A pesar de este solemne compromiso el Perú continuó atacando las bases ecuatorianas e infiltrando patrullas, esta vez con la intención de alcanzar una mejor posición al momento de llegada de los observadores militares de los países garantes. Más, ante el fracaso de los nuevos intentos, se vieron obligados a ratificar lo firmado en Itamaraty, en la reunión de Presidentes en Montevideo. El mando del Ecuador, respetuoso de lo firmado, instruyó nuevamente que se evite cualquier provocación que altere el proceso de paz acordado por los dos países. Sin embargo, los combates continuaron. Finalmente se conformó la Misión de Observadores Militares Ecuador-Perú, MOMEP, que llegó a Patuca, para dar inicio a la separación y desmovilización de las fuerzas enfrentadas. Proceso complejo en el cual, una vez más las unidades militares ecuatorianas dieron ejemplo de disciplina, orden y alta moral. El 1 de abril se inició la separación de fuerzas, concluyendo el 27 del mismo mes. La zona del conflicto fue desmilitarizada y quedó bajo control de fuerzas militares de EE.UU., Brasil, Argentina y Chile que integraron la MOMEP que tuvo la misión de monitorear el cumplimiento de los acuerdos de Itamaraty, hasta la firma de la paz. Posteriormente se cumplió con la desmovilización general. Cuando en el mes de mayo salí de Patuca, al despedirme de las tropas que con tanta hidalguía habían combatido bajo mi mando, reconocí el extraordinario comportamiento de todas las unidades de combate, apoyo de combate y apoyo de servicio de combate, así como de las fuerzas indígenas y de la población civil que participó en la defensa de la heredad nacional. Fue el éxito militar de las Fuerzas Armadas, en una campaña que califiqué por muchas razones como admirable, el que permitió que el gobierno de Fujimori y sus Fuerzas
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