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Ⅰ 公益法人の税制  我が国の公益法人 1 は、明治 29 年の民法制定以来 100 余年にわたって、我が国の公 益活動の担い手として、重要な役割を果たしてきました。  しかし、公益法人に関する法制度は、長期にわたってその抜本的な見直しが行われ ておらず、現代社会の様々なニーズに対応する民間の自由な公益活動の妨げとなる部 分も生じていました。  このため、民間の公益活動を促進するための抜本的な改革を行うべく、平成 18 年 6 月に、公益法人に関する新たな法律である一般社団・財団法人法、公益法人認定法 及び整備法(以下、これら三つの法律を「公益法人改革法」といいます。)が公布され、 平成 20 年 12 月 1 日より新しい公益法人制度がスタートすることとなりました。  そして、この公益法人改革法の施行に併せて、平成 20 年度の税制改正において、 公益法人等に関する税制の大規模な改正が行われました。

 以下、Ⅰでは、1章1節で公益法人制度改正の概要、1章2節で公益法人税制の沿 革に触れつつ、平成 20 年度の税制改正後の公益法人に関する税制の概要を述べ、2 章以下で公益法人の税制上の取扱いの解説を行います。

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 「公益法人」とは、民法 34 条の規定に基づいて設立される社団又は財団を指す場合と、その他特 別な法律に基づいて設立される法人も併せて総称される場合とがありますが、本書では、 「公益法人」 を後者の意味で用いています。

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第1章 公益法人の法制・税制の概要

第1節 公益法人制度の概要

1 公益法人の位置付け  今回の公益法人制度改革前における我が国の法人を公益・非公益及び非営利・営利 という観点から分類すると、資料 1 の表のように区分されます。  公益法人等に関する税制を考える上では、この非営利か営利かということが重要とな りますが、非営利とは、その構成員に対して剰余金や残余財産の分配を行わないこと 2 を指し、営利とは、その株主等に対して剰余金や残余財産の分配を行うことを指します。  この表では、公益法人は、公益かつ非営利という区分に分類されることとなります が、非公益かつ営利という区分に分類されている株式会社等と相対する位置関係にあ ることが分かります。

【資料1 法人の分類】

事業

 (出典) 総務省『平成 19 年度 公益法人に関する年次報告』3頁、表 1-1-2 法人の分類 2

 このような法人を「非営利法人」と呼ぶ場合もあります。

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資料2においては、公益法人のうち主な法人の根拠法とその法人数が示されていま す。これらの法人は、その根拠法や所管が異なることが、我が国の特徴です。  平成 20 年 12 月 1 日以後の公益法人制度は、平成 20 年 12 日1日前に、民法 34 条 の規定の適用を受けていた社団法人・財団法人や資料1で中間的な団体に区分されて いる中間法人についての新たな制度であり、平成 20 年の公益法人制度改革の対象と なった法人は、公益法人の全体からみると、かなり限定的であったことが分かります。

【資料2 公益法人のうち主な法人の根拠法及びその法人数】

平成 18 年 10 月1日現在

 

※ 国と都道府県の共管重複分を除いた実数

  (出典)  総務省『平成 19 年度 公益法人に関する年次報告』2頁、表 1-1-1 広義の公益法人の例

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公益法人改革法の主な対象となった社団法人・財団法人の概要等は、次の資料3に 示したとおりですが、法律上は明確に区分されてはいるものの、社団法人は会費のみ で、財団法人は基本財産の運用益のみで事業を行うということが困難である場合もあ ることから、両者は必ずしも判然と区別できるわけではなく、実際には運用基金制度 を有する社団法人や賛助会員制度等を有している財団法人も存在しています。

【資料3 社団法人・財団法人の定義と概要】 社 団 法 人

財 団 法 人

定 義

一定の目的の下に拠出され結合されて 一定の目的の下に結合した人の集合体 いる財産の集まり

概 要

社員が存在し、社員総会により法人の 社員が存在せず、寄附行為によって定 意思が決定され、社員の出捐する会費 められた設立者の意思に基づき、基本 財産の運用益をもって運営されます。 をもって運営されます。

2 公益法人制度改革の経緯  公益法人制度に関する一連の改革 3 は、民間の公益活動を促進させるために行われた ものですが、直接のきっかけは、KSD 事件等の公益法人をめぐる不祥事にあったとも 考えられます。平成 12 年 12 月に閣議決定された「行政改革大綱」においては、公益 法人が国から委託等を受けて行っている事業、国から公益法人に対して交付されてい る補助金・委託費等の見直しが盛り込まれました。平成 13 年1月には、 「行政改革大綱」 を受けて内閣官房行政改革推進事務局が設置され、同年7月には、同事務局から「公 益法人制度についての問題意識~抜本的改革に向けて~」が出されましたが、ここで は、公益性の判断基準の不透明性、公益法人の内部管理機能の不十分性、公益法人の 情報公開の不徹底性、官僚の天下り問題など様々な問題が指摘されています。  その後、新たな公益法人制度のあり方が議論され、平成 16 年 12 月には、「公益法 人制度改革の基本的枠組み」が公表され、法人格の取得と公益性の判断を分離するこ と、公益性の有無に関わらず準則主義(登記)により簡便に設立できる一般的な非営 3

 公益法人制度に関する一連の改革に関する以下の記述は、内閣府公益認定等委員会 HP「公益法 人制度改革の経緯」(http://www.cao.go.jp/picc/seisaku/keii/12_1201.html)及び行政改革推進事 務局 HP「公益法人制度の抜本的改革について」(http://www.gyoukaku.go.jp/jimukyoku/kouekibappon/contents-bappon.html)を参照しました。

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利法人制度を創設すること、内閣に民間有識者からなる委員会を設置し、専門的見地 から公益性を適切に判断できる措置を検討することなど、新たな公益法人制度の枠組 みが明らかになりました。その後、パブリックコメントが実施され、提出された意見 に基づいて、立案作業が行われました。公益法人改革法案は、平成 18 年3月に、国 会に提出され、5月に可決・成立し、同年6月に公益法人改革法が公布されました。  その後、平成 19 年4月には、内閣府に公益認定等委員会が設置されました。公益 認定等委員会は、内閣総理大臣の諮問を受けて、新たな公益法人の認定基準に係る政 令・内閣府令に関する審議を行い、平成 19 年9月にこれらの政令・内閣府令が公布 されました。  さらに、公益認定等委員会は、専門的知識を有する複数の参与の協力を得て、「公 益認定等に関する運用について(公益認定等ガイドライン)」や「公益法人会計基準」 等に関する審議を行い、平成 20 年4月にこれらを正式決定しました。   平成 20 年 12 月1日に施行される新制度においては、公益認定等委員会は、公益認 定等に係る内閣総理大臣の諮問について審議し答申を行うとともに、内閣総理大臣か ら委任を受け、公益法人に対し報告を求め、公益法人の事務所への立入検査等を実施 するなど、法人の監督も行うこととされています 4。

3 平成 20 年以後の公益法人制度の概要  平成 20 年 12 月1日以後の公益法人制度の概要は、以下のとおりとなります。

(1)一般社団法人・一般財団法人に関する制度  法人格の付与と公益性の判断が分離され、設立の登記によって法人格を取得するこ とができる一般社団法人・一般財団法人に関する制度が創設されました。  一般社団・財団法人法においては、こうした設立登記のほか、組織、運営及び管理 等についての諸規定が定められています。

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 内閣府公益認定等委員会HP「公益認定等委員会の紹介」 http://www.cao.go.jp/picc/soshiki/ iinkai/iinkai.html

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(2)行政庁による公益認定制度  上記(1)の一般社団法人・一般財団法人のうち、公益認定基準に適合する法人に ついては、行政庁が公益社団法人・公益財団法人として認定するという制度が創設さ れました。  公益法人認定法においては、行政庁が上記の公益認定のほか、公益社団法人・公益 財団法人に対する管理・監督等を行うための諸規定が定められています。   (3)中間法人制度の廃止  中間法人法(平成 13 年法律第 49 号)は、一般社団法人・一般財団法人制度に統合 され、平成 20 年 12 月1日をもって廃止されることとなります(整備法1)。   (4)社団法人・財団法人の特例民法法人としての存続  社団法人・財団法人は、公益法人改革法の施行に伴い、平成 20 年 12 月1日以後は 特例社団法人・特例財団法人である一般社団法人・一般財団法人(以下、 「特例民法法人」 といいます。 )となり(整備法 40、42)、施行日以後5年間の移行期間中に、移行の 認定を受けて公益社団法人・公益財団法人となるか、移行の認可を受けて通常の一般 社団法人・一般財団法人に移行しなければ、解散したものとみなされることとなりま す(整備法 44 ~ 46)。

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【資料4 公益法人制度改革の概要 5】 (現行公益法人制度)

(新制度)

◎法人設立等の主務官庁制・許可主義  (法人の設立と公益性の判断は一体)

◎主務官庁制・許可主義の廃止   (法人の設立と公益性の判断を分離)

(社団法人・財団法人)

(一般社団法人・一般財団法人)

法人の設立

法人の設立

主務官庁の許可が必要

登記のみで設立 (公益社団法人・公益財団法人)

一 体

公益性の判断 一般社団法人・一般財団法人のうち希 望する法人に対して、民間有識者によ る委員会の意見に基づき行政庁が認定

公益性の判断

・統一的な判断  ・明確な基準を法定

主務官庁が自由に判断できる

● 税との関係 法人格と税制上の優遇措置が連動

● 税との関係 公益性を認定された法人・非営利型法 人について、税制上一定の優遇措置

新制度における一般社団法人・一般財団法人と公益社団法人・公益財団法人の関係は?

一般社団法人・一般財団法人

行政庁による監督なし

事業の公益性の有無にかかわらず登記のみで 設立できるが、剰余金の分配はできない法人

認定

(公益社団法人・公益財団法人)

公益目的事業を行うことを主たる目的とし、 公益認定の基準を満たす法人

行政庁による監督あり、一定の税優遇等あり

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 資料4は、行政改革推進本部事務局「公益法人制度改革の概要」2頁をもとに作成しました。

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第2節 公益法人の税制の概要

1 公益法人に対する法人税課税の沿革  内国法人である公益法人等又は人格のない社団等については、収益事業(「第3章  収益事業課税制度」を参照)を行う場合に限り納税義務があるものとされています (法法 4 ①ただし書)。  我が国においては、明治 32 年に所得税法が改正され、法人に対する所得課税が始 まりましたが、当時は、全ての法人の所得に対して課税が行われていたわけではなく、 営利を目的としない法人の所得については課税が行われていませんでした 6。  このことから、我が国の法人税は、「営利事業の所得に課税し、非営利事業の所得 には課税をしない」という考え方が原点となっていたことを確認することができます。  その後、昭和 20 年にはじめて宗教法人に対して収益事業に対する課税が行われる ようになり、21 年には労働組合に対しても収益事業課税が行われるようになりました。 また、昭和 24 年には、私立学校法が成立し、私立学校についても宗教法人・労働組 合と同様に、その収益事業から生ずる所得について法人税を課すこととされました 7。  また、昭和 24 年にシャウプ使節団が我が国の税制に関する調査結果をまとめた報 告書においては、我が国の公益法人等に対する税制のあり方として、当時の大蔵省が 個別に公益性を判断し免税の資格を付与すべきであるという個別審査方式が勧告され ていました 8。  しかし、昭和 25 年には、上記シャウプ勧告による個別審査方式は採用せずに、公 益法人等に対しては収益事業課税制度が導入されました。課税か非課税かを個々に判 定することは事実上不可能であるということで、シャウプ勧告における個別審査方式 は採用せず、旧営業税にならって業種を定めた収益事業課税制度が採用されたわけで す。この制度創設時の収益事業の範囲は、 旧営業税と同じで、 29 業種となっていました。 6

 「第五条 左ニ掲グル所得ニハ所得税ヲ課セス   一~三 省略   四 営利ヲ目的トセサル法人ノ所得   五~七 省略 」(創設時の所得税法5四) 7  吉国二郎・大島隆夫・市丸吉左ェ門・武田昌輔『戦後法人税制史』税務研究会、平成8年、13・ 14、61・62 頁 8  日本税理士会連合会編『シャウプ使節団日本税制報告書(復元版) 』日本税理士会連合会出版局、 昭和 54 年、第6章、法人、A 節普通法人税、81 ~ 83 頁

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現在の収益事業の 34 業種の中には農業が含まれていませんが、これは、旧営業税 の課税対象に農業が含まれていなかったことによるものと言われており、現在の法人 税における収益事業課税制度が旧営業税の外形課税を継承していることの名残と見る ことができます。  昭和 32 年には、人格のない社団等についても収益事業を営む場合に限り課税の対 象とされることとなり 9、その後は収益事業の範囲を拡大する改正が行われてきまし た。  平成 14 年には、新たな公益法人制度の制定に併せた税制改正を行うにあたり、政 府税制調査会において、非営利法人課税ワーキング・グループが設けられました。  そこでは、新たな公益法人制度に対応する税制の検討が行われ、平成 17 年 6 月には、 「新たな非営利法人に関する課税及び寄附金税制についての基本的考え方」が公表さ れました。  この政府税制調査会の「新たな非営利法人に関する課税及び寄附金税制についての 基本的考え方」では、 「そもそも法人税は、事業の目的や利益分配の有無にかかわらず、 収益及び費用の私法上の実質的な帰属主体である事業体が納税義務者とされるもので あり、この点は営利法人も非営利法人も同様である」10 という考え方が示されました。  その後、税制改正の方向が明らかでない状態が長く続きましたが、平成 19 年 12 月 に平成 20 年度改正の概要の一部が明らかになりました。  納税者の立場に立ってみると、法制とその法制に対応する税制の双方がわからなけ れば、その法制が妥当なものであるかどうかの的確な判断ができないことから、本来 は、法制と税制の改正内容は同時に検討されるべきではなかったかと考えます。  以上のような経過を経て行われた平成 20 年度改正においては、平成 17 年の政府税 制調査会の考え方で示されていた課税強化の路線が大きく修正されて、利益分配の有 無によって課税上の取扱いを決める非営利型法人の仕組みを創設し、公益社団法人・ 公益財団法人について、収益事業から公益目的事業を除外し、みなし寄附金制度を拡 充することで公益目的事業を事実上非課税とするなどの改正が行われました。  平成 20 年度改正は、その内容と規模のいずれにおいても、昭和 25 年改正以来の大 9

 吉国他前掲注7、242 頁  税制調査会 基礎問題小委員会・非営利法人課税ワーキング・グループ「新たな非営利法人に関 する課税及び寄附金税制についての基本的考え方」平成 17 年6月

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改正となっており、基本的には、公益目的活動を税制が支援するという立場でなされ た改正と捉えることができるものと考えます。

2 公益法人に対する法人税制の概要  平成 20 年度改正後の公益法人に対する法人税制の概要は、 以下のとおりとなります。   (1)納税義務者  内国法人である公益法人等(以下、本書においては「公益法人等」といいます。) については、収益事業を行う場合に限り、納税義務があります(法法 4 ①ただし書)。  公益法人等の各事業年度の所得のうち収益事業から生じた所得以外の所得及び清算 所得については、それぞれ各事業年度の所得に対する法人税及び清算所得に対する法 人税を課さないこととされています(法法5・7)。  公益法人等とは、法人税法別表2に掲げる法人とされています(法法2六)。  平成 20 年度改正によって、従前の法人税法別表2に掲げる法人のうち、民法 34 条 の規定により設立された社団法人・財団法人が削除され、代わりに、公益社団法人・ 公益財団法人(2章2節を参照)、非営利型法人に該当する一般社団法人・一般財団 法人(2章1節を参照)及び社会医療法人(2章5節を参照)が公益法人等の範囲に 追加されました。  なお、特定非営利活動法人や地縁団体など、法人の設立の根拠となる法律(特定非 営利活動促進法や地方自治法等)において、法人税法別表2に掲げる公益法人等とみ なすこととされている公益法人等(以下、「みなし公益法人等」といいます。)が存在 しています。本書では、そのうち代表的なものとして、特定非営利活動法人について、 2章6節で説明しています。

(2)非営利型法人  公益社団法人・公益財団法人以外の一般社団法人・一般財団法人においては、「非 営利型法人」という法人税法独自の区分が新たに設けられました(法法2九の二)。  非営利型法人と非営利型法人に該当しない法人(以下、 「営利型法人」といいます。) の区分に応じて、非営利型法人については、収益事業を行う場合に限り法人税の納税 10


義務が生ずることとなり(法法 4 ①ただし書)、営利型法人については、普通法人と しての課税が適用されることとなります(法法4①)(資料5を参照)。   【資料5 公益法人制度と公益法人に対する法人税制の関係図】 公 益 法 人 制 度 認定

税制上の法人の類型 公益社団法人 公益財団法人

登記のみ で設立

公益社団法人 公益財団法人 (公益法人等)

非営利型法人である

一般社団法人

一般社団法人 一般財団法人

一般財団法人

(公益法人等)

営利型法人である 一般社団法人 一般財団法人 (普通法人)

 非営利型法人とは、「剰余金や残余財産の分配をしない」こと等の諸要件を満たし た法人(詳細な定義は、2章1節2の「(1)非営利型法人と営利型法人の区分」を 参照)とされており、平成 20 年度改正において、一般社団法人・一般財団法人のうち、 いわゆる非営利活動を行うことを目的とした法人の受け皿になることに配慮し、公益 法人等の類型の一つとして創設されたものです。

(3)収益事業課税制度  公益法人等又は人格のない社団等については、収益事業を行う場合に限って法人税 の納税義務があることとされていますが、この法人税法における収益事業とは、物品 販売業、不動産販売業、金銭貸付業等の 34 業種(資料6を参照)で、継続して事業 場を設けて行われるものをいいます(法法2十三)。  平成 20 年度改正において、収益事業の範囲が一部見直され、これまでの 33 業種に 「労働者派遣業」が追加され、収益事業は 34 業種となりました。さらに、「技芸の教 11


授業」について、① 法律の規定に基づいて国の機関が付与する資格(いわゆる国家 資格)に関する試験事業又は登録事業であって一定の要件を満たすものがその範囲か ら除外されるとともに、② 外洋小型船舶の操縦の教習に係る除外措置が廃止されて います(3章を参照)。

【資料6 収益事業の範囲】 ⒈物品販売業、⒉不動産販売業、⒊金銭貸付業、⒋物品貸付業、⒌不動産貸付業、⒍製造業、 ⒎通信業、⒏運送業、⒐倉庫業、10. 請負業、11. 印刷業、12. 出版業、13. 写真業、14. 席貸業、 15. 旅館業、16. 料理店業その他の飲食店業、17. 周旋業、18. 代理業、19. 仲立業、20. 問屋業、 21. 鉱 業、22. 土 石 採 取 業、23. 浴 場 業、24. 理 容 業、25. 美 容 業、26. 興 行 業、27. 遊 技 所 業、 28. 遊 覧 所 業、29. 医 療 保 健 業、30. 一 定 の 技 芸 教 授 業 等、31. 駐 車 場 業、32. 信 用 保 証 業、 3 3 . 無 体 財 産権 の 提 供 等 を 行 う 事 業 、 3 4 . 労 働 者 派 遣 業

 公益法人等は、「収益事業から生ずる所得に関する経理」と「収益事業以外の事業 から生ずる所得に関する経理」とを区分して行わなければならこととされています(法 令6) 。

(4)収益事業からの公益目的事業等の除外  平成 20 年度改正においては、公益社団法人・公益財団法人について、その収益事 業の範囲から公益法人認定法に規定する公益目的事業に該当するものを除外し(法令 5②一) (資料7を参照)、社会医療法人については収益事業の一区分である医療保健 業から社会医療法人が行う医療保健業を除外する(法令5①二十九チ)という制度が 新たに設けられました。この制度は、収益事業課税制度の枠組みを利用しつつ、そこ から公益目的事業等に係る部分を除外することによって、公益社団法人・公益財団法 人及び社会医療法人を実質的に非課税扱いとするものです。  

【資料7 法人税法と公益法人認定法における事業区分と課税の範囲 11】 11

 この表は、財務省主税局税制第三課課長補佐・佐々木 浩「平成 20 年度の法人税関係(含む政 省令事項)の改正について」㈳日本租税研究協会会員懇談会資料、平成 20 年5月、11 頁をもとに

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法 人 税 法

公益法人認定法

公益目的事業

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収益事業等

収益事業以外の事業

収 益 事 業

課税対象外 (法法4①)

収益事業の範囲から公益目的 事業を除くため、課税対象外 (法令5②一)

課税対象外 (法法4①)

課税対象 (法法4①)

(5)みなし寄附金制度  みなし寄附金制度とは、公益法人等がその収益事業に属する資産のうちからその収 益事業以外の事業のために支出した金額を、その収益事業に係る寄附金の額とみなし て、通常の寄附金に含めて寄附金の損金算入限度額の計算を行う制度をいいます(法 法 37 ⑤) 。  なお、一般社団法人・一般財団法人については、みなし寄附金制度の適用がありま せんので、注意が必要となります(資料8を参照)。

【資料8 みなし寄附金制度の適用の有無】

公益社団法人・公益財団法人 学校法人・社会福祉法人・社会医療法人 適用あり 特例民法法人(社団法人・財団法人) 認定NPO法人              など 一般社団法人・一般財団法人(有限責任中間法人 ・無限責任中間法人を含む。) 適用なし NPO法人 人格のない社団・財団           など

(6)納税義務者の区分の変更の取扱い  公益法人制度の下では、以下の場合などに、普通法人である法人が公益法人等となっ たり、公益法人等である法人が普通法人となったりする、という納税義務者の区分の 変更が起こるケースがあります。  ○ 公益認定が行われたりその取消しが行われたりした場合  ○ 非営利型法人の要件を満たしたり満たさなくなったりした場合 作成しています。

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○ 異なる納税義務者の区分の法人同士が合併を行った場合 など  平成 20 年度改正においては、こうした納税義務者の区分の変更に伴う課税所得の 計算に関する取扱いが規定されています(4章・5章を参照)。  具体的には、普通法人が公益法人等となる場合には、解散・設立があったものとみ なして、欠損金の繰戻しによる還付等の個別規定の適用を受けることとなっています (法法 10 の3) 。  また、公益法人等が普通法人に該当することとなる場合には、収益事業以外の事業 から生じた累積所得金額・累積欠損金額を益金の額・損金の額に算入することとされ ています(法法 64 の4)。   (7)税率  公益社団法人・公益財団法人及び一般社団法人・一般財団法人の各事業年度の所得 の金額に対しては、30% の基本税率が適用されることとなります(ただし、所得の 金額のうち年 800 万円以下の部分については、22% の軽減税率が適用されます。)(法 法 66 ①・②) 。  社会医療法人、その他の公益法人等については、22%の軽減税率が適用されます(法 法 66 ③) 。

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