concentrin en la pu­

blicació ràpida de resultats “positius” (o re­ sultats negatius d’alt impacte en els mitjans de comunicació), de vegades d’una qualitat inadequada. En contrapartida s’abandona la publicació de resultats menys interes­ sants, sovint negatius, però que són igual d’importants. Aquest biaix de publicació és un problema no només per al sistema de recerca, sinó també per a la salut pública.» “Research integrity should not be a cha­ llenge, but rather an unquestioned concept underlying our work. In practice, however, pressure to publish in the journals with the highest impact factors can pose a threat to a researcher’s integrity, making them con­ centrate on publishing ‘positive’ results fast (or negative results with a high media im­ pact), at times with inadequate quality con­ trol. This results in the publication of less interesting results, which are often negative but just as important, being neglected. This publication bias is an issue not only for the research system but also for public health.”

Magí Farré (IMIM) «Jo crec que el més im­ portant en la integritat de la recerca és la trans­ parència. En estudis amb humans —i idealment també amb ani­ mals—, és vital registrar tots els estudis, com demana la iniciativa AllTrials sobre assajos clínics. Cal que es conegui tot el procés, des de l’inici fins a la publicació de totes les dades, sobretot quan els pro­ jectes són de finançament públic. Això evitaria repeticions innecessàries d’estu­ dis per manca de coneixement, facilitaria la revisió de les dades i reduiria el frau. A més, fer les bases de dades públicament

accessibles a d’altres laboratoris perme­ tria fer noves anàlisis i treure’n el màxim profit.» “I think the most important thing for research integrity is transparency. In human studies, but ideally also in those involving animals, it is vital to record all data, as requested by the AllTrials campaign for clinical trials. We need to know what has happened throughout the process, from inception to publication of the results, especially when these are publicly funded. This would avoid unnecessary repetition of studies due to a lack of knowledge, would facilitate reviews of the data, and would reduce fraud. Also, making datasets publicly accessible to other laboratories would enable the data to be analysed further, maximising its utility”

José Luis Maestro (IBE: CSIC-UPF) « Entre altres reptes, hem d’esforçar-nos a ser totalment hones­ tos i escrupolosos en la presentació dels nos­ tres resultats davant la comunitat cientí­ fica, tot aparcant la pressió que hi ha per tirar endavant les nostres carreres. D’al­ tra banda, en una societat cada vegada més preparada per poder comprendre els avenços de la ciència, hem de sa­ ber presentar a l’opinió pública aquests avenços amb una ferma defensa de la nostra feina però sense triomfalismes ni falsos missatges.» “Among other challenges, we must strive to be totally honest and scrupu­ lous in the presentation of our results to the scientific community, leaving aside the pressure to advance our own careers. Moreover, in a society increasin­ gly prepared to understand the progress of science, we have to know how to present these developments to the public and be able to defend our work without trium­ phalism or false messages.”

Isabelle Vernos (CRG) « El gran increment de les dades de tota mena obtingudes avui en dia gràcies a les noves tec­ nologies i a l’augment de la participació de científics d’arreu del món és un gran repte, perquè no està clar com podrem verificar-les i validar-les. Un altre pro­ blema que s’ha posat de manifest re­ centment és la irreproductibilitat de les dades científiques. Com avaluar la mag­ nitud d’aquest problema i com enfron­ tar-ho serà un gran desafiament.» “The vast increase of data of all sorts ob­ tained nowadays thanks to new techno­ logies and the increased participation of scientists all over the world poses a major challenge, since it is not clear how the data will be curated and validated. Another big challenge that has emerged recently is the irreproducibility of scien­ tific data, how to evaluate the extent of the problem and how to face it.”

Carles Hernández-Ferrer 1987, Terrassa PhD Student, bioinformatician, CREAL Què t’agrada més de la teva feina? Que gairebé no l’entenc com una feina. M’agrada el que faig i per tant m’hi aboco tant com puc. Què t’agradaria fer si no poguessis dedicar-te a la recerca? Qualsevol cosa que em permetés continuar aprenent i creixent. On has treballat abans de venir aquí? Al Servei d’Enginyeria de l’Institut de Física d’Altes Energies (IFAE), com a programador júnior, per al projecte PAU (Physics of the Accelerating Universe). Quin és el teu millor defecte? Diuen que la curiositat va matar el gat; jo sóc la prova vivent que aquesta dita no és aplicable a l’espècie humana! Què et faria totalment feliç? Jo veig la felicitat com un camí, no com un final. Els estudis de doctorat en biomedicina que estic fent ara, juntament amb la feina al CREAL, formen part d’un camí que he decidit emprendre lliurement i és el dia a dia que m’aporta aquest camí el que em fa ser feliç. Quin llibre t’enduries a una illa deserta? Qualsevol de l’escriptor Terry Pratchett. Segurament algun de la saga Discworld, amb la seva particular crítica a la societat actual. L’últim concert? De Fuel Fandango, del Lets Festival passat. Els anteriors, els concerts de la Kaimerata del Liceu, dintre del programa Art i Ciència del CREAL What do you like most about your job? That to me it’s almost not a job. I like what I do and therefore I pour in as much of myself as I can. What would you do if not research? Anything that would allow me to continue learning and growing. Where were you before coming here? I worked in the engineering service of the Institut de Física d’Altes Energies (IFAE), as a junior programmer on the Physics of the Accelerating Universe project. What’s your worst fault? They say that curiosity killed the cat; I am living proof that this saying is not applicable to humans! What would make you totally happy? I see happiness as a path, not as a destination. The doctoral programme in biomedicine that I’m doing right now, along with the work at the CREAL, make up part of the path that I’ve decided to take, and the everyday things I find on this path are what make me happy. Which book would you take with you to a desert island? Anything by Terry Pratchett. Something from the Discworld saga, with his particular critique of today’s society. The last concert you went to? Fuel Fandango, and the Kaimerata concerts at the Liceu, part of the CREAL’s Art and Science Programme


Edifici

www.prbb.org  |  juliol-agost de 2014       

NOTÍCIES BREUS / BRIEF NEWS

NOTÍCIA GENERAL / GENERAL NEWS

Passar l’estiu al PRBB fira dirigida als professors. Van des de confe­ rències fins a jocs de rol i tallers al laboratori. Tota l’oferta es pot trobar als webs del PAE (www.bcn.cat/educacio/pae), de l’Escolab (www.escolab.cat), o dels centres. Spending the summer at the PRBB

A

Maruxa Martínez-Campos

B

escanviar la platja per la recerca és el que un grup d’estudiants ha optat per fer aquest estiu, i els centres del PRBB els ho han facilitat. La UPF està celebrant la 2a edició del curs del Campus Júnior «Labo­ ratori de biologia molecular: descobreix el culpable!». Uns 30 estudiants de secundària passaran una setmana a les instal·lacions aprenent tècniques bàsiques de laboratori i utilitzant-les per resoldre un misteri.   D’altra banda, el CRG acollirà diversos es­ tudiants que durant l’estiu faran recerca en un laboratori: quatre a través del 2on Progra­ ma d’Estiu per a Estudiants de Pregrau; cinc estudiants del MIT com a part del programa de col·laboració amb el centre americà; uni­ versitaris d’altres països europeus, que hi accediran gràcies a una borsa de la Unió Eu­ ropea; i 41 estudiants de secundària que han passat tres setmanes de juliol al CRG.   A partir de l’estiu, les activitats per a estu­ diants continuaran al PRBB. El 30 de juny es van presentar totes les activitats programa­ des pels centres per al curs 2014-15 en una

group of students have chosen to swap the beach for research this summer, and the PRBB centres are helping them do it. The UPF is celebrating the 2nd edition of the Campus Júnior course “The molecular biology lab: find out who is guilty!”, in which about 30 secondary school students will spend a week in the CEXS-UPF facilities learning basic lab techniques and using them to solve a mystery.   The CRG will play host to several students who will be spending the summer carrying out a project in a laboratory: four of them through the 2nd summer programme for un­ dergraduates; five from MIT as part of the collaborative programme with the American centre; and university students from other European countries, thanks to a grant from the European Union, as well as 41 high scho­ ol students who spend three weeks in July.   After the summer there will be more acti­ vities for students at the PRBB. On June 30, all the activities for the academic year 20142015 were shown off at a fair for teachers. Or­ ganised by the centres and ranging from lec­ tures to role-playing games and workshops in the lab, they can be found on the websites of the PAE (www.bcn.cat/educacio/pae) or Escolab (www.escolab.cat), as well as on the websites of each centre

AGENDA Direcció: Jordi Camí, Reimund Fickert i Elvira López Assessor: Manuel Lamas Editora: Maruxa Martínez-Campos Comitè editorial: Rosa Manaut (IMIM) Núria Pérez (UPF) Glòria Lligadas (CRG) Gisela Sanmartín (CREAL) María Escrivá (FPM) Mònica Rodríguez (PRBB) Centres: Institut Hospital del Mar d'Investigacions Mèdiques (IMIM) Departament de Ciències Experimentals i de la Salut de la Universitat Pompeu Fabra (CEXS-UPF) Centre de Regulació Genòmica (CRG) Centre de Medicina Regenerativa de Barcelona (CMRB) Centre de Recerca en Epidemiologia Ambiental (CREAL) Institut de Biologia Evolutiva (CSIC-UPF) Fundació Pasqual Maragall (FPM) Adreça: Parc de Recerca Biomèdica de Barcelona (PRBB) c/ Dr. Aiguader, 88 • E-08003 Barcelona E-mail: comunicacio@prbb.org Web: www.prbb.org Maquetació i impressió: Taller Editorial CEGE (www.tallereditorial.com) Imprès en paper reciclat Dipòsit legal: B. 23.796-2009

8

13 al 20 de juliol. Barcelona 2014 Summer Course “Cellular Biology of Addiction”, a CSHL-UPF coorganised summer school. At the PRBB. More info and registration: http://eventum.upf.edu.

Francesc Posas rep un ICREA Acadèmia. A la 6a convocatòria del programa, el professor del CEXS-UPF i vice­ rector de política científica de la UPF ha rebut el reconeixe­ ment de l’Institut Català de Recerca i Estudis Avançats. Aquest premi, que consta de 50.000 euros per a cada candidat, reconeix l’excel· lència en la recerca i la capacitat de lideratge. El seu objectiu principal és fomentar profes­ sors universitaris permetent-los que priorit­ zin la investigació en una universitat pública catalana per sobre de l’ensenyament durant un període de cinc anys. Francesc Posas receives ICREA Acadèmia recognition. In the sixth call of the pro­ gramme, the CEXS-UPF professor and UPF vice-rector of science policy has received an ICREA award from the Catalan Institution for Research and Advanced Studies. This award of 50,000 Euros recognises excellence in re­ search and capacity for leadership, and its main aim is to encourage university lecturers by allowing them to prioritise research over teaching for a five-year period at a public uni­ versity in Catalonia. Mara Dierssen rep el David and Hillie Mahoney Award 2014 per la seva contribució a la divulgació. La cap del grup de recerca de Neurobio­ logia Cel·lular i de Sistemes del CRG va rebre el premi durant la cerimònia inaugural del Fòrum FENS 2014. L’objectiu d’aquest guardó és premiar «un individu que ha contribuït de manera significativa a la pro­ moció i la conscienciació sobre el cervell, a través dels seus esforços continus per la difu­ sió pública per tres anys o més».

Mara Dierssen receives the 2014 David and Hillie Mahoney Award for an Individual’s Contribution to Outreach. The head of the Cellular and Systems Neurobiology group at the CRG received the award during the in­ augural ceremony at the FENS Forum 2014. The objective of the award is to honour “an individual who has significantly contributed to the promotion of brain awareness, through continued public outreach efforts for a period of three or more years” El curs d’estiu «Biologia cel·lular de l’addicció» torna a la UPF/PRBB. Aquesta és la 2a edició europea del curs, que es va cele­ brar al PRBB i per primera vegada fora dels Estatas Units, fa dos anys. El curs que serà del 13 al 20 de juliol, està organitzat per Rafael Maldonado, de la UPF, en col·laboració amb el Laboratori de Cold Spring Harbor (CSHL) i finançat per l’Institut Nacional sobre l’Abús de Drogues dels Estats Units. És un dels cur­ sos més prestigiosos en el camp de l’addicció i té com a objectiu discutir els fonaments, els avenços de les tècniques i les principals lla­ cunes en la biologia cel·lular i molecular de l’addicció a les drogues. The Summer Course “Cellular biology of addiction” comes back to the UPF/ PRBB. This is the 2nd European edition of the course, which was held, for the first time outside the USA, at the PRBB two years ago. The course (July 13-29) is organised by Rafael Maldonado (UPF), in collaboration with the Cold Spring Harbor Laboratory (CSHL), and funded by the US National Institute on Drug Abuse. The course is one of the most presti­ gious in the field of addiction. It provides a discussion of the fundamentals, state-of-theart advances and major gaps in the cell and molecular biology of drug addiction

la foto del mes / photo of the month Envieu les vostres fotos relacionades amb el PRBB a / Send your pictures related to the PRBB to: comunicacio@prbb.org

24 de juliol. Festa d’estiu del PRBB. A les 18 h, finals del campionat de vòlei platja. A partir de les 20.30 h, festa a la plaça interior amb premis i regals pels diferents equips, batucada, DJ, entrepans i begudes. Obert a tots els residents. 1 al 5 de setembre. 1st CRG BioBusiness School on technology transfer, organized within the framework of the ETTBio European Project and the new training programme CRG Star. More information and registration: http://ibbs. crg.eu. 16 i 17 de setembre. “Effective team playing to achieve your goals – from bummer to booster”, an Intervals course with Tobias Rodrigues. Only for residents. Register now at www.prbb.org. Per a més informació, aneu a www.prbb.org For more information please go to www.prbb.org

Fotografia d’Áurea Martín (IMIM) / Photo by Áurea Martín (IMIM)

Si voleu rebre una versió digital d’aquest diari, registreu-vos a www.prbb.org/divulgacio. If you would like to receive a digital copy of this newspaper, please register at www.prbb.org/divulgacio

Profile for PRBB

El·lipse 76: "Charity week at the PRBB"  

June saw the Solidarity Week at the PRBB, during which about 1,200 euros were collected for the Food Bank. So begins the summer edition of t...

El·lipse 76: "Charity week at the PRBB"  

June saw the Solidarity Week at the PRBB, during which about 1,200 euros were collected for the Food Bank. So begins the summer edition of t...

Profile for prbb
Advertisement