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ANÁLISIS BIBLIOMÉTRICO Y USO DE HERRAMIENTAS DE MINERIA DE TEXTOS PARA EL ESTUDIO DEL ENVEJECIMIENTO DE CÉLULAS DENDRÍTICAS. Por Fernando Galicia

Trabajo realizado en la materia: e-investigación bibliográfica en Ciencias Biomédicas, semestre 2010-2,

de

la

Licenciatura

en

Investigación

Biomédica

Básica,

UNAM.

Profesoras: Layla Michán y Lyssania Macías Introducción El envejecimiento de un organismo es un proceso natural en el que las capacidades y respuestas fisiológicas del mismo disminuyen con el paso del tiempo (1). De entre estos cambios, uno de los sistemas fisiológicos más afectados, es el sistema inmunitario (2). Recientemente, diversos grupos de investigación alrededor del mundo han estudiado la relación entre el sistema inmune y el envejecimiento, haciendo descubrimientos sorprendentes. Entre ellos, la relación entre la vejez, el sistema inmune (y en específico con el tipo celular dendrítico) y diversas patologías crónicas como el cancer, diabetes, artritis y enfermedades neuro-degenerativas (3) (4). Con el fin de entender la forma en que los trabajos científicos sobre este tema se han desarrollado a lo largo de los últimos años, se realizo un análisis bibliométrico de los resultados obtenidos al realizar una búsqueda en las bases de datos MedLine, Scopus y Web of Knowledge. Adicionalmente, se usaron las aplicaciones ArrowSmith, FACTA y AliBABA para ejemplificar el uso y utilidad de las herramientas de minería de textos en el estudio de este tema. Metodología Se busco en la página de Web of knowledge en las bases de datos Science Citation Index y Conference Proceedings Citation Index- Science con los términos de búsqueda: aging AND “dendritic cells”. Los resultados fueron restringidos al tema “Inmunología”. Para la búsqueda en MedLine se usó la apliación de Pubmed con los mismos términos de búsqueda, sin restringir los resultados. En el caso de Scopus la

1


búsqueda fue similar a la de Pubmed.

Resultados Se obtuvieron los siguientes resultados, los cuales son presentados ordenados por Autor, Revista, Año e Institución (sólo se muestra los 30 registros con valores más altos). Análisis bibliométrico en Web of Sciences: Autor:

Revista:

2

MI LTON, MK

MA LETTO, B

KO VA CS, EJ

IKEHARA , S

GRIZZLE , WE

GOLDBERG, GL

FIKRI G, E

DOMING UEZ, AL

CAMPBE LL, D

BE LKAID, Y

TEW, JG

J LUSTGA RTEN,

BA LOGH, P

AGRAWAL, S

LINTON, PJ

4.5 4 3.5 3 2.5 2 1.5 1 0.5 0


A帽o: INTERNATIONAL IMMUNOLOGY

IMMUNOLOGY LETTERS

HUMAN IMMUNOLOGY

CURRENT OPINION IN IMMUNOLOGY

CRITICAL REVIEWS IN IMMUNOLOGY

CELLULAR & MOLECULAR IMMUNOLOGY

VACCINE

SEMINARS IN IMMUNOLOGY

JOURNAL OF CLINICAL IMMUNOLOGY

INFECTION AND IMMUNITY

IMMUNOLOGICAL REVIEWS

INTERNATIONAL JOURNAL OF IMMUNOPATHOLOGY AND PHARMACOLOGY

: TRENDS IN IMMUNOLOGY

JOURNAL OF LEUKOCYTE BIOLOGY

JOURNAL OF IMMUNOLOGY

16

12

8

4

0

16

14

12

10

8

6

4

2

0 1986 1994 1998 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010

Instituci贸n:

3


ABBOTT LABS

Análisis bibliométrico en Pubmed.

Revista:

4

JUNTENDO UNIV

JULIUS MAXIMILIANS UNIV

IST RIC CODIVILLA PUTTI

INT MED CTR JAPAN

INST PASTEUR

INNSBRUCK UNIV

IMMUNEX CORP

HOSP UNIV REINA SOFIA

HOSP UNIV MARQUES DE VALDECILLA

GEORGE WASHINGTON UNIV

FORSCHUNGZENTRUM BORSTEL

FDN MARQUES DE VALDECILLA

EMORY UNIV

EASTERN VIRGINIA MED SCH

DEPT VET AFFAIRS MED CTR

DARTMOUTH COLL

CORNELL UNIV

COLUMBIA UNIV

COLUMBIA COLL CHICAGO

CLIN PRAIRIE

CISA INIA

CINCINNATI CHILDRENS HOSP

CHILDRENS HOSP RES FDN

CHILDRENS HOSP

BIOMATH & STAT SCOTLAND

BAYLOR COLL MED

AUSTRIAN ACAD SCI

ALBERT EINSTEIN COLL MED

2.5

2

1.5

1

0.5

0


GRUBECK-LOEBENSTEIN B TAKAI T KIKUCHI T NUKIWA T NAKAMURA A SZAKAL AK TEW JG ROMANI N SAIJO Y AGRAWAL A AGRAWAL S AKIYAMA K GOLDSTEIN DR GUPTA S SUZUKI T VEGA JA ANDARINI S AYDAR Y BALOGH P BIRAGYN A ENDO S FUJIHASHI K GARCIA-SUAREZ O SAURWEIN-TEISSL M SCHULER G THOMSON AW WICK G BONDADA S BURTON GF CASTLE SC EBIHARA S J Immunol J Invest Dermatol Exp Gerontol Immunology Mech Ageing Dev Eur J Immunol Transplantation J Allergy Clin Immunol Blood Cell Tissue Res Trends Immunol Clin Exp Immunol Diabetes J Leukoc Biol Proc Natl Acad Sci U S A Arch Oral Biol Br J Dermatol J Dermatol Sci J Exp Med Nat Immunol Semin Immunol Aging Cell Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol Ann N Y Acad Sci Arterioscler Thromb Vasc Biol Arthritis Res Ther Autoimmunity Br J Haematol Cancer Res Cell Immunol

40

35

30

25

20

15

10

5

0

Autor:

12

10

8

6

4

2

0

A単o:

5


6

TIMOR

TAIWAN

PORTUGAL

NORWAY

KOREA

ISRAEL

FINLAND

COLOMBIA

ARGENTINA

SWITZERLAND

SERBIA

DENMARK

BRAZIL

BELGIUM

SWEDEN

NETHERLANDS

CANADA

AUSTRALIA

CHINA

SPAIN

FRANCE

ITALY

UNITED KINGDOM

GERMANY

AUSTRIA

JAPAN

UNITED STATES

2010 2009 2008 2007 2006 2005 2004 2003 2002 2001 2000 1999 1998 1997 1996 1995 1994 1993 1992 1991 1990 1989 1988 1987 1986 1985 1984

40

35

30

25

20

15

10

5

0

País:

120

100

80

60

40

20

0


Autor

7 1973

1980

1984

1985

1986

1987

1988

1989

1990

1991

1992

1993

1994

1995

1996

1997

1998

1999

2000

2001

20

2002

30

2003

40

2004

50

2005

60

2006

70

2007

80

2008

Año:

Journal of Immunology Journal of Investigative Dermatology  Experimental Gerontology  Journal of Neuroscience  Immunology  Transplantation  Mechanisms of Ageing and Development  Neuroscience  Trends in Immunology  Neurobiology of Aging  Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America  Journal of Allergy and Clinical Immunology  Cell and Tissue Research  Blood  European Journal of Immunology  Journal of Leukocyte Biology  Journal of Virology  Neuroscience Letters  Immunity and Ageing  Journal of Neurophysiology  Annals of the New York Academy of Sciences  Cerebral Cortex  Infection and Immunity  Science  Journal of Experimental Medicine  Vaccine  European Journal of Neuroscience  Clinical and Experimental Immunology  Diabetes  Aging Cell  Journal of Comparative Neurology 

90

2009

2010

Análisis bibliométrico en Scopus.

Revista:

50

40

30

20

10

0

10

0


8

Institución

20

15

10

5

0 Yung, R.L.

Saida, K.

Schuler, G.

Kalady, M.F.

Grolleau-Julius, A.

Kosco, M.H.

Tesar, B.M.

Shultz, L.D.

Stossel, H.

Gupta, S.

Thomson, A.W.

Caudle, M.R.

Aydar, Y.

Burton, G.F.

Hannestad, J.

Keenan, J.A.

Pawelec, G.

Naves, F.J.

Castle, S.C.

Wimalasena, J.

Balogh, P.

Pabst, R.

Esteban, I.

Agrawal, A.

Agrawal, S.

Romani, N.

Garcia-Suarez, O.

Vega, J.A.

Szakal, A.K.

Tew, J.G.

Grubeck-Loebenstein, B.

0

VA Medical Center University of Tokyo  Inserm  Osterreichische Akademie Der Wissenschaften  Yale University School of Medicine  UC Irvine  Medizinische Universitat Innsbruck  Medical College of Virginia  University of Toronto  Universität Erlangen-Nürnberg  Duke University School of Medicine  Universität Tübingen  University of Michigan Medical School  University of Washington Seattle  Massachusetts General Hospital  Harvard Medical School  Trudeau Institute  University of Pennsylvania, School of Medicine  Universidad de Oviedo, Facultad de Medicina  Kyoto University  University of Pittsburgh Medical Center  University of Pittsburgh  Oregon Health and Science University  University of California, San Francisco  Medizinische Hochschule Hannover MHH  Heinrich Heine Universität  University of Connecticut Health Center  Baylor College of Medicine  Virginia Commonwealth University  Tokyo Medical and Dental University  Sidney Kimmel Cancer Center 

12

10

8

6

4

2


Herramientas para Meta-análisis y Minería de Textos Ali Baba PubMed Esta aplicación sirve para crear una red entre registros de una búsqueda en PUBMED usando términos como tipos celulares, enzimas, enfermedades, proteinas, genes, etc, incluidos en estos registros (5). En la siguiente figura se muestra la red obtenida al analizar 20 registros de la búsqueda “dendritic cells” AND aging*.

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FACTA: Finding Associated Concepts with Text Analysis Facta es una herramienta de minería de textos que nos sirve para identificar asociaciones entre conceptos mencionados en artículos de una búsqueda de PUBMED. La aplicación separa los resultados en categorías semánticas, muy útiles para identificar lo que uno esté buscando (6). Las siguientes imágenes muestras los resultados de las categorías Drug y Disease (relevantes para el tema estudiado) usando como términos de entrada “dendritic cells” AND aging*.

ArrowSmith Esta herramienta busca conceptos comunes entre dos conjuntos diferentes de artículos. En la primera búsqueda se define la literatura A, en la segunda la literatura C, a partir de ambas el programa genera

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una lista con la literatura B con un recopilado de frases y palabras claves que se encuentran en los títulos de ambas, que se ordenan por relevancia y se pueden restringir a determinadas características semánticas, como regiones anatómicas, enfermedades o fármacos (7). Aquí se muestran los resultados usando como término A: “dendritic cells” y como término C: aging.

Discusión El análisis de los resultados muestra claramente que hay poca información sobre este tema ya que como la mayoría de las áreas de investigación que requieren un enfoque multidiciplinario, son áreas de reciente interés. Pero por otro lado, observando los resultados (ver Gráficas de Años) también es evidente que es un tema de reciente creación y con una tendencia al alza. La mayoría de estos estudios han sido publicados en The Journal of Immunology, una revista especializada en temas de inmunología con un buen nivel de impacto, lo que demuestra que aunque el tema es nuevo, se le ha tomado muy en cuenta y las grandes revistas están dispuestas a invertir en ello

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y difundir los resultados sobre este tema. Las gráficas de autores e instituciones, no muestran que haya un autor o institución dominante en el tema, lo que abre posibilidades a que nuevos laboratorios e investigadores entren al área sin quedar relegados o excluidos. Como nota aparte, es digno de mencionarse que se encontró diferencia en los resultados obtenidos haciendo las búsquedas en las diferentes bases de datos. Esto puede deberse también a lo reciente del tema y a que aún no se haya establecido una forma adecuada de clasificar los documentos sobre este tema de estudio, aparte de las diferencias intrínsecas entre las bases de datos. En conjunto, estos resultados muestran que el estudio del envejecimiento del sistema inmune es un nuevo campo de estudio que ha tomado relevancia en los últimos años en el cuál puede haber muchas oportunidades de desarrollo.

Referencias: 1. Bowen RL, Atwood CS. Living and dying for sex. A theory of aging based on the modulation of cell cycle signaling by reproductive hormones. [Internet]. Gerontology. 50(5):265-90.Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15331856 2. Desai A, Grolleau-Julius A, Yung R. Leukocyte function in the aging immune system. [Internet]. Journal of leukocyte biology. 2010 ;87(6):1001-9.Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20200405 3. Bukovsky A, Caudle MR, Carson RJ, Gaytán F, Huleihel M, Kruse A, et al. Immune physiology in tissue regeneration and aging, tumor growth, and regenerative medicine. [Internet]. Aging. 2009 ;1(2):157-81.Available from: http://www.pubmedcentral.nih.gov/articlerender.fcgi? artid=2830052&tool=pmcentrez&rendertype=abstract 4. Larbi A, Fülöp T, Pawelec G. Immune receptor signaling, aging and autoimmunity. [Internet]. Advances in experimental medicine and biology. 2008 ;640312-24.Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/19065799 5. Plake C, Schiemann T, Pankalla M, Hakenberg J, Leser U. AliBaba: PubMed as a graph. [Internet]. Bioinformatics (Oxford, England). 2006 ;22(19):2444-5.Available from: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16870931 6. Tsuruoka Y, Tsujii J, Ananiadou S. FACTA: a text search engine for finding associated biomedical concepts. [Internet]. Bioinformatics (Oxford, England). 2008 ;24(21):2559-60.Available from: 12


http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18772154 7. Layla M, Calderon R, et all. Aplicaciones de la Web para recuperaci贸n y an谩lisis de literatura de PubMed.

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Fernando Galicia Trabajo realizado en la materia: e-investigación bibliográfica en Ciencias Biomédicas, semestre 2010-2, de la Licenciatura...