Page 1

Department of Cell Biology  Alumni Newsle er, Fall 2017   

Congratulations to Our Recent Graduates


A message from the Chair 

Welcome to the first issue of our new, bi‐annual  Duke Cell Biology newsletter. Our goal is to highlight some  of  the  activities  and  successes  of  the  faculty,  postdocs,  Thomas Pack (Caron Lab) students, and staff, and to keep you up to date on plans  Jason Garness (Capel Lab) for  the  future.  We  sincerely  hope  that  this  resource  will  help  you  feel  more  connected  with  the  department  that  Matt Foglia (Poss Lab) you helped to build into one of the best.  Andrew Muroyama (Lechler Lab)   Benjamin Stormo (Fox Lab)   Over  the  past  few  years  there  have  been  some  relocations  of  Cell  Biology  laboratories.  Blanche  Capel‘s  Jialu Wang (Rockman Lab) team  is  now  on  the  4th  floor  of  Nanaline  Duke,  together  with  Ken  Poss,  Chris  Nicchitta,  and  Harold  Erickson.  Nico  Katsanis and the Duke Center for Human Disease Model‐ Dr. Brigid Hogan, George Barth    Cell Biology Welcomes ing (CHDM) ( have moved into the Carmi‐ Geller Professor & Chair  chael  Building.  This  is  a  former  tobacco  warehouse  on  From CMB Duke Street, a short bus trip downtown from the Medical Center campus.  Scott Allen (Fox Lab)   Maggie Bara (Tata Lab)     The imaging facility on the 3rd floor of  Eda Erata (Soderling Lab) Nanaline  Duke  has  expanded  in  capacity  con‐ From DSCB siderably, and now houses a Zeiss 710 inverted  Delisa Clay (Fox Lab) confocal, as well as a Leica SP8 upright micro‐ Abigail Leinroth (Hilton Lab) scope with Hybrid (HyD) detectors. Brand new  Abdull “AJ” Massri (Tata Lab) to  the  facility  is  a  Zeiss  Lightsheet  Z.1  micro‐ Brianna Peskin (Bagnat Lab) scope  that  allows  rapid  acquisition  of  both  Leyao Shen (Karner Lab) aqueous and CLARITY cleared sample volumes.  Adam Shoffner (Poss Lab) The  Light  Microscopy  Core  has  also  recently  acquired a Leica TCS SP8 STED super resolution system capable of resolutions below 30 na‐ From MSTP nometers. We hope that this, too, will be located within the Department. All of this new ca‐ Arvind Konkimalla (Tata Lab) pability involves the generation of large amounts of data, and two high‐end computer work‐ stations with over 40 Tb of storage and various image analysis software packages are availa‐ ble in the imaging suite. In addition, to meet their own research needs and new rules about  data  storage  from  the  School  of  Medicine,  both  the  Department  and  individual  labs  have  Department of Cell Biology been purchasing and setting up large storage and bioinformatics servers. Mark Langan, our  Nanaline Duke Building Network  Systems  Analyst, continues  to  provide  invaluable  help  in  meeting  our  insatiable  IT  Room 388 needs. (continued on next page)  307 Research Dr. Duke Box 3709 Durham, NC 27710 Valerie Tornini (Poss Lab)

Contact Us

A message from the Chair (cont.)  Other  technological  advances  are  also  making  quite  a  big  impact  on  the  department.  Scott  Soderling,  who  is  also  the  director  of  Graduate  Studies, is now director of the Mouse Gene Targeting Core. In this capacity  he  has  spearheaded  the  utilization  of  CRISPR/Cas9  methods  for  genome  editing in both mouse embryos and ES cells. With the help of Cheryl Bock,  Gary Kucera, and their teams, it is now possible to make knockout mice in  two months!  They have also developed a new CRISPR‐mediated approach  to rapidly generate conditional knockout alleles and GFP fusions.  This nov‐ el technique will be described in a publication soon. 

In 2016, Ken Poss (left) was made the direc‐ tor of Regeneration Next. This campus‐wide initiative  brings faculty, trainees, and staff together to advance  research  and  education  in  the  field  of  regenerative  medicine. You can learn more about this exciting new    venture  at  or  by  contacting  the  Exectuive  Director  Sharlini  Sankaran,  Ph.D., at 

In the academic year 2016‐2017, there have been some notable  successes in our academic and research enterprises. The primary faculty  now  number  eighteen,  with  Purushothama  Tata,  Ph.D.,  as  the  newest  assistant  professor  recruit.  Cagla  Eroglu  and  Michel  Bagnat  were  both  promoted to associate professor with tenure and Michel Bagnat was suc‐ cessful in obtaining an HHMI Faculty Scholar Award. Both Tata and Michel  are highlighted in this newsletter.     With so much going on, our administra‐ tive  staff,  led  by  the  indomitable  Mollie  Sykes,  are stretched very thin but continue to do a mag‐ nificent  job.  Gina  Briscoe  has  transferred  to  a  grants  and  contracts  administrator  position  in  Biomedical  Engineering,  and  they  are  very  lucky  to have her. Her job has been taken by Jacquelyn  Soderling, who has moved desks but still resides  in NanDuke388. Newcomer Kelly Long is now the  chair’s assistant as well as assistant to the direc‐ tor  of  Graduate  Studies.  She  is  responsible  for  editing  this  newsletter,  so  if  you  have  any  feed‐ back please contact her at  

We’re on Twitter! @DukeCellBiology (or scan this QR code  using your mobile device!)

Graduate Student News For the  academic  year  of  2017‐2018,  we  have  a  total  of  36  graduate  students  en‐ rolled. Ten are new affiliates entering their sec‐ ond  year,  and  eleven  are  third  year  students  who  all  passed  their  preliminary  exams  in  the  spring.  The  remainder  are  in  their  fourth,  fifth,  and  sixth  years  preparing  for  their  dissertation  defenses, graduation, and life after Duke.    

Since the spring semester, the Graduate  Student  Social  Committee  has  been  hosting  bi‐ weekly  breakfast  meetings  for  the  cohort  to  come  together  and  discuss  their  projects  and  lives outside the labs. The organizing committee,  spearheaded by Patrick Ferree (Di Talia Lab), con‐ sists  of  members  Sara  Payne  (Sherwood  Lab),  Jessie  Child  (Nicchitta  Lab),  Kwabena  Badu‐ Nkansah  (Lechler  Lab),  and  Ceri  Weber  (Capel  Lab).  Beginning  this  year,  the  students  will  elect  three  representatives  to  serve  on  the  Graduate  Student  Steering  Committee.  These  individuals  will  give  voice  to  the  student  perspective  of  the  department as we continue to grow.  

Grad Students Pat Ferree, Woonyung Hur (Di Talia  Lab), Eda Erata (Soderling Lab), & Jessie Child.    Another  opportunity  for  the  students  to  engage  in  discussion  about  science  and  re‐ search    ethics  is  an  interdepartmental  group  called  INSPIRE.  This  organiza on  meets  bi‐ weekly,  a rac ng  twenty  to  forty  a endees.  INSPIRE  fosters  collabora on  and  community  across  labs,  cohorts,  and  programs.  Current  officers  are  Gizem  Gupur  (Lechler  Lab),  Nora  Peterson  (Fox  Lab),  Erez  Cohen  (Fox  Lab)  and  Patrick Ferree. We are impressed by the level of  enthusiasm  and  engagement  that  our  students  have  demonstrated,  both  in  their  research  and  community‐building efforts. 

Cell Biology—Fall 2017 Newsle er

Faculty Feature: Dr. Michel Bagnat Michel Bagnat, Ph.D., associate professor, was born in Rio Negro, Northern Patagonia, Argentina. He graduated from the    Universidad Autónoma de Madrid in Spain. For graduate studies, he went to Germany, to the EMBL in Heidelberg and the Max  Planck Institute in Dresden, to study protein and lipid sorting in budding yeast. As a postdoc at UCSF he studied zebrafish genetics  and organ development, uncovering novel mechanisms controlling lumen formation and fluid homeostasis in the zebrafish gut.  He joined the Department of Cell Biology in 2008 and was promoted to associate professor with tenure in 2016. In the same year,  he received an HHMI Faculty Scholar award, a wonderful recognition of the research of his team.     The Bagnat lab is exploring the reciprocal relationship between the development of organs and their physiological func‐ tion. Specifically, the lab focuses on how physiological processes such as fluid secretion and nutrition control how organs acquire  their shape and size. These questions can only be addressed in vivo and they use the zebrafish gut, notochord, and spine as mod‐ el  systems.  Their  approach  combines  forward/reverse  genetics  and  genomics,  with  state‐of‐the‐art  imaging  and  physiological  manipulations. Key questions the lab is trying to answer include: (1) What mechanisms control the role of the notochord as a  hydrostatic skeleton during embryonic axis elongation and spine formation? (2) What is the role of the notochord in vertebral  patterning? (3) How does protein uptake and utilization regulate intestinal differentiation and nutrient sensing? and (4) What are  the molecular mechanisms controlling fluid accumulation within intracellular compartments or extracellular lumens? The under‐ lying principle behind these diverse themes is that the morphological and func onal organiza on of  ssues generate emerging  proper es  and  epigene c  phenomena.  These  factors,  in  turn,  interact  with  the  endogenous  gene c  programs  to  produce  the  complex pa erns and physiological ac vi es of each organ.   

Notochord from a 3‐day old zebrafish embryo: Green shows outer sheath  cells, red shows inner vacuolated cells. The notochord acts as a scaffold for  spine forma on. Scale bar = 100 µm. (Photo: Jennifer Bagwell, Ph.D.). 

Recent Faculty Honors, Grants, & Awards  Ken Poss—2016 American Heart Associa on Merit Award  Sco  Soderling (right)—2017 Kahn  Neuro‐Technology Development Award  Brigid Hogan—2017 Research Mentor Award  for Basic Science  Blanche Capel (middle)—Elected 2017 President of  the Society of Developmental Biology  Nico Katsanis (right)—2017 Curt Stern Award from the  American Society of Human Gene cs   

Graduate student Sara Payne (Sherwood Lab)  explains her research to Dr. Bagnat during a  Cell Biology retreat poster session. Phone: 919‐684‐8085

Cell Biology Departmental Retreat 2017 In early May we hosted a retreat for our students, post docs, and faculty at a hotel in New Bern, NC. This provided an opportuni‐ ty for everyone to come together, both intellectually and socially. Under the guidance of CHDM’s Erica Davis, Ph.D., the students  organized short talks, poster sessions, and a keynote speaker, Dr. David Parichy from the University of Virginia. They also ar‐ ranged a series of fun ac vi es that helped to bring people together and build morale. 

Dept. of Cell Biology Fall 2017 Newsle er

Welcoming New Faculty Member: Purushothama Rao Tata

Tata Lab (from le to right): Pia Weidinger, Hiroaki Katsura (Hogan lab), Yoshihiko Kobayashi, Dr. Tata, A.J. (Abdull) Massri, Arvind Konimalla, Maggie Bara, & Reubin Scheruig

Our newest associate  professor,  Purushothama  Rao  Tata,  received  his  Ph.D.  from  the  University  of  Ulm,  Germany,  and  then  moved  to  Massachusetts  General  Hospital  and  Harvard Medical School in Boston for his postdoctoral training. During this time, Tata stud‐ ied some of the cellular mechanisms involved in tissue regeneration and tumorigenesis and  uncovered novel cellular plasticity mechanisms through which cells acquire alternate fates.       The Tata Lab focuses on understanding cellular ensembles in the context of tissue  development,  homeostasis,  regeneration,  and  tumorigenesis  in  diverse  epithelial  tissues  including  the lung. Tissues are made of heterogeneous cell types that act in concert to spec‐ ify and confer form and function to a given tissue. Alterations of form and physiologic func‐ tion  of  tissues  are  a  common  hallmark  of  human  diseases,  including  cancers.  Some  of  the  primary  interests  in  the  lab  are:  (1)  to  define  cell‐autonomous  signaling  and  intercellular  communications  that  specify  and  maintain  cellular  identities  and  heterogeneity  in  normal  and disease tissues, (2) to define the cellular and molecular mechanisms that sense and re‐ spond to different forms of injuries, and (3) to better understand the mechanisms through  which stem/progenitor cells, or in some cases facultative progenitors,    respond to and repair damaged tissues to restore physiological func‐ tions.     The  Tata  Lab  uses  mouse  models  of  diseases  that  recapitu‐ late the human disease pathology. In addition, they are also develop‐ ing novel tools to model human diseases ex vivo to better understand  the  underlying  pathological  mechanisms.  We  utilize  genetic,  live  im‐ aging,  cell  biological,  and  next  generation  sequencing  technologies,  including single‐cell RNA sequencing, to study the behavior of tissues  at single cell resolution.  

Duke Cell Biology Alumni Newsletter 1.1 Fall 2017  
Duke Cell Biology Alumni Newsletter 1.1 Fall 2017