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I NRA Bordeaux-Aquitaine Faits marquants 2006


Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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INRA Bordeaux-Aquitaine Rapport d’activité 2006

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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14 Départements scientifiques à l’INRA ( 11 départements représentés sur le centre Bordeaux-Aquitaine) ALIMH Alimentation humaine BV Biologie végétale CEPIA Caractérisation et élaboration des produits issus de l’agriculture EFPA Ecologie des forêts, prairies et milieux aquatiques EA Environnement et agronomie GA Génétique animale GAP Génétique et amélioration des plantes MIA Mathématiques et informatique appliquées MICA Microbiologie et chaîne alimentaire PHASE Physiologie animale et systèmes d’élevage SA Santé animale SPE Santé des plantes et environnement SAD Sciences pour l’action et le développement SAE2 Sciences sociales, agriculture et alimentation, espace et environnement

Axes stratégiques de l’INRA (2006-2009) Axe A Gérer durablement et améliorer l’environnement, maîtriser les impacts des changements globaux et des activités productrices - Durabilité des systèmes de production - Dynamique des écosystèmes et biodiversité - Changement climatique et effet de serre - Maîtrise des risques environnementaux Axe B Améliorer l’alimentation humaine, préserver la santé des consommateurs, comprendre leurs comportements - L’alimentation pour préserver la santé des consommateurs - Sécurité microbiologique de l’aliment - Exposition aux xénobiotiques et au stress Axe C Diversifier les produits et leurs usages, accroître leur compétitivité - Elaboration d’aliments aux caractéristiques - Qualité des produits et traçabilité - Applications à usage non alimentaire Axe D Développer les recherches et produire les données génériques pour la connaissance du vivant - Structures et fonctions des génomes modèles - Approches génomiques des espèces d’intérêt agronomique - Méthodologies et approches intégratives Axe E Adapter les espèces, les pratiques et les systèmes de production agricole - Adaptation des systèmes et pratiques dans le domaine végétal et microbien - Adaptation des systèmes et pratiques dans le domaine animal Axe F Comprendre et améliorer l’organisation des acteurs et leurs stratégies, analyser les enjeux politiques publiques, contribuer à leur conception et à leur évaluation, anticiper leurs évolutions

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Sommaire Présentation du Centre de Bordeaux-Aquitaine

p. 8

Pôle Biologie Végetale Intégrative

p. 13

Pôle Vigne et Vin

p. 29

Pôle Forêt-Bois

p. 47

Pôle Sécurité des Aliments

p. 71

Pôle Hydrobiologie

p. 81

Pôle Nutrition et Neurosciences

p. 95

Palmipôle

p. 105

Autres résultats

p. 109

Plates-formes communes du centre

p. 115

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L’Inra en Aquitaine assure des missions de production d’innovation, de formation et d’expertise pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement. Il bénéficie pour cela d’un ensemble cohérent et relativement complet de compétences scientifique et technique dans le domaine des sciences du végétal et dans certains domaines précis des sciences animales. Il s’appuie sur des dispositifs spécifiques de recherche et d’expérimentation. Vous aurez une idée des activités de l’Inra en Aquitaine grâce à ce rapport qui présente les principaux faits marquants de l’année 2006 des unités des recherches et d’expérimentation du centre Inra de Bordeaux Aquitaine. Ce document apporte plus une image de la diversité, la richesse et la qualité des productions, réalisé à partir de la compilation des résultats que les unités considèrent comme importants ou représentatifs pour l’année 2006. Il n’a pas la prétention d’un rapport d’activité exhaustif de la production de connaissances, de savoir faire, d’outils et de méthode mais aussi d’expertise des équipes. Pour bénéficier d’une vision plus complète des productions académiques, le lecteur pourra se référer à la liste des publications dans des revues à comité de lecture fournie en complément. Les principaux faits marquants sont présentés par grands ensembles fédérateurs qui concrétisent l’important partenariat de recherche, d’enseignement supérieur et de transfert en œuvre à l’Inra en Aquitaine. Cette présentation apporte une illustration concrète de la dynamique spécifique dans chacun de ces pôles et permet une lecture plus transversale et thématique.

Benoit FAUCONNEAU Président du Centre Délégué Régional

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Le Centre INRA Bordeaux-Aquitaine Créé en 1946, l’INRA est un EPST placé sous la double tutelle des Ministres chargés respectivement de la Recherche et de l’Agriculture. Ses objectifs sont de promouvoir une agriculture et une agro-industrie performante, assurer au consommateur une alimentation de qualité et préserver l’environnement rural. Un peu d'histoire

des fruits, la génétique et la génomique des plantes ligneuses (arbres, espèces fruitières, vigne) constituant le noyau de l’IFR 103 de Biologie Végétale Intégrative. Elles s’appuient sur des plates formes expérimentales de génotypage, transcriptome, métabolome et bio-imagerie participent à la plate forme de génomique fonctionnelle de Bordeaux et des serres de type S2 (OGM) et S3 (pathogènes).

Le Centre de Recherche de Bordeaux-Aquitaine est l’un des 21 centres de recherches. Il est plus spécifiquement consacré aux sciences du végétal bien qu’il mène également des recherches sur des filières animales spécifiques. Il comprend trois implantations principales : Domaine de la Grande Ferrade à Villenave d’Ornon, Domaine de Pierroton à Cestas et SaintPée-sur-Nivelle, ainsi que 12 autres implantations secondaires en Aquitaine, l’ensemble représentant 780 ha. Il regroupe près de 1000 personnes dont plus de 500 personnels permanents de l’Inra, 200 personnels d’autres organismes de recherches et d’enseignement supérieur et plus de 250 thésards et étudiants. Les recherches sont menées dans 16 Unités de Recherches (dont 14 Umr) et 6 Unités Expérimentales.

Caractéristiques scientifiques majeures Les domaines de recherches et d’expertise

2/ Qualité et la sécurité des aliments (INRA, ENITAB, SRPV)

Les recherches portent sur la genèse et le contrôle des altérations de la qualité des produits végétaux conPérigueux sommés par l’homme ou l’animal. DORDOGNE Les thématiques prioritaires conCadouin Bordeaux cernent d’une part les mycotoxiTalence Villenave d'Ornon PierrotonLatresne nes et insectes des grains (unité Cestas Couhins Toulenne MycSA), d’autre part les éléments LOT-et-GARONNE GIRONDE traces métalliques dans les légumes et Bourran plantes de grandes cultures (umr Tcem Agen et unité Usrave). LANDES Un partenariat étroit avec la Direction géMont-de-Marsan nérale de l’Alimentation (Lnds-SPV) s’est Artiguères traduit par un bâtiment et une halle technologique communs. Donzacq Saint-Martin Coulaures

Les recherches et l’expertise de l’Inra en Aquitaine concernent majoritairement la génétique, physiologie, génomique, agronomie, pathologie et de-Hinx écologie des végétaux surtout des 0AU 3/ Vigne et le vin espèces pérennes : forêt, vigne, Biarritz PYRÉNÉES Lapitxuri (Universités Bordeaux 1, 2, 3 et 4, ENITAB) arbres fruitiers mais aussi d’autres Saint-Pée- ATLANTIQUES sur-Nivelle Les recherches portent sur la génomique fonctionnelle espèces comme la fraise, le maïs, Lées-Athas de la vigne, l’agronomie viticole (écophysiologie de la les cultures légumières ainsi que plante), la santé et la protection de la vigne, la génétique de les champignons. Ces recherches sont la vigne, la qualité du raisin et s’intègrent dans l’Institut des organisées principalement autour des 6 probléSciences de la Vigne et du Vin qui regroupera sur le campus matiques d’intérêt agronomique qui ont pour ambition de fédérer les forces de recherches de Bordeaux et de l’Aquitaine, de l’Inra l’essentiel des recherches et de l’enseignement supéde participer à la construction de parcours d’enseignement su- rieur de ce domaine. périeur (Master, Ecoles Doctorales) et de contribuer au transfert technologique. 4/ Forêt-Bois

(INRA, CNRS, Universités Bordeaux 1 et 2)

1/ Biologie végétale intégrative (INRA, Universités Bordeaux 1 et 2)

LLes recherches portent sur l’écologie fonctionnelle (écophysiologie, cycle et transfert physique à différentes échelles spatiales) et la biodiversité (génétique et écologie évolutive,

Les recherches portent sur la génomique des interactions plantes pathogènes (virus, mollicutes), la physiologie et la maturation

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Aménagements des accès routiers aux abords de l'Isvv - mai 2007

Les compétences en agronomie et en écologie participant à ces différents domaines de recherches permettent d’appréhender certaines finalités relatives au développement durable des filières de production agricoles ainsi qu’à la gestion des écosystèmes naturels et cultivés.

pathologie et écologie des communautés) des écosystèmes forestiers ainsi que sur la biotechnologie du bois (biomécanique de l’arbre et nouveaux produits à base de bois). Elles s’appuient sur des dispositifs expérimentaux classiques mais aussi sur des dispositifs spécifiques (Tour instrumentée pour les mesures de flux, Sites d’observation à long terme, Plate forme technologique bois).

Les compétences en expérimentation

5/ Hydrobiologie (INRA, IFREMER, Universités Bordeaux 1 et Pau et Pays de l'Adour)

Les unités expérimentales du domaine végétal concernent la culture de la vigne, l’arboriculture fruitière, l’amélioration génétique du maïs et la sylviculture. Elles hébergent des collections et des conservatoires de ressources génétiques de ces différentes espèces. Les unités expérimentales du domaine animal concernent les poissons et les palmipèdes à foie gras.

Les recherches portent sur l’alimentation et la nutrition des poissons en aquaculture et l’écologie comportementale et la dynamique des populations de poissons en milieu naturel. Elles s’appuient sur des plateaux techniques aquacoles et d’étude du comportement ainsi que sur des dispositifs de terrain (piscicultures, sites ateliers instrumentés).

6/ Nutrition humaine et Neurosciences (INRA, Universités Bordeaux 1 et 2) Les recherches menées sur les campus universitaires portent sur le déterminisme physiologique du stress, de la douleur et du bien être en prenant en compte les dimensions génétiques et nutritionnelles.

Cartographie des pôles

+ Unités expérimentales

5NITÏ)NRARELIÏEPARTIELLEMENT ÌUN0ÙLE

0ÙLEDANSSAVISIONLAPLUSLARGE ACTUELLEOUFUTURE %NSEMBLEFÏDÏRATEURSURSITE)NRA

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Les chiffres-clés Budget de la recherche 2005 Le budget de fonctionnement du centre de Bordeaux-Aquitaine est de plus de 36 millions d'euros dont 40 % de budget hors salaires. Budget 2005

Répartition hors salaires

40%

Dotation de l'Etat

Hors salaires permanents.

60%

Salaires permanents

Recettes propres

(2005)

nombre de publications

242

+40

nombre de chercheurs HDR*

66

+6

nombre de thèses

126

-

Ressources humaines .ON TITULAIRES

2006

(2004)

nombre de contrats industriels - recherche et développement - transfert

81* 20

-3 -11

nombre de contrats européens ** - nouveaux - en cours

8 24

+5 +1

nombre de brevets nombre de licences

5 9

-

Répartition des contrats de recherche - année 2006 (en volume)

-// #$)

&EMMES 

MAINDg“UVREOCCASIONNELLE

CONTRATSÌDURÏEINDÏTERMINÏE

Industrie Interprofession ANR

  

Ministères

#HERCHEURS  !UTRES 0ERSONNELS 

$2 #2 )2 )%

TECHNICIENS ADMNISTRATIFSx

Contrats de recherches *

* voir ci-dessous la répartition des contrats de recherche pour l'année 2006 ** dont 1 Réseau d’Excellence (Rex - Inra coordinateur) et 5 Projets Intégrés (PI)

#$$SURCONTRATDERECHERCHE (OMMES 

29%

Valorisation

* nombre de chercheurs ayant une HDR ou équivalent (DR, DR1, DRE).

4ITULAIRES

15%

35%

* Les contrats de recherches peuvent bénéficier de financements d’état (Ministère), d’une collectivité territoriale ou des industriels (voir répartition ci-dessous).

Indicateurs 2006

21%

Autres contrats

12% 21%

30%

Collectivités territoriales

26% Union Européenne

Répartition en nombre : Collectivités Territoriales 32 %, Ministères 23 %, Anr 6 %, Union Européenne 11 %, Industrie 10 %, Interprofession agricole 17 %.

"OURSIERSDETHÒSE ETCHERCHEURSÏTRANGERS $ONNÏESAOßT SOURCE3ERVICE2ESSOURCES(UMAINES

-OYENNEDgÊGEDUCENTREANS

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5% 6%

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Les résultats par pôles de recherche.

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Pôle Biologie Végétale Intégrative

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Biologie Végétale Intégrative

› Quelques chiffres 220 personnels permanents 100 scientifiques (chercheurs / enseignants-chercheurs - ingénieurs) dont 70 scientifiques. 1 IFR de Biologie végétale intégrative avec 6 unités de recherche (http://www.bordeaux.inra.fr/ifr103) Unités mixtes INRA • Génomique, diversité, pouvoir pathogène (UMR GDPP - INRA / Univ. Bordeaux 2) • Biologie du fruit (UMR BF - INRA / Univ. Bordeaux 1et 2) • Biodiversité, gènes et communautés (UMR BIOGECO - INRA / Univ. Bordeaux 1) • Santé Végétale (UMR SV - INRA/ENITAB) -pour partieUnités propres INRA • Espèces fruitières • Mycologie et sécurité des aliments (MYCSA) • Unité expérimentale d'arboriculture Unité mixte CNRS • Biogénèse membranaire (Univ. Bordeaux 2 / CNRS)

› Dépts scientifiques INRA Santé des plantes et environnement (SPE) | Biologie végétale (BV) | Santé animale (SA) | Génétique et Amélioration des Plantes (GAP) | Écologie, forêt, prairies et milieux aquatiques (EPFA) | Microbiologie et chaîne alimentaire (MICA) | Caractérisation et élaboration des produits issus de l’agriculture (CEPIA).

› Partenaires Centre technique interprofessionnel des fruits et légumes (CTIFL) • Interprofession des fruits et légumes frais (INTERFEL) • Centre interrégional de recherche et d’expérimentation de la fraise (CIREF) • Service régional de la protection des végétaux (SRPV) • Centre de bio-informatique de Bordeaux (CBIB) • Laboratoire bordelais de recherche en informatique (LABRI).

› Autres acronymes UMR : Unité Mixte de Recherche. Upr : Unité Propre de Recherche. IFR : Institut fédératif de Recherche. ARN : Acide RiboNucléique

› Contact Thierry Candresse INRA - IFR BVI B.P. 81 33883 - Villenave d’Ornon Cedex tél : 05 57 12 23 89 candress@bordeaux.inra.fr

L’INRA, par ses efforts de structuration et d’équipements s’est ainsi retrouvé en position de leader pour construire, autour de l’IFR BVI, un pôle régional de recherche et d’enseignement supérieur en “biologie végétale“. L’Institut de Biologie Végétale Moléculaire comprend deux unités mixtes (INRA, Univ. Bordeaux 1 et 2 ). Son rôle d’attraction a permis de fédérer, avec 4 autres unités, l’IFR 103 Biologie végétale intégrative (IFR BVI) qui regroupe l’essentiel de l’offre de recherche et d’enseignement supérieur en biologie végétale sur Bordeaux. Une assise solide existe en bio-informatique au travers des interactions fortes avec le CBIB d’une part, et le partenariat avec le LABRI d’autre part. Principaux thèmes de recherches (Unités INRA) • Interactions plantes-pathogènes impliquant deux groupes d’agents pathogènes non cultivables : mollicutes et virus phytopathogènes à ARN, • Physiologie du développement précoce des fruits mise en place de leur qualité, développée sur un fruit modèle (tomate) mais aussi le raisin et sur des espèces d’application : pêche, fraise, • Métabolisme lipidique, biogenèse des membranes cellulaires et de la cuticule des plantes, • Structure et fonctionnement du génome d’espèces cultivées (arbres fruitiers ou forestiers, vigne, fraise, champignons cultivés), • Structure et variabilité des génomes de plantes (synténie, richesse allélique...), évolution de la diversité génétique, gestion des ressources naturelles ou des ressources génétiques et création variétale (espèces forestières, espèces fruitières, vigne, champignons cultivés...), • Induction et répression de la mycotoxicogenèse au cours de l'interaction plante-champignon (Fusarium).

Thèmes transversaux • Étude du transcriptome et des gènes régulateurs de la tomate lors du développement de la fleur et du fruit ou en réponse aux pathogènes, • Projet d’étude du transcriptome de la baie de raisin au cours de son développement, • Génomique des espèces ligneuses (Prunus, pin, chêne, vigne).

Outils communs • Plateaux techniques communs (génotypage-séquençage, transcriptome, tilling, métabolome, lipidome, bioimagerie) dont la plupart sont intégrés à la plateforme

génomique fonctionnelle d’Aquitaine localisée à l'Université Victor Segalen Bordeaux 2. • Installations spécifiques conformes à réglementation, notamment avec les installations de confinement de type S2 et S3. • Centre de ressources génétiques Prunus, collection tilling tomate.

Synergie de compétences L’IFR BVI est un pôle d’excellence scientifique ayant des synergies avec les autres ensembles fédérateurs finalisés dans le domaine végétal : Sécurité des aliments (Ur MYCSA), Forêt Bois (Umr BIOGECO), Institut des sciences de la vigne et du vin (UREF).

Enseignement supérieur L’IFR BVI est fortement impliqué dans l’enseignement supérieur au niveau du Master Recherche “Biologie Santé“: spécialités “microbiologie-immunologie“ (Bordeaux 2), “bio-informatique“ et “génétique et développement des plantes“ (co-habilités par les universités Bordeaux 1 et 2). Dans ce contexte, l'IFR dispense également une formation professionnelle (Master co-habilité par les universités Bordeaux 1 et 2 avec le soutien de l'INRA) “Biologie et Biotechnologies des Plantes“. Les laboratoires de l'IFR participent aux Écoles Doctorales des ces deux universités.

Transfert Partenariat étroit avec la filière fruits et légumes : CTIFL, GIE Fruits et Légumes du Sud Ouest et leurs stations d’expérimentations (CIREF), ce qui se traduit notamment par l’accueil d’ingénieurs dans les unités de recherches. Les travaux de génomique font l’objet de transfert direct sur l’exploitation de marqueurs.


Pôle Biologie Végétale Intégrative

Résultats 2006

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Biologie Végétale Intégrative

Des protéines codées par des gènes plasmidiques sont impliquées dans la transmission de Spiroplasma citri par son insecte vecteur Circulifer haematoceps. Génomique, diversité, pouvoir pathogène - Gdpp / Umr 1090 - INRA, Univ. Bordeaux 2 (SPE / SA - CT1)

L’objectif est de comprendre les mécanismes moléculaires de la transmission des mollicutes phytopathogènes (phytoplasmes et spiroplasmes) par les insectes vecteurs. Spiroplasma citri est l’une des rares bactéries intra-phloémiques disponible en culture in vitro et pour laquelle des études de génétique fonctionnelle sont réalisées. Dans ce contexte, il s’agit de caractériser les déterminants impliqués dans les interactions de cette bactérie avec son insecte vecteur Circulifer haematoceps. Résultats

Bibliographie

- La quasi-totalité (84 %) de la séquence du chromosome de Spiroplasma citri GII-3 (1,8 Mbases) a été déposée dans la base de données GenBank en 20 contigs positionnés et 18 contigs non positionnés sur la carte génétique. - Sept plasmides pSciA et pSci1à pSci6 ont été décrits. - La comparaison des cartes protéiques de souches transmissibles et non transmissibles a montré l’absence de protéines (P32, ScARPs) chez les souches non transmissibles. - Les gènes p32 et scarp sont portés par les plasmides pSci1-6. Ces plasmides sont absents chez les souches non transmissibles. - Le transfert, par transformation, des plasmides de la souche transmissible GII-3 à la souche non transmissible 44 a montré que la plasmide pSci6 intervient dans la transmissibilité de la souche 44 en lui permettant de franchir la barrière des glandes salivaires de l’insecte.

Carle, P., Saillard, C., Blanchard, A., Carrere, N., Carrere, S., Duret, S., Eveillard, S., Gaurivaud, P., Gourgues, G., Gouzy, J., Henry, A., Salar, P., Laigret, F., Bove, J.M., Renaudin, J. and Foissac, X. (N° accession: AM285301-AM285321) Berho, N., S. Duret, and J. Renaudin. 2006. Absence of plasmids encoding adhesion-related proteins in non insect-transmissible strains of Spiroplasma citri. Microbiology 152:873886. Berho, N., S. Duret, J. L. Danet, and J. Renaudin. 2006. Plasmid pSci6 confers insect transmissibility to the non-transmissible strain S. citri 44. Microbiology 152:2703-2716. Killiny, N., B. Batailler, X. Foissac, and C. Saillard. 2006. Identification of a Spiroplasma citri hydrophilic protein associated with insect transmissibility. Microbiology 152:1221-1230.

Contact UMR GDPP - Génomique, diversité, pouvoir pathogène Institut de Biologie Végétale Moléculaire INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Perspectives ou impact à terme La disponibilité du génome de S. citri ouvre la voie aux études de génomique fonctionnelle en permettant l’identification in silico de gènes “candidats” pour la production de mutants. Elle permet également l’identification des protéines par analyse en gel 2-D et spectrométrie de masse. - La mise en évidence d’une corrélation entre présence de plasmides et transmissibilité devrait conduire à l’identification des déterminants génétiques de la transmission portés par ces plasmides. - Ces travaux décrivent pour la première fois le transfert de plasmides naturels entre souches de S. citri. - La possibilité d’utiliser ces plasmides comme nouveaux vecteurs de gènes est envisagée.

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Pôle Biologie Végétale Intégrative | Résultats par Unités


Pôle Biologie Végétale Intégrative

Mécanisme de contrôle de l’endoréduplication associée à l’expansion cellulaire dans la croissance du fruit. Biologie du fruit - Bf / Umr 619 - INRA, Univ. Bordeaux 1 et 2 (BV - CT1)

L’Umr 619 s’intéresse aux mécanismes qui régulent la division cellulaire et l’expansion cellulaire dans la croissance du fruit. Chez la tomate, l’endoréduplication a pour conséquence d’augmenter la ploïdie des cellules à des niveaux inégalés dans d’autres espèces. Ce mécanisme est directement corrélé au déterminisme de la taille des cellules, et par conséquent à la taille finale du fruit. Taille et qualité du fruit se comportent comme des caractères opposés. Aussi l’identification de gènes jouant un rôle dans le contrôle de la croissance cellulaire et celle du fruit, et l’étude de leur impact sur la composition du fruit sont des éléments importants pour une utilisation dans un schéma de sélection conciliant une taille voulue et des critères de qualité satisfaisants pour le consommateur. Ce travail s’insère dans l’axe stratégique de l’Inra “une connaissance approfondie du vivant”. Résultats

Valorisation

Chez le fruit de tomate, la transition entre les phases de division et expansion cellulaire du développement se caractérise par un arrêt des activités mitotiques, l’endoréduplication et l’inhibition des activités CDK, régulateurs-clé du cycle cellulaire. La perte des activités des complexes CDK/Cycline peut être obtenue par fixation d’inhibiteurs spécifiques des CDK. Deux ADNc codant pour de tels inhibiteurs ont été isolés et caractérisés chez la tomate. Tous deux sont exprimés différentiellement au cours du développement du fruit, mais leur expression est augmentée dans les cellules en endoréduplication. L’inhibiteur KRP1 est capable d’inhiber les activités CDK/Cycline mitotiques, mais également les activités CDK/Cycline de la phase S. La protéine KRP1 s’accumule dans les cellules en endoréduplication, et participe à l’inhibition des activités CDK. Nos résultats suggèrent que KRP1 est impliquée dans le contrôle de l’endocycle en régulant l’entrée en phase G1 et la sortie de la phase S.

Bisbis B., Delmas F., Joubes J., Sicard A., Hernould M., Inze D., Mouras A. and Chevalier C. (2006). Cyclin-Dependent Kinase (CDK) Inhibitors regulate the CDK-Cyclin complex activities in endoreduplicating cells of developing tomato fruit. Journal of Biological Chemistry 281: 7374-7383.

Bibliographie Cheniclet C., Rong W.Y., Causse M., Frangne N., Carde J.P., Renaudin J.P. (2005). Cell expansion and endoreduplication show a large genetic variability in pericarp and contribute strongly to tomato fruit growth. Plant Physiol. 139, 1984-1994. Joubès J. and C. Chevalier. (2000). Endoreduplication in higher plants. Plant Mol. Biol. 43: 737-747

Contact Christian CHEVALIER (chevalie@bordeaux.inra.fr) Equipe “Organogenèse du fruit et endoréduplication” UMR BF Institut de Biologie Végétale Moléculaire INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Perspectives ou impact à terme L’élucidation du rôle de l’endoréduplication dans la croissance du fruit de tomate passe par la caractérisation fonctionnelle des molécules régulatrices. A terme cette étude contribuera à mieux comprendre le rôle de l’endoréduplication dans le contrôle de l’expression des gènes en relation avec le développement du fruit et sa qualité.

Partenaires Contrat Région Aquitaine (2002-2005). “Approche génomique de la qualité du fruit de tomate. Application à d’autres espèces fruitières.”

Champ thématique CT1 (SPE) : morphogenèse et architecture des plantes Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Biologie Végétale Intégrative | Résultats par Unités - 2004 -


Pôle Biologie Végétale Intégrative

Structuration d’un pôle Métabolome-Fluxome à Bordeaux. Biologie du fruit - Bf / Umr 619 - INRA, Univ. Bordeaux 1 et 2 (BV - CT1)

L’analyse structurale et fonctionnelle du génome des plantes est devenue un enjeu stratégique déterminant. Le séquençage systématique du génome de plantes modèles n’est qu’une étape, il convient aujourd’hui de s’impliquer dans l‘étude des relations gène-fonction. Dans une démarche de génomique fonctionnelle, l’étude du métabolome est un complément indispensable de celle du transcriptome et du protéome. Les profils ou les empreintes métaboliques sont des signatures de l’état et de la qualité de fonctionnement d’un tissu et permettent l’étude des interactions entre génome et environnement. Les données du métabolome participent au développement des connaissances génériques des sciences du vivant (génomique fonctionnelle) et aussi à des études intégrées (biologie intégrative). Résultats

Partenaires

L’Umr 619 a rassemblé sur le plateau technique MétabolomeFluxome de l’IFR103 les outils (RMN, HPLC, GC, bientôt spectromètre de masse), développé le savoir-faire dans l’acquisition de profils métaboliques et l’expertise dans le traitement des données (traitement du signal, statistiques, visualisation) pour l’étude du métabolome, et développé l’expertise pour réaliser la quantification des flux appelée fluxome (expériences de marquage, modélisation mathématique, mesure d’enrichissement isotopique etc..). Ce plateau est aujourd’hui un pôle de la Plateforme Génomique Fonctionnelle Bordeaux (PGFB). Il joue un rôle leader au niveau national dans le domaine de l’analyse du métabolisme et du métabolome des plantes. Il est impliqué dans trois projets européens (EU-SOL, ISAFRUITS et META-PHOR) et coordonne un projet national Génoplante. Ce plateau vient d’être reconnu comme structure en émergence par la coordination interorganisme (RIO) grâce aux développements technologiques et à son ouverture sur la communauté scientifique. Par ailleurs les membres de ce plateau ont initié le Réseau Français Métabolome et Fluxome (www.bordeaux. inra.fr/ifr103/reseau_metabolome/) et animé les 2° Journées Scientifiques du RFMF à Clermont-Ferrand..

Les partenaires sont institutionnels (Inra, CNRS, Université de Bordeaux) mais aussi la Région Aquitaine, les structures comme l’IFR 103 “Biologie Végétale Intégrative” et la Plateforme Génomique Fonctionnelle Bordeaux (PGFB). Les aspects bioinformatiques sont traités en collaboration avec le Centre de BioInformatique de Bordeaux (CBiB).

Valorisation Depuis 2004, 51 projets de recherche (39 en collaboration, 12 en service) et 15 contrats de recherche (7 européens et 8 nationaux) ont utilisé les outils et les compétences du personnel du plateau, ce qui a conduit à une activité de publications conéquente (39 articles, 34 communications, 48 posters et 4 articles d’ouvrage).

Bibliographie Moing A, Deborde C, Rolin D. Metabolome: Metabolic fingerprinting and profiling by NMR. (2007) In Plant Genomics Morot-Gaudry J-F, Briat J-F (eds). Inra editions Dieuaide-Noubhani M, Alonso A-P, Roby C, Raymond P. Methods for the qualitative and quantitative analysis of metabolic fluxes. (2007) In Plant Genomics Morot-Gaudry J-F, Briat J-F (eds). Inra editions.

Perspectives ou impact à terme En 2007, le plateau continuera ses développements technologiques, augmentera ses capacités analytiques (débit, techniques) et mettra en place les technologies de LC-MS pour l’obtention de profils métaboliques. Par ailleurs le plateau intégrera une nouvelle composante (6 personnes du groupe “Polyphénols” spécialisée dans l’analyse quantitative et qualitative des composés phénoliques et flavonoïdes). Ce savoir analytique sera à la disposition de la communauté scientifique de la vigne et du raisin.

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

Contact Dominique ROLIN (rolin@bordeaux.inra.fr) Equipe “Régulation du métabolisme dans les fruits” UMR PBV Institut de Biologie Végétale Moléculaire INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

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Pôle Biologie Végétale Intégrative | Résultats par Unités


Pôle Biologie Végétale Intégrative

Caractérisation génétique de caractères affectant la floraison, le développement et la qualité du fruit chez le pêcher. Espèces fruitières - Uref / Upr 419 - INRA (GAP - Axes D, E - CT2)

Les caractères impliqués dans la floraison (date de floraison, abondance) et dans la qualité du fruit (composition en sucres, acides et composés phénoliques) sont des critères déterminant pour l’amélioration génétique du pêcher. L’objectif de ce travail est d’approfondir les mécanismes qui régissent directement ou indirectement la qualité du fruit. La détection de QTL, la cartographie de gènes candidats et l’étude approfondie des régions où gènes candidats et QTL co-localisent sont réalisées sur le pêcher mais également sur l’abricotier dans le but d’apporter des réponses quand à la conservation des génomes au sein des rosacées. Communication orale Arús P, Audergon JM, Sansavini S, Laurens F, Dunemann F, Durel C-E, van de Weg E, Dirlewanger E, Lahaye M, Lespinasse Y (2006) Genetic analysis of temperate fruit quality and health in the new ISAFRUIT European Project. Plant and Animal Genome XIV, San Diego, USA, 14-18 janvier 2006.

Résultats Plusieurs caractères affectant la floraison ont été décrits pour la première fois chez le pêcher, cartographiés, et un ensemble de marqueurs moléculaire étroitement liés aux gènes étudiés ont été identifiés. Grâce à un marqueur codominant, il a été possible de démontrer que le caractère plat du fruit, contrôlé par le gène dominant S, à l’état homozygote entraînait une perturbation dans le développement du fruit et son avortement précoce.

Contact Elisabeth DIRLEWANGER (dirlewan@bordeaux.inra.fr) UREF INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Perspectives ou impact à terme L’identification des gènes impliqués dans le contrôle de ces caractères par clonage positionnel est initiée en débutant par le gène D, contrôlant le caractère non acide du fruit. La compréhension des mécanismes impliqués dans le contrôle de ces caractères sera exploitable au sein des Rosacées compte tenus de la synténie importance existante au sein de cette famille. Sélection Assistée par Marqueurs.

Partenaires Projet Européen ISAFRUIT, UmrGV dans le cadre du clonage positionnel du gène D, thèse Région Aquitaine & Gouvernement Algérien

Valorisation Publication dans une revue internationale et communications orales dans des congrès internationaux.

Bibliographie Communication orale E. Dirlewanger, P. Cosson, K. Boudehri, C. Renaud, G. Capdeville, Y. Tauzin, L. Fouilhoux, A. Moing (2006) Characterisation of several traits affecting flower and fruit in peach (Prunus persica L. Batsch) and new genetic linkage map 3rd International Rosaceae Genomics Conference, New Zealand, 19-22 March 2006 . Champ thématique CT2 (GAP) : connaissance des génomes végétaux : structure et fonctionnement Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Innovation variétale : inscription au catalogue de quatre nouvelles variétés de noyer. Espèces fruitières - Uref / Upr 419 - INRA (GAP - Axe C - CT3)

Quatre nouvelles variétés de noisetier ont été inscrites au catalogue : Ferouette, Ferbel, Feradam et Fertignac. Toutes deux sont issues des programmes antérieurs de l’Urefv. Les trois premières sont des variétés à gros fruit, productives, à maturité précoce, de moyenne à faible sensibilité à la bactériose et l’anthracnose. Fertignac est un pollinisateur destiné à remplacer Ronde de Montignac, cette dernière ayant une canopée trop importante et étant moins productive. Résultats Ferouette (croisement entre Franquette et Howard) Débourrement, 4 jours avant Lara. Beau port d’arbre, peu à moyennement ramifié avec des rameaux assez longs. Vigueur supérieure à Franquette. Sensibilité à la bactériose (Xanthomonas arboricola pv. Juglandis) : faible à moyenne. Productivité : moyenne à bonne, nettement supérieure à Franquette. Date de maturité de fruit : proche de celle de Lara avec un bon calibre (65 % de 34-38). Epaisseur des coques : moyenne à faible, avec une très bonne soudure des valves. Rendement au cassage : 45 % avec un cerneau blond et savoureux. Il s’agit d’un noyer de type Franquette en terme de gabarit, plus précoce, avec mise à fruit plus rapide, calibre plus gros, et de forme arrondie. Ferbel (croisement entre Chandler et Lara) Débourrement, 10 jours avant Lara, équivalente à Chandler. Bel arbre du gabarit de Lara. Sensibilité à la bactériose : faible à moyenne; il ne présente pas d’anthracnose. Productivité: bonne avec une maturité quelques jours après Lara. Bon calibre (77% supérieur à 34), des coques bien lignifiées. Très beau fruit avec un rendement au cassage de 47 %. Cet hybride correspond à Lara avec un débourrement plus précoce et avec une bonne qualité de cerneaux. Il présente les mêmes caractéristiques que Chandler en cas de gel de printemps, il est capable de faire du fruit sur les bourgeons latéraux du rameau. Feradam (croisement entre Adam’s 10 et Chandler) Débourrement au moins 2 jour avant Lara. Bel arbre, de bonne vigueur (mais inférieure à Franquette), avec une ramification peu dense et des rameaux trapus, longs et peu nombreux. Port étalé, arbre formé en axe ne nécessitant pas de pliage. Du fait d’une mise à fruit très rapide il est nécessaire de le tuteurer pendant la formation pour éviter la casse au niveau de l’axe. Sensibilité à la bactériose : moyenne. Sensibilité à l’anthracnose : et surtout sur feuille. Productivité moyenne à bonne. Maturité du fruit : proche de Lara, voire légèrement plus précoce. Les fruits sont de gros calibre (90% de 34-38) avec une assez bonne lignification, des cerneaux de qualité assez bonne, parfois (rarement) sombre et grisé. Rendement au cassage : égal à 46 %. Fertignac (croisement entre Ronde de Montignac et Chandler) Débourrement identique à Ronde de Montignac. Bel arbre, avec des ramifications latérales et un gabarit plus faible que Ronde de Montignac. La floribondité mâle est proche de Ronde de Montignac, assez rapide. Floraison mâle et femelle : identique à Ronde de Montignac (floraison mâle 10 à 15 jours après

Fernette). Maturité : fin septembre, entre Lara et Franquette. Productivité supérieure à Ronde de Montignac. Enoisage aisé, cerneau clair. C’est un pollinisateur qui convient très bien pour la floraison de Franquette et la fin de Lara.

Perspectives ou impact à terme Ferouette variété vigoureuse, à productivité nettement supérieure à Franquette et à fruit arrondi; devrait prendre 50% de la part de Franquette (jusqu’à 40 000 plants par an ce qui représente 100 à 150 hectares). Ferbel, variété à maturité proche de Lara et une capacité de produire sur les bourgeons latéraux en cas de gel printanier; devrait représenter 50 % des plantations de Lara (jusqu’à 20 à 25 000 plants, ce qui représente 50 à 70 hectares, sachant que cette variété devrait avoir une extension dans d’autres pays tels que Espagne, Italie, Chili, Argentine et autres) Feradam, première variété ayant des branches à angles ouverts et pouvant s’adapter sur les mêmes zones de plantation que Ferbel; devrait obtenir un succès proche c’est à dire 20 000 plants par an, ce qui représente 50 à 70 hectares. Fertignac, variété pollinisatrice dont les caractéristiques sont identiques à Ronde de Montignac avec un gabarit d’arbre plus petit et une ramification sur brindilles latérales; son potentiel sur le marché français devrait se situer autour de 2 000 plants par an.

Partenaires • Agri-Obtention • Contrat de branche : Chancre du noyer, une maladie émergente ? Etiologie, caractérisation de la flore associée, dépistage et recherche de résistances. Partenariat UREFV, Umr PaVé (Angers, SPE), Ctifl, SENURA • Action COST 873 - Bacterial diseases of stone fruits and nuts - 14 pays partenaires (13 européens et Israël).

Valorisation COV.

Bibliographie Réalisation en 2007 de fiches variétales avec la revue l’Arboriculture fruitière.

Contact Francis DELORT (delort@bordeaux.inra.fr) UREF INRA Bordeaux-Aquitaine 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Champ thématique CT3 (GAP) : innovations variétales - construction, impacts et modalités de gestion Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine 21

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Presse-Infos 2006 Communiqués de presse nationaux

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Un outil pour détecter la diversité des virus phytopathogènes. Communiqué de presse du 31/08/2006 (Service presse national)

La grande diversité des virus des plantes rend difficile l’utilisation d’une méthode généraliste pour leur détection et leur caractérisation. Ainsi, de nombreuses cultures peuvent être infectées par des virus encore non identifiés, ce qui limite fortement les possibilités d’étude et de lutte contre ces agents. Désormais, un outil de détection polyvalent existe, grâce aux travaux effectués par les chercheurs de l’INRA de Bordeaux. Cette nouvelle technique de biologie moléculaire a déjà permis d’identifier plusieurs nouveaux virus infectant des fruitiers comme le pêcher, le prunier, l’abricotier ou encore le bananier. dans des échantillons provenant de France, Italie, Espagne et Australie. Sa gamme d’hôtes est en cours d’étude en collaboration avec l’Université de Naples, pour déterminer s’il peut infester d’autres Prunus (comme les cerisiers) ou d’autres arbres fruitiers à pépins. D’autres études seront nécessaires pour comprendre le rôle de ce nouveau virus dans l’expression de la maladie, le virus n’ayant été retrouvé jusqu’à présent qu’en infection mixte avec d’autres agents. Les trois autres virus identifiés font partie du genre Foveavirus et affectent actuellement des Prunus d’origine asiatique. Chez le bananier, le potentiel de la PCR polyvalente pour la détection d’un virus peu connu et très variable, le Banana mild mosaic virus, Un test diagnostic coma été démontrée. Une étude de divermun à plusieurs virus sité a, pour la première fois, fourni des L’outil développé est basé sur indications sur la dispersion de plante la technique de PCR (Réaction à plante de ce virus et sur les raisons en Chaîne par Polymérase) qui de la grande variabilité génétique de permet de répliquer à plusieurs ce virus. De plus, l’outil a révélé l’exismillions d’exemplaires l’ADN d’un tence d’un second virus, qui a été virus. A partir de ces copies, les nommé Banana virus X et qui présenchercheurs ont isolé des séquente une moindre variabilité génétique ces génomiques partiellement que le Banana mild mosaic virus. Ce conservées, c’est-à-dire en partie La technique de PCR polyvalente permet d’identifier des virus proches de l’Apricot pseudo-chlorotic leaf spot ou du Cherry green ring mottle, nouveau virus a été détecté dans des communes à plusieurs genres ici en infection mixte chez un cerisier plantes issues de Guadeloupe. de virus, afin de développer des amorces utilisées dans ce test polyvalent. L’outil mis au point Ainsi, ces travaux ouvrent de nouvelles pistes en matière d’étiopermet d’amplifier plusieurs genres de virus filamenteux de la logie des maladies affectant les arbres fruitiers. L’identification de famille des Flexiviridae, en particulier les Trichovirus, Capillovices virus permet d’envisager, à court terme, le développement rus et Foveavirus. Ces agents, encore relativement mal connus, de tests de détection spécifiques à ces nouveaux agents viraux. sont responsables de maladies importantes notamment chez A moyen terme, il devient possible d’étudier l’épidémiologie de les espèces fruitières à noyau, mais aussi chez les agrumes, la ces virus et les possibilités de traitement pour protéger les fruibanane ou encore la vigne. tiers. © INRA /UMR GDPP

Contrairement aux agents pathogènes de type bactéries ou champignons, les virus possèdent des caractéristiques génomiques très variables, qui rendaient jusqu’alors difficile le développement de techniques de détection communes à plusieurs virus. Une équipe de chercheurs de l’INRA de Bordeaux, spécialisée en virologie végétale, a réussi à développer une technique moléculaire permettant d’identifier, en un seul test diagnostic, des virus appartenant à plusieurs genres. Cette découverte s’appuie sur l’utilisation de courts motifs protéiques conservés pour étudier les virus et leur affiliation phylogénétique.

Identification de nouveaux agents viraux

En collaboration avec le CIRAD, le CTIFL et l’Université de Naples, les chercheurs de l’INRA ont pu identifier grâce à ce test diagnostic plusieurs nouveaux agents viraux ou souches nouvelles de virus déjà connus Ainsi, chez les Prunus, quatre nouveaux virus ont été caractérisés. L’un d’eux appartient au genre Trichovirus : il a été détecté sur des pruniers japonais et un abricotier en infection croisée avec un virus déjà identifié. Jusqu’à présent, ce nouveau virus n’a été trouvé que sur un nombre limité d’espèces de Prunus,

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Contact

INRA : Thierry CANDRESSE | tél. : 05 57 12 23 93 thierry.candresse@bordeaux.inra.fr Umr INRA-Université de Bordeaux 2 - GDPP -, départements “Santé des plantes et environnement” et “Santé animale”, centre INRA de Bordeaux. CIRAD : Pierre-Yves TEYCHENEY | tél. : 05 90 86 17 71 teycheney@cirad.fr

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Une bactérie s’attaque aux agrumes du Brésil. Communiqué de presse du 11/07/2006 (Service presse national)

En 2004, les premiers symptômes de la maladie du Dragon jaune (ou Huanglongbing en chinois) étaient observés dans des vergers d’agrumes au Brésil. Cette maladie bactérienne qui détruit rapidement les fruitiers existait déjà sous deux formes, l’une en Afrique, l’autre en Asie, mais n’avait encore jamais été recensée sur le continent américain. Les chercheurs de l’INRA de Bordeaux ont caractérisé l’agent responsable de la maladie au Brésil, et ont mis en évidence une nouvelle espèce de la bactérie pathogène. Ces travaux apparaissent essentiels pour lutter contre la maladie qui menace la production d’agrumes dans le monde. L’agent pathogène responsable de la maladie du Huanglongbing (HLB) a été vu pour la première fois par les chercheurs de l’INRA en 1970. Il s’agit d’une bactérie nichée à l’intérieur même des tissus de la plante et qui n’a jamais pu être obtenue en culture. Seul l’avènement des techniques moléculaires a permis sa caractérisation. Dès 1994, les chercheurs de l’INRA de Bordeaux avaient identifié les deux espèces bactériennes responsables de la maladie en Asie et en Afrique : Candidatus Liberibacter asiaticus et Candidatus Liberibacter africanus. Ces bactéries se propagent grâce à deux insectes piqueurs-suceurs proches des pucerons et inféodés aux agrumes : le psylle africain et le psylle asiatique, Diaphorina citri. Ce dernier est également présent au Brésil depuis plusieurs décennies où il est désormais vecteur du HLB.

Ca. L. asiaticus. Les chercheurs ont donc conclu formellement que la nouvelle bactérie identifiée au Brésil est du genre Liberibacter et s’avère suffisamment différente des espèces connues pour former une troisième et nouvelle espèce, appelée Candidatus Liberibacter americanus.

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Une maladie fatale pour les agrumes

© INRA /J. BOVE

© INRA /J. BOVE

La maladie du dragon jaune provoque la chute prématurée des feuilles et une croissance anormale des fruits, qui prennent une forme asymétrique et une coloration anormale. Un arbre infecté par l’insecte vecteur met plusieurs mois avant de manifester les symptômes. Mais une fois développée, la maladie s’avère fatale, un verger pouvant être décimé en quelques années seulement s’il ne bénéficie pas des traitements appropriés. Les seuls moyens de lutte La maladie du Dragon Jaune est transmise par un insecte suceur-piqueur appelé psylle des agrumes connus jusqu’à présent consistent à arracher les arbres contaminés et à traiter les vergers par un Identification de la nouvelle bactérie insecticide contre le psylle vecteur. Face à ces dangers et aux Les symptômes foliaires observés en 2004 dans les vergers de dégâts potentiels de la bactérie, la maladie doit impérativement l’Etat de São Paulo au Brésil ont fait soupçonner la maladie du être contrôlée pour éviter des ravages en agrumiculture. HLB. Pour identifier formellement l’agent pathogène, les chercheurs de l’UMR “Génomique, Développement et Pouvoir PaLes travaux d’analyse génétique sur la nouvelle espèce bactéthogène” et leurs collègues de Fundecitrus au Brésil ont procérienne se poursuivent pour faciliter les tests de détection de la dé à des analyses de microbiologie moléculaire sur des feuilles bactérie et les rendre plus sensibles. d’orangers affectés et des feuilles La lutte contre cette maladie nécessid’orangers sains. Des tests spécifiques te en effet de bien connaître les zones ont été réalisés par PCR (Réaction de infestées. Or la maladie progresse rapolymérisation en chaîne), une méthode pidement puisque le psylle vecteur a d’analyse génétique permettant de multiplier les séquences d’ADN pour mieux Les agrumes atteints du HLB (au centre) présentent une croissance anormale par déjà été détecté en Floride et dans les aux fruits sains (aux extrémités). Ils ont une forme asymétrique, une chair Caraïbes. les étudier, notamment ici d’amplifier un rapport verte et des pépins avortés fragment d’ADN cible particulier, le gène ADNr 16S. Ces tests ont révélé la présence, dans les feuilles Contact symptomatiques, d’une bactérie dont l’ADNr 16S avait un fort INRA : pourcentage d’identité avec les séquences des deux bactéries Sandrine EVEILLARD | tél. : 05 57 12 23 63 ou 05 57 12 23 53 déjà connues (Candidatus Liberibacter asiaticus et Candidatus sandrine.eveillard@bordeaux.inra.fr Liberibacter africanus). Joseph BOVE - Contact via Jean-Claude MEYMERIT, service Communication | tél. : 05 57 12 26 52 Une deuxième séquence spécifique d’ADN a été étudiée et amjean-claude.meymerit@bordeaux.inra.fr plifiée par PCR. Cette séquence particulière est très conservée Umr INRA - Université de Bordeaux 2 - GDPP -, départements pour les diverses souches d’une même espèce (100% d’iden“Santé des plantes et environnement” et “Santé animale”, centre tité), mais est plus variable entre les souches de deux espèces INRA de Bordeaux. différentes (70% d’identité) : c’est précisément le cas pour la nouvelle bactérie du Brésil comparée à Ca. L. africanus ou à

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Publications 2006

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Publications | Pôle Biologie Végétale Intégrative | INRA de Bordeaux-Aquitaine - Année 2006

Pôle Biologie végétale intégrative

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Publications | Pôle Biologie Végétale Intégrative | INRA de Bordeaux-Aquitaine - année 2006


Publications | Pôle Biologie Végétale Intégrative | INRA de Bordeaux-Aquitaine - Année 2006

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Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Publications | Pôle Biologie Végétale Intégrative | INRA de Bordeaux-Aquitaine - année 2006


P么le Vigne et Vin

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Vigne et Vin

› Quelques chiffres 200 personnels permanents 120 scientifiques (chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs) dont 30 scientifiques Inra. 7 unités et équipes de recherche constitutives de l’Institut des sciences de la vigne et du vin (ISVV) Unités mixtes INRA • Œnologie (UMR - INRA / Univ. Bordeaux 2) • Santé végétale (UMR Sv - INRA / ENITAB) • Ecophysiologie et génomique fonctionnelle de la vigne (UMR EGFV - INRA / Univ. Bordeaux 1 et 2 / Enitab) Equipes universitaires et laboratoires associés • Groupe d’études des substances végétales à activités biologiques (Ufr Pharmacie, Bordeaux 2) • Umr Génomique, diversité et pouvoir pathogène (Inra) • Umr Biologie structurale (Cnrs) • Groupe de recherche synthèse et activité des systèmes naturels (Cnrs, Bordeaux 1)

› Dépts scientifiques INRA Biologie végétale (BV) • Environnement et agronomie (EA) • Caractérisation et élaboration des produits issus de l’agriculture (CEPIA) • Génétique et amélioration des plantes (GAP) • Microbiologie et chaîne alimentaire (MICA) • Santé des plantes et environnement (SPE)

› 4 centres de recherche SHS • Economie et gestion des espaces ruraux, Egerie (Enitab) • Laboratoire Marchés et marketing du vin du centre de recherche de BEM • Centre Montesquieu de la vigne et du vin (Univ. Bordeaux 4) • Centre de recherche sur la vigne et le vin (Univ. Bordeaux 3)

› Partenaires Conseil Régional d’Aquitaine (CRA) • Conseil interprofessionnel du vin de Bordeaux (CIVB) • Centre technique interprofessionnel de la vigne et du vin (ITV) • Chambre régionale d’agriculture d’Aquitaine (CRAA).

› Autres acronymes Umr : Unité Mixte de Recherche Upr : Unité Propre de Recherche Cper : Contrat de plan État-Région Bem : Bordeaux Ecole de management

› Contact Serge Delrot ISVV, Domaine de la Grande-Ferrade 33883 Villenave d’Ornon serge.delrot@bordeaux.inra.fr tél : 05 57 12 23 73

L’Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV) a été crée sous le Contrat de Plan Etat-Région 2000-2006 avec une triple mission dans les domaines de la recherche, de l’enseignement supérieur et du transfert de technologie. L’ISVV intègre une fonction d’objectifs pour la définition et la pertinence des recherches à développer et une fonction d’agence de moyens liés aux équipes qu’il regroupe. Il concrétise des collaborations initiées depuis près de 20 ans par les équipes de l’INRA, les équipes universitaires de Bordeaux 1, Bordeaux 2, auxquelles sont venues s’ajouter celles de l’ENITAB, des universités Bordeaux 3 et 4, de Bordeaux Ecole de Management (BEM) travaillant sur les aspects historiques, juridiques, marketing et socio-économiques de la filière. L’Isvv est par ailleurs inscrit dans un réseau national de recherche “Vigne et Vin” et participe à plusieurs réseaux européens dont COST 858 coordonné par Serge Delrot. Le site de l’INRA à Villenave d’Ornon accueille ce nouvel institut dans un grand équipement de 7000 m2 dont la livraison est prévue au printemps 2008. Principaux thèmes de recherches • Approches agronomiques et œnologiques de la qualité des raisins et des vins (Univ. Bordeaux 1 et 2, Inra) • Santé et protection intégrée de la vigne (Inra, Enitab) • Structure et activités biologiques des polyphénols (Bordeaux 2) • Viticulture durable et environnement (Univ. Bordeaux 1 et 2, Inra) • Gestion et économie viticole, innovation, réglementation (Univ. Bordeaux 4, Enitab) • Droit, civilisations et territoires (Univ. Bordeaux 3) • Marketing et stratégies de la filière (Bem)

Outils communs • Domaines expérimentaux viticoles • Chais expérimentaux, ateliers microvinification, salles de dégustation • Conservatoire génétique de cépages • Plateforme génomique • Plateforme RMN (métabolome)

Synergie de compétences L’Isvv constitue un ensemble fédérateur finalisé susceptible de mobiliser des compétences de pôles d’excellences scientifiques : Ifr Bvi, Institut Européen Chimie Biologie, Ifr Neurosciences...

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T

Il a également vocation à constituer le socle de compétence en recherche Vigne et Vin pour les pôles de compétitivité aquitains concernés : Prod’Innov, Bordeaux-Aquitaine Inno’vin.

Enseignement supérieur Cet institut a une dimension universitaire importante par les formations initiales et continues qu’il délivre. Il s’agit principalement de celles réalisées par la Faculté d’Œnologie (250 étudiants : DUT, licence professionnelle, DNO, master professionnel, master de recherche, DU), les Universités de Bordeaux 3 et 4 (licence et master), l’Enitab (diplôme d’ingénieur, master professionnel, mastère) et de Bem (master professionnel, MBA). La formation professionnelle continue diplômante concerne quant à elle environ 400 étudiants.

Transfert L’Isvv travaille de manière privilégiée avec les différents partenaires de la filière vigne et vin : Civb, Itv, Craa, ainsi qu’avec les industriels (produits œnologiques ou phytosanitaires). Deux cellules de transfert et de valorisation intégrées dans l’Isvv compètent ce réseau : Microflor et Polyphénols Biotech.


P么le Vigne et Vin

R茅sultats 2006

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Vigne et Vin

Rattachement de l’équipe “Génétique des Portegreffe de la Vigne” à une nouvelle Umr : “Ecophysiologie et Génomique Fonctionnelle de la Vigne”. Espèces fruitières et vigne - Urefv / Upr 419 - INRA (GAP - Axes D, E - CT2)

Le contexte scientifique bordelais et le développement de l’Institut des sciences de la vigne et du vin (Isvv) poussait à la fédération et à la structuration des recherches menées sur la vigne sur le Centre Inra de Bordeaux. Cette nouvelle Umr est pilotée par le département EA.

Résultats 9 agents Inra-DGAP de l’Uref seront rattachés à cette Umr. Les recherches développées viseront à développer une approche pluridisciplinaire (écophysiologie, physiologie moléculaire, génétique) pour comprendre les impacts de l’environnement sur la qualité des raisins. Le porte-greffe sera considéré comme un facteur génétique de variation et sera envisagé sous l’angle des interactions génotype-milieu.

Perspectives ou impact à terme Cette structuration devrait permettre à terme une meilleure visibilité des recherches conduites au sein de l’équipe, ainsi qu’une dynamisation scientifique des programmes.

Partenaires Les équipes regroupées au sein de cette Umr sont : - “Ecophysiologie et Agronomie Viticole -Ecav-” (Inra-Enitab), - Contrôle du métabolisme secondaire de la baie (Universités de Bordeaux 1 et 2)”. Les recherches de ces équipes sont soutenues par la Région Aquitaine, le Conseil Interprofessionnel des Vins de Bordeaux. La nouvelle Umr participe à un projet ERA-PG “GRASP”.

Contact Serge DELROT (serge.delrot@bordeaux.inra.fr) UMR EGFV INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Champ thématique CT2 : connaissance des génomes végétaux : structure et fonctionnement

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Pôle Vigne et Vin | Résultats par Unités


Pôle Vigne et Vin

Nitrogen nutrition influences some biochemical responses to iron deficiency in tolerant and sensitive genotypes of Vitis. Espèces fruitières et vigne - Urefv / Upr 419 - INRA (GAP - Axes D, E - CT2)

Cette publication a été réalisée dans le cadre des projets de recherche sur la tolérance à la chlorose des porte-greffe de la vigne. Elle est relative à la mise au point de conditions d’évaluation des réponses de la stratégie I en situation de carence en fer. Jimenez S., Gogorcena Y., Hevin C., Rombolà A., Ollat N. (2006) acceptée pour publication dans Plant and Soil. DOI : 10.1007/s11104-006-9166-4. Résultats Cette publication met en évidence les interactions qu’il existe entre le métabolisme azoté et les réponses en situation de carence en fer. Ces interactions s’expriment notamment au niveau des propriétés d’acidification de la rhizosphère et de la synthèse et de l’accumulation des acides organiques. Les différences caractéristiques entre génotypes de vigne sensible et tolérant à la carence en fer sont masquées lorsque l’azote est assimilé sous forme d’ammonium.

Perspectives ou impact à terme Ces résultats permettent la poursuite des travaux sur la tolérance à la chlorose ferrique de manière plus efficace.

Partenaires Ces résultats ont été obtenus dans le cadre d’une collaboration avec le département de Pomologie du SCIC à Saragosse (Espagne). Cette collaboration a été soutenue par la coopération bilatérale et la région Aquitaine.

Bibliographie Une autre publication issue de cette collaboration est en cours de rédaction. Gogorcena Y., Decroocq S., Palomino D., Cantin O., Donnart M., Decroocq V. and Ollat N. Differential gene expression in Vitis under iron deficiency.

Contact Nathalie OLLAT (ollat@bordeaux.inra.fr) UREF INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Champ thématique CT2 (GAP) : Connaissance des génomes végétaux : structure et fonctionnement

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Pôle Vigne et Vin | Résultats par Unités


Pôle Vigne et Vin

Enquête sur l’utilisation des porte-greffe Fercal et Gravesac, 20 ans après leur inscription au catalogue. Espèces fruitières et vigne - Urefv / Upr 419 - INRA (GAP - AXES D, E - CT2)

Les programmes que l’équipe mène, conduiront à la sélection de nouveaux porte-greffe. Ces porte-greffes devront être diffusés. Dans ce cadre, il nous a semblé intéressant de faire le bilan de l’utilisation des précédentes obtentions, ceci afin d’affiner nos connaissances sur ce matériel végétal, recueillir l’avis des utilisateurs et montrer que l’Inra ne se désintéresse pas du matériel qu’il a inscrit au catalogue. Résultats Cette enquête, principalement d’opinion, conduite auprès des pépiniéristes et de certains viticulteurs, confirme l’intérêt du Fercal et replace le Gravesac dans la gamme des porte-greffe inscrits.

Perspectives ou impact à terme Les pépiniéristes sont très demandeurs de ce type d’information et apprécient l’objectivité de l’Inra sur ce sujet. Cela permet de construire des relations durables avec ces professionnels qui pourraient devenir des partenaires.

Valorisations Sur 30 porte-greffe autorisés à la culture en France, Fercal est le 6ème porte-greffe multiplié en France et Gravesac, le 9ème (données VINIFHLOR 2004).

Bibliographie Résultats d’enquête sur les porte-greffe Fercal et Gravesac Bordenave L. (2006) Union Girondine, novembre 2006, 38-43. Présentation orale au Congrès des Pépiniéristes Viticoles, Blois, août 2006.

Contact Louis BORDENAVE (bordenave@bordeaux.inra.fr) UREF INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Champ thématique CT2 (SPE) : Connaissance des génomes végétaux : structure et fonctionnement

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Pôle Vigne et Vin | Résultats par Unités


Pôle Vigne et Vin

Soil fertility and confered vigour by rootstocks. Espèces fruitières et vigne - Urefv / Upr 419 - INRA (GAP - AXES D, E - CT2)

Cette communication est basée sur les principaux résultats obtenus dans le cadre des programmes de recherches menés sur le test de certaines hypothèses pour expliquer le déterminisme de la vigueur conférée chez le porte-greffe.

Jimenez S., Gogorcena Y., Hevin C., Rombolà A., Ollat N. (2006) acceptée pour publication dans Plant and Soil. DOI : 10.1007/s11104-006-9166-4.

Résultats Ces résultats montrent que les différences de vigueur conférée induites par différents porte-greffe ne sont pas liées à la fertilité du milieu (notamment eau et azote), mais résultent d’une interaction propre en porte-greffe et greffon.

Perspectives ou impact à terme Ces résultats permettent de définir des conditions d’évaluation de la vigueur conférée pour de nouveaux porte-greffe. Ils permettent aussi de renforcer notre conviction que la vigueur conférée est déterminée par l’interaction porte-greffe / greffon, et non par les propriétés d’adaptation du porte-greffe aux conditions de milieu.

Partenaires Ces recherches ont été menées dans le cadre d’un projet pluridisciplinaire conduit avec nos collègues de l'équipe ECAV et de l’Umr “Biologie du fruit”. Ces équipes seront nos partenaires dans l’Umr EGFV. Ces projets ont reçu le soutien de la Région Aquitaine et du Conseil Interprofessionnel des Vins de Bordeaux.

Valorisation Une publication est en cours de rédaction. Elle sera soumise au Journal International des Sciences de la Vigne et du Vin; - Tandonnet J.P., Decroocq S., Bordenave L., Gaudillère et Ollat N. Effect of nitrogen and water supply on dry matter partinioning in different rootstock-scion combinations in grapevine.

Contact Nathalie OLLAT (ollat@bordeaux.inra.fr) UREF INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Champ thématique CT2 (GAP) : Connaissance des génomes végétaux : structure et fonctionnement

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Pôle Vigne et Vin | Résultats par Unités


Pôle Vigne et Vin

Les profils métaboliques des baies de raisin et l’élaboration de la qualité. Etablir le profil métabolique de lots de raisins obtenus dans des conditions viticoles bien identifiées. La résonance magnétique nucléaire du proton (1H RMN) d’extraits polaires des raisins ou de vin fournit des signaux correspondant à une des métabolites variés, sucres, acides organiques, acides aminés et composés phénoliques. Œnologie-Ampélologie* - O&A / Umr 1219 - INRA, ENITAB, Universités de Bordeaux 2 (EA - CT2) à l’orientation des procédés de vinification. Dans le domaine de la recherche l’utilisation de ces techniques de profilage permet d’aborder l’étude des interactions complexes entre la vigne et son environnement ou l’effets du terroir sur l’élaboration de la qualité du fruit.

Contexte de la réalisation L’amélioration de la qualité des fruits récoltés est un enjeu majeur de l’agriculture. En viticulture cette exigence est ancienne et les nombreuses pratiques répertoriées dans les cahiers des charges des AOC sont mises en œuvre pour atteindre le niveau qualitatif exigé par les œnologues. Ces pratiques qualitatives concernent le choix des sols, l’architecture de la vigne, la maîtrise du rendement et de la vigueur. Les critères analytiques disponibles pour évaluer les potentialités œnologiques des raisins à la vendange sont peu nombreux (sucres, acidité, acides aminés, anthocyanes). Les constituants qui vont participer aux propriétés organoleptiques des vins (précurseurs d’arômes etc ...) sont difficiles à évaluer du fait de leur faible teneur et de la complexité des interactions entre molécules qui participent au goût. L’analyse sensorielle des vins reste la méthode de référence pour qualifier a posteriori une vendange. Mais c’est une technique difficile à mettre œuvre et les réponses sont longues à obtenir. Nous avons donc recherché des méthodes analytiques rapides capables d’évaluer quantitativement une grande diversité de molécules, puis les outils statistiques pour établir le profil métabolique de lots de raisins obtenus dans des conditions viticoles bien identifiées. La résonance magnétique nucléaire du proton (1H RMN) d’extraits polaires des raisins ou de vin fournit des signaux correspondant à une des métabolites variés, sucres, acides organiques, acides aminés et composés phénoliques. Les données sont traitées statistiquement par une analyse multivariée (Régression Linéaire Partielle).

Partenaires Ce projet a été soutenu par le Conseil Interprofessionnel des Vins de Bordeaux (Civb).

Bibliographie Pereira, G., Gaudillere J. P., Vanleeuwen C., Hilbert G., Lavialle O., Maucourt M., Deborde C., Moing A., And Rolin D., 2005a, 1H NMR and Chemometrics to Characterize Mature Grape Berries in Four Wine-Growing Areas in Bordeaux-France.: J. Agric. Food Chem., 53, 6382-6389. Pereira, G. E., Gaudillere J. P., Pieri P., Hilbert G., Maucourt M., Deborde C., Moing A., and Rolin D., 2006a, Microclimate Influence on Mineral and Metabolic Profiles of Grape Berries: J. Agric. Food Chem., 54, 6765-6775. Pereira, G. E., Gaudillere J. P., Van Leeuwen C., Hilbert G., Maucourt M., Deborde C., Moing A., and Rolin D., 2006b, 1HNMR Metabolic Profiling of Wines from Three Cultivars, Three Soil Types and Two Contrasting Vintages: VI Congrès international des Terroirs Viticoles, p. 402-406. Pereira, G. E., Gaudillere J. P., Vanleeuwen C., Hilbert G., Maucourt M., Deborde C., Moing A., and Rolin D., 2006c, Vintage Factor Is Determinant on Berry Quality Analyzed by 1H NMR Metabolite Fingerprinting as Compared to Terroir and Cultivar Effects in Bordeaux Wine-Growing Areas.: Annal. Chim. Acta, 563, 346-352. Pereira, G. E., Hilbert G., Gaudillère J.-P., Maucourt M., Moing A., And Rolin D., 2005b, Characterization of Berry Metabolic Profiles in Grapevines by NMR 1H.: Acta Hort., 689, 257264.

Résultats Les spectres 1H RMN de raisins (pellicule et pulpe) et de vins issus de 3 cépages produits dans un vignoble de Saint Emilion (Gironde) sur 3 sols et 2 millésimes permettent d’établir des profils métaboliques de raisins. Ces profils sont caractéristiques du cépage, du climat (millésime), de la réserve en eau du sol et du microclimat dans la zone des grappes. Ils permettent une étude détaillée des déterminants de la qualité des raisins liés aux facteurs de l’environnement et aux pratiques viticoles.

Contact Jean-Pierre GAUDILLÈRE UMR Œ&A INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Perspectives ou impact à terme L’évaluation de la qualité des raisins par le profil métabolique permettra d’apprécier plus complètement l’état de maturité des raisins, contribuera au choix de la date de vendange optimale et

* l'équipe ECAV de l'Umr Œ&A est partenaire du nouveau projet d'Umr Ecophysiologie et génomique fonctionnelle de la vigne (EGFV) qu'elle intègre dès 2007 - [ voir aussi p. 29 ] Champ thématique CT2 (EA) : modélisation des plantes et de l’interaction génotype - environnement.. Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Vigne et Vin | Résultats par Unités


Pôle Vigne et Vin

Un piège capable de capturer les femelles d’Eudémis et d’avertir efficacement les périodes optimales de lutte contre cet insecte. Santé Végétale - Sv / Umr 1065 - INRA, ENITAB (SPE - CT2)

L’eudémis de la vigne est le principal ravageur de nos vignobles. Ses larves attaquent tous les stades de développement de la baie jusqu’à la vendange. Le succès du contrôle de cet insecte - soit par un contrôle conventionnel soit par méthodes biotechniques (Bt ou confusion sexuelle) - repose sur une bonne définition de la dynamique de ponte. Actuellement l’avertissement des pontes est réalisé par piégeage sexuel, par modélisation sur une base thermique ou par observation directe au vignoble. Ces outils révèlent des failles dans un nombre de vignobles de plus en plus important. Nous proposons le développement d’un nouvel outil permettant d’anticiper les dates de pontes en capturant les femelles au début de leur cycle reproducteur. Cet outil repose sur l’action d’un attractif odorant différent de la vigne puisqu’il fonctionne à partir d’arômes de moût de pomme. Les résultats de nos travaux montrent que la ponte commence dans un intervalle de 2 à 5 jours après la capture des premières femelles dans tous les vignobles que nous avons étudiés. - Chambre d’Agriculture de Saint Jean d’Angely - LATAPY -Vignobles à raisins de table Carpentras- (2005 et 2006) - Coopérative Qualisol -Vignoble de Moissac- (2005 et 2006) - BASF (2005 et 2006).

Contexte de la réalisation La mise au point de cet outil d’aide à la décision rentre dans le cadre de l’activité de l’équipe IPM de l’Umr 1065. Cette réalisation a été menée à bien dans le cadre d’une collaboration avec le Service de protection des végétaux de Charente (P. Rétaud) et de la chambre d’agriculture de Charente Maritime (L. Dumas Lattaque). Les expérimentations permettant la mise au point de cet outil ont été réalisées dans clés vignobles de ces 2 régions ainsi que depuis 3 ans dans le Bordelais (Sauternes et Médoc principalement).

Valorisation Aucune démarche de protection du procédé par l’Inra n’a été entreprise

Bibliographie

Résultats

Thiéry, D., Rétaud, and Dumas-Lattaque, L. (2006)- Piégeage alimentaire de l’Eudémis de la vigne. Un outil intéressant et performant pour la description de la dynamique des vols et des pontes. Phytoma – La défense des végétaux, 592, 2730. Thiéry, D., Rétaud, P., Cavard, X., Xuéreb, A., Dumas-Lattaque, L., and Bourriau, F. (2006)- Trapping Lobesia botrana females with apple juice: a valuable tool to predict oviposition? IOBC Integrated control in Viticulture, IOBC/WPRS Bulletin, 29 (11), 235-240.

Nous avons mis au point une forme de piège performante et facile d’usage, ainsi qu’optimisé un attractif. Nous avons d’autre part validé un protocole de surveillance des pièges : tous les deux jours jusqu’au début des pontes et cela pour chacun des trois cycles reproducteurs de l’Eudémis. En croisant la lecture de ce piège avec le piège sexuel, nous proposons un avertissement basé sur les premières captures.

Perspectives ou impact à terme - Proposer la généralisation de l’outil dans les vignobles où le piégeage sexuel est défaillant - Utilisation dans les vignobles sous confusion sexuelle, là où le piégeage sexuel ne peut fonctionner - Capturer des femelles dans un court rayon d’action afin de travailler la structuration génétique, et cela dans différents type de paysages viticoles (le piège sexuel à un trop grand rayon d’action pour être fiable quand à la localisation des individus).

Contact Denis THIÉRY UMR SV INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Partenariats - Inra Bordeaux - Service de Protection des Végétaux de Cognac Champ thématique CT2 (SPE) : caractérisation des espèces et des populations d’organismes associés aux cultures ; mécanismes des épidémies. Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Vigne et Vin | Résultats par Unités - 2004-


Pôle Vigne et Vin

Diversité et résistance du mildiou de la vigne aux fongicides. Santé Végétale - Sv / Umr 1065 - INRA, ENITAB (SPE - Axe A, E, D - CT2)

Si les populations européennes de mildiou de la vigne (Plasmopara viticola) sont constituées d’une seule espèce, la diversité évaluée dans son berceau d’origine (Amérique du Nord) révèle l’existence de plusieurs sous-espèces de mildiou. En Europe, nous montrons que la résistance aux fongicides inhibiteurs de la respiration mitochondriale (Qois) résulte d’au moins deux évènements indépendants d’apparition d’une mutation dans le gène du gène cytochrome b (G143A). Les marqueurs obtenus neutres (microsatellites) et non neutres (marqueurs de résistance et d’haplotype mitochondriaux) permettent aujourd’hui d’aborder des études plus ambitieuses d’évolution des populations de mildiou de la vigne en Europe et dans son pays d’origine. Parmi les perspectives, des études plus poussées de diversité du mildiou de la vigne aux USA seraient intéressantes ainsi que l’impact de la diversité des populations de mildiou sur la résistance variétale de la vigne en Europe et aux USA dans le cadre de programmes d’amélioration des ressources génétiques de la vigne.

Contexte de la réallisation Le mildiou de la vigne (Plasmopara viticola) est l’un des pathogènes majeurs de la vigne qui conduit à de nombreux traitements fongicides (plus de 40% des fongicides). Ce pathogène s’adapte régulièrement aux pressions abiotiques exercées par les traitements en développant de la résistance à divers fongicides. Le but de ce travail a donc été d’évaluer la diversité du pathogène en Europe et dans son berceau d’origine et d’examiner les évènements d’apparition de la résistance aux inhibiteurs de la respiration mitochondriale (QoIs). Les outils développés (marqueurs neutres et non neutres) ont permis également d’entreprendre des études de génétique des populations susceptible d’apporter de nouveaux éléments sur le cycle biologique aujourd’hui contreversé de cet oomycète.

Partenaires - Inra Colmar : S Greif, D Merdinoglu, S Merdinoglu ; - ITV-Bordeaux : M Raynal, M Coarer, F. Martinez, E Serrano ; - CIVC : ML Panon. Contrats ITV (60 k euros), CIVC (6 k euros), et Région (4,5 k euros).

Bibliographie

Résultats

Delmotte F, Chen W-J, Richard-Cervera S, Greif C, Papura D, Giresse X, Mondor-Genson G, and Corio-Costet M-F. (2006) Microsatellite loci from the grape downy mildew (Plasmopara viticola), Molecular Ecology Notes, 6 : 379-381. Corio-Costet M-F ., Delmotte F., Martinez F., Giresse X., Raynal M., Richart-Cervera S., Douence L., Panon ML., Chen WJ., (2006) Resistance aux Qois du mildiou de la vigne (Plasmopara viticola) : origine et diversité. 8th Int. Conf on Pest and Diseases, AFPP, Tours, 5-6 décembre, France). pp 612-620. CD-Rom Chen WJ, Delmotte F., Richard-Cevera S, Douence L, Greif C., Corio-Costet MF. Multiple origins of fungicide resistance ingrapevine downy mildew populations. Resoumis à Applied Environ. Microbiol. janvier 2007.

Au cours de ce travail d’équipe nous avons ainsi mis en évidence l’existence d’une espèce de P viticola en Europe et de plusieurs sous-espèces aux USA. Suite au clonage et séquençage du gène du cytochrome b codant pour l’enzyme cible des QoIs, nous avons révélé l’existence de deux haplotypes mitochondriaux inégalement répartis dans les vignobles (h1 majoritaire 75 à 90%) et h2. L’étude des populations dans différents vignobles montre qu’en début d’épidémie la fréquence de résistance est de l’ordre de 30% en moyenne avec des situations variables de 0% à 85% en fonction des parcelles. Les analyses réalisées mettent en évidence l’apparition d’au moins deux évènements indépendants de la résistance aux QoIs dans les populations de mildiou européens et que les souches résistantes présentes sur une parcelles n’appartiennent pas à quelques clones qui se multiplient mais à un grand nombre de génotypes différents se développant au cours de la saison.

Contact Marie-France CORIO-COSTET UMR SV INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Perspectives ou impact à terme Il est possible aujourd’hui à l’aide des marqueurs obtenus d’appréhender et de mieux comprendre l’évolution des populations de mildiou résistantes aux fongicides. Ces méthodes permettent également d’éclaircir quelques points du cycle biologique du mildiou : inoculum primaire ou secondaire ? endo ou exoinoculum ?

Champ thématique CT2 (SPE) : caractérisation des espèces et des populations d’organismes associés aux cultures ; mécanismes des épidémies. Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Vigne et Vin | Résultats par Unités


Pôle Vigne et Vin

Assignation de différents modes de vie au vignoble à certaines entités génétiques du champignon phytopathogène Botrytis cinera. Santé Végétale - Sv / Umr 1065 - INRA, ENITAB (SPE - CT2)

Des études épidémiologiques et moléculaires démontrent que le champignon phytopathogène très polyphage Botrytis cinerea, responsable notamment de la Pourriture grise de la Vigne, est en réalité constituée de deux entités génétiques : les deux sous-populations diffèrent dans leurs dynamiques épidémiques, comme dans leurs exigences vis-à-vis de l’hôte, avec, parfois, un pouvoir pathogène fort et une faible capacité de survie, ou au contraire, un pouvoir pathogène faible et une forte capacité de survie. Ces résultats éclairent les perspectives de protection des cultures contre ce pathogène. Contexte de la réalisation

Partenaires

La Pourriture grise est une maladie cryptogamique grave affectant de nombreuses plantes cultivées, dont la Vigne. Sur cette dernière, elle se développe préférentiellement sur les grappes induisant d’importants dégâts quantitatifs mais surtout qualitatifs à la vendange (diminution des qualités organoleptiques des vins et moindre aptitude au vieillissement). Les progrès dans la connaissance couplée de l’épidémiologie et de la structure génétique des populations contribueront à une gestion intégrée et efficace de cette maladie.

Conseil Interprofessionnel du Vin de Bordeaux (Civb) ; Unités Inra-SPE de Versailles (Bioger) ; Unité de Pathologie Végétale, Inra Avignon

Bibliographie MARTINEZ F., DUBOS B., FERMAUD M., 2005. The role of saprotrophy and virulence in the population dynamics of B. cinerea in vineyards. Phytopathology, 95 : 692-700. MARTINEZ F., BLANCARD D., LECOMTE P., LEVIS C., DUBOS B., FERMAUD M., 2003. Phenotypic differences between vacuma and transposa subpopulations of B. cinerea. European Journal Plant Pathology. 109 (5), 479-488 MARTINEZ F., CORIO-COSTET M.F., LEVIS C., COARER M., DUBOS B., FERMAUD M.. New Botrytis cinerea PCR primers applied to characterize population distribution in French vineyards. Phytopathology, soumise.

Résultats Cette structuration génétique a été étayée et confortée par des résultats épidémiologiques montrant des dynamiques divergentes de deux sous-populations majoritaires au vignoble, vacuma et transposa. Le fonctionnement de ces sous-populations a été élucidé au vu de certaines caractéristiques bio-écologiques. Un trade-off entre aptitude parasitaire et saprophytisme a été mis en évidence, un mode de vie à tendance plus saprophyte étant assigné aux souches vacuma, tandis que les souches transposa s’avèrent plus agressives sur baies de raisin.

Contact Marc FERMAUD (Marc.Fermaud@bordeaux.inra.fr) UMR SV INRA Bordeaux-Aquitaine BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Perspectives ou impact à terme Dans un contexte de très grande diversité phénotypique et génotypique et d’évolution probablement rapide des populations, ces avancées dans la connaissance de cet agent pathogène sont originales, et se situent dans un champ de recherche en rapide évolution, à l’interface de l’épidémiologie botanique et de la génétique des populations. Un programme de recherche en cours, soutenu par le département SPE (projet innovant 20052007) permettra d’approfondir ces résultats dans d’autres contextes de productions végétales en France, sur d’autres plantes hôtes : tomates et roses sous serres, et dans différentes régions (Bordelais, Champagne, PACA). .

Champ thématique CT2 (SPE) : caractérisation des espèces et des populations d’organismes associés aux cultures ; mécanismes des épidémies

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Pôle Vigne et Vin | Résultats par Unités - 2004-


P么le Vigne et Vin

Presse-Infos 2006 Communiqu茅 de presse national

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Cartographie en 3D du centre olfactif cérébral d’un insecte. Communiqué de presse du 21/03/2006 (Service presse national)

Beaucoup d’espèces d’insectes utilisent des odeurs de plante pour la recherche du site de ponte ou de nourriture. Ces odeurs sont perçues au niveau des antennes et traitées ensuite dans une région du cerveau, appelée lobe antennaire. Des chercheurs de l’Inra ont réalisé une carte 3D du lobe antennaire d’un petit papillon de nuit dont les chenilles attaquent la vigne. Cet outil original va permettre d’étudier les changements morphologiques et fonctionnels de la structure olfactive cérébrale en fonction de l’âge, de l’environnement et de l’état sexuel de l’insecte par exemple.

©Inra /S.A nto n-C .G

© Inra/ S.Anton-C.Gadenne-I.Masante-Roca

temps, ils ont fait des enregistrements élecPour comprendre comment les insectes ravatrophysiologiques de l’activité des neurones geurs se reproduisent et colonisent les plandu lobe antennaire en stimulant l’antenne tes qu’ils vont dévorer, il est important de bien de l’insecte avec des odeurs de vigne. Pour connaître le fonctionnement du système olfaccela, une électrode très fine de verre était tif qui régit leurs comportements. Les scientiintroduite dans le lobe antennaire sous mifiques cherchent à comprendre comment le croscope. Une bouffée d’odeur était envoyée comportement reproducteur des insectes est sur l’antenne qui relayait l’information par voie notamment influencé par les odeurs de plante. nerveuse jusqu’au lobe antennaire. Les neuLes chercheurs de l’Inra ont franchi un grand rones centraux qui répondaient aux odeurs pas en établissant la carte 3D de la région du et réponse d’un neurone du lobe antennaire étaient marqués à l’aide d’un colorant introcerveau qui traite les odeurs chez un ravageur Structure (AL) à la stimulation avec une odeur de vigne. Le neurone se projette dans la partie supérieure du cerveau (protocerebron). duit via l’électrode. Avec la carte 3D en main, de la vigne. Cette région appelée “lobe antenles chercheurs ont pu ensuite repérer dans quel glomérule était naire” est constituée de structures sphériques nerveuses -ou traitée l’odeur pour laquelle le neurone marqué avait répondu. glomérules olfactifs- qui relaient l’information sensorielle de l’anIls ont ainsi pu montrer que le lobe était organisé en un nombre tenne vers les centres supérieurs du cerveau de l’insecte. Les de glomérules fixes et ils ont identifié quels étaient les gloméruchercheurs souhaitent savoir comment les odeurs sont traitées les cibles pour les différentes odeurs traitées par l’insecte. Ils en dans le lobe antennaire et c’est pour cela qu’il était important de ont déduit qu’un glomérule traite plusieurs odeurs et une odeur pouvoir cartographier avec précision cette région. peut être traitée par plusieurs glomérules. oca nte-R asa -I.M ne n e ad

L’organisation du lobe antennaire dévoilée

Le laboratoire a travaillé, à Bordeaux, sur un minuscule papillon, la tordeuse de la grappe (Lobesia botrana). Ce papillon est un des principaux ravageurs de la vigne en France et dans le monde. De plus, il facilite l’infestation de champignons pathogènes tels que la pourriture grise par les blessures qu’il occasionne aux grapReconstruction en 3D pes. L’adulte est un petit papillon du lobe antennaire de l’insecte de nuit dont les femelles, après accouplement, sont attirées par les odeurs dégagées par la vigne et déposent leurs œufs sur les grappes au printemps et en été. Les recherches ont été réalisées avec le soutien de la Région Aquitaine et du Comité Interprofessionnel des Vins de Bordeaux (Civb), soucieux de promouvoir la recherche dans le cadre d’une agriculture durable.. Le cerveau de la tordeuse de la grappe est de toute petite taille. Les chercheurs de l’Inra ont réussi cependant à visualiser les glomérules olfactifs en utilisant la microscopie confocale qui associe un laser et un scanner, ce qui permet de créer des coupes optiques très fines, puis à reconstruire, avec des logiciels appropriés, leur organisation en trois dimensions. Dans un deuxième Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Un outil original

Avec cette carte 3D du lobe antennaire, les chercheurs vont pouvoir étudier les mécanismes de plasticité de l’olfaction en reliant l’anatomie à la physiologie. Il est connu que les insectes changent leur comportement lié à l’olfaction en fonction de l’âge, de l’environnement ou de l’état sexuel. Les chercheurs pourront ainsi analyser les changements morphologiques et fonctionnels de la structure olfactive cérébrale en fonction de ces paramètres. Sur le plan fondamental, le système olfactif des insectes est plus accessible que chez les Vertébrés, mais il est organisé de la même façon. Son étude devrait apporter des éléments de réponse aux questions que l’on se pose sur le fonctionnement du système olfactif en général. Cet outil pourrait également être utilisé pour des recherches appliquées car il permet d’étudier l’effet de certaines molécules sur le fonctionnement du cerveau, et par conséquent sur le comportement des insectes

Contact Sylvia Anton | tél. : 01 30 83 31 63 mél. : santon@versailles.inra.fr ou Christophe GADENNE | tél. : 01 30 83 36 91 mél. : cgadenne@versailles.inra.fr

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Les premiers “Lauriers de l’Inra” décernés le 8 juin 2006. Jésus Sanchez, Maître de Chai au Domaine de Couhins est distingué. Communiqué de presse du 08/06/2006 (Service presse national)

Le 8 juin 2006 ont été remis les premiers “Lauriers de l’Inra”, par Dominique Bussereau, ministre de l’Agriculture et de la pêche, François Goulard, ministre délégué à l’Enseignement supérieur et à la recherche, et Henri Revol, président de l’Office parlementaire d’évaluation des choix scientifiques et technologiques. Pour Marion Guillou, présidente directrice générale de l’Inra, “les lauriers de l’Inra ont l’ambition de récompenser à la fois l’excellence scientifique et la dimension humaine, inventive et collective des métiers de la recherche, mais aussi cette dimension éthique, essentielle dans l’exercice de nos métiers. Ce sont, en effet, ces femmes, ces hommes, ces compétences, ces qualités qui ont permis à l’Inra depuis soixante ans, d’être en capacité de se mobiliser pour répondre aux nouvelles questions de recherche et pour innover”. …/… Les Lauriers “appui à la recherche”récompensent la contribution exemplaire d’un technicien de la recherche dans la réalisation de son travail en appui à la recherche. Depuis 2005, la vente des vins “Château Couhins”, grand cru classé de graves du domaine expérimental de l’Inra, près de Bordeaux, est ouverte au public. Ces vins sont si appréciés que l’Inra peine à honorer toutes ses commandes... Cette excellence doit beaucoup aux soins et à la passion du maître de chai Jésus Sanchez, même si celui-ci met modestement en avant les qualités du terroir, constitué de graves (galets) de sables et d’argiles. Depuis plus de vingt ans, Jésus Sanchez consacre tous les jours des mois de septembre et octobre, samedis et dimanches compris, au travail du chai. Il réalise toutes les étapes de la vinification et de l’élevage, depuis le pressurage jusqu’à la mise en barriques puis en bouteilles seize mois plus tard pour le vin rouge. Mais son savoir-faire ne se limite pas au chai. A la vigne, Jésus Sanchez est de très loin le meilleur tailleur de l’équipe par sa rapidité d’exécution et par la qualité de ses choix. Car la taille est l’opération essentielle et la plus “intelligente” de la conduite de la vigne. Elle nécessite une excellente compréhension de son fonctionnement. “On ne doit pas laisser trop de grappes par pied de vigne sinon on devra réguler la production par les vendanges “en vert” ”. Jésus Sanchez explique sa phrase mystérieuse : si on laisse trop de grappes sur le pied, la surface foliaire ne suffit pas à fabriquer par photosynthèse une quantité suffisante de sucre pour toutes les grappes. Le raisin n’est pas assez sucré ni assez coloré et présente des arômes de poivron au lieu des délicieuses notes de fruits noirs qui caractérisent les vins de Couhins.

Car il est né et a grandi dans la vigne. Fils d’une famille d’immigrants espagnols installés dans le Médoc, il est devenu ouvrier viticole dès l’âge de quinze ans. Il a gravi les échelons d’une carrière vouée à la vigne et au vin pour assurer la vinification de plusieurs propriétés de l’appellation “Margaux” jusqu‘en 1980, où déjà il s’occupait à la fois du chai et du vignoble. Homme aux multiples compétences, il a contribué à la sortie de terre du vignoble de Couhins dès son arrivée à l’Inra : restructurer, drainer, niveler, tracer des allées, replanter des vignes, jusqu’à parvenir à cette esthétique du vignoble “dont le charme provient de l’irrégularité des parcelles”. L’hétérogénéité du terrain constitue un des sujets de recherche au domaine expérimental de Couhins : elle est étudiée à l’intérieur d’une même parcelle et mise en relation avec la qualité du raisin, pour contribuer à cerner la notion de terroir. Loin des bancs des écoles, Jésus Sanchez a appris la vigne parmi les ceps, à l’ombre des chais et au milieu des barriques, ce qui ne l’empêche pas de connaître par coeur son livre de référence, le traité d’œnologie du professeur Emile Peynaud. A son tour, il transmet son savoir aux jeunes stagiaires de BTS ou d’école d’Agronomie. Il explique patiemment chacune de ses opérations. Par sa présence rassurante, ce qui est évident pour lui le devient pour ses élèves. “Quand les jeunes sont vraiment intéressés, ils apprennent vite” dit-il modestement. Ce fut assurément son cas à lui, qui a acquis son savoir-faire à force d’observation de la vigne et des hommes qui l’entouraient, à force de rigueur, de minutie, ajoutées à un grand sens de l’organisation et des responsabilités. Jésus Sanchez est Maître de chai, Adjoint technique, Unité expérimentale viticole, Domaine de Couhins, Centre de Bordeaux, Département de “Génétique et amélioration des plantes”.

Après, il y a ce mélange d’intuition et d’expérience qui fait choisir pour chaque cep selon sa vigueur le mode de taille “Guyot” ou la taille à coursons, autant d’arts que Jésus Sanchez a appris dès l’enfance.

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P么le Vigne et Vin

Publications 2006

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Pôle Vigne et vin

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Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Publications | Pôle Vigne et Vin | INRA de Bordeaux-Aquitaine - année 2006


Publications | Pôle Vigne et Vin | INRA de Bordeaux-Aquitaine - Année 2006

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Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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P么le For锚t-Bois

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Forêt-Bois

› Quelques chiffres

135 personnels permanents 65 scientifiques (chercheurs / ingénieurs / enseignants-chercheurs) dont 50 scientifiques INRA. 6 unités de recherche : Unités mixtes INRA • Biodiversité, gènes et écosystèmes (INRA/Univ. Bordeaux 1) • Rhéologie du bois de Bordeaux (INRA/Univ. Bordeaux 1/CNRS) • Transfert sol-plante et cycle des élements minéraux dans les écosystèmes cultivés (INRA/ENITAB) -pour partieUnités propres INRA • Écologie fonctionnelle et physique de l’environnement • Domaine expérimental • Recherches forestières Équipes universitaires • Laboratoire de Chimie des Substances Végétales (Univ. Bordeaux 1) • GRAPE (Univ. Bordeaux 4 / CNRS)

› Collaborations

Ecole nationale d’ingénieurs des travaux agricoles de Bordeaux (ENITAB) • Centre national de la recherche scientifique (CNRS) • Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et des forêts (CEMAGREF) • Centre de bioinformatique de Bordeaux (Cbib)

› Depts scientifiques INRA

Caractérisation et élaboration des produits issus de l’agriculture (CEPIA) Environnement et agronomie (EA) Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques (EFPA).

› Partenaires

• Chambre Régionale d'Agriculture d'Aquitaine (CRAA) • Fédération des industries du bois d'Aquitaine (FIBA) • Association forêt-cellulose (Afocel) • Association recherche production forestière et bois en Aquitaine (Arbora) • Dept santé-forêt (Dsf-min. Agr.) • Centre technique bois et ameublement (Ctba) • Inventaire forestier national • Office national des forêts (Onf) • Centre régional propriété forestière-Centre d'action forestière d'Aquitaine (Crpf-Cpfa)

› Autres partenaires

Partenaires • Institut européen de la forêt cultivée (IEFC) • Innovalis Aquitaine (pôle technologique régional forêtbois -papier)

› Autres acronymes

Umr : Unité Mixte de Recherche Upr : Unité Propre de Recherche CPER : Contrat de plan État-Région EPST : Etablissement public à caractère scientifique et technologique GIS : Groupement d'intérêt scientifique. › Contact : Jean-Michel Carnus INRA - 69, route d'Arcachon 32612 Cestas cedex tél : 05 57 12 28 65 carnus@pierroton.inra.fr

La structuration des recherches sur la forêt et le bois sur le site de Pierroton (33) s’appuie sur le renforcement des recherches de l’INRA en partenariat de type Umr avec l’Université Bordeaux 1, l’ENITAB et le CNRS, ainsi que sur des fédérations scientifiques avec les unités des campus Universitaires (Bordeaux 1 et 4, Pau et Pays de l’Adour) et autres EPST (CEMAGREF). Les équipes sont particulièrement bien positionnées dans l’espace européen de la recherche : réseaux de recherches, de transfert et d’animation, site d’accueil Marie Curie, actions de coordination COST. Par ailleurs, le pôle Forêt-Bois s’inscrit dans un réseau de collaboration forte avec différents partenaires professionnels et industriels. Il s’agit d’un ensemble fédérateur équilibré du point vue des recherches (fondamentales et finalisées) de l’enseignement et du transfert qui s’illustre concrètement à travers la convention de partenariat Cap Forest signée en 2004.

Principaux thèmes de recherches (Unités INRA) • Fonctionnement des écosystèmes forestiers et des zones cultivées : écophsyiologie, transferts, échanges à différentes échelles • Diversité biologique des forêts et systèmes naturels : diversité biologique / génétique populations, carte génétique / dissection génétique caractères, génomique fonctionnelle, amélioration génétique, écologie des communautés, santé des forêts. • Bois et éco-matériaux à base de bois : biomécanique de l’arbre / rhéologie du bois / développement de produits à base de bois.

Thèmes transversaux Les actions transversales privilégient les approches intégratives multi-échelles et des projets multi-disciplinaires répondant à des enjeux de compétitivité, de multifonctionnalité et de durabilité des systèmes forêts/ bois, dans le cadre des changements globaux.

Outils communs Serres - Plate-forme qualité du bois - Plate-forme séquençage/génotypage (Rio) Tour instrumentée du “Bray” (projet CarboEurope...) - Réseau de sites et dispositifs expérimentaux en forêt - Sites-ateliers d’Observatoire de recherches en écologie (observation long terme) Forêts et Biodiversité - Observatoire Forêts d’Aquitaine (zone-atelier gestion durable).

Enseignement supérieur L'ensemble fédérateur Forêt-Bois est très impliqué dans l’enseignement supérieur (Ecoles doctorales) en contribuant à 3 Masters : “systèmes écologiques“ (Univ. Bordeaux 1-ENITAB), “mécanique et matériau bois“ (Univ. Bordeaux 1), “forêt et développement durable“ (Université Bordeaux 4).

Transfert Les partenariats sont forts avec diverses institutionsrelais vers la demande professionnelle : Association forêt-cellulose (AFOCEL), Association pour la recherche sur la production forestière et le bois en Aquitaine (ARBORA), Centre technique du bois et de l'ameublement (CTBA), Centre d'action forestière d'Aquitaine (CRPF), Département Santé-forêt (DSF-min. d'Agriculture), Inventaire forestier national (IFN), Office national des forêts (ONF)… Trois GIS assurent la coordination de ces partenariats (Observatoire des Forêts d'Aquitaine, Bois Construction-Environnement, Groupe Pin Maritime du Futur). Enfin, le pôle de compétitivité “Industries et Pin Maritime du Futur“ coordonné par la FIBA et Cap Forest renforce l'innovation et la fédération des activités de transfert vers l'industrie.


Pôle Forêt-Bois

Résultats 2006

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


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Un chercheur français de l’Inra, Antoine Kremer, lauréat du prix Wallenberg. Biodiversité, gènes et communautés - Biogeco / Umr 1202 - INRA, Univ. Bordeaux 1 (EFPA - CT3)

Le 28 septembre 2006, Antoine Kremer, directeur de recherche à l’Inra de Bordeaux a reçu le prix Marcus Wallenberg 2006. Le prix d’un montant supérieur à 200 000 euros lui a été remis par Sa Majesté le Roi Carl XVI Gustaf de Suède, lors d’une cérémonie à Stockholm. C’est le premier français honoré par cette distinction. Contexte

Contact

Antoine Kremer est ainsi distingué pour ses travaux scientifiques originaux sur la diversité génétique des chênes en Europe, ouvrant ainsi la voie à une gestion raisonnée et durable des chênaies. Il est actuellement directeur de l’unité mixte de recherche “Biodiversité, gènes et communautés” Inra-Université Bordeaux 1. Ses principaux objectifs ont été de : reconstituer les voies de migration des chênes en Europe après la dernière glaciation, identifier leur dynamique de re-colonisation qui a abouti à la répartition actuelle de la diversité génétique et construire une base de données de référence de l’empreinte génétique des chênes européens. En collaboration avec de nombreux partenaires européens, Antoine Kremer a réalisé la plus vaste étude de diversité génétique jamais entreprise sur des organismes vivants, avec plus de 2600 populations de chênes étudiées. Ses travaux pionniers et intégratifs sur la génétique des chênes sont à présent considérés comme un nouveau paradigme pour l’étude d’autres espèces forestières. Les applications de ses travaux sont nombreuses : choix des meilleures sources de graines pour le reboisement, gestion de la biodiversité, conservation des ressources génétiques pour les générations futures et traçabilité de la chaîne de production des arbres, de la graine jusqu’au bois, notamment le bois de tonnellerie. Antoine Kremer est aussi leader de plusieurs programmes nationaux et internationaux sur la génétique des arbres et démarre cette année la coordination d’un nouveau Réseau d’excellence européen sur la biodiversité des forêts : Evoltree.

Antoine KREMER (kremer@pierroton.inra.fr) Umr BIOGECO Site de recherches forêt-bois INRA Bordeaux-Aquitaine 69 route d’Arcachon, 33 612 Cestas Cedex

Pour en savoir plus: Le prix Marcus Wallenberg reconnait, encourage et stimule les percées scientifiques ou technologiques, qui contribuent de manière durable à l’élargissement des connaissances et du développement technologique en particulier dans les domaines d’importance pour les entreprises et industries liées à la forêt. Il a été créé en 1980 par un groupe papetier suédois. Voir le site : http://www.mwp.org/.

Champ thématique CT3 (EFPA) : adaptation des organismes et des populations à leurs milieux Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Un nouveau projet scientifique pour Biogeco. Biodiversité, gènes et communautés - Biogeco / Umr 1202 - INRA, Univ. Bordeaux 1 (EFPA - CT3)

L’unité mixte de recherche “BIOdiversité, Gènes et Communautés” (Biogeco) a proposé un nouveau projet en 2006 dans le cadre de son évaluation. Cette Umr regroupe trois équipes bordelaises Entomologie, Génétique et Pathologie du département “Ecologie des Forêts, Prairies et milieux Aquatiques” (EFPA) de l’Institut National de Recherche Agronomique (INRA) et une équipe Ecologie des communautés de l’Université Bordeaux 1 (U-Bdx1). Ces équipes sont réparties sur trois sites : Pierroton-Cestas, Villenave d’Ornon, Campus de Talence. Contexte de la réalisation

Approche holistique : projets structurants Une interrogation centrale autour de laquelle se cristallisent plusieurs actions de recherches est la suivante : “Est-ce que, au niveau d’un écosystème donné, les différents niveaux d’organisation de la diversité biologique sont indépendants ? Y a-t-il une régulation de la diversité, résultant de l’interaction entre ces différents niveaux ?”. La réponse à ces questions passe inévitablement par un lecture de la diversité englobant les différents niveaux hiérarchiques auxquels elle s’exprime. Notre choix a porté sur deux approches complémentaires structurées dans deux projets transversaux : • Projet 1 - Phénologie : l’analyse d’un trait commun aux espèces constituant les communautés et fortement impliqué dans leurs interactions biotiques, en l’occurrence la phénologie du développement, • Projet 2 - Régénération : l’analyse simultanée des processus intra et interspécifique modulant la diversité à une échelle spatiale suffisamment grande, permettant en cela de dépasser les approches monospécifiques. Une place importante a été accordée dans ces deux projets à la mise en place de dispositifs communs d’étude à long terme.

Le projet de recherches de l’Umr est orienté vers l’analyse des mécanismes régissant l’évolution de la diversité dans une perspective de gestion durable des ressources et des milieux. Les recherches développées au sein de l’UMR ont pour vocation de promouvoir une analyse plus intégrée de la diversité biologique, en considérant : • les échelles biologiques d’organisation hiérarchique de la diversité, du gène au phénotype et à l’écosystème • les échelles de distribution spatiale de la diversité, du peuplement au paysage et à l’aire de distribution d’une espèce • les étapes historiques qui ont façonné la diversité, de l’holocène à la période actuelle et au siècle suivant.

Résultats Le projet scientifique de l’Umr est structuré en deux sous ensembles. Approche heuristique : axes et actions de recherche Cette approche consiste principalement à identifier les mécanismes façonnant la diversité, à comprendre leur répercutions sur l’évolution des populations et des communautés, et à en déduire les actions à entreprendre pour en valoriser l’intérêt. Le champ d’investigation est réparti sur un nombre restreint de modèles biologiques. D’une part la composante intraspécifique de la diversité ne sera abordée que sur un faible nombre d’espèces (principalement les chênes, le pin maritime et leurs insectes et champignons associés). D’autre la part la composante interspécifique et plus généralement l’analyse de la biodiversité concernera principalement trois écosystèmes: la pinède landaise, l’interface forêt-agriculture, et les chênaies pyrénéennes. Au plan des méthodes, une place importante est accordée à la confrontation entre données expérimentales et approches théoriques, associant modèles analytiques et simulation, pour faire émerger des conclusions aussi génériques que possibles facilitant ainsi leur transfert auprès des utilisateurs, gestionnaires des milieux et des forêts. Cette approche est décomposée en 3 axes : 1 - évolution de la biodiversité 2 - fonctions de la biodiversité 3 - ingénierie de la biodiversité.

Perspectives ou impact à terme Au niveau cognitif et générique : - integration des données de plusieurs disciplines, et notamment écologie et génétique (notamment génétique des communautés) - modélisation - analyse comparative et métanalyse Au niveau appliqué et finalisé - génétique quantitative: Maitrise de la diversité génétqiue dans les programmes de sélection - analyse physique et génétique (ADN) du bois.

Contacts Antoine KREMER (kremer@pierroton.inra.fr) Umr BIOGECO Site de recherches forêt-bois INRA Bordeaux-Aquitaine 69 route d’Arcachon, 33 612 Cestas Cedex

Champ thématique CT3 (Efpa) : méthodes pour la gestion des ressources et milieux naturels Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Forsee, un réseau européen de zones pilotes pour la gestion durable des forêts atlantiques. Forêt-Bois Aquitaine - Fba / Uar 911 - INRA (EFPA - Axe A - CT4)

L’objectif de ce projet de coopération transnationale est de fournir aux décideurs régionaux et aux acteurs socio-professionnels des méthodes, des outils et des compétences pour l’évaluation, le suivi et la promotion de la gestion durable des forêts. Cette réalisation s’inscrit dans le cadre du processus ministériel pan européen de protection des forêts et des démarches engagées par le secteur forêt-bois pour la certification de la gestion forestière aux échelles régionales. L’initiative Forsee a été coordonnée au niveau européen par l’IEFC (www.iefc.net) centre EFI (European Forest Institute) basé à l’Inra de Bordeaux-Aquitaine et a mobilisé pendant trois ans (2004-2006) 24 partenaires de la recherche, du développement forestier et des associations forestières répartis dans 4 pays et 8 régions de l’Arc Atlantique. Forsee bénéficie de cofinancements des régions et du FEDER (Interreg III B Espace Atlantique) pour un budget total de 3 millions d’euros. Contexte de la réalisation

Contacts

Le projet FORSEE a permis d’établir un réseau de 8 zones pilotes de plusieurs milliers d’ha représentatives des forêts cultivées de l’espace atlantique, de mettre au point des méthodes et protocoles d’évaluation et de tester en vraie grandeur des indicateurs de gestion durable au niveau régional; une conférence internationale finale a été organisée en décembre 2006 à Porto.

Jean-Michel CARNUS (carnus@pierroton.inra.fr) Uar FBA Site de recherche forêt-bois INRA BORDEAUX-AQUITAINE 69 route d’Arcachon, 33 612 Cestas Cedex

Perspectives ou impact à terme Le réseau de zones pilotes et les résultats obtenus dans FORSEE constitue un référentiel de base pour un suivi ultérieur harmonisé et une amélioration des critères et indicateurs de gestion durable des forêts à l’échelle régionale.

Partenaires Au niveau français, les partenaires du projet sont le CRPF Aquitaine, les Universités Bordeaux 1 et 4, l’AFOCEL, le CEMAGREF et l’IFN.

Bibliographie Carnus J-M., TOME M., ORAZIO C. 2005. Integrated approach and inventory system for the evaluation of sustainable forest management indicators at local scales in Western European regions. New Zealand Journal of Forestry Science 35 (2/3): 246-265 (2005).

Champ thématique CT4 (EFPA) : méthodes pour la gestion des ressources et milieux naturels Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Projet Intégré Européen Eforwood Evaluation de la durabilité des filières forêt-bois. Forêt-Bois Aquitaine - Fba / Uar 911 - INRA (EFPA - Axe A - CT4)

Eforwood est un projet intégré de 4 ans (2006-2009) financé par l’Union Européenne dans la priorité 6 “Développement durable, changement global et écosystèmes” du 6ème PCRD. L’objectif d’Eforwood est de développer des méthodes et outils d’aide à la décision pour l’évaluation de la durabilité de la filière forêt-bois européenne et des sous ensembles de celle-ci (par exemples régionaux) couvrant la production forestière, la fabrication industrielle, la consommation et le recyclage. Eforwood comprend 38 organisations issues de 21 pays, et représente un budget total estimé à 20 millions d’euros pour une contribution de la Commission Européenne de 13 millions. Résultats

Contacts

Eforwood est organisé en 6 modules, avec un module d’intégration où le cadre commun et les outils pour l’évaluation de la durabilité sont développés et des modules 2 à 5 qui se concentrent sur les différents aspects de la filière forêt-bois depuis les ressources forestières jusqu’aux interactions entre les consommateurs et tous les intermédiaires (logistique et transport); le module 6 concerne la dissémination des résultats du projet. L’Inra coordonne le module sur la gestion des ressources forestières qui regroupe 15 partenaires pour un budget total de 4 millions d’euros.

Jean-Michel CARNUS (carnus@pierroton.inra.fr) Uar FBA INRA Bordeaux-Aquitaine Site de recherche forêt-bois 69 route d’Arcachon - 33 612 Cestas Cedex

Perspectives ou impact à terme Les outils produits par Eforwood permettront l’évaluation de la filière forêt-bois basée sur des indicateurs sociaux, économiques et environnementaux déterminés avec les modules 2 à 5 et les parties prenantes; le principal outil (ToSIA) sera développé comme un modèle d’analyse dynamique, en utilisant un cadre harmonisé depuis la gestion forestière jusqu’à la commercialisation des produits à base de bois. Plusieurs filières tests seront utilisées pour tester ToSIA, depuis des cas simples théoriques jusqu’aux cas réels régionaux ou représentant la filière bois-forêt européenne actuelle.

Partenaires Coordonateur: SKOGFORSK (Suède) Principaux partenaires du module ressources forestières : Forest Research (Royaume Uni), Université de Freiburg (Allemagne), SLU (Suède), ISA (Portugal), KVL (Danemark). AFOCEL (France).

Bibliographie Disponible sur www.eforwood.com.

Champ thématique CT4 (Efpa) : méthodes pour la gestion des ressources et milieux naturels Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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L’Inra développe la mesure en continu de la composition en isotopes stables du CO2 dans les échanges sol- forêt-atmosphère dans le cadre de ses recherches en écologie fonctionnelle à Bordeaux. Ecologie fonctionnelle et physique de l’environnement - Ephyse / Upr 1263 - INRA (EFPA - Axe A - CT1)

Dans le cadre des recherches sur le cycle des gaz à effet de serre, le suivi des échanges isotopiques du carbone, de l’oxygène et de l’hydrogène entre le sol, la végétation et l’atmosphère permet de retracer le fonctionnement des écosystèmes, en particulier leurs échanges d’eau et de carbone. Un tel suivi demeurait hors de portée des techniques classiques utilisées pour analyser la composition isotopique des constituants organiques ou minéraux en jeu. La spectrométrie optique à très haute résolution par diode laser offre le potentiel de mesurer les concentrations isotopiques avec une résolution suffisante pour de telles applications. son-Delmotte, V Daux. - Carboeurope : www.carboeurope.org - Fluxnet : http://www-eosdis.ornl.gov/FLUXNET/

Résultats A la suite de travaux d’autres équipes françaises et étrangères, nous avions démontré que la composition en isotopes 12C et 13C du carbone de la cellulose du cerne annuel des arbres est un véritable enregistreur en continu du fonctionnement de la plante (Porté et Loustau, 2001). Plus récemment, nous pu montrer que les flux d’eau à l’intérieur des plantes peuvent expliquer les variations de la composition en 18O de la sève brute (Ogée et al. sous presse). En 2006, l’Inra, avec l’appui de la Région Aquitaine, a équipé l’unité Ephyse de Bordeaux d’un des premiers prototypes mondiaux de spectromètre laser pour la mesure à haute fréquence (1/20ème de seconde) de la composition isotopique du CO2. Dans le cadre du projet européen CarboEurope, cet instrument sera utilisé en tandem avec un deuxième appareil fourni par l’Université d’Edimbourg (Pr J. Grace) pour suivre les échanges opérés entre un couvert de Pin maritime et l’atmosphère au cours de l’année 2007. Ces mesures seront couplées à l’analyse de la composition isotopique de la cellulose du cerne des arbres formée durant cette période.

Bibliographie Cuntz M., J. Ogée, G.D. Farquhar, P. Peylin and L.A. Cernusak 2006. One-dimensional non-steady-state leaf water enrichment. Plant, Cell and Environment. Sous presse Griffis T.J., J. M. Baker, S. D. Sargent, B. D. Tanner and J. Zhang 2004. Measuring field-scale isotopic CO2 fluxes with tunable diode laser absorption spectroscopy and micrometeorological techniques. Agricultural and Forest Meteorology 124(1-2): 15-29 Ogée J., Peylin P., Cuntz M., Bariac T., Brunet Y., Ciais P., Berbigier P., Richard P., Ciais P., 2004. Partitioning net ecosystem carbon exchange into net assimilation and respiration with method: canopy-scale isotopic measurements. An error propagation analysis with 13CO2 and CO18O data. Global Biogeoch. Cycles, 18: GB2019, 16 p Ogée J., M. Cuntz, P. Peylin and T. Bariac 2006a. Non-steady state, non-uniform transpiration rate effects on the progressive stable isotope enrichment of leaf water along monocot leaves. Plant, Cell and Environment, sous presse. Ogée J., Loustau D., et al. 2006. Mesures, analyse et interprétation de la composition isotopique du carbone de la cellulose du cerne annuel des arbres à haute résolution temporelle : le cas du Pin maritime. Symposium Fonctionnement des écosystèmes terrestres, VIIIèmes Journées d’Ecologie Fonctionnelle, Nouan-le-Fuzelier, 6-9 mars 2006, résumé communication orale. Ogée J., Barbour M.M, Bert D., Bosc A, Berbigier P., Lambrot C., Stievenard M., Loustau D., 2006b. Interpreting high-resolution stable isotope signals in tree ring cellulose in terms of seasonal climate variations using a simple model of carbohydrate reserves. BASIN/SIBAE Joint Meeting Conference “Isotopes as tracers of ecological change”. Tomar, Portugal, 13-15 March 2006, poster. Ogée J., 2006. Using high-resolution stable isotope signals in

Perspectives ou impact à terme Cette expérimentation permettra d’une part de mieux comprendre et interpréter les fluctuations temporelles de composition en isotopomères du CO2 atmosphérique d’une part et d’autre part de composition de la cellulose des arbres. Outre une avancée importante sur l’écophysiologie des plantes terrestres, cette expérimentation ouvrira aussi la voie à une reconstitution du fonctionnement de la végétation au cours des climats récents (dernier millénaire) avec une très haute résolution (jour-semaine). Une deuxième perspective consistera à utiliser la composition isotopique des cernes des arbres à moyenne échelle pour analyser les variations spatiales du fonctionnement des forêts.

Partenaires - School of Geosciences, Université d’Edimbourg, U.K., Pr. J. Grace, J. Moncrieff, Ass Pr M Mencuccini, L. Wingate - L.S.C.E., L’orme les merisiers, Gif s/Yvette, P Ciais, V Mas-

Champ thématique CT1 (EFPA) : fonctionnement des écosystèmes et des cycles biogéochimiques Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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trees to capture changes in seasonal climate variations? Global Change Seminars of the School of Geosciences, University of Edinburgh, Edinburgh, UK, 5 April 2006, communication orale (invitée). Porté A. and D. Loustau 2001. Seasonal and interannual variations in carbon isotope discrimination in a maritime pine (Pinus pinaster) stand assessed from the isotopic composition of cellulose in annual rings. Tree Physiology 21: 861-868 Saurer M.; R.T.W Siegwolf and F.H. Schweingruber 2004. Carbon isotope discrimination indicates improving water-use efficiency of trees in northern Eurasia over the last 100 years. Global Change Biology 10 (12): 2109-2120

Contact Denis LOUSTAU (loustau@pierroton.inra.fr) Jérôme OGÉE (Jerome.Ogee@pierroton.inra.fr) UR EPHYSE INRA Bordeaux-Aquitaine B.P. 81 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Largeur du cerne (μm)

écorce

cœur

écorce

EW : bois de printemps, LW :bois d’été

Figure 1. Composition isotopique (exprimée par rapport au standard PDB pour le carbone 13 et au standard SMOW pour l’oxygène 18) de la cellulose déposée dans différentes fractions de 2 cernes annuels prélevés à 1.3 m sur le tronc de Pin maritime. Les 2 cernes étudiés correspondent aux années 1997 et 1998. Ces mesures mettent en évidence un cycle saisonnier marqué (4 ‰ d’amplitude pour le 13C cellulose et jusqu’à 8 ‰ pour le 18Ocellulose). • Le signal 13C cellulose permet d’estimer l’efficience d’utilisation de l’eau (EUE), définie comme le rapport entre le flux de carbone assimilé (photosynthèse) et le flux d’eau transpirée (Saurer et al., 2004). • Le signal 18O cellulose permet de distinguer les variations d’EUE liées à une régulation par les stomates des aiguilles de celles liées à une régulation des enzymes de la photosynthèse (Barbour et al., 2002). L’amplitude de ces signaux isotopiques C et O dans le cerne annuel est fortement dépendante de la taille des réserves en sucres de l’arbre (Ogée et al., 2006a & b; Ogée et Loustau, 2006).

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Les recherches de l’unité Ephyse permettent d’expliquer la signature micro-ondes des forêts et des prairies en vue de la future mission SMOS. Ecologie fonctionnelle et physique de l’environnement - Ephyse / Ur 1263 - INRA (EFPA / EA - Axe A, - CT4)

La mission SMOS (Soil Moisture and Ocean Salinity) qui contribuera à suivre le cycle de l’eau du sol à l’échelle de la planète est en cours de développement. Dans ce contexte, depuis 2005, Ephyse a été sélectionnée par l’ESA dans le développement de l’algorithme opérationnel du capteur sur la végétation. Alors que de nombreuses études avaient été faites sur des couverts agricoles, très peu de résultats étaient disponibles sur les forêts et les couverts naturels herbacés. Dans le cadre d’une large collaboration, Ephyse a entamé des études sur ces couverts en coordonnant ou participant à de nombreuses expériences. Les résultats originaux les plus marquants de ces études concernent la sensibilité du signal à l’humidité du sol sur les forêts et les rôles déterminants de la litière et de l’eau interceptée par la végétation dans l’émission micro-onde des couverts naturels. L’ensemble des études ont permis de développer des approches de modélisation originales qui sont intégrées au modèle L-MEB (L-band Microwave Emission of the Biosphere, Wigneron et al., 2006) mis en œuvre dans l’algorithme opérationnel de restitution de l’humidité du sol par SMOS. la sensibilité du signal observé à l’humidité de la surface soit faible sur les forêts, bien que la transmissivité de la forêt soit relativement forte; - l’effet de l’eau interceptée par les couverts naturels à la suite d’événements pluvieux entraîne une très forte dégradation de la qualité du suivi de l’humidité du sol

Contexte de la réalisation L’équipe télédétection de Ephyse participe au développement de la mission SMOS (lancement prévu en 2008), coordonnée par Yann Kerr (CESBIO, Toulouse), qui contribuera à suivre le cycle de l’eau du sol à l’échelle de la planète. Depuis 2005, l’équipe a été sélectionnée par l’ESA (European Space Agency) dans le développement de l’algorithme opérationnel d’analyse des observations SMOS sur les couverts bas, les sols et la forêt en relation avec le CESBIO (Toulouse) et l’Université de Rome.

Perspectives ou impact à terme L’ensemble de ces études ont permis de développer des approches de modélisation prenant en compte l’effet de la structure de la forêt et des couverts herbacés, la rugosité du sol, la température effective de la surface, la litière, l’interception de l’eau par le couvert, etc. sur le signal observé. Ces résultats sont intégrés au modèle L-MEB (L-band Microwave Emission of the Biosphere) (Wigneron et al., 2006) le modèle mis en œuvre dans l’algorithme opérationnel de restitution de l’humidité du sol par SMOS.

Résultats Dans le cadre d’une large collaboration avec les universités Tor Vergata de Rome, de Valencia, de Copenhagen et des laboratoires de recherches nationaux (CESBIO, Météo-France\ CNRM), Ephyse a développé ses études sur les forêts et les prairies depuis plus de cinq ans. En particulier, Ephyse a coordonné sur la forêt des Landes une campagne aéroportée de l’ESA (Eurostarss) en 2001 et la campagne BRAY-04 qui a été financée par le Programme National de Télédétection Spatiale. Il s’agit de la première expérience long terme de suivi de la forêt par des observations micro-ondes. Les résultats originaux les plus marquants de ces études sont les suivants : - sur les forêts, la dynamique de variation du signal observé entre des conditions de surface sèches ou humides est relativement faible; - la transmissivité de la canopée forestière au signal micro-onde est de l’ordre de 50%; - la litière joue un rôle déterminant, et pourtant négligé jusqu’alors, dans l’émission; micro-onde des couverts naturels. Il semblerait que la litière explique en grande partie le fait que

Partenaires - ESA (European Space Agency), CNES (Centre National d’Etudes Spatiales) Les publications sont faites en collaboration avec de nombreux instituts de recherche en France (CESBIO, CNRM, CSE, LTHE, etc.) et universités en europe et aux USA (Roma, Valencia, Zurich, Bern, Capenhagen, Iowa, California, etc.)

Valorisation Développement de la modélisation du sol et de la végétation dans l’algorithme opérationnel d’analyse des observations SMOS, coordonné par l’ESA et traduit en code par ARRAY (Toronto, Canada).

Champ thématique CT4 (Efpa) : Méthode pour la gestion des ressources et des milieux naturels Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Expérience BRAY-2004

Bibliographie Wigneron J-P, Y. Kerr, P. Waldteufel, K. Saleh, P. Richaume, P. Ferrazzoli, M.-J. Escorihuela, J. P. Grant, B. Hornbuckle, P. de Rosnay, J.-C. Calvet, T. Pellarin, R. Gurney, C. Mätzler, Lband Microwave Emission of the Biosphere (L-MEB) Model: Results from calibration against experimental data sets over crop fields, Remote Sens. Env., in press Grant J. P., J.-P. Wigneron, A.A. Van de Griend, A. Kruszewski, S. Schmidl Søbjærg, N. Skou, J. Balling, ‘A Field Experiment on Microwave Forest Radiometry - L-band signal behaviour for varying conditions of surface wetness’’, Remote Sens. Env., in press. Saleh, K., Wigneron, J.-P., Waldteufel, P., de Rosnay, P., Schwank, M., Calvet, J.-C., Kerr, Y., Estimates of surface soil moisture over grass covers using L-band radiometry, Remote Sens. Env., in press Saleh, K., J.-P. Wigneron, de Rosnay, P., Calvet J.-C., Kerr Y., ‘Semi-empirical regressions at L-band applied to surface soil moisture retrievals over grass’, Remote Sens. Env., 101, 415426, 2006. Saleh, K., J.-P. Wigneron, P. de Rosnay, J.-C. Calvet, M.-J. Escorihuela, Y. Kerr, P. Waldteufel, ‘Impact of rain interception by vegetation and mulch on the L-band emission of natural grass, Remote Sens. Env., 101, 127 – 139, 2006.

Le radiomètre EMIRAD (Technical University of Denmark (TUD) en scrutation multiangulaire automatisée sur la tour du site du BRAY.

Ouvrage: Mätzler, C., Rosenkranz, P.W., Battaglia A. & Wigneron, J.-P. (2006). Thermal Microwave Radiation - Applications for Remote Sensing, IET Electromagnetic Waves Series 52, London, UK, 555 p

Contact

Jean-Pierre WIGNERON (wigneron@bordeaux.inra.fr) EPHYSE INRA Bordeaux-Aquitaine B.P. 81 33883 Villenave d’Ornon Cedex

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

Le radiomètre bande L EMIRAD installé à 36 m de haut sur la tour du BRAY (Les Landes) a observé l’émission micro-onde de la forêt de Août à Décembre 2004.

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Un outil de simulation de l’écoulement atmosphérique à l’échelle du paysage. Ecologie fonctionnelle et physique de l’environnement - Ephyse / Ur 1263 - INRA (EA - Axe A, - CT4)

Le transport par le vent de particules ou de gaz et l’action mécanique du vent sur la végétation, sont déterminants dans nombre de problèmes environnementaux liés à la pollution atmosphérique, à l’épidémiologie, à la dissémination génétique, à la verse des céréales ou la ruine des peulements forestiers par une tempête.Compte tenu de la nature des écoulements atmosphériques, ces problémes mettent en jeu des échelles spatiales dépassant celle de la parcelle agricole. Résultats

Contact

Yves BRUNET (yves.brunet@bordeaux.inra.fr) Sylvain Dupont (sdupont@bordeaux.inra.fr) UR EPHYSE INRA Bordeaux-Aquitaine B.P. 81 33883 Villenave d’Ornon Cedex.

Un outil de simulation tridimensionnel de l’écoulement atmosphérique s’appuyant sur le code Aquilon (Umr Trefle, Univ. Bordeaux 1) a été développé en 3 étapes : 1 - Le code a été adapté aux conditions atmosphériques et a intègré la végétation. Il a ensuite été validé dans plusieurs contextes en utilisant des données acquises in situ et en soufflerie. 2 - Le modèle a été appliqué pour calculer les effets d’une tempête (1999) sur un parc urbain hétérogène. Cette étude montre une bonne coïncidence entre les niveaux d’énergie calculés et la localisation des dégâts. 3 - Le modèle a ensuite intègré le transport et le dépôt de particules lourdes. Il a été validé par des mesures de dispersion de pollen acquises in situ dans des contextes spatialement hétérogènes. Le code ainsi développé permet de calculer les champs de vent et de concentration sur des paysages tridimensionnels. Il constitue un outil pertinent pour de nombreuses études de simulation ou d’impact : influence de rideaux d’arbre sur la dispersion du pollen, impact d’une clairière forestière sur la charge dynamique des arbres en aval, test de scénarios de réaménagement d’un parc abîmé par une tempête, caractérisation de l’évolution d’un nuage de pesticides après épandage, etc.

Partenaires - Umr Trefle (Univ. Bordeaux 1), 16 av. Pey Berland, 33607 Pessac cedex

Bibliographie Foudhil H. et al. 2005. A fine-scale k- model for atmospheric flow over heterogeneous landscapes. Environ. Fluid Mech., 5, 245-267. Dupont S., Brunet Y., 2006. Simulation of turbulent flow in an urban forested park damaged by a windstorm. Boundary-Layer Meteorol., 120, 133-161. Dupont S. et al. 2006. Eulerian modelling of pollen dispersal over heterogeneous vegetation canopies. Agric. For. Meteorol., 141, 82-104.

Champ thématique CT4 (EA) : transferts et échanges de masse et d’énergie dans l’environnement Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Forêt-Bois

Recyclage de produits résiduaires sur parcelles boisées réseau expérimental Eresfor. • Transfert sol-plante et cycle des éléments naturels dans les écosystèmes cultivés - Tcem Umr 1220 - INRA, ENITAB (EFPA - Axe A - CT1) • Forêt-Bois Aquitaine - Fba / Uar 911 - INRA

Compte tenu des contraintes et limitations des filières classiques d’élimination des boues d’épuration, le recyclage de produits résiduaires sur parcelles boisées pourrait constituer une solution alternative dans des contextes de peuplements forestiers en gestion intensive. Dans le cadre législatif actuel où l’épandage sur parcelles boisées n’est autorisé qu’à titre expérimental, un référentiel technico-scientifique s’appuyant sur un réseau coordonné de sites expérimentaux Eresfor a été mis en place au plan national par un consortium d’organismes avec l’aide de l’Ademe et du ministère de l’Agriculture et de la Pêche (Map) afin d’évaluer sur le moyen et long terme les risques et les effets de l’utilisation des produits résiduaires en conditions forestières et de raisonner ces épandages dans le futur. Résultats

Contacts

Le réseau ERESFOR coordonné par l’Inra est composé en 2006 de 24 sites expérimentaux établis sur la base d’un protocole commun. Le suivi régulier et à moyen terme de chaque site du réseau fournit une quantité importante d’informations concernant les produits épandus, les sols, les solutions de sol, les nappes, les arbres, le sous-bois, les champignons, et la faune. L’intégration de toutes ces informations à une base de données commune permet d’analyser de façon rigoureuse l’impact des épandages sur les écosystèmes. La description détaillée des sites et des résultats obtenus sont disponibles sur le site www. bordeaux.inra/eresfor.

Anne-Laure THOMAS-CHÉRY (eresfor@bordeaux.inra.fr) Umr TCEM et Uar FBA INRA BORDEAUX-AQUITAINE Site de recherche forêt-bois, 69 route d’Arcachon - 33 612 Cestas Cedex

Perspectives ou impact à terme Un colloque de restitution du réseau ERESFOR est programmé en octobre 2007 et un manuel de recommandations pratiques est en cours d’élaboration. Le réseau a une double vocation (1) de pérennité permettant de faire un suivi des dynamiques des éléments et des compartiments des écosystèmes sur le long terme et (2) d’ouverture afin de prendre en compte d’autres types de produits résiduaires (cendres, eaux usées) ou d’espèces forestières..

Partenaires AFOCEL, IDF, ONF, CEMAGREF, ADEME, MAP, MEDD.

Bibliographie Disponible sur : http://www.bordeaux.inra.fr/eresfor/page/biblio.htm.

Champ thématique CT1 (Efpa) : fonctionnement des écosystèmes et des cycles biogéochimiques Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Forêt-Bois

Presse-Infos 2006 Communiqués de presse nationaux

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


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Un chercheur français de l’Inra, Antoine Kremer, lauréat du prix Wallenberg. Communiqué de presse du 28/09/2006 (Service presse national)

© INRA /G. ROUSSEL

Le 28 septembre 2006, Antoine Kremer, directeur de recherche à l’Inra de Bordeaux a reçu le prix Marcus Wallenberg 2006. Le prix d’un montant supérieur à 200 000 Euros lui a été remis par Sa Majesté le Roi Carl XVI Gustaf de Suède, lors d’une cérémonie à Stockholm. C’est le premier français honoré par cette distinction. Antoine Kremer est ainsi distingué pour ses travaux scientifiques originaux sur la diversité génétique des chênes en Europe, ouvrant ainsi la voie à une gestion raisonnée et durable des chênaies. Il est actuellement directeur de l’unité mixte de recherche “Biodiversité, gènes et écosystèmes” Inra-Université Bordeaux 1. Ses principaux objectifs ont été de : reconstituer les voies de migration des chênes en Europe après la dernière glaciation, identifier leur dynamique de re-colonisation qui a abouti à la répartition actuelle de la diversité génétique et construire une base de données de référence de l’empreinte génétique des chênes européens. En collaboration avec de nombreux partenaires européens, Antoine Kremer a réalisé la plus vaste étude de diversité génétique jamais entreprise sur des organismes vivants, avec plus de 2600 populations de chênes étudiées. Ses travaux pionniers et intégratifs sur la génétique des chênes sont à présent considérés comme un nouveau paradigme pour l’étude d’autres espèces forestières.

Les applications de ses travaux sont nombreuses : choix des meilleures sources de graines pour le reboisement, gestion de la biodiversité, conservation des ressources génétiques pour les générations futures et traçabilité de la chaîne de production des arbres, de la graine jusqu’au bois, notamment le bois de tonnellerie. Antoine Kremer est aussi leader de plusieurs programmes nationaux et internationaux sur la génétique des arbres et démarre cette année la coordination d’un nouveau Réseau d’excellence européen sur la biodiversité des forêts : Evoltree. Pour en savoir plus : - Le prix Marcus Wallenberg reconnait, encourage et stimule les percées scientifiques ou technologiques, qui contribuent de manière durable à l’élargissement des connaissances et du développement technologique en particulier dans les domaines d’importance pour les entreprises et industries liées à la forêt. Il a été créé en 1980 par un groupe papetier suédois. Voir le site : http://www.mwp.org/

Contact Antoine KREMER Umr Inra-Université Bordeaux 1 “Biodiversité, gènes et écosystèmes” Centre Inra Bordeaux tél : 33 (0)5 57 12 28 32 mél : Antoine.Kremer@pierroton.inra.fr

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Innovations dans les panneaux composites à base de bois. Communiqué de presse du 11/07/2006 (Service presse national)

Un des objectifs de l’unité mixte de recherche “Rhéologie du bois de Bordeaux” est d’étudier les relations entre les procédés d’élaboration des panneaux composites à base de bois et leurs propriétés. Les travaux ont conduit à la conception de nouveaux procédés de fabrication pour apporter de nouvelles fonctions à ces panneaux.

Des panneaux esthétiques pour le confort acoustique

Ces panneaux, appelés “MDF relief ”, sont réalisés à partir de fibres de bois agglomérées avec de la résine. Mais, à la différence des panneaux classiques, pour lesquels on Panneaux “MDF relief” aux propriétés d’isolation acoustique Panneaux “Confetti” pour les murs ou les plafonds recherche une surface la plus homogène possible, les nouveaux panneaux ont un aspect délibérément rugueux, obtenu par une adaptation du mode de cuisson. La surface réelle du nouveau panneau est irrégulière, de type fractale, donc beaucoup plus grande que celle d’un panneau lisse, ce qui multiplie d’autant sa capacité d’amortissement du son. L’irrégularité de surface du panneau est obtenue en cuisant les fibres de bois pressées contre un moule de pierre. Ce moule est de plus cannelé, ce qui crée sur le panneau des rainures verticales régulières profitables à l’esthétique comme à l’acoustique. Pour valoriser leurs propriétés acoustiques, les panneaux “MDF relief” pourraient servir comme revêtement mural dans les salles de cinéma ou de théâtre par exemple, ou comme cloison de séparation entre des bureaux.

Des panneaux colorés pour la décoration

Le deuxième type de panneau, appelé “Confetti” s’apparente plus à l’aggloméré. A partir de copeaux de bois de rabotage et d’un procédé de teinture dans la masse, on obtient une gamme étendue de couleurs de panneaux, de surface lisse et dure. Ces panneaux décoratifs sont légers, mais ne résistent pas à l’eau. Un traitement thermique est nécessaire pour les rendre imperméables, mais le procédé de coloration est alors compromis et les panneaux obtenus gardent une couleur brun foncé, quelque soit le bois de départ. Ces deux types de panneaux ont été conçus en collaboration avec un designer de la société “Concept Aquitaine” et, pour les panneaux “Confetti”, avec des industriels du bois. L’équipe de l’Inra de Bordeaux expérimente actuellement un panneau mixte entre “MDF relief” et “Confetti” qui sera testé pour ses propriétés acoustiques et thermiques. Ces innovations ont été déposées à l’Institut national de la propriété industrielle. Quelques industriels se montrent d’ores et déjà intéressés : un constructeur d’écoles et autres “petits collectifs”, une société parisienne de fabrication de claustras, un fabricant d’isolant thermique par exemple

Contact Patrick CASTÉRA tél. : 05 57 12 28 74 mél : castera@lrbb3.pierroton.inra.fr Umr Inra-Cnrs-Université Bordeaux “Rhéologie du bois de Bordeaux ”; Départements “Caractérisation et élaboration des produits issus de l’agriculture” et “Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques”, centre Inra de Bordeaux-Aquitaine

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©Inra/Jean-Marc Sibaud

En matière de panneaux à base de bois, tout est possible ou presque... panneaux durs ou souples, plus ou moins légers, colorés, imperméables... Il existe de nombreuses solutions techniques selon les usages visés. En collaboration avec un designer, des chercheurs de l’Inra du centre de Bordeaux-Aquitaine ont mis au point deux nouveaux types de panneaux à base de bois possédant à la fois des propriétés fonctionnelles et esthétiques.


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L’Inra coordonne un réseau d’excellence européen sur l’évolution des arbres face aux changements climatiques. Communiqué de presse du 27/04/2006 (Service presse national)

Evoltree, réseau d’excellence européen, est lancé aujourd’hui à Pessac (33), en présence de plus de 110 partenaires scientifiques. L’évolution des espèces et de leur diversité en réponse aux changements climatiques est aujourd’hui au centre des préoccupations de notre société. Quelles sont les capacités d’adaptation des espèces ? Peut-on s’inspirer de leur histoire passée pour prévoir leur réponse future ? Ces questions seront étudiées par un réseau d’excellence européen Evoltree* lancé aujourd’hui à Pessac (33). L’Inra gère la plus importante concentration nationale de recherche sur la forêt. Dans ce domaine, deux des thèmes prioritaires pour l’institut sont la diversité génétique des arbres, l’adaptation aux milieux, l’amélioration génétique, et la gestion et l’évaluation de la ressource forestière. Les travaux menés rejoignent notamment la priorité “Développement durable, changement climatique et écosystèmes” du 6ème Pcrd de l’Union européenne, dans lequel s’inscrit Evoltree. Antoine Kremer, directeur de recherche à l’Inra, coordonne ce réseau d’excellence européen. Au total, six unités de l’Inra regroupant 36 chercheurs, experts des différentes disciplines de la recherche forestière, sont impliquées dans le projet. Evoltree regroupe 25 laboratoires européens issus de 15 pays. Ce réseau rassemble des chercheurs de quatre disciplines complémentaires (écologie, évolution, génomique, génétique) pour prévoir les réponses des espèces aux changements climatiques. Cette ambition passe par la description de la diversité biologique dans les écosystèmes terrestres et l’analyse des processus écologiques et génétiques qui contribuent à la dynamique de cette diversité. L’accent est particulièrement mis sur les arbres et les espèces associées aux arbres (insectes phytophages et champignons mycorhiziens). Son originalité porte sur la prise en compte des interactions entre espèces en combinant les acquis les plus récents dans les quatre disciplines concernées pour promouvoir une nouvelle discipline “la génomique des communautés”.

- d’une plate-forme de modélisation - de plusieurs sites expérimentaux d’observation installés pour le monitoring in natura de la diversité biologique et des processus évolutifs (flux de gènes, adaptation, colonisation) sur l’ensemble de l’Europe. En étudiant les mécanismes qui façonnent la diversité génétique, Evoltree contribuera à établir de nouveaux objectifs, critères et indicateurs pour maintenir la diversité génétique. Ces critères et indicateurs pourraient être conçus pour accompagner la gestion courante des peuplements forestiers et pourraient également être adaptés à des peuplements de conservation ou des peuplements porte graines. Les partenaires du réseau d’excellence contribueront au transfert des résultats vers les utilisateurs potentiels (gestionnaires des espaces naturels, propriétaires forestiers, pouvoirs publics). Le réseau Evoltree pourra proposer des solutions concrètes pour la traçabilité et l’écocertification des produits dérivés des forêts (matériel de reproduction, bois). Financé par une contribution de la Commission européenne de 14,3 millions d’euros, le projet, d’une durée de 4 ans, est coordonné par Antoine Kremer de l’Inra Bordeaux-Aquitaine. Il a démarré officiellement le 1er avril 2006.

Contact Antoine KREMER Umr Inra-Université Bordeaux “Biodiversité, gènes et écosystèmes” Centre Inra Bordeaux tél : 33 (0)5 57 12 28 32 mél : Antoine.Kremer@pierroton.inra.fr

Les activités d’Evoltree permettront aussi de mettre un place un dispositif de recherches à long terme au niveau européen, avec la création: - d’un centre virtuel qui regroupera sous forme de réseau toutes les données nécessaires aux activités de recherches (base de données génomiques, génétiques, écologiques). - d’un centre physique de ressources génomiques et biologiques (extraits d’ADN de plusieurs forêts européennes, banques de données) * EVOLution of TREEs as drivers of terrestrial biodiversity Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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L’histoire du hêtre en Europe : un fructueux dialogue entre génétique et phylogéographie. (CNRS-INRA) Communiqué de presse du 07/07/2006 (Service presse national)

Au cours de la dernière glaciation les essences forestières tempérées n’ont pu survivre que dans quelques “zones refuges” d’Europe méridionale puis elles ont reconquis le continent lors du réchauffement holocène, il y a 11 000 ans. C’est grâce au pollen préservé dans les précieuses archives que constituent les sédiments des lacs et des tourbières que la chronologie de cette colonisation est établie. Dans un article paru dans “New Phytologist” de Juillet 2006, Donatella Magri et ses collaborateurs présentent les conclusions du réseau Fossilva piloté par l’Institut méditerranéen d’écologie et de paléoécologie (IMEP/CNRS, Université d’Aix-Marseille) sur l’histoire européenne du hêtre et retracent l’expansion postglaciaire des hêtraies à travers l’Europe. Depuis 15 ans, l’European Pollen Database hébergée par l’IMEP rassemble les très nombreuses données polliniques permettant de reconstruire des cartes de paléovégétation. Depuis les années 1990, une collaboration entre des palynologues de l’IMEP, Jacques-Louis de Beaulieu et Rachid Cheddadi, et des généticiens forestiers de l’INRA de Bordeaux, Antoine Kremer et Rémy Petit, a permis aux premiers de fournir aux seconds l’échelle temporelle qui fixe les points d’origine et les axes d’expansions des lignées observées actuellement, permettant ainsi l’établissement de véritables généalogies. Cette stratégie s’est exprimée au travers des programmes de recherche européens, Oakflow, Cytofor, pilotés par l’INRA, et enfin Fossilva. En conclusion du programme Fossilva, l’équipe de chercheurs met en évidence le poids d’événements antérieurs à la dernière glaciation dans la structuration des refuges et des populations actuelles. Elle montre aussi que de petites zones refuges ont pu exister jusqu’au 45e parallèle au cours de plusieurs cycles glaciaires-interglaciaires et que d’autres, plus méridionales, n’ont pas ou peu contribué aux grandes recolonisations de l’Europe moyenne. C’est ainsi que, par exemple, les populations du sud de l’Italie n’ont pas franchi la barrière des Alpes. Le programme Fossilva a aussi amorcé la recherche de l’ADN des restes d’arbres fossiles1. Un des résultats est la démonstration que nos paysages actuels, en dépit de millénaires de perturbations par l’Homme depuis le Néolithique, conserve une profonde empreinte des installations forestières datant de la première moitié du postglaciaire. Ces résultats sont commentés dans les pages “forum” de la même revue par l’écologue américain S.T. Jackson qui rend compte de l’avance prise par les européens dans l’intégration des travaux de génétique et de phylogéographie ainsi que du rôle fondamental joué par les bases de données comme l’EPD

dans l’établissement du dialogue entre les chercheurs de ces deux disciplines. Par ailleurs, l’IMEP et d’autres équipes associées au CNRS (Bordeaux, Orsay, Montpellier), participent au programme NoE EVOLTREE qui va prolonger et amplifier la coopération internationale en vue de mieux comprendre l’origine et le fonctionnement de nos écosystèmes forestiers. Il permettra surtout d’utiliser ces connaissances afin de prévoir leurs réactions au réchauffement climatique qui s’amorce et d’adapter les politiques de gestion à ce nouveau paramètre. - Référence : A new scenario for the Quaternary history of European beech populations: palaeobotanical evidence and genetic consequences. Magri, D., Vendramin, G.G., Comps, B., Dupanloup, I., Geburek, T., Gömöry, D., Lata’owa, M., Litt, T., Paule, L., Roure, J.M., Tantau, I., van der Knaap, W.O., Petit, R.J., de Beaulieu J-L. (2006). New Phytologist, 171: 199–221.

Contact Rémy PETIT Umr Inra-Université Bordeaux 1 - BioGEco Centre Inra Bordeaux tél : 33 (0) 5 57 12 28 43 mél : petit@pierroton.inra.fr Jacques-Louis de Beaulieu tél : 04 42 90 84 77 ou 06 64 92 68 64 Jacques-Louis.de-Beaulieu@univ.u-3mrs.fr

Genetic analysis of archaeological wood remains : first results and prospects : Deguilloux, M.F., Bertel, L., Celant, A., Pemonge, M.H., Sadori, L., Magri, D., Petit, R.J. (2006). Journal of Archaeological Sciences. Sous presse.

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P么le For锚t-Bois

Publications 2006

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


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Pôle Forêt-Bois

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Pôle Sécurité des Aliments

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Sécurité des Aliments

› Quelques chiffres

51 personnels permanents, dont 22 scientifiques (chercheurs/enseignants-chercheurs/ingénieurs), 58 chercheurs et ingénieurs (Inra et partenaires) mobilisés en réseau sur toute l'Aquitaine 4 unités de recherche Unités propres INRA • Mycologie et Sécurité des Aliments (UPR MYCSA) associée au LNDS/DGAL • Service et recherches en analyses végétales et environnementales (US USRAVE). • Unité expérimentale sur le Maïs (Ue Maïs Smh) -pour partieUnités mixtes INRA • Transfert Sol-plante et Cycle des Éléments Minéraux dans les écosystèmes cultivés (UMR TCEM - INRA / ENITAB)

› Dépts scientifiques INRA

Microbiologie et chaîne alimentaire (MICA) • Environnement et agronomie (EA) • Santé des plantes et environnement (SPE) • Génétique et amélioration des plantes (GAP)

› Partenaires scientifiques

LNDS/DGAL (associé à Mycsa) Universités Bordeaux (1 et 2), Pau (UPPA) • Institut des sciences et techniques des aliments de Bordeaux (ISTAB) • École nationale d’ingénieurs des travaux agricoles de Bordeaux (ENITAB) • IBVI-IFR 103 • Umr Ls2b • Ur 66 INRA Toulouse • Laboratoires étrangers (Usa, Mexique, UK…)

› Autres Partenaires

Arvalis-Institut du végétal • Centre technique des oléagineux (CETIOM) • Centre technique du champignon (CTC) • Institut de recherche appliquée aux céréales (IRTAC) • Institut des corps gras (ITERG) • Interprofession porcine Aquitaine (INPAQ) • Maïsadour-Stimul • Monsanto • Biogemma • Pena Environnement

› Autres acronymes

Umr : Unité mixte de recherche Upr : Unité propre de recherche LNDS : Laboratoire national des denrées stockées DGAL : Direction générale de l'alimentation (min. Agriculture) SRPV : Service régional de la protection des végétaux Ademe : Agence de l'environnement /maîtrise énergie RARE : Réseau de recherche et d'innovation technologique “Alimentation - Référence - Europe”

› Contact

Jean-Marc Olivier INRA - QUALIS Domaine de la Grande Ferrade B.P. 81 33883 Villenave d'Ornon cedex tél : 05 57 12 24 96 olivier@bordeaux.inra.fr

Le pôle “Qualité et Sécurité des Aliments” est dédié à la qualité et la sécurité des produits végétaux. Il s’est développé sur le site de l'Inra à Villenave d'Ornon (33) à partir d’une association entre l’INRA et la DGAL (LNDS) dans une structure intégrée nommée “QUALIS”. Grâce à des collaborations nationales et régionales, cet ensemble fédérateur se positionne au cœur d’un réseau scientifique et technique (coordination de réseaux : RARE Fusariotoxines, Aquitaine Sécurité des Aliments - pôle de compétitivité Prod’Innov ...). Son dispositif de recherche fonctionne avec des chercheurs de l’INRA, du CNRS, des universités de Bordeaux 1 et 2, de l'université de Pau et Pays de l'Adour ainsi que des écoles d’ingénieurs ayant des compétences complémentaires. Ce pôle développe des collaborations fortes avec les partenaires institutionnels et socioprofessionnels tels que les instituts techniques et les instances réglementaires. Il participe également à la construction d’une offre d’enseignement. Le pôle Sécurité des Aliments représente aujourd’hui un ensemble intégré dans des réseaux régionaux, nationaux et européens, contribuant à une expertise collective autour d’une problématique très actuelle. Principaux thèmes de recherches (Unités INRA) • Mycotoxines des céréales; génétique et physiologie de la toxinogenèse chez Fusarium, diversité fongique, interactions avec la microflore et les pratiques culturales dont les choix variétaux, impact toxicologique (MycSA, UE Maïs, ISTAB, ENITAB, Universités Bordeaux 1 et 2, Inra Toulouse, Arvalis, SRPV, Maïsadour, Monsanto…) • Insectes des denrées stockées; entomophysiologie et adaptation des méthodes de lutte dont fumigation (MycSA, LNDS, Arvalis, Cetiom…) • Biologie et génétique des champignons comestibles; résistance aux agents d’altération de la qualité (MycSA, CTC) • Mécanismes de transfert, d’accumulation et de contamination des végétaux par les éléments traces (Tcem/ Usrave, Bordeaux 1-Lptc, UPPA-Lcabie, Enitab…) • Optimisations méthodologiques et prestations pour l’analyse des composés minéraux dans les végétaux (Usrave, Tcem) • Systèmes experts pour suivi de la qualité sanitaire (MycSA, LS2B, IRTAC, IFBM, Cetiom....)

Outils communs Plateaux techniques (analyses minérales et organiques, biochimie, biologie moléculaire). Collections de références pour champignons. Halle technologique : stockage et traitements phytosanitaires des grains, élevages d’insectes. Installations expérimentales : cultures des champignons Domaine expérimental ; culture du maïs.

Enseignement supérieur Les équipes de QUALIS sont rattachées aux écoles doctorales “Sciences de la Vie-Santé” (Bordeaux 1 et 2), “Sciences de l’Environnement” (Bordeaux 1) et “Sciences exactes” (UPPA). Le partenariat avec 3 universités d’Aquitaine et 2 écoles d’ingénieurs (ENITAB, ISTAB) permet aux chercheurs du pôle de participer à 5 Masters et d’accueillir (pour les composantes Inra) une vingtaine de stagiaires, thésards et post doctorants par an. L’objectif est de contribuer à l’offre d’enseignement de niveau Master/Ingénieur dans le domaine de la qualité sanitaire tant en formation initiale qu’en formation permanente. Le collectif est organisé pour valider des sujets de stages liés aux programmes de recherche et porter les propositions d’allocations auprès des tutelles.

Transfert La sécurité sanitaire des aliments implique une approche “filière” permettant l’optimisation et la mise à disposition des méthodes analytiques, le traçage des contaminants et la mise en œuvre de mesures de correction (filières céréales et maïs, oléagineux, porc et “jambon de Bayonne”, palmipèdes gras…). Le pôle s’appuie sur les cellules de transfert des universités, les centres de ressources technologiques (Agir, Agrotec, Iterg...), les instituts techniques (Arvalis, Irtac, Cetiom, Ctc..) et structures nationales (Ademe, Afssa, Dgal) où la synergie facilite le montage de projets intégrés de recherche et de développement. Ces projets sont générateurs de connaissances académiques et de réponses concrètes aux questionnements des producteurs, transformateurs et consommateurs.


Pôle Sécurité des Aliments

Résultats 2006

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Sécurité des Aliments

Croisements par phénomènes de Buller, une parasexualité créatrice de biodiversité chez le Champignon de Paris, Agaricus bisporus. Mycologie et Sécurité des Aliments - MycSA / Upr 1264 - INRA (SPE - Axe E - CT1, CT2)

L’amélioration variétale d’A. bisporus, pour la résistance aux pathogènes est un enjeu majeur pour la filière concernée. Pour alimenter ce programme, la maîtrise des cycles de vie et la gestion de la biodiversité naturelle sont nécessaires. Le cycle de vie pseudohomothallique prédominant d’A. bisporus, dans lequel la majorité des meiospores donnent des hétérocaryons (n+n) autofertiles capables de produire directement de nouveaux sporocarpes, ne favorise pas le brassage génétique. Cependant, dans les populations naturelles nous avons détecté une diversité génétique dont l’analyse suggère que l’interfécondation jouerait un rôle important. L’identification d’un cycle faisant intervenir une parasexualité a été entreprise pour expliquer la biodiversité naturelle et développer de nouvelles méthodes d’obtention d’hybrides. moment de la fructification doit permettre d’obtenir rapidement des hybrides améliorés. La parasexualité entre hétérocaryons doit être également possible et plus fréquente dans la nature, elle devra être démontrée, même si cela est plus difficile.

Résultats Dans un substrat de culture commercial inoculé simultanément avec un mycélium homocaryotique (N) et une population de spores majoritairement hétérocaryotiques (n+n), nous avons montré que tous les sporocarpes produits étaient hétérocaryotiques (N+n) hybrides, c’est à dire ayant reçu le noyau (N) de l’homocaryon et l’un des noyaux (n) d’une spore ou du mycélium hétérocaryotique qui en est issu. Le phénomène de Buller (homocaryon x hétérocaryon) a joué un rôle majeur alors que contre toute attente, aucun sporocarpe (n+n) issu de spores hétérocaryotiques n’a été détecté. Chez A. bisporus, les gènes létaux ou délétères sont fréquents ce qui implique que les rares spores et/ou mycélium homocaryotiques ne sont parfois pas viables. Nous avons montré qu’en outrepassant la sélection gamétique, le phénomène de Buller permet de réaliser des hybrides qui reçoivent des noyaux porteurs de telles tares mais aussi potentiellement porteurs d’allèles d’intérêt qui n’auraient jamais pu être exploité par les autres méthodes de croisement existantes (qui par ailleurs sont plus difficiles à mettre en œuvre). Ce système d’interfécondation simple et original permet d’une part de mieux exploiter la biodiversité génétique dans des programmes de création variétale, et d’autre part ouvre une piste pour expliquer la dynamique statio-temporelle les populations sauvages.

Partenaires Convention Cadre Inra - Centre Technique du Champignon

Publications Callac P, Spataro C, Caille A, Imbernon M. 2006. Evidence for outcrossing via the Buller phenomenon in a substrate simultaneously inoculated with spores and mycelium of Agaricus bisporus. Appl Environ Microb 72:2366-2372. Xu J., Desmerger C., Callac P. 2002 Dynamic spatial-temporal genetic variation in two French populations of the commercial mushroom Agaricus bisporus Microbiol-SGM 148: 12531262.

Contact Philippe CALLAC (callac@bordeaux.inra.fr) Equipe Mycologie UPR MYCSA QUALIS - INRA BORDEAUX-AQUITAINE BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex.

Perspectives ou impact à terme La méthodologie de production de sporocarpes issu de phénomène de Buller est utilisable pour obtenir un nombre élevé d’hybrides pour un programme d’amélioration variétale. L’application de pressions de sélection (pathogène, environnement) au

Champs thématiques CT1 (SPE) : Génomique fonctionnelle et biologie intégrative | CT2 (SPE) : Caractérisation des espèces et populations Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Sécurité des Aliments

Les acides phénoliques, de puissants effecteurs de la biosynthèse des trichothécènes. Mycologie et Sécurité des Aliments - MycSA / Upr 1264 - INRA (MICA - Axe B - CT2)

La biosynthèse de trichothécènes B par Fusarium culmorum est fortement affectée par la présence d’acides phénoliques extraits de blé. Si les acides férulique et p-coumarique, sous leur forme monomérique, inhibent significativement l’accumulation de toxines, l’efficacité inhibitrice d’un extrait de blé est fortement influencée par la présence de formes oligomériques, dimères et trimères. L’inhibition observée résulte pour partie d’une régulation transcriptionnelle de la majorité des gènes Tri. riques semblent elles aussi détenir une activité inhibitrice non négligeable. Des analyses par Q-RT-PCR ont démontré que l’inhibition de cet extrait d’acides phénols résultait pour partie d’une réduction de l’expression des gènes Tri, gènes impliqués dans la voie de biosynthèse des trichothécènes. L’approche de purification sans a priori nous a permis d’obtenir une fraction polaire extraite de sons de blé possédant un fort pouvoir modulateur de la toxinogénèse. L’analyse par CLHP/MS/MS de cette fraction a montré qu’il s’agissait d’une structure dimérique d’acide phénolique, férulique-férulique ou férulique-p-coumarique. La nature de ce dimère demande encore à être précisée. Ainsi les deux approches ont abouti à une conclusion identique, à savoir l’importance des formes oligomériques d’acide phénoliques dans l’interférence entre composition biochimique des grains et sensibilité à la mycotoxinogénèse.

Contexte de la réalisation En Europe, le risque mycotoxique est essentiellement lié aux mycotoxines produites au champ avant récolte, représentées majoritairement par les mycotoxines de Fusarium (trichothécènes B/TCTB, zéaralénone et fumonisines). Ces mycotoxines étant particulièrement thermostables, les process de décontamination des grains sont très limités. Les stratégies de maîtrise du risque ne peuvent alors être fondées que sur des actions de prévention menées en pré-récolte. Parvenir à une maîtrise des contaminations en fusariotoxines relève d’un double enjeu : (i) de santé publique puisque ces molécules caractérisées par une toxicité aiguë posséderaient aussi une toxicité chronique, (ii) économique puisque en juin 2005, une directive européenne fixant des valeurs seuils de teneur en TCTB et fumonisines a été publiée. La plante hôte (blé, orge, maïs...) de par sa composition biochimique, son état physiologique au moment de l’infection, mais aussi les réactions de défense mises en place vis à vis de l’installation et la progression de Fusarium, possède une influence considérable sur les niveaux de TCTB accumulés dans les grains et représente un des rares paramètres sur lequel l’homme peut intervenir. Nos travaux se sont ainsi focalisés sur l’identification de facteurs induits ou constitutifs des grains possédant un effet modulateur vis à vis de la voie de biosynthèse des TCTB.

Perspectives ou impact à terme Après détermination précise de la structure du dimère d’acides phénoliques et de son mécanisme d’action, une approche in vivo (collaboration avec des partenaires privés) nous permettra de valider nos résultats in planta et de juger de l’intérêt de leur exploitation dans des stratégies de sélection variétale.

Partenaires Contrat Cifre Inra/Irtac, Projet R.A.R.E. Fusariotoxines 20032007

Résultats Les sons des grains de blé contiennent des entités biochimiques susceptibles d’inhiber l’accumulation de trichothécènes. La stratégie mise en œuvre pour identifier ces entités repose sur deux démarches menées en parallèle. La première consiste à étudier l’effet de composés candidats, contenus dans les sons et susceptibles de par leurs caractéristiques physicochimiques d’interférer avec les voies de toxinogénèse. La seconde consiste en une purification des entités inhibitrices selon un protocole sans à priori mettant en jeu plusieurs étapes chromatographiques. L’analyse de composés candidats a démontré l’impact de la composition en acides phénols des grains de blé sur la toxinogénèse. Les formes monomériques des acides férulique et pcoumarique sont apparus inhibitrices de la voie de biosynthèse des trichothécènes et ce pour des concentrations proches de celles présentes dans les sons. Ces formes monomériques ne sont cependant pas seules responsables de l’inhibition associée à un extrait naturel d’acides phénols, les formes oligomé-

Publications BOUTIGNY AL, RICHARD-FORGET F., BARREAU C., 2007. Natural mechanisms for cereal resistance to Fusarium mycotoxins accumulation. European Journal of Plant Pathology, soumis.

Contact Florence FORGET (fforget@bordeaux.inra.fr) Christian BURBAN (cburban@bordeaux.inra.fr) Vessela VATANASO (vatanaso@bordeaux.inra.fr) Equipe Mycologie UPR MYCSA QUALIS - INRA BORDEAUX-AQUITAINE BP 81 - 33883 Villenave d’Ornon Cedex.

Champ thématique CT2 (MICA) : risque microbiologique en santé animale et alimentation humaine Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Sécurité des Aliments

Phytoremédiation de sols pollués en éléments traces (ETM) par des tabacs génétiquement modifiés. Transfert sol-plante et cycles des éléments minéraux dans les écosystèmes cultivés Tcem / Ur 1220 - INRA (EA - CT3)

La phytoextraction est une technique de phytoremédiation qui utilise des plantes capables d’extraire des quantités importantes d’ETM des sols pollués. Les limites de cette technique sont la faible biomasse des espèces hyperaccumulatrices et le fait que ces espèces sont peu domestiquées. Notre objectif était d’étudier la faisabilité d’utiliser des plantes à forte biomasse (tabac), modifiées génétiquement pour augmenter leurs capacités d’extraction et d’accumulation des ETM. Plusieurs études ont montré l’intérêt de cette technique, mais celles-ci ont généralement été réalisées en solution nutritive. L’originalité de ce travail a été de déterminer dans quelles conditions pédogéochimiques les tabacs modifiés pouvaient accumuler plus d’ETM que le tabac non modifié. Les résultats permettent ainsi une meilleure gestion de l’utilisation de cette technique en sol pollué. Ce travail pluridisciplinaire a sollicité la collaboration de plusieurs équipes de disciplines scientifiques variées et complémentaires (physico-chimie, géochimie, biochimie, physiologie, biologie végétale). NUC (CEA, l’Inra, CNRS) projet TRANSPLAM (L. Denaix Inra Bordeaux, M Lebrun BPMP Montpellier) afin d’étudier les mécanismes de prélèvement des ETM dans les végétaux.

Contexte de la réalisation Cette étude a été réalisée dans le cadre du Programme National de recherche Sols et Erosion. L’objectif était d’acquérir des connaissances sur les mécanismes qui contrôlent la mobilité des ETM dans les sols ainsi que leur transfert et accumulation dans des plantes génétiquement modifiées. Cette approche renseigne sur l’utilisation de la génomique que ce soit pour réhabiliter des sols pollués ou pour étudier les mécanismes de prélèvement des ETM par les plantes. Un préalable est cependant l’acceptabilité sociale et l’évaluation des risques environnementaux liés à l’utilisation de plantes transformées pour réhabiliter des sols pollués.

Partenaires J-F Briat et G. Vansuyts BPMP CNRS-Inra-ENSAM, Montpellier ; V Sappin-Didier Umr TCEM-Inra, Bordeaux

Bibliographie SAPPIN-DIDIER V., VANSUYTS G., MENCH M., BRIAT J.F. 2005. Cadmium availability at different soil pH to transgenic tobacco overexpressing ferritin. Plant and Soil 270, 189-197.

Résultats

Contact

Valérie SAPPIN-DIDIER (didier@bordeaux.inra.fr) Umr TCEM INRA Bordeaux-Aquitaine B.P. 81 33883 Villenave d’Ornon Cedex.

Des tabacs surexpimant la synthèse de ferritine dans le cytoplasme ou le chloroplaste ont été testés. Ces tabacs ont été cultivés dans des sols contaminés à même teneur en Zn, Cd et à pH croissant. Les résultats ont montré que le tabac surexprimant la synthèse de ferritine dans le chloroplaste accumule plus de Fe (+90 %) et de Cd (+30 %) que le tabac témoin uniquement dans le sol dont le pH est supérieur à 7. Dans ce sol, le tabac modifié, qui stocke plus de Fe, est physiologiquement carencé en cet élément et les processus racinaires impliqués dans son acquisition sont activés (ferric reductase, H+-ATPase). L’activation de ces processus accroit également la mobilité des ETM dans le sol rhizosphérique et leur prélèvement par la plante est ainsi augmenté.

Partenaires D’un point de vue opérationnel ces résultats permettent de cibler les contextes pédogéochimiques pour lesquels ces techniques de phytoextraction sont envisageables. L’approche génomique mise en œuvre a depuis été réutilisée dans le programme TOXChamp thématique CT3 (EA) : Fonctionnement des sols, cycles biogéochimiques et écologie fonctionnelle Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Sécurité des Aliments

Publications 2006

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Publications | Pôle Sécurité des aliments | INRA de Bordeaux-Aquitaine - Année 2006

Pôle Sécurité des aliments of root exudates released by an artificial root surface in Cd-contaminated soils.” Soil Biology & Biochemistry 38(4): 702-708. Ruttens, A., M. Mench, J. V. Colpaert, J. Boisson, R. Carleer and J. Vangronsveld (2006). “Phytostabilization of a metal contaminated sandy soil. I: Influence of compost and/or inorganic metal immobilizing soil amendments on phytotoxicity and plant availability of metals.” Environmental Pollution 144(2): 524-532. Ruttens, A., J. V. Colpaert, M. Mench, J. Boisson, R. Carleer and J. Vangronsveld (2006). “Phytostabilization of a metal contaminated sandy soil. II: Influence of compost and/or inorganic metal immobilizing soil amendments on metal leaching.” Environmental Pollution 144(2): 533539.

C Callac, P., C. Spataro, A. Caille and M. Imbernon (2006). “Evidence for outcrossing via the Buller phenomenon in a substrate simultaneously inoculated with spores and mycelium of Agaricus bisporus.” Applied and Environmental Microbiology 72(4): 2366-2372. Cornu, J. Y. and L. Denaix (2006). “Prediction of zinc and cadmium phytoavailability within a contaminated agricultural site using DGT.” Environmental Chemistry 3(1): 61-64. G Geebelen, W., V. Sappin-Didier, A. Ruttens, R. Carleer, J. Yperman, K. Bongue-Boma, M. Mench, N. Van der Lelie and J. Vangronsveld (2006). “Evaluation of cyclonic ash, commercial Na-silicates, lime and phosphoric acid for metal immobilisation purposes in contaminated soils in Flanders (Belgium).” Environmental Pollution 144(1): 32-39.

S Sangare-Tigori, B., A. A. Dem, H. J. Kouadio, A. M. Betbeder, D. S. Dano, S. Moukha and E. E. Creppy (2006). “Preliminary survey of ochratoxin A in millet, maize, rice and peanuts in Cote d’Ivoire from 1998 to 2002.” Human & Experimental Toxicology 25(4): 211-216. Sangare-Tigori, B., S. Moukha, H. J. Kouadio, A. M. Betbeder, D. S. Dano and E. E. Creppy (2006). “Co-occurrence of aflatoxin B-1, fumonisin B-1, ochratoxin A and zearalenone in cereals and peanuts from Cote d’Ivoire.” Food Additives and Contaminants 23(10): 1000-1007. Sangare-Tigori, B., S. Moukha, J. H. Kouadio, D. S. Dano, A. M. Betbeder, A. Achour and E. E. Creppy (2006). “Ochratoxin A in human blood in Abidjan, Cote d’Ivoire.” Toxicon 47(8): 894-900. Schneider, A. (2006). “Adaptation of the ion exchange method for the determination of the free ionic fraction of cadmium in solution.” Journal of Environmental Quality 35(1): 394-401. Sivry, Y., J. Riotte, M. Munoz, V. Sappin-Didier and B. Dupre (2006). “Study of labile Cd pool in contaminated soil using stable isotope analysis, radioactive isotope dilution and sequential extraction.” Geochimica Et Cosmochimica Acta 70(18): A594-A594.

K Kumpiene, J., S. Ore, G. Renella, M. Mench, A. Lagerkvist and C. Maurice (2006). “Assessment of zerovalent iron for stabilization of chromium, copper, and arsenic in soil.” Environmental Pollution 144(1): 62-69. M Marcic, C., I. Le Hecho, L. Denaix and G. Lespes (2006). “TBT and TPhT persistence in a sludged soil.” Chemosphere 65(11): 2322-2332. Masson, P., T. Prunet and D. Orignac (2006). “Arsenic determination in plant samples by hydride generation and axial view inductively coupled plasma atomic emission spectrometry.” Microchimica Acta 154(3-4): 229-234. Mench, M., G. Renella, A. Gelsomino, L. Landi and P. Nannipieri (2006). “Biochemical parameters and bacterial species richness in soils contaminated by sludge-borne metals and remediated with inorganic soil amendments.” Environmental Pollution 144(1): 24-31. Mench, M., J. Vangronsveld, C. Beckx and A. Ruttens (2006). “Progress in assisted natural remediation of an arsenic contaminated agricultural soil.” Environmental Pollution 144(1): 51-61. Mench, M., J. Vangronsveld and N. Lepp (2006). “Soil and sediment remediation [SSR].” Environmental Pollution 144(1): 1-1. P Ponts, N., L. Pinson-Gadais, M. N. Verdal-Bonnin, C. Barreau and F. Richard-Forget (2006). “Accumulation of deoxynivalenol and its 15acetylated form is significantly modulated by oxidative stress in liquid cultures of Fusarium graminearum.” Fems Microbiology Letters 258(1): 102-107. R Renella, G., D. Egamberdiyeva, L. Landi, M. Mench and P. Nannipieri (2006). “Microbial activity and hydrolase activities during decomposition

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Publications | Pôle Sécurité des Aliments | INRA de Bordeaux-Aquitaine - année 2006


P么le Hydrobiologie

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Hydrobiologie

› Quelques chiffres 85 permanents, 37 scientifiques (chercheurs/ingénieurs - enseignants-chercheurs) dont 25 scientifiques INRA. Unités mixtes de recherche INRA • Nutrition, aquaculture, génomique (UMR NUAGE - INRA/IFREMER/Univ. Bordeaux 1). • Écologie comportementale et biologie des populations de poissons (UMR ECOBIOP - INRA/UPPA). • Unité d'Appui à la Recherche Hydrobiologie (UAR)

› Dépts scientifiques INRA Écologie des forêts, prairies et milieux aquatiques (EFPA). Physiologie animale et systèmes

Le pôle de recherche Hydrobiologie de Saint-Pée-sur-Nivelle (64), assure un continuum de recherches de la nutrition à l’écologie des poissons grâce à un dispositif original de recherches basé sur deux UMR NUAGE et UMR ECOBIOP et un ensemble unique d’infrastructures de recherches et d’expérimentations. Les équipes du pôle sont fortement intégrées dans l’espace européen de la recherche, avec une participation active à de nombreux projets européens, la reconnaissance des infrastructures à l’échelle européenne et de nombreuses collaborations transfrontalières notamment avec le Nord de l’Espagne et le Portugal. Ce pôle contribue au développement d’un enseignement supérieur de biologie par l’Université de Pau et Pays de l’Adour sur son campus d’Anglet. Par son positionnement, l’INRA est le seul EPST ayant une taille critique permettant d’adosser de façon réaliste et opérationnel un enseignement supérieur de type “Master” et “École doctorale”. Cet ensemble fédérateur pourrait déboucher sur la création d’un pôle européen de recherche-enseignement supérieur en biologie animale, spécialisé en hydrobiologie. Ce pôle mobilisateur et fédérateur vient également en appui au développement économique de toute une région.

d’élevage (PHASE).

› Partenaires Institut français de recherche pour l’exploitation de la mer (IFREMER) • Université Bordeaux 1 • Université de Pau et des Pays de l’Adour (UPPA).

› Autres partenaires Comité interprofessionnel des produits de l'aquaculture (CIPA). agence française de sécurité sanitaire des aliments (AFSSA). Conseil supérieur de la pêche (CSP). Centre national du machinisme agricole, du génie rural, des eaux et des forêts (CEMAGREF).

Principaux thèmes de recherches

Transfert

• Nutrition et alimentation des poissons. • Écologie comportementale et biologie des populations de poissons.

Les recherches sur l’alimentation et la nutrition des poissons sont menées en partenariat étroit avec les différents acteurs de l'aquaculture. Les ateliers spécialisés d’alimentation et nutrition des poissons sont en cours d’intégration dans un plateau technique accessible aux professionnels. Les recherches sur la gestion des populations de poissons des différents bassins versants du piémont Pyrénéen (Nive, Bidassoa) sont menées en partenariat avec les gestionnaires.

Outils communs Plateforme nutrition : digestibilité, comportement alimentaire, métabolisme. Ateliers d'élevage larvaire Piscicultures expérimentales Plateforme comportement : chenal de fraie, fluvarium (rivière artificielle). Sites locaux : La Nivelle (intégrée dans un projet d'ORE), les Nives, la Bidassoa.

Migradour.

› Autres acronymes Umr : Unité mixte de recherche. Uar : Unité d'appui à la recherche. EPST : Établissement public à caractère scientifique et technologique. ORE : Observatoire de recherches sur les cours d'eau Atlantique

› Contact Sadasivam J. Kaushik INRA - Quartier Ibarron 64310 Saint-Pée-sur-Nivelle 05 59 51 59 51 kaushik@st-pee.inra.fr

Enseignement supérieur L’ensemble fédérateur participe aux écoles doctorales “Sciences du vivant“, “Géosciences“, “Sciences de l’environnement“ de l'Univ. Bordeaux 1, et “Sciences exactes et leurs applications“ de l'UPPA. Il participe également à un Master de l’UPPA et il est amené à contribuer à la construction de l’offre d’enseignement en biologie avec cette université.


P么le Hydrobiologie

R茅sultats 2006

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Hydrobiologie

Identification d’une 4E-BP1 dont l’état de phosphorylation est résistante à la prise alimentaire dans le muscle de truite arc-en-ciel. Nutrition, aquaculture, génomique - Nuage / Umr 1067 - INRA, IFREMER, Univ. Bordeaux 1 (PHASE - Axe D - CT4)

Le programme développé vise à faire progresser notre compréhension des causes moléculaires du très faible renouvellement des protéines musculaires observé chez la truite arc-en-ciel, qui présente des besoins en protéines alimentaires inversement très élevés ; les acides aminés consommés étant en grande partie dirigés vers l’oxydation et la fourniture d’énergie. Au cours des dernières années, une voie de signalisation appelée mTOR (mammalian target of rapamycin) est apparu être déterminante dans le contrôle du renouvellement protéique en réponse à divers stimuli de nature hormonale et nutritionnelle. Les mécanismes sous tendant l’action de cette voie de signalisation sur la protéosynthèse et la protéolyse sont de mieux en mieux décrits chez les mammifères et la drosophile. Par contre, chez le poisson, aucune donnée n’est encore disponible à ce sujet. Résultats Nos premiers résultats montrent que la voie de signalisation TOR est bien conservée chez la truite et que l’activité, ou du moins la phosphorylation, des protéines impliquées présentent, pour la plupart, une régulation par la prise alimentaire équivalente à ce qui est décrit chez les mammifères. Par contre, et de façon tout à fait surprenante, l’état de phosphorylation d’une protéine située en aval de la voie, la 4E-BP1 (ou eukaryotic initiation factor 4E-binding protein 1), semblent être indépendante de l’état nutritionnel des truites.

of peroxisomal acyl-CoA oxidase 1 in vertebrates and developmental and nutritional regulation in fish. Physiological Genomics, in press.

Contact

Iban SEILIEZ (seiliez@st-pee.inra.fr) Umr NUAGE INRA BORDEAUX-AQUITAINE Station d’Hydrobiologie Quartier Ibarron - 64310 Saint Pée-sur-Nivelle

Perspectives ou impact à terme Les recherches en cours tendent, d’une part, vers l’identification des causes moléculaires de cette absence de contrôle de la phosphorylation de 4E-BP1 par l’alimentation et d’autre part, vers la détermination des conséquences qui en découlent sur la protéosynthèse.

Partenaires Cette étude s’inscrit dans les objectifs d’une thématique prioritaire de l’Unité visant à étudier les interactions entre nutriments et hormones chez la truite arc-en-ciel et impliquant principalement S. Panserat, S. Skiba-Cassy et I. Seiliez. En outre, elle est réalisée en étroite collaboration avec S. Tesseraud de l’Inra de Tours et J. Gutierrez de l’Université de Barcelonne..

Bibliographie - Knoll-Gellida A, André M, Gattegno T, Forgue J, Admon A, Babin PJ (2006). Molecular phenotype of zebrafish ovarian follicle by serial analysis of gene expression and proteomic profiling, and comparison with the transcriptomes of other animals. BMC Genomics 7:46. - Morais S, Knoll-Gellida A, André M, Barthe C, Babin PJ (2007). Conserved expression of alternative splicing variants Champ thématique CT4 (PHASE) : dynamique d’élaboration des tissus et produits animauxs Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Hydrobiologie | Résultats par Unités


Pôle Hydrobiologie

Programmation nutritionnelle de la truite arc-en-ciel par un stress hyperglucidique chez les alevins ? Nutrition, aquaculture, génomique - Nuage / Umr 1067 - INRA, IFREMER, Univ. Bordeaux 1 (PHASE - Axe B - CT3 et 4)

Les recherches en nutrition des poissons d’élevage portent principalement sur la substitution des ingrédients d’origine halieutique par des produits d’origine végétale potentiellement riches en glucides. Malheureusement les salmonidés comme la truite-arc-en-ciel utilisent faiblement les glucides Afin d’améliorer l’utilisation des glucides alimentaires chez la truite arc-en-ciel adulte, nous avons testé – pour la première fois chez un poisson - l’hypothèse selon laquelle un stress alimentaire hyperglucidique à une période précoce du développement pouvait modifier durablement (et positivement) l’expression moléculaire de gènes cibles impliqués dans l’utilisation du glucose. Résultats

Contact

Des alevins de truite ont été nourris pendant un temps très court avec un aliment très riche en glucides (60% de dextrine) au premier repas. Ce stress hyperglucidique a rapidement induit l’expression des gènes amylase, maltase et glucokinase mais pas des deux autres gènes cibles (glucose-6-phosphatase et transporteur du glucose Na+ dépendant). Chez les poissons juvéniles, aucune variation significative de l’expression des gènes cibles du transport intestinal ou du métabolisme hépatique suite au stress n’a été observée. Par contre l’expression élevée des deux enzymes digestives persistant au stade juvénile serait en accord avec notre hypothèse sur la programmation nutritionnelle précoce, jusqu’à maintenant jamais démontrée chez un poisson.

Inge GEURDEN (inge@st-pee.inra.fr) José ZAMBONINO (jlzambon@ifremer.fr) Stephane PANSERAT (panserat@st-pee.inra.fr) Umr NUAGE INRA BORDEAUX-AQUITAINE Station d’Hydrobiologie Quartier Ibarron - 64310 Saint Pée-sur-Nivelle

Perspectives ou impact à terme L’observation d’une altération persistante du niveau d’expression génique des deux enzymes digestives suite au stress hyperglucidique du premier repas est encourageant. Nous comptons vérifier l’adaptation du transport intestinal et du métabolisme hépatique du glucose par d’autres approches (balnéation des œufs, glucose pur...).

Partenaires Deux équipes de l’Umr : l’Inra (St-Pée-sur-Nivelle) pour l’intervention nutritionnelle et les analyses sur le transport /métabolisme du glucose et l’Ifremer (Brest) pour les études sur les enzymes digestives.

Valorisation “Early feeding of carnivorous rainbow trout with a hyperglucidic diet during a short period: effect on dietary glucose utilisation in juveniles”, R-00444-2006 (soumis)

Bibliographie Lucas A. Programming by early nutrition: an experimental approach. J Nut 458: 401S-406S, 1998.

Champs thématiques (PHASE) CT3 : digestion, alimentation et valeur des aliments | CT4 : dynamique d’élaboration des tissus et produits animaux : Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Hydrobiologie | Résultats par Unités


Pôle Hydrobiologie

Caractérisation du transcriptome et du protéome du follicule ovarien de poisson zèbre. Nutrition, aquaculture, génomique - Nuage - Umr 1067 - INRA, IFREMER, Univ. Bordeaux 1) (PHASE - AXE D - CT2)

La capacité d’un ovocyte à se développer en un embryon viable dépend de l’accumulation d’informations et de molécules maternelles, comme des ARNs et des protéines. Nous avons déterminé par “Serial Analysis of Gene Expression” (SAGE) le transcriptome du follicule ovarien de poisson zèbre en fin d’ovogenèse et comparé le répertoire obtenu avec ceux déduits de l’analyse des Expressed Sequence Tags (ESTs) à la fois chez le poisson zèbre et chez les autres animaux pour lesquels des séquences ovariennes étaient disponibles dans les bases de données de séquences biologiques. Nous avons par ailleurs effectué en parallèle une analyse protéomique après électrophorèse bi-dimentionnelle, protéolyse, et spectrométrie de masse en tandem afin de le comparer à celui déduit de l’analyse transcriptomique. Résultats

Valorisation

Le séquençage de 27,486 étiquettes SAGE a permis d’identifier 11,399 étiquettes différentes, incluant 3,329 étiquettes avec une occurrence supérieure à un. 59 transcrits identifies sont exprimés à plus de 0.15% de la population totale et représente 17.34% de la population des ARNm identifiés. Les trois transcrits les plus exprimés sont une rhamnose-binding lectin, la beta-actin 2, and un transcrit similaire à une histone de la famille H2B. Ces travaux ont par ailleurs permis d’identifier des transcrits abondants qui n’avaient pas été précédemment identifié dans le transcriptome ovarien des poissons, comme le transcrit court de la metallothionein 2. Le catalogue contient des transcrits hautement exprimés, comme la ferritin heavy polypeptide 1, la heat shock protein 90-beta, la lactate dehydrogenase B4, les beta-actin isoforms, la tubulin beta 2, l’ATP synthase subunit 9, ou la 40S ribosomal protein S27a, qui font partie d’une signature transcriptomique ovarienne des vertébrés. La comparaison entre transcriptome et protéome a permis d’identifier deux protéines, l’eosinophil chemotactic cytokine et la nothepsin, sans transcrit associé, ce qui laisse penser, au moins pour la nothepsin à l’endocytose par l’ovocyte de cette enzyme plasmatique.

La mise en œuvre de la méthode SAGE, pour la première fois chez un poisson, a nécessité le développement d’un ensemble d’outils bioinformatiques génériques et spécifiques qui sont maintenant utilisé dans nos travaux d’analyse du transcriptome à la fois chez le poisson zèbre et chez la truite (Morais et al., 2007). Ces outils facilitent l’utilisation de la méthode SAGE pour ces deux espèces modèles très largement utilisées par la communauté scientifique.

Perspectives ou impact à terme

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Le phenotype moléculaire décrit sert de base aux travaux expérimentaux en cours ou futurs qui permettrons d’identifier les transcrits maternels et les protéines fonctionnellement importants pour l’ovogenèse et pour les stades embryonnaires précoces. De ce fait, la publication issue de ce travail (Knoll-Gellida et al., 2006) a été téléchargée plus de 1 800 fois sur le site de BMC Genomics, depuis la date de sa publication en mars 2006.

Bibliographie - Knoll-Gellida A, André M, Gattegno T, Forgue J, Admon A, Babin PJ (2006). Molecular phenotype of zebrafish ovarian follicle by serial analysis of gene expression and proteomic profiling, and comparison with the transcriptomes of other animals. BMC Genomics 7:46. - Morais S, Knoll-Gellida A, André M, Barthe C, Babin PJ (2007). Conserved expression of alternative splicing variants of peroxisomal acyl-CoA oxidase 1 in vertebrates and developmental and nutritional regulation in fish. Physiological Genomics, in press. Pr Patrick BABIN (p.babin@gpp.u-bordeaux1.fr) GPP Université Bordeaux 1 33405 Talence cedex.

Partenaires Les travaux engagés ont été financés dans le cadre d’un projet européen (grant Q5S-2002-00784 “CRYOCYTE” program “Quality of Life and Management of Living Resources”..

Champ thématique CT2 (PHASE) : reproduction, développement embryonnaire et larvaire, biotechnologies de la reproduction Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Hydrobiologie

Orientation des processus métaboliques des juvéniles de bar (Dicentrarchus labrax) par un conditionnement nutritionnel et environnemental durant les phases larvaires. Nutrition, aquaculture, génomique - Nuage / Umr 1067 - INRA, IFREMER, Univ. Bordeaux 1 (PHASE - Axe B - CT4)

Les formulations d’aliments pour poissons d’aquaculture intègrent actuellement une grande proportion de farines et huiles d’origine marine. Afin d’alléger la forte pression sur la ressource naturelle, il devient nécessaire de trouver des substituts végétaux à ces produits marins. Cette substitution ne permet malheureusement pas de couvrir parfaitement les besoins nutritionnels des poissons, en particulier pour ce qui concerne les acides gras polyinsaturés. Il serait intéressant d’un point de vue économique et écologique de pouvoir disposer de poissons marins pouvant utiliser des aliments intégrant majoritairement des ingrédients d’origine végétale. Ce type d’animaux pourrait être obtenu par un conditionnement nutritionnel et environnemental durant les phases larvaires ; ce concept de programmation des processus métaboliques des adultes par des évènements nutritionnels ou environnementaux intervenus pendant les très jeunes stades, a surtout étudié chez les mammifères. L’étude fait l’objet d’une thèse démarrée en décembre 2004. Elle compare les processus d’adaptation mis en œuvre par les larves et les juvéniles de bar selon différents conditionnements nutritionnels et thermiques, et permettra de répondre à deux questions : 1/ Dans quelle mesure peut on influencer chez la larve certaines fonctions métaboliques (études moléculaires et biochimiques) impliquées dans la digestion des lipides ? 2/ Quels impacts ont les conditionnements étudiés sur la physiologie du juvénile, l’adaptabilité à des régimes alimentaires élaborés à partir de sources végétales ? Résultats

Partenaires

Deux équipes de l’Umr : Inra (St Pée/Nivelle) et Ifremer (Brest)

Les premiers résultats obtenus en 2005 montraient qu’il était possible d’augmenter l’expression de la delta 6 desaturase pendant les stades larvaires par incorporation d’huiles végétales déficientes en Acides gras n-3 dans les régimes élaborées pour les larves. Les juvéniles issus de cette expérience ont été maintenues pendant 2 mois sur un même aliment commercial puis à l’issu de cette période, ont reçu un aliment pauvre en acide gras n-3 pendant 2 mois. Les analyses sont en cours surmontrent que les juvéniles issus des larves “ conditionnées ” par un aliment déficient en acide gras n-3 expriment plus fortement la delta desaturase. Ce résultat indique clairement qu’un conditionnement pendant les jeunes stades larvaires des poissons marins est possible.

Contact J. PERSON-LE RUYET (jperson@ifremer.fr) Umr NUAGE INRA BORDEAUX-AQUITAINE Pôle d’Hydrobiologie Quartier Ibarron, 64310 St Pée sur Nivelle

Perspectives ou impact à terme A partir de ces travaux, nous allons caractériser dans les prochains mois les conditions expérimentales qui permettront d’obtenir une expression encore plus forte de la delta 6 desaturase. Par ailleurs, ces études se poursuivront par la caractérisation du transcriptome du foie et de l’intestin des animaux conditionnés par rapport à celui des animaux ne l’ont pas été. Nous pourrons ainsi espérer identifier les principaux acteurs de ce conditionnement métabolique. Champ thématique CT4 (PHASE) : dynamique d’élaboration des tissus et produits animaux Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Pôle Hydrobiologie

Approche démo-génétique d’une invasion biologique : la truite commune aux îles Kerguelen. Ecologie comportementale et biologie des populations de poissons - Ecobiop Umr 1224 - INRA, Univ. de Pau et des Pays de l’Adour (EFPA - Axe A2 - CT3)

Avec le réchauffement climatique et la fonte des glaces, de nouveaux hydrosystèmes d’eau douce vont s’ouvrir dans les régions froides ou tempérées. Les salmonidés présentent des fortes aptitudes colonisatrices dans ces milieux et constituent de bons modèles d’étude des invasions biologiques, à la fois parce qu’il existe quelques cas de suivis d’introductions et parce qu’on peut s’attendre à ce que ces situations se produisent naturellement au cours des prochaines décennies. Par ailleurs ces espèces d’intérêt patrimonial et économique important sont de plus en plus menacées dans leur aire d’extension actuelle. Les travaux réalisés depuis près de 50 ans sur les salmonidés introduits aux Îles Kerguelen sont rééxaminés afin de comprendre les mécanismes écologiques et évolutifs mis en œuvre lors de la colonisation de milieux vierges rendus accessibles par des évolutions environnementales. Résultats

Bibliographie

1/ Chaque population introduite agit comme une source pour les rivières voisines (analyse de la chronologie des colonisations et des distances génétiques entre populations). 2/ La population source doit atteindre une taille critique pour que la fraction migratrice ait une probabilité non nulle de produire des dispersants pouvant frayer dans une rivière voisine (20 ans de croissance exponentielle nécessaires pour la première colonisation). 3/ La vitesse de colonisation et la différentiation génétique des populations dépends de l’environnement marin : - pour les rivières des baies fermées et des côtes basses et rectilignes la colonisation est rapide et les populations restent génétiquement proches, - pour les rivières des côtes rocheuses, de falaises et des littoraux profondément indenté la colonisation est plus lente et les populations présentent plus de divergence génétique bien que restant apparentées.

- Davaine P., Beall E., Guerri O., Caraguel J.M., Jarry M., 2005. Colonization potential of a coastal region by migratory brown trout (Salmo trutta L.): the case of the Kerguelen Islands (TAAF). 1) Colonization dynamics and environmental conditions. Comm. orale, Int. Symp. “Fish and Diadromy in Europe, Ecology, Management, Conservation”, Bordeaux, 29/03-01/04 2005 , 7. - Guyomard R., Davaine P., Charles K., 2005. Genetic variation among migratory and resident brown trout in the recently colonized Kerguelen Islands. Poster, Int. Symp. “Fish and Diadromy in Europe, Ecology, Management, Conservation”, Bordeaux, 29/03-01/04 2005 , 71. - Launey S., Davaine P., Guyomard R., Brunet G., 2005. Colonization potential of a coastal region by migratory brown trout (Salmo trutta L.): the case of the Kerguelen Islands (TAAF). 2) Genetic structure of the populations after a dispersion and colonization phase. Comm. orale, Int. Symp. “Fish and Diadromy in Europe, Ecology, Management, Conservation”, Bordeaux, 29/03-01/04 2005 , 8. - Ayllon F., Davaine P., Beall E., Garcia-Vazquez E., 2006. Dispersal and rapid evolution in brown trout colonizing virgin Subantarctic ecosystems. Journal of Evolutionary Biology, 19, 1352-1358. - Launey S., Brunet G., Guyomard R., Davaine P., 2006. Influence of introduction history and landscape parameters on the colonisation of a new environment. Dispersion of the brown trout (Salmo trutta L.) in the Kerguelen Islands. International Symposition on Genetics in Aquaculture, Montpellier, 25-30 juin. - Launey S., Brunet G., Guyomard R., Davaine P. Colonization of a new environment by a migratory fish is conditioned by introduction history and landscape parameters: dispersion of the brown trout (Salmo trutta L.) in the Kerguelen Islands. (soumis pour publication dans Molecular Ecology).

Perspectives ou impact à terme Analyse du rôle joué par la plasticité des comportements (déplacements-migrations, stratégies alimentaires, timing de reproduction) dans le fonctionnement et l’évolution de ces populations par: - les relations entre traits d’histoire de vie, caractéristiques d’habitat et structure génétique des populations, en comparant les situations actuelles à celles du début de l’introduction; l’influence de la souche introduite (domestique ou sauvage) sera prise en compte puisque les deux cas existent. - la modélisation du fonctionnement démo-génétique des métapopulations identifiées.

Partenaires - Institut Polaire Paul Emile Victor (Brest) - Equipe de génétique des populations (Inra Jouy-en-Josas) - Area de Genetica, Dpt de Biologia funcional, Univ. de Oviedo - Laboratoire d’Hydroécologie Quantitative (Cemagref, Lyon).

Contact

Champ thématique CT3 (Efpa) : adaptation des organismes et des populations à leur milieu Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Patrick DAVAINE (patrick.davaine@st-pee.inra.fr) Joëlle CHAT (joelle.chat@st-pee.inra.fr) Umr ECOBIOP | INRA BORDEAUX-AQUITAINE Station d’Hydrobiologie - St Pée sur Nivelle. Pôle Hydrobiologie | Résultats par Unités


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Utilisation de l’analyse élémentaire pour étudier à l’échelle individuelle le rôle du contenu énergétique dans le comportement de dispersion chez les jeunes stades de poissons. Ecologie comportementale et biologie des populations de poissons - Ecobiop / Umr 1224 - INRA, Univ. de Pau et des Pays de l’Adour (EFPA - Axe A2 - CT3)

La reconnaissance du rôle essentiel de la fragmentation dans le fonctionnement des populations naturelles s’est accompagnée d’un intérêt grandissant pour l’étude des déplacements et des comportements de dispersion. Une des hypothèses concernant le déterminisme de la dispersion repose sur les réserves énergétiques des individus. Cependant, la qualité énergétique d’un individu dépend à la fois de facteurs exogènes (effet de facteurs environnementaux sur les parents et les embryons) et endogènes (génétiques). La variabilité se situe donc tout autant à l’échelle de la population que de la ponte et il n’existe pas, dans le milieu naturel, “d’individu moyen”. Il est donc essentiel d’aborder la condition énergétique des jeunes stades de poissons à l’échelle individuelle, ce qui se heurte au problème de la petite taille des individus. Avec l’aide de l’Unité PSH (Inra Avignon), nous avons adapté et testé l’analyse élémentaire (CHNSO) sur des alevins de truites émergents (projet innovant, département Efpa). Cette technique a permis de déterminer, en plus de la valeur calorique totale ou relative, les variabilités de stockage d’énergie (sous forme de lipides) chez des individus de même stade. Projet Innovant 2004, Efpa : Déterminisme de la dispersion chez les jeunes stades de poissons : Une approche énergétique à l’échelle de l’individu. Resp. V. Bolliet Umr Ecobiop. Equipement moyen 2006, Efpa : Comportement et statut énergétique des jeunes stades de poisson, Resp. V. Bolliet Umr Ecobiop. Programme pluri-formations “Impacts de l’anthropisation et de facteurs naturels sur le fonctionnement des écosystèmes aquatiques” (responsable J.C Salvado, Uppa) 2007-2008 (en cours d’évaluation). Equipement moyen 2007, Efpa : Demande d’un Analyseur élémentaire du Carbone, Hydrogène, Azote, Souffre et Oxygène permettant de déterminer la composition chimique et le contenu énergétique de jeunes stades de poisson à l’échelle individuelle (Resp. V. Bolliet Umr Ecobiop , demande en cours).

Résultats Chez la truite, les alevins qui émergent précocement des graviers présentent les contenus énergétiques les plus faibles. Selon les populations, les dispersants présentent un contenu énergétique inférieur ou supérieur à la moyenne, ce qui suggère que le déterminisme de la dispersion diffère selon les populations. Mais au delà de ces résultats préliminaires, ces travaux ont permis de démontrer la pertinence de l’outil pour l’étude de la variabilité interindividuelle du contenu énergétique chez les jeunes stades de poissons (moins de 100mg de poids frais) ainsi que la très bonne répétabilité des mesures qui permet de travailler sans réplicat.

Perspectives ou impact à terme L’objectif est maintenant de coupler l’analyse élémentaire à des mesures de métabolisme standard, également réalisées au niveau individuel à l’aide de microrespiromètres (équipement moyen 2006, département Efpa). Cette approche novatrice et prometteuse permettra de faire le lien entre le comportement et la physiologie des plus jeunes individus, ce qui n’a pas encore été réalisé. Par ailleurs, ces équipements permettant une approche individuelle du statut énergétique pourront être utilisés dans la majorité des thématiques de recherche de l’Umr ECOBIOP et suscitent déjà un vif intérêt de la part d’autres équipes de l’Inra et du Cemagref.

Bibliographie - Lelong A., Bolliet V., Bancel D. & Gaudin P. - Detection of elemental composition and caloric value variability at individual level in newly-emerged brown trout Salmo trutta. J. Fish Biol. Accepté - Lelong A., Bolliet V., Labonne J. & Gaudin P. - Variability in elemental composition and caloric value of brown trout, Salmo trutta, fry at emergence and first downstream dispersal.Effects of family and population origin on fry tactics. Soumis à Physiol. Behav.

Contact

Partenaires

Valérie BOLLIET (valerie.bolliet@bordeaux.inra.fr) UMR ECOBIOP | INRA BORDEAUX-AQUITAINE Station d’Hydrobiologie Quartier Ibarron, 64310 St Pée sur Nivelle.

“Colonisation du bassin versant par les civelles et anguillettes” (Resp. Cemagref : C. Rigaud, Inra : A. Bardonnet). Financement Région puis Anr. Champ thématique CT3 (Efpa) : adaptation des organismes et des populations à leur milieu Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Presse-Infos 2006 Communiqu茅s de presse nationaux

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Presse-Infos | Pôle Hydrobiologie | INRA Bordeaux-Aquitaine - Année 2006

L’Inra organise un congrès international de référence pour la nutrition et l’alimentation des poissons d’élevage. (du 29 mai au 1 juin 2006, à Biarritz) er

Communiqué de presse du 29/05/2006 (Service presse national)

Avec la stagnation du volume de la pêche, l’aquaculture raisonnée constitue une alternative fiable et efficace pour la couverture des besoins alimentaires de l’homme. Sur le plan européen, le rôle complémentaire de l’aquaculture et de la pêche est reconnu. C’est dans ce contexte que se déroule à Biarritz, du 29 mai au 1er juin, le 12ème Symposium international “Fish Nutrition and Feeding”, organisé par l’Inra. Ce congrès international de référence dans le domaine de la nutrition des poissons et des crustacés réunit plus de 450 participants de 40 pays, chercheurs de tous les continents, spécialistes de ces domaines. Ce congrès international, qui a lieu tous les deux ans depuis plus de 20 ans, s’est imposé comme le congrès de référence dans le domaine de la nutrition des poissons et des crustacés. L’objectif est de faire le point sur les récentes avancées scientifiques dans ce domaine et de promouvoir la diffusion des connaissances auprès des professionnels de l’aquaculture: fabricants d’aliments, producteurs et transformateurs. Cette manifestation est organisée par l’unité mixte de recherche “Nutrition, aquaculture et génomique” Inra-Ifremer-Université de Bordeaux 1, dont les activités scientifiques sont reconnues au plan international. Marion Guillou, présidente directrice générale de l’Inra et M. Dos Santos, représentant de la direction générale de la Pêche et des affaires maritimes, de la Commission européenne, ont le plaisir d’intervenir lors de la session d’ouverture du congrès le 29 mai.

Pour le développement d’une aquaculture durable

Les données fondamentales issues des recherches en nutrition des poissons permettent de mieux comprendre les mécanismes liés à l’utilisation des nutriments et de leurs effets sur l’animal et son environnement. Elles contribuent ainsi à répondre aux attentes de durabilité, qualité du milieu, santé des animaux, qualité de leur chair et au-delà, de santé humaine, des enjeux actuels majeurs pour le développement de l’aquaculture et la préservation des ressources naturelles marines. En effet, la contribution des produits de la pêche et d’aquaculture est de l’ordre de 10 à 15% de l’apport protéique d’origine animale. Avec la stagnation du volume de la pêche limitée à environ 90 millions de tonnes, l’aquaculture raisonnée constitue l’alternative fiable et efficace pour la couverture des besoins alimentaires de l’homme. L’aquaculture y contribue déjà de façon significative sur le plan mondial, et reste un secteur qui connaît une croissance annuelle de l’ordre de 8 à 10 %. C’est un secteur très diversifié, avec différents systèmes d’élevage, allant de systèmes semi-extensifs aux systèmes hors-sol très élaborés, impliquant plus de 250 espèces. Au cours des années, les recherches en nutrition des poissons ont permis de répondre aux objectifs suivants : maîtrise des intrants permettant de réduire les impacts environnementaux, développement d’aliments à base d’ingrédients d’origine végétale, assurance de la qualité nutritionnelle des produits, etc. . Les recherches ont également pour but d’analyser les différences physiologiques entre espèces permettant de dégager des grandes Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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lignes tout en identifiant les spécificités métaboliques.

Les recherches de l’unité mixte “Nutrition, aquaculture et génomique”

Outre l’organisation de ce congrès international, les chercheurs de l’unité mixte “NuAGe” présentent leurs travaux originaux récents à travers plusieurs communications. Ces résultats découlent en grande partie des travaux réalisés à travers de grands projets nationaux (AGENAE) ou européens, et effectués en relation avec des partenaires étrangers : Conséquences métaboliques de la substitution de l’huile et/ou de la farine de poissons. Les chercheurs de l’Inra NuAGe ont au cours de ces dernières années démontré qu’il est possible de remplacer de façon substantielle aussi bien l’huile de poissons par des huiles d’origine végétale que la farine de poissons par des sources protéiques d’origine végétale. Contact scientifique : - Geneviève Corraze - tél. : 05 59 51 59 89 - mél. : Genevieve.Corraze@st-pee.inra.fr - Françoise Médale - tél. : 05 59 51 59 97 - mél. : Francoise. Medale@st-pee.inra.fr Qualité des produits (chair des poissons, œufs) Contact scientifique : - Geneviève Corraze - tél. : 05 59 51 59 89 - mél. : Genevieve.Corraze@st-pee.inra.fr - Françoise Médale - tél. : 05 59 51 59 97 - mél. : Francoise. Medale@st-pee.inra.fr Nutrition, expression des gènes et nutrigénomique : recherches en amont réalisées dans le cadre de programme AGENAE et GENANIMAL Contact scientifique : - Stéphane Panserat - tél. : 05 59 51 59 60 - mél. : Stephane. Panserat@st-pee.inra.fr - Françoise Médale - tél. : 05 59 51 59 97 - mél. : Francoise. Medale@st-pee.inra.fr Analyse d’impacts environnementaux Détermination de besoins nutritionnels Contact scientifique : - Sadavisam Kaushik - tél. : 05 59 51 59 90 - mél. : Sadasivam.Kaushik@st-pee.inra.fr Presse-Infos | Pôle Hydrobiologie | INRA de Bordeaux-Aquitaine - année 2006


P么le Hydrobiologie

Publications 2006

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Publications | Pôle Hydrobiologie | INRA de Bordeaux-Aquitaine - Année 2006 |

Pôle Hydrobiologie

A Alami-Durante, H., M. Rouel and M. Kentouri (2006). “New insights into temperature-induced white muscle growth plasticity during Dicentrarchus labrax early life: a developmental and allometric study.” Marine Biology 149(6): 1551-1565. Ayllon, F., P. Davaine, E. Beall and E. Garcia-Vazquez (2006). “Dispersal and rapid evolution in brown trout colonizing virgin Subantarctic ecosystems.” Journal of Evolutionary Biology 19(4): 1352-1358.

and P. Bergot (2006). “Effects of dietary oxidized lipid and vitamin A on the early development and antioxidant status of Siberian sturgeon (Acipenser baeri) larvae.” Aquaculture 257(1-4): 400-411. G Geurden, I., E. Gondouin, M. Rimbach, W. Koppe, S. Kaushik and T. Boujard (2006). “The evaluation of energy intake adjustments and preferences in juvenile rainbow trout fed increasing amounts of lipid.” Physiology & Behavior 88(4-5): 325-332. Gosset, C., J. Rives and J. Labonne (2006). “Effect of habitat fragmentation on spawning migration of brown trout (Salmo trutta L.).” Ecology of Freshwater Fish 15(3): 247-254.

B Bardonnet, A., P. Poncin and J. M. Roussel (2006). “Brown trout fry move inshore at night: a choice of water depth or velocity?” Ecology of Freshwater Fish 15(3): 309-314. Blanc, J. M. and H. Poisson (2006). “Genetic variation of body size, condition and pyloric caeca number in juvenile brown trout, Salmo trutta L.” Aquaculture Research 37(6): 637-642. Blanc, J. M., H. Poisson and E. Quillet (2006). “A blue variant in the rainbow trout, Oncorhynchus mykiss Walbaum.” Journal of Heredity 97(1): 89-93. Boujard, T., A. Cuvier, I. Geurden, L. Labbe and M. Mambrini (2006). “Selection for growth and feeding hierarchy in brown trout.” Applied Animal Behaviour Science 99(3-4): 344-356.

H Herpin, P., M. Damon, J. F. Hocquette, F. Medale, L. Mosoni, G. Stepien, C. Wrutniak-Cabello and G. Cabello (2006). “Implication of mitochondria in muscular biology: a key role during early development, growth and muscular atrophy.” Productions Animales 19(4): 245-263. K Kirchner, S., S. Panserat, S. Kaushik and R. Ferraris (2006). “Intestine of rainbow trout shows fasting- and carbohydrate-independent gluconeogenesis.” Faseb Journal 20(5): A1054-A1054.

C Choubert, G. and M. Baccaunaud (2006). “Colour changes of fillets of rainbow trout (Oncorhynchus mykiss W.) fed astaxanthin or canthaxanthin during storage under controlled or modified atmosphere.” Lwt-Food Science and Technology 39(10): 1203-1213. Choubert, G., M. M. Mendes-Pinto and R. Morais (2006). “Pigmenting efficacy of astaxanthin fed to rainbow trout Oncorhynchus mykiss: Effect of dietary astaxanthin and lipid sources.” Aquaculture 257(1-4): 429-436.

L Labonne, J. and P. Gaudin (2006). “Modelling population viability in fragmented environments: contribution to the conservation of an endangered percid (Zingel asper).” Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences 63(3): 650-659. O Oliva-Teles, A., M. J. Guedes, C. Vachot and S. J. Kaushik (2006). “The effect of nucleic acids on growth, ureagenesis and nitrogen excretion of gilthead sea bream Sparus aurata juveniles.” Aquaculture 253(1-4): 608-617.

D Dumas, J. and S. Marty (2006). “A new method to evaluate egg-to-fry survival in salmonids, trials with Atlantic salmon.” Journal of Fish Biology 68(1): 284-304. Dumetz, F., E. Duchaud, S. E. LaPatra, C. Le Marrec, S. Claverol, M. C. Urdaci and M. Le Henaff (2006). “A protective immune response is generated in rainbow trout by an OmpH-like surface antigen (P18) of Flavobacterium psychrophilum.” Applied and Environmental Microbiology 72(7): 4845-4852.

R Richard, N., S. Kaushik, L. Larroquet, S. Panserat and G. Corraze (2006). “Replacing dietary fish oil by vegetable oils has little effect on lipogenesis, lipid transport and tissue lipid uptake in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss).” British Journal of Nutrition 96(2): 299-309. Richard, N., G. Mourente, S. Kaushik and G. Corraze (2006). “Replacement of a large portion of fish oil by vegetable oils does not affect lipogenesis, lipid transport and tissue lipid uptake in European seabass (Dicentrarchus labrax L.).” Aquaculture 261(3): 1077-1087.

E Enes, P., S. Panserat, S. Kaushik and A. Oliva-Teles (2006). “Effect of normal and waxy maize starch on growth, food utilization and hepatic glucose metabolism in European sea bass (Dicentrarchus labrax) juveniles.” Comparative Biochemistry and Physiology a-Molecular & Integrative Physiology 143(1): 89-96. Enes, P., S. Panserat, S. Kaushik and A. Oliva-Teles (2006). “Rapid metabolic adaptation in European sea bass (Dicentrarchus labrax) juveniles fed different carbohydrate sources after heat shock stress.” Comparative Biochemistry and Physiology a-Molecular & Integrative Physiology 145(1): 73-81.

S Seiliez, I., J. S. Bruant, J. L. Z. Infante, S. Kaushik and P. Bergot (2006). “Effect of dietary phospholipid level on the development of gilthead sea bream (Sparus aurata) larvae fed a compound diet.” Aquaculture Nutrition 12(5): 372-378. T Tapia-Salazar, M., W. Bureau, S. Panserat, G. Corraze and D. P. Bureau (2006). “Effect of DHA supplementation on digestible starch utilization by rainbow trout.” British Journal of Nutrition 95(1): 76-87.

F Fontagne, S., D. Bazin, J. Breque, C. Vachot, C. Bernarde, T. Rouault

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Publications | Pôle Hydrobiologie | INRA de Bordeaux-Aquitaine - année 2006


P么le Nutrition et Neurosciences

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Nutrition et Neurosciences

› Quelques chiffres 29 permanents, 15 chercheurs (9 INRA, 4 CNRS et 2 Univ. Bordeaux 2) 14 ingénieurs et techniciens (10 INRA, 3 CNRS et 1 Univ. Bordeaux 2), et une dizaine de doctorants et post-doctorants. Unités mixtes de recherche INRA • Psychoneuroimmunologie, nutrition et génétique (Umr InraCnrs-Univ. Bordeaux 2)

› Dépts scientifiques INRA Alimentation Humaine (ALIMH), Génétique animale (GA).

› Partenaires scientifiques Centre hospitalier universitaire de Bordeaux (CHU) • Institut de santé publique, d’épidémiologie et de développement (ISPED) • Institut de recherche en nutrition humaine (IRNHA) • Institut Européen de Chimie et Biologie (IECB) •

› Autres partenaires Pôle de compétitivité Prod'Innov • Université Bordeaux 1 • Ecole nationale d'ingénieurs des techniques agricoles (ENITA) • Institut des sciences et techniques des aliments de Bordeaux (ISTAB)

› Autres acronymes UMR : Unité mixte de recherche.

› Contact Françoise Moos Université Bordeaux II Victor Segalen 146 rue Léo Saignat 33077 Bordeaux Cedex tél : 05 57 57 37 00 psynugen@bordeaux.inra.fr

Ce pôle a pour objectifs spécifiques d’étudier les relations entre la nutrition et le bien-être -apprécié au travers des relations immunité-cerveau- et le rôle de la variabilité individuelle de la régulation de l’axe corticotrope dans les troubles métaboliques et comportementaux. Cette recherche s’effectue dans le cadre d’une Umr tripartite “PsyNuGen” (INRA, CNRS, Univ. Bordeaux 2) dont les projets sont inscrits dans le pôle d’excellence ProdInnov. Par le biais de collaborations, ce pôle s’enrichit d’autres partenaires tels que l’Institut de recherche en nutrition humaine en Aquitaine (IRNHA - Univ. Bordeaux 1 et 2), le CHU de Bordeaux, l’Institut de Santé Publique, d’Epidémiologie et de Développement (ISPED - Univ. Bordeaux 2), et l’Institut européen de chimie et de biologie (IECB - Univ. Bordeaux 1). Les recherches en nutrition menées par l’unité PsyNuGen relèvent du Département Alimentation Humaine de l'INRA (alimentation et bien-être - effets de l’alimentation sur les fonctions physiologiques) et du Département Génétique Animale (variabilité génétique des caractères). L’ensemble des recherches prend en compte les deux aspects de l’alimentation: les aspects biologiques (physiologie-neurosciences) et les aspects sciences humaines et sociales (psychologie de la santé). Principaux thèmes de recherches • Mécanismes neurobiologiques et les conséquences de l’action des cytokines sur le système nerveux, recherche générique base de la compréhension mécanistique de l’état de Bien être. • Interactions entre statut nutritionnel et cytokines. Deux aspects sont envisagés : - le statut nutritionnel en tant que modulateur (activateur ou freinateur) des relations neuroimmunes et de leurs conséquences sur le bien-être, - habitudes alimentaires, cytokines et composante affective et cognitive du bien-être. • Variabilité génétique de l’axe corticotrope, mécanismes moléculaires et conséquences physiopathologiques (nutrition, relations neuroimmunes, bien-être).

Outils communs Plateaux techniques : biochimie (HPLC, Bioplex), biologie moléculaire, neuroanatomie fonctionnelle, électrophysiologie cellulaire et moléculaire, imagerie calcique. Zone d’expérimentation animale : boxes dédiés à la télémétrie, aux études de métabolisme (énergétique et hydrique) et de comportements (cognitifs, social, humeur). Boxes dédiés aux études longitudinales de

l’effet des nutriments sur les fonctions physiologiques, endocriniennes et comportementales (prise alimentaire, cognition, humeur...). L’approche clinique utilise les méthodes de la psychologie de la santé.

Enseignement supérieur L’unité PsyNuGen et les partenaires du Pôle Neuroscience-Nutrition sont fortement impliqués dans l’enseignement des Neurosciences (fondamentale ou clinique, Universités Bordeaux 1 et 2, CHU), des Sciences Humaines et Sociales (Universités Bordeaux 2) et de la Nutrition (Université Bordeaux 1 ENITA et ISTAB

Transfert Ce pôle en émergence reposant actuellement sur l’unité “PsyNuGen”, envisage à terme de constituer un ensemble fédérateur incluant ses partenaires actuels; l’objectif étant de valoriser notre expertise auprès de partenaires professionnels et industriels agro alimentaires ou pharmaceutiques en vue d’améliorer la santé et le bien être de l’Homme.


P么le Nutrition et Neurosciences

R茅sultats 2006

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Pôle Nutrition et Neurosciences

Rôles et mécanismes d’action centrale des molécules inflammatoires. Psychoneuroimmunologie, nutrition et génétique / Umr 1286 - INRA, CNRS, Univ. Bordeaux 2 (ALIM-H)

Les travaux en cours sur les acides gras polyinsaturés dont on connaît déjà l’activité anti-inflammatoire à la périphérie montrent que ces nutriments modifient également la communication entre le système immunitaire et le cerveau. En conjonction avec les études épidémiologiques menés sur les relations entre la consommation alimentaire, le statut inflammatoire et la qualité de vie chez les personnes âgées, ces études devraient permettre de re-examiner les recommandations alimentaires à visée de bien-être. Contexte

Perspectives ou impact à terme

L’interleukine-1β (IL-1β) est une cytokine inflammatoire prototypique, agent de la communication entre le système immunitaire et le système nerveux. Malgré ce rôle pivot, ses mécanismes d’action sur le fonctionnement de réseaux neurones cérébraux sont très mal connus. La compréhension de ces mécanismes est une étape fondamentale indispensable à une recherche finalisée ayant pour but d’agir sur les dysfonctionnements de ces réseaux.

Ces connaissances fondamentales sont utilisées dans la compréhension des déviations pathologiques de la production et/ou de l’action cérébrale de cytokines inflammatoires dans les troubles nutritionnels associés aux pathologies cancéreuses ou inflammatoires chroniques et au cours du vieillissement. A terme, ces connaissances seront valorisées dans le cadre d’études portant sur la régulation préventive de l’expression et/ou de l’action des cytokines cérébrales par les micronutriments.

Résultats

Collaborations

• Nous avons montré en injectant l’antagoniste des récepteurs à l’IL-1 dans le ventricule latéral cérébral que l’action de l’interleukine-1 dans le cerveau antérieur joue un rôle important dans la diminution de la prise alimentaire ainsi que dans la diminution de l’activité de l’organisme, mais n’est pas impliqué dans la fièvre, suite à une stimulation périphérique du système immunitaire. Ces effets sont accompagnés d’une diminution de l’expression du marqueur d’activation cellulaire c-Fos dans le système limbique suggérant que ces structures sous-tendant les modifications comportementales au cours des maladies somatiques. • Nous étudions comment l’IL-1β module le fonctionnement du noyau du tractus solitaire (NTS), une structure du tronc cérébral à l’interface des voies de communication entre système immunitaire et cerveau. L’IL-1β ne modifie ni l’activité électrique intrinsèque des neurones du NTS ni la transmission synaptique spontanée ou déclenchée par la stimulation des afférences vagales (électrophysiologie ex vivo). A l’inverse, la prostaglandine E2 (PGE2) dépolarise les neurones du NTS en potentialisant la transmission excitatrice glutamatergique dans le réseau neuronal intra-NTS. D’autre part PGE2 déprime la transmission synaptique glutamatergique entre les afférences vagales et les neurones du NTS. Ces résultats originaux démontrent que la PGE2, molécule de l’immunité innée produite en aval de l’action de l’IL-1β, filtre l’information immune périphérique et la code à destination de noyaux cibles secondaires de projection comme l’hypothalamus.

Ministère de la Recherche, ONO Pharmaceuticals (Japan.

Valorisation 2 publications soumises, 5 posters internationaux ; 1 présentations orale invitée

Contact Jan Pieter KONSMAN (konsman@bordeaux.inserm.fr) Thierry AMÉDÉE (thierry.amedee@bordeaux.inserm.fr) Equipe 1 Umr PSYNUGEN 146 rue Léo Saignat 33077 Bordeaux cedex

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Régulation de l’action cérébrale des cytokines inflammatoires par le facteur de croissance de type insulinique. Psychoneuroimmunologie, nutrition et génétique / Umr 1286 - INRA, CNRS, Univ. Bordeaux 2 (ALIM-H - CT3)

L’administration intracérébrale du facteur de croissance de type insulinique (IGF-1) atténue les effets négatifs du facteur de nécrose tumorale (TNFalpha) sur le comportement (interaction sociale) et de l’IL-6 sur l’équilibre endocrinien (métabolisme hydrique) au cours du vieillissement. Contexte

Perspectives ou impact à terme

- Fournir de nouvelles cibles pour réguler l’action des cytokines inflammatoires dans le cerveau. - Proposer chez le sujet âgé des traitements préventifs et thérapeutiques ciblant le processus inflammatoire et ses causes afin de palier les dérégulations hydriques et de normaliser leur réponse au stress thermique et à la déshydratation.

Il est bien établi que les cytokines inflammatoires et plus particulièrement le facteur de nécrose tumorale atténuent les effets du facteur de croissance de type insulinique sur ses cibles cellulaires mais la relation inverse a été peu étudiée. Elle est d’autant plus importante à prendre en considération qu’au cours du vieillissement, l’augmentation de production des cytokines inflammatoires est accompagnée dans le cerveau d’une diminution d’IGF-1. L’accroissement de la population âgée, l’augmentation des risques infectieux et la multiplication des épisodes caniculaires placent le bien-être (comportemental et endocrinien) de l’individu âgé parmi les problèmes de santé publique prioritaires. Le vieillissement “normal” de l’organisme s’accompagne d’un déclin des fonctions comportementales (cognitives, interactions sociales) et endocriniennes (homéostasie hydrique) qui peut engager le pronostic vital de l’individu âgé lors d’hyperthermies (fièvre, canicule).

Partenaires - National Institute of Mental Health (par l’intermédiaire de l’Université de l’Illinois à Urbana-Champaign) - Laboratoire Servier - Laboratoire Inserm U466, Institut Louis Bugnard, Toulouse - FRM 2006, 2007-2009 - GIS vieillissement 2005-2007

Valorisation 1 publication soumise (interactions IL-6 et IGF-1), 2 communications orales et 3 posters internationaux.

Résultats • IGF-1 et TNFalpha Les résultats d’études pharmacologiques réalisées chez les rongeurs de laboratoire montrent que le facteur de croissance de type insulinique atténue les signes cliniques du comportement de maladie produits par l’activation du réseau des cytokines dans le cerveau. Cette action protectrice s’exerce préférentiellement vis-à-vis du facteur de nécrose tumorale. • IGF-1 et IL-6 Chez le rat âgé, les neurones hypothalamiques contrôlant le métabolisme hydrique sont suractivés et répondent peu au stimulus immun. La balance IL 6/IGF 1 est déséquilibrée en faveur de l’IL-6 et n’est plus affectée par un challenge immun. Nos études pharmacologiques (injection centrale d’anti-IL-6 ou d’IGF-1) montrent que le déséquilibre central de la balance IL6/IGF-1 est bien responsable du dysfonctionnement des neurones hypothalamiques impliqués dans le maintien de l’homéostasie hydrique, et que l’IGF-1 exerce une action protectrice vis-à-vis de l’IL-6

Bibliographie Bluthé RM, Kelley KW, Dantzer R, Effects of insulin-like growth factor-I on cytokine-induced sickness behavior in mice, Brain Behav Immun. 2006, 20(1):57-63.

Contact Rose-Marie BLUTHÉ (rose-marie.bluthe@bordeaux.inserm.fr) Françoise MOOS (fmoos@bordeaux.inserm.fr) Institut François Magendie Equipe 1 Umr PSYNUGEN 146 rue Léo Saignat 33077 Bordeaux cedex

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Relations neuroimmunes et conséquences sur le bien-être : modulation par la nutrition. Psychoneuroimmunologie, nutrition et génétique / Umr 1286 - INRA, CNRS, Univ. Bordeaux 2 (ALIM-H - CT3)

L’importance de la nutrition dans le bien être en population générale représente un enjeu sociétal important. Notre approche pluridisciplinaire allant de la molécule à la psychologie, en passant par des études comportementales, permet d’appréhender de façon unique la complexité des relations Nutrition, relations neuroimmunes et bien être. Résultats

périphériques d’inflammation à bas bruit (taux d’IL-6 et de protéine C réactive supérieurs à la médiane) ont des taux circulants d’AGPI n-3 plus faibles et une qualité de vie plus altérée que les individus sans signes périphériques d’inflammation.

• Neurobiologie des troubles de l’humeur et de la cognition induits par les cytokines. L’activation prolongée de l’immunité innée (immunothérapie, vieillissement, obésité,...) est associée à l’augmentation de la prévalence de développement des troubles de l’humeur et de la cognition (Dantzer et al., 2006 ; Raison et al., 2006 ; Capuron et al., 2006). Nous avons montré chez la souris que les cytokines, peptides libérés par le système de l’immunité innée, provoquent l’apparition d’altérations de l’humeur, mesurées par le développement de comportements de type dépressif (Frenois et al., soumis). De plus, elle s’accompagne de la synthèse de cytokines cérébrales et de l’activation de l’indoleamine 2,3-dioxygénase (IDO), une enzyme catabolisant le tryptophane, un acide aminé essentiel précurseur de la sérotonine (Moreau et al., en prep). Chez l’homme, la diminution de tryptophane disponible est associée au développement de troubles de l’humeur comme c’est le cas après la stimulation chronique de l’immunité innée (Dantzer et al., 2006) ou en situation post-partum (Balaira et al., 2006) • Modulation par les AGPI des relations neuroimmunes et de leurs conséquences sur l’humeur et la cognition. › Etude chez l’animal. Les apports alimentaires actuels sont largement déficients en acides gras polyinsaturés de type n-3 (AGPI n-3). Ceci est problématique car ils constituent de très puissants modulateurs de la production des cytokines, qui, par leur action cérébrale, régulent l’humeur et la cognition. In vitro, les AGPI n-3 limitent la production de cytokines par les macrophages cérébraux en régulant les récepteurs et les voies de signalisation associée (DeSmedt et al., soumis). In vivo, un régime carencé en AGPI n-3 provoque la surexpression périphérique et cérébrale d’une cytokine inflammatoire, l’IL-6 et l’altération de sa voie de signalisation STAT3 (Mingam et al., en prep). La voie de signalisation de l’IL-6, qui est particulièrement activée au cours du développement du cerveau postnatal (Gautron et al., 2006), joue un rôle clé dans l’action de l’IL-6 cérébrale (Mingam et al., en prep). › Etude chez l’homme A partir d’un sous échantillon de sujets de la cohorte épidémiologique des 3 Cités (3C) (collaboration avec P. Barberger Gateau, INSERM U593), cohorte composée d’individus de 65 ans et plus dont les habitudes alimentaires sont connues, nous avons évalué les interactions réciproques entre alimentation et inflammation et leurs conséquences sur le bien-être. Nos résultats préliminaires indiquent que les personnes âgées qui présentent des signes

Perspectives ou impact à terme Nos données ouvrent une piste originale pour étudier les mécanismes de relation entre cytokines et variations de l’humeur et de la cognition et devraient permettre à terme de proposer de nouvelles modalités de prise en charge de ces troubles, en particulier par la nutrition. A plus long terme ce travail devrait nous permettre d’émettre des recommandations alimentaires sur la consommation d’aliments riches en AGPI pour ses effets sur le bien être. Afin d’atteindre cet objectif, les études allant des approches expérimentales à celles réalisées chez l’homme devront être étendues afin de déterminer en population générale l’influence de la nutrition sur les relations neuroimmunes et le bien être.

Partenaires - Contrats de recherche Anr PRNA (COGINUT obtenue en 2006) (SL, LC), Ministère de la Recherche (ACI Neurosciences Computationnelles et Cognitives) (NC), National Institute of Mental Health (Illinois University, Urbana-Champaign) (NC), France Alzheimer (SL), SFN (SL), Région Aquitaine (SL), Contrat IRG Marie Curie (LC) - Industriels : Servier, Nestlé

Bibliographie Bailara KM, Henry C, Lestage J, Launay JM, Parrot F, Swendsen J, Sutter AL, Roux D, Dallay D, Demotes-Mainard J. Decreased brain tryptophan availability as a partial determinant of post-partum blues. Psychoneuroendocrinology. 2006 31(3):407-13. Capuron L, Welberg L, Heim C, Wagner D, Solomon L, Papanicolaou DA, Craddock RC, Miller AH, Reeves WC. (2006) Cognitive dysfunction relates to subjective report of mental fatigue in patients with chronic fatigue syndrome. Neuropsychopharmacology. 31(8):1777-84. Gautron L, De Smedt-Peyrusse V, Laye S. (2006) Characterization of STAT3-expressing cells in the postnatal rat brain. Brain Res. 1098(1):26-32. R. Dantzer, N. Castanon, J. Lestage, M. Moreau, L. Capuron. Inflammation, Sickness Behaviour and Depression. (2006)

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In: “Depression and Physical Illness”, A. Steptoe (Ed), Cambridge University Press, pp 265-279. R. Dantzer, R.M. Bluthé, N. Castanon, K.W. Kelley, J.P. Konsman, S. Laye, J. Lestage, P. Parnet. Cytokines, Sickness Behavior and Depression. (2006). In: “Psychoneuroimmunology”, Vol. 1, 4rd edition. Ader R, Felten D, Cohen N (Eds), Academic Press; pp 241-277. Raison CL, Capuron L, Miller AH. (2006) Cytokines sing the blues: inflammation and the pathogenesis of depression. Trends Immunol. (1):24-31. Rozenn Mingam, Aurélie Moranis, Rose-Marie Bluthé, Véronique De Smedt-Peyrusse, Monique Lavialle, Keith Kelley, Robert Dantzer and Sophie Layé, N-3 PUFA deficiency strongly alters LPS-induced sickness behavior : role of brain STAT3, en préparation. Véronique De Smedt-Peyrusse, Françoise Sargueil, Aurélie Moranis, Hedi Harizi, Sébastien Mongrand, and Sophie Layé Docosahexanenoic Acid Prevents LPS-Induced Cytokine Production in Microglial Cells by Inhibiting LPS Receptor Presentation but not its Membrane Subdomain Localization, soumis. F. Frenois, M. Moreau, C. Micon, J. Lestage, K.W. Kelley, R. Dantzer, N. Castanon. Lipopolysaccharide induces delayed cellular activities within the mouse extended amygdala, hippocampus and hypothalamus, that parallel the expression of depressive-like behavior, soumis. M. Moreau, K.W. Kelley, R. Dantzer, N. Castanon, J. Lestage. Peripheral and brain alterations of tryptophan and serotonin metabolism are associated with lipopolysaccharide-induced “depressive-like” behavior in the tail suspension test, en préparation.

Contact Sophie LAYÉ (sophie.laye@bordeaux.inserm.fr), Lucile CAPURON (lucile.capuron@bordeaux.inra.fr) Nathalie CASTANON (nathalie.castanon@bordeaux.inserm.fr) Jacques LESTAGE (Jacques.lestage@bordeaux.inserm.fr) Institut François Magendie Equipe 1 Umr PSYNUGEN 146 rue Léo Saignat 33077 Bordeaux cedex

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P么le Nutrition et Neurosciences

Publications 2006

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Publications | Pôle Nutrition et Neurosciences | INRA de Bordeaux-Aquitaine - Année 2006 |

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2143-2149.

A Abdoulaye, D., S. Wetzler, M. Goubern, J. M. Helies, G. Fromentin, D. Tome and C. Larue-Achagiotis (2006). “Comparison of energy balance in two inbred strains of rats: Fischer F344 prone to obesity and Lou rats resistant to obesity.” Physiology & Behavior 87(2): 245-250.

H Husson, M., V. Enderlin, A. Delacourte, N. Ghenimi, S. Alfos, V. Pallet and P. Higueret (2006). “Retinoic acid normalizes nuclear receptor mediated hypo-expression of proteins involved in beta-amyloid deposits in the cerebral cortex of vitamin A deprived rats.” Neurobiology of Disease 23(1): 1-10.

B Bluthe, R. M., K. W. Kelley and R. Dantzer (2006). “Effects of insulin-like growth factor-I on cytokine-induced sickness behavior in mice.” Brain Behavior and Immunity 20(1): 57-63. Boucheron, C., S. Alfos, V. Enderlin, M. Husson, P. Veronique, R. Jaffard and P. Higueret (2006). “Age-related effects of ethanol consumption on triiodothyronine and retinoic acid nuclear receptors, neurogranin and neuromodulin expression levels in mouse brain.” Neurobiology of Aging 27(9): 1326-1334.

K Konsman, J. P. (2006). “Excitement over the chemistry of immune-nervous system relationships.” Brain Behavior and Immunity 20(3): 231232. L Lebret, B., M. C. Meunier-Salaun, A. Foury, P. Mormede, E. Dransfield and J. Y. Dourmad (2006). “Influence of rearing conditions on performance, behavioral, and physiological responses of pigs to preslaughter handling, carcass traits, and meat quality.” Journal of Animal Science 84(9): 2436-2447. Leloup, L., G. Mazeres, L. Daury, P. Cottin and J. J. Brustis (2006). “Involvement of calpains in growth factor-mediated migration.” International Journal of Biochemistry & Cell Biology 38(12): 2049-2063.

C Calandreau, L., P. Trifilieff, N. Mons, L. Costes, M. Marien, A. Marighetto, J. Micheau, R. Jaffard and A. Desmedt (2006). “Extracellular hippocampal acetylcholine level controls amygdala function and promotes adaptive conditioned emotional response.” Journal of Neuroscience 26(52): 13556-13566. Capuron, L. (2006). “Inflammatory cytokines, sickness behavior and depression.” International Journal of Neuropsychopharmacology 9: S40S40. Colson, V., P. Orgeur, V. Courboulay, S. Dantec, A. Foury and P. Mormede (2006). “Grouping piglets by sex at weaning reduces aggressive behaviour.” Applied Animal Behaviour Science 97(2-4): 152-171. Colson, V., P. Orgeur, A. Foury and P. Mormede (2006). “Consequences of weaning piglets at 21 and 28 days on growth, behaviour and hormonal responses.” Applied Animal Behaviour Science 98(1-2): 70-88.

M M’ Bailara, K., C. Henry, J. Lestage, J. M. Launay, F. Parrot, J. Swendsen, A. L. Sutter, D. Roux, D. Dallay and J. Demotes-Mainard (2006). “Decreased brain tryptophan availability as a partial determinant of postpartum blues.” Psychoneuroendocrinology 31(3): 407-413. Mazeres, G., L. Leloup, L. Daury, P. Cottin and J. J. Brustis (2006). “Myoblast attachment and spreading are regulated by different patterns by ubiquitous calpains.” Cell Motility and the Cytoskeleton 63(4): 193207. Meeusen, R., M. Duclos, M. Gleeson, G. Rietjens, J. Steinacker and A. Urhausen (2006). “The Overtraining Syndrome - facts & fiction.” European Journal of Sport Science 6(4): 263-263. Meeusen, R., M. Duclos, M. Gleeson, G. Rietjens, J. Steinacker and A. Urhausen (2006). “Prevention, diagnosis and treatment of the Overtraining Syndrome - ECSS Position Statement ‘Task Force’.” European Journal of Sport Science 6(1): 1-14.

D Dantzer, R. (2006). “Cytokine, sickness behavior, and depression.” Neurologic Clinics 24(3): 441-+. Duclos, M. (2006). “Sport, hormones and aging.” Science & Sports 21(4): 194-198. F Faucitano, L., L. Saucier, J. A. Correa, S. Methot, A. Giguere, A. Foury, P. Mormede and R. Bergeron (2006). “Effect of feed texture, meal frequency and pre-slaughter fasting on carcass and meat quality, and urinary cortisol in pigs.” Meat Science 74(4): 697-703.

R Rouveix, M., M. Duclos, C. Gouarne, M. C. Beauvieux and E. Filaire (2006). “The 24 h urinary cortisol/cortisone ratio and epinephrine/norepinephrine ratio for monitoring training in young female tennis players.” International Journal of Sports Medicine 27(11): 856-863.

G Gautron, L., V. de Smedt-Peyrusse and S. Laye (2006). “Characterization of STAT3-expressing cells in the postnatal rat brain.” Brain Research 1098: 26-32. Geverink, N. A., A. Foury, G. S. Plastow, M. Gil, M. Gispert, M. Hortos, M. F. I. Furnols, G. Gort, M. P. Moisan and P. Mormede (2006). “Cortisol-binding globulin and meat quality in five European lines of pigs.” Journal of Animal Science 84(1): 204-211. Guyonnet-Duperat, V., N. Geverink, G. S. Plastow, G. Evans, O. Ousova, C. Croisetiere, A. Foury, E. Richard, P. Mormede and M. P. Moisan (2006). “Functional implication of an Arg307Gly substitution in corticosteroid-binding globulin, a candidate gene for a quantitative trait locus associated with cortisol variability and obesity in pig.” Genetics 173(4):

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

S Smulders, D., G. Verbeke, P. Mormede and R. Geers (2006). “Validation of a behavioral observation tool to assess pig welfare.” Physiology & Behavior 89(3): 438-447. Strle, K., S. R. Broussard, R. H. McCusker, W. H. Shen, J. M. LeCleir, R. W. Johnson, G. G. Freund, R. Dantzer and K. W. Kelley (2006). “C-jun N-terminal kinase mediates tumor necrosis factor-alpha suppression of differentiation in myoblasts.” Endocrinology 147(9): 4363-4373.

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Palmipôle Résultas 2006

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Autres résultats 2006

Création d’un GIS Palmipôle. Unité expérimentale des palmipèdes à foie gras - Ue Pfg 89 / INRA (PHASE - Axe E - CT 5)

Les acteurs de la recherche, du développement, et du transfert de la filière palmipèdes à foie gras ont décidé de se regrouper par la création d’un pôle recherche et expérimentation sur le site d’Artiguères Benquet dans les Landes. Ce regroupement a été envisagé suite à la disparition de l’ADAESO et au souhait de la filière foie gras de maintenir un fort potentiel d’expérimentation sur palmipèdes. Le projet visait à mutualiser les moyens, à créer des synergies, et à mettre un œuvre une expérimentation comprenant des phases d’application et démonstration permettant de mieux répondre aux préoccupations du terrain.

Résultats

Contact

La création d’un GIS palmipèdes gras a été décidée et la convention du GIS a été signée le 15 Décembre 2006 entre l’Inra, l’ITAVI et le CEPSO. Concrètement de nouvelles installations ont été érigées. Un bâtiment démarrage des jeunes canetons, quatre bâtiments d’élevage, une salle de gavage et des parcours permettant de développer des systèmes d’élevage durables innovants en extensif.

Gérard GUY (gerard.guy@bordeaux.inra.fr) UEPFG Domaine d’Artiguères Artiguères 40280 Benquet

Perspectives ou impact à terme A moyen terme nous espérons achever le programme de rénovation du site (agrandissement des bureaux, rénovation de la salle de réunion, développement des laboratoires). Nous attendons de ce pôle qu’il soit reconnu comme perme tant sur un site unique la mise en œuvre d’une recherche pointue en amont jusqu’à une application “terrain” en aval.

Partenaires Outre le personnel de l’UEPFG à temps partiel. - ITAVI (Céline Ducamp, Evelyne Sazy) - CEPSO (Marie Saget) Ponctuellement, les membres du GISPalm.

Valorisation Les résultats du palmipôle seront diffusés principalement dans des revues de vulgarisation ou lors de journées techniques (JRPFG). Un effort de communication et de transfert sera fait par l’accueil de producteurs et de techniciens (tâche confiée à Marie Saget du CEPSO).

Champ thématique CT 5 (PHASE) : conception de systèmes biotechniques d’élevage et évaluation de leur durabilité

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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Autres résultats 2006


Autres résultats 2006

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Autres résultats 2006

Usrave : accréditation en cours par le COFRAC. Unité de Service et de Recherche en Analyses Végétales et Environnementales - Usrave 1118 / INRA (EA)

L’une des activités principales de l'unité est l’analyse des éléments minéraux dans les végétaux pour les chercheurs de l’INRA et pour les organismes professionnels ou d’Etat tels que l’ONF, l’ITCF ou l’ADEME. Outre les analyses d’éléments majeurs essentiels à la croissance des plantes, le laboratoire pratique des analyses d’éléments en traces ayant une influence directe sur l’environnement (Cd, Pb, Hg...) qui font appel aux techniques les plus récentes. Des contrôles rigoureux, mettant en œuvre des échantillons de référence, permettent d’assurer une qualité optimale à l’analyse. La traçabilité des différentes opérations inhérentes au traitement des échantillons est suivie à l’aide de logiciels performants. Le laboratoire fait, de plus, de la recherche méthodologique. Elle peut revêtir différentes formes : adaptation d’analyses végétales à de nouveaux types d’appareillages, mise au point de dosages en partenariat avec les unités de recherche, mais aussi mise au point de nouvelles procédures de préparation d’échantillons adaptées aux matrices végétales proposées par nos partenaires. Contexte de la réalisation L’Usrave travaille principalement sur le végétal. Cette unité est capable de préparer et d’analyser toutes les parties du végétal (fruits, tiges, racines, feuilles, aiguilles, bois, écorce, cellules, farines), et cela pour tous les types de végétaux (arbres, céréales, graminées, plantes maraîchères...). L’unité dispose d’une solide expérience dans l’analyse des champignons. Les analyses réalisées à l’Usrave concernent les éléments majeurs essentiels à la croissance des plantes (azote, phosphore, potassium,..), les oligoéléments (fer, cuivre,..) mais aussi les éléments en traces métalliques ayant une influence directe sur l’environnement ou la santé (cadmium, chrome, plomb, mercure,..).

Résultats L'accréditation sur le programme 99-3 par le Comité français d'accréditation -Cofrac- est attendue pour 2007. La porté de l’accréditation sera consultable sur le site Internet de cet instance : http://www.cofrac.fr.

Perspectives ou impact à terme L’Usrave développe de nouvelles méthodes d’analyse selon trois axes : - prise en charge de très faible masse d’échantillons (e.g. développement du couplage ETV-ICP-AES) - quantification de concentrations très faibles (e.g. analyse du platine, paladium et rhodium par ICP-MS) - identification des familles de molécules liées aux éléments chimiques (e.g. études de fractionnement des éléments dans la plante par couplage LC-ICP-MS, étude de la disponibilité des éléments pour la plante et pour son consommateur). Le laboratoire a acquis la maîtrise du dosage des éléments en traces par ICP-OES et ETV-ICP-OES, étudié les modes de pré-

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

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traitement d’échantillon (broyages, stcokage). En 2006, l’unité s’est équipée d’un spectromètre ICP-MS dans le but d’améliorer encore la sensibilité des analyses. Le développement de cet instrument est en cours. Le laboratoire pratique une politique de promotion de la “Qualité analytique” à l’Inra par la création et la distribution d’échantillons de référence, la formation de personnel Inra, la diffusion de nouvelles méthodes d’analyses

Collaborations L’Usrave travaille en collaboration avec les unités de recherche pour la réalisation de projets tels que : - “Sûreté sanitaire des produits végétaux récoltés : exposition, spéciation et devenir des contaminants chimiques” (Cnrs Universités Bordeaux 1 et Pau et Pays de l'Adour). - “Transfert Sol-Plante des Métaux” (CEA - CNRS - Universités Bordeaux 1 et Pau et Pays de l'Adour). - Réalisation des analyses foliaires pour le réseau RENECOFOR (ONF) Participation au groupe de travail : “Evaluation de la qualité sanitaire de végétaux destinés à la consommation humaine et produits à proximité de sites industriels actuels ou anciens” (Ademe-Ineris).

Contact

Mireille BARBASTE (mireille.barbaste@bordeaux.inra.fr) USRAVE B.P 81 33883 Villenave d'Ornon cedex

Autres résultats 2006


Autres Publications 2006

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Publications Palmipôle - Autres publications | INRA de Bordeaux-Aquitaine - Année 2006

Palmipôle

Autres publications

H Havis, N. D., S. J. P. Oxley, S. R. Piper and S. R. H. Langrell (2006). “Rapid nested PCR-based detection of Ramularia collo-cygni direct from barley.” Fems Microbiology Letters 256(2): 217-223.

C Chartrin, P., M. D. Bernadet, G. Guy, J. Mourot, M. J. Duclos and E. Baeza (2006). “The effects of genotype and overfeeding on fat level and composition of adipose and muscle tissues in ducks.” Animal Research 55(3): 231-244. Chartrin, P., M. D. Bernadet, G. Guy, J. Mourot, J. F. Hocquette, N. Rideau, M. J. Duclos and E. Baeza (2006). “Does overfeeding enhance genotype effects on energy metabolism and lipid deposition in breast muscle of ducks?” Comparative Biochemistry and Physiology a-Molecular & Integrative Physiology 145(4): 413-418. Chartrin, P., M. D. Bernadet, G. Guy, J. Mourot, J. F. Hocquette, N. Rideau, M. J. Duclos and E. Baeza (2006). “Does overfeeding enhance genotype effects on liver ability for lipogenesis and lipid secretion in ducks?” Comparative Biochemistry and Physiology a-Molecular & Integrative Physiology 145(3): 390-396. Chartrin, P., K. Meteau, H. Juin, M. D. Bernadet, G. Guy, C. Larzul, H. Remignon, J. Mourot, M. J. Duclos and E. Baeza (2006). “Effects of intramuscular fat levels on sensory characteristics of duck breast meat.” Poultry Science 85(5): 914-922.

N Nesme, T., S. Bellon, F. Lescourret and R. Habib (2006). “Surveybased analysis of irrigation and N fertilisation practices in apple orchards.” Agronomy for Sustainable Development 26(3): 215-225.

G Guemene, D., G. Guy, J. Noirault, N. Destombes and J. M. Faure (2006). “Rearing conditions during the force-feeding period in male mule ducks and their impact upon stress and welfare.” Animal Research 55(5): 443-458. L Larzul, C., B. Imbert, M. D. Bernadet, G. Guy and H. Remignon (2006). “Meat quality in an intergeneric factorial crossbreeding between muscovy (Cairina moschata) and Pekin (Anas platyrhynchos) ducks.” Animal Research 55(3): 219-229. M Mourot, J., G. Guy, P. Peiniau and D. Hermier (2006). “Effects of overfeeding on lipid synthesis, transport and storage in two breeds of geese differing in their capacity for fatty liver production.” Animal Research 55(5): 427-442. S Sellier, N., J. P. Brillard, V. Dupuy and M. R. Bakst (2006). “Comparative staging of embryo development in chicken, turkey, duck, goose, guinea fowl, and Japanese quail assessed from five hours after fertilization through seventy-two hours of incubation.” Journal of Applied Poultry Research 15(2): 219-228.

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

113

Publications Palmipôle - Autres publications | INRA de Bordeaux-Aquitaine - année 2006


Tableaux rĂŠcapitulatifs des Plates-formes communes du centre Liste provisoire

A L I M E N TAT I O N A G R I C U LT U R E E N V I R O N N E M E N T


Groupe Génomique Bordeaux

PF : plate forme

Intitulé

Pôle de génotypage séquençage de la Génomique fonctionnelle de Bordeaux-Aquitaine (GFBA)

PT : plateaux

Identification (Rio + ministère recherche)

PT

Responsables

Responsable scientifique : C.Plomion - Umr 1202 Biodiversité, gènes et communautés - BIOGECO Responsable technique : F. Salin (IE) Structure de rattachement : Génomique fonctionnelle de Bordeaux-Aquitaine (GFBA) 2 sites : site Agro (Pierroton) site Santé (Université Bordeaux 2)

› Séquençage › Génotypage

Transcriptome

Légende :

Site

PFO : plate forme opérationnelle

Caractéristiques

Séquençage automatique (35000séq/an) ; Génotypage (tilling, SNP, microsat, DHPLC) Moyen débit Personnel : 1 IE INRA, 2TR (40%) INRA Ouverture : académique régionale Veille : 15% Comité de gestion : besoins des utilisateurs, évolutions méthodo, validation prestations et tarif ; conseil scientifique de la PF génomique fonctionnelle Financement : subventions état, région, associations, fonds propres INRA, ... Tarif : acad/privé Démarche qualité via le chargé de mission de la PF Formation : enseignement masters, formation continue

Site

Bordeaux

Intitulé

PT Transcriptomique de Bordeaux

Identification (Rio + ministère recherche)

PT

Responsables

Responsable scientifique : C.Rothan - Umr 619 Biologie du fruit - BF Responsable technique : J. Petit Rattachement: IFR 103 IBVI et Génomique fonctionnelle de Bordeaux-Aquitaine (GFBA)

Caractéristiques

Sondes, puces ADN (micro et macroarrays) et analyse de données Personnel dédié : 2 CR1 (20%), 1 IE, 1 AI(70%) INRA, 1MC, 1IE Univ Ouverture : 50% équipes ext. Acad. 1 comité scientifique (PF génomique fonct. de l’Univ.) et 1 comité de gestion Financement : région, INRA, IFR, contrats R Démarche qualité : 1 chargé de mission Formation : membres des équipes utilisatrices, démonstration aux étudiants

Site

Bordeaux

Intitulé

PT Métabolome de l’IFR 103 BVI rattaché à la Génomique fonctionnelle de Bordeaux-Aquitaine (GFBA)

Identification (Rio + ministère recherche)

PT

Responsables

Responsable scientifique : A. Moing UMR 619 Biologie du Fruit - BF Responsable scientifique technique : C. Deborde, Rattachement: IFR 103 IBVI et Génomique fonctionnelle de Bordeaux-Aquitaine (GFBA)

Caractéristiques

Profils Métaboliques par RMN et spectrométrie de masse (5000 analyses par an) développements méthodologiques et génomique fonctionnelle Personnel dédié : 4,15 ETP dont 1,65 ETP INRA (1 CR1, 2 IR, 3 TR) Ouverture : 25 % équipes acad extérieures à l’IFR 103. 1 comité scientifique (GFBA) et 1 comité de gestion Financement : Région, INRA, IFR, contrats Recherche Démarche qualité : aide du responsable Qualité du centre INRA-Bordeaux, Formation : membres des équipes utilisatrices, démonstration aux étudiants, organisation des journées Métabolome-RMN

Métabolome

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

techniques

116

labellisée CRG : centre de ressources génétiques IE : installation expérimentale (Inra) RIO : réunion inter-organismes


Groupe Imagerie

› Imagerie Cellulaire › Microscopie Cytologie

Bordeaux

PT : plateaux

Intitulé

PT imagerie-cytologie de l’IFR 103 IBVI Bordeaux (intégré à la Génomique fonctionnelle de Bordeaux-Aquitaine - GFBA)

PFO : plate forme

Identification (Rio + ministère recherche)

Intégration demandée 2006 dans PFO Imagerie Electronique UB2

Responsables

Responsables scientifiques : JP Carde (CNRS) et N. Frangne - UMR 619 Biologie du Fruit - BF Responsable technique : B.Batailler Rattachement: IFR 103 IBVI et à la Génomique fonctionnelle de Bordeaux-Aquitaine

Caractéristiques

Microscopie électronique, microscopie optique (confocale), congélation ultrarapide, immunocytolocalisation Personnel dédié : 1 DR2 CNRS (100%), 1CR2 CNRS (50%), 1 IE INRA (50%), 1 AI INRA (100%), 1ADT UB1 (30%), 1MCF UB1 (10%) Ouverture : 30% équip académ.ext. Financement : Région, INRA, IFR, prestations Comité de Gestion : pôle ME de la PGF Démarche qualité : 1 IE responsable Formation : membres des équipes utilisatrices, démonstration aux étudiants, organisation de journées "Cryométhodes"

Site

Bordeaux

Intitulé

Plateau Serres S2/S3

Identification (Rio + ministère recherche)

-

Responsables

Responsable : Thierry Canderesse INRA IFR 103 IBVI Responsables techniques : D. Just, T. Mauduit, P. Bonnet

Caractéristiques

Equipements de 3 ensembles de serres S2 rattachées à des unités de recherches pour manipulation de pathogènes (Umr 1065 SV, Umr 1090 GDPP) ou d’OGM (Umr 619 BF). Equipement d’une serre S3 rattachée à Umr 1090 GDPP pour manipulation de virus Personnel dédié : 1 responsable par serre, Ouverture : nationale pour la serre S3 (expérimentations DGAL) Démarche qualité : Agrément niveau 1 en cours pour serre S3, Autres : Agrément organismes de quarantaine pour serre S3

Observatoire Tour du Bray

Mesure continue des flux de masse et d’énergie forêtatmosphère

PF : plate forme

Site

Plateau technique Végétal

› Expérimentation OGM › Pathogènes végétaux

Légende :

Site

Bordeaux-Cestas (33)

Intitulé

PT Mesures bioclimatologiques en forêt.

Identification (Rio + ministère recherche)

-

Responsables

Responsable : Denis Loustau - UR 1203 Ecologie fonctionnelle et physique de l'environnement - EPHYSE Responsables techniques : JM Bonnefond et A Bosc

Caractéristiques

Site laboratoire en forêt instrumenté et desservi par réseau (ADSL-télécom, EDF). Personnel impliqué : 2 IR, 5 TR +des contributions temps partiel 1 IE, 1 AI, 1TR, 1 AJT Métrologie : A Bosc (IR) et JM Bonnefond (IR) ; Technique : D Garrigou (TR), M Sartore (TR), C Lambrot (TR), F Lagane (TR), R Bulett (TR), UE Hermitage ; Démarche Qualité : S Dayau (AI) et C Lambrot (TR) Hygiène et Sécurité : S Debesa (AJT) et F Lagane (TR) ; Informatique : M Irvine (IE) Ouverture : internationale Attaché aux réseaux nationaux (ORE) et internationaux (Fluxnet, CarboEurope). Site démonstration scolaire et universitaire. Démarche Qualité : en cours avec le responsable AQ du centre

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

117

techniques opérationnelle labellisée CRG : centre de ressources génétiques IE : installation expérimentale (Inra) RIO : réunion inter-organismes


Conservatoire des Ressources Génétiques

Conservation sur pied Prunus, Noyer, Chataîgner et espèces apparentées

Site

Bordeaux-Villenave d'Ornon (33) + Domaine Bourran (47)

Intitulé

CRG - Conservatoire Ressources Génétiques : Prunus, Noyer, Chataîgner

Identification (Rio + ministère recherche)

-

Responsables

Responsables Scientifiques : Térésa Barenecche et Stéphanie Mariette - UR419 Unité de recherche sur les espèces fruitières et la vigne - UREFV

Caractéristiques

Ensemble d’équipements : serres (insect proof), collections en plein champs, laboratoires de terrain, bases de données, serveur informatique Personnel dédié : 1 IE, 3 AI, 1TR, 3 AJT T. Barenecche (IE), E. Balsemin (AI), M. Lafargue (AI), M. Bernardini (AI UE 393 Arboriculture) Technique : J.F. Delort (AI), J.P. Renoux (TR), H. Christman (AJT), R. Franzini (AJT), P. Reynet (AJT) Ouverture : nationale et internationale Démarche qualité : en cours avec le responsable AQ du centre

Site

Bordeaux Cestas (33)

Intitulé

PT Plate forme Qualité Bois

Identification (Rio + ministère recherche)

-

Responsables

Responsable scientifique : C. Plomion - Umr 1202 - Biodiversité, gènes et communautés - BIOGECO Responsable technique J. Brach - Structure de rattachement : BIOGECO

Caractéristiques

Halle et ensemble d’équipements : dendrochronologie, rayon X Personnel dédié : J. Brach (AI) Ouverture : académique régionale et nationale Démarche qualité : en cours avec le responsable AQ du centre

Plateau Technique Animal

Expérimentations sur la Nutrition et le Comportement des Poissons

Site

Saint-Pée-sur-Nivelle

Intitulé

IE Plateau Technique Aquacole

Identification (Rio + ministère recherche)

-

Responsables

Responsables scientifiques : G. Corraze - Umr 1067 Nutrition, aquaculture, génomique - NUAGE, Michel Parade - Umr 1224 Ecologie comportementale et biologie des populations de poissons - ECOBIOP

Caractéristiques

Ensemble d’ateliers spécialisés : digestibilité, comportement alimentaire, métabolisme, nutrition larvaire, écologie comportementale, rythmes d’activité. Personnel dédié : 1 IE, 1 AI, 2 TR et 1 AJT M. Parade (IE), P. Aguirre (AI), Y. Mercier (TR), E. Huchet (TR), J. Rives (TR), F. Guéraud (AJT) Ouverture : nationale et internationale Démarche qualité : agrément type 2 ?? Référentiel INRA Formation : Ateliers de formation techniciens animaliers piscicoles

Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

PF : plate forme PT : plateaux techniques PFO : plate forme opérationnelle

Plateau Technique Végétal

Caractérisation du bois

Légende :

118

labellisée CRG : centre de ressources génétiques IE : installation expérimentale (Inra) RIO : réunion inter-organismes


Directeur de la publication : Benoit Fauconneau | Coordination : Benoit Fauconneau, Alain Girard Ont contribué à la réalisation de ce document : Marie-Hélène Bridet (responsable de l’Equipe régionale en Information Scientifique et Technique) Création graphique et réalisation : Alain Girard | Crédits photos : INRA - I NRA Bordeaux-Aquitaine / septembre 2007 Rapport d’activité 2006 I NRA Bordeaux-Aquitaine

119


Conception et réalisation : Alain Girard - INRA Bordeaux-Aquitaine / septembre 2007 - Image de couv. : © Inra - J. Guinberteau

INSTITUT NATIONAL DE LA RECHERCHE AGRONOMIQUE CENTRE de Bordeaux-Aquitaine 71, avenue Edouard Bourlaux • B.P. 33883 • Villenave d'Ornon cedex tél : +33(0)5 57 12 23 00 • fax : +33(0)5 57 12 23 44

www.bordeaux.inra.fr

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