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Tanto el Gobierno como el Parlamento eran “instituciones federales de transición”, según la definición que consta en la Carta Federal de Transición adoptada en 2004. Esa Carta establece un mandato de cinco años, que debe conducir a la sanción de una nueva Constitución y la transición hacia un gobierno representativo tras la celebración de elecciones nacionales. El Presidente de “Puntlandia”, Abdullahi Yusuf Ahmed, fue elegido Presidente del Gobierno Federal de Transición de Somalia en octubre de 2004, y los 25 candidatos a la presidencia prometieron apoyarlo y desmovilizar sus milicias. Sin embargo, en mayo de 2006 Mogadiscio se convirtió en escenario de nuevos combates entre las milicias fuertemente armadas de la Alianza para la Restauración de la Paz y contra el Terrorismo y las de los Tribunales Islámicos. En junio de 2006, el Gobierno Federal de Transición y la Unión de Tribunales Islámicos se comprometieron a reconocerse mutuamente, proseguir el diálogo y abstenerse de adoptar cualquier medida que aumentara la tensión. No obstante, en julio fuerzas leales a los Tribunales Islámicos avanzaron hacia la ciudad de Baidoa. En diciembre de 2006 el Consejo de Seguridad autorizó a la Autoridad Intergubernamental para el Desarrollo y a todos los Estados Miembros de la Unión Africana a establecer una misión de protección y capacitación en Somalia, cuyo mandato consistía en realizar un seguimiento de los progresos hechos por las partes en la aplicación de los acuerdos, mantener la seguridad en Baidoa, proteger a los miembros y la infraestructura de las instituciones y del Gobierno Federal de Transición, y ayudar al restablecimiento de las fuerzas nacionales de Somalia. En el marco de cientos de miles de personas huyendo de los duros combates que se libraban en Mogadiscio, en febrero de 2007 el Consejo de Seguridad autorizó a la Unión Africana a emprender una operación más amplia, conocida por la sigla AMISOM (Misión de la Unión Africana en Somalia). La AMISOM sustituyó a la misión de la Autoridad Intergubernamental para el Desarrollo y recibió autorización para adoptar todas las medidas necesarias a fin de cumplir su mandato de crear un ambiente seguro. Desde entonces, el Consejo ha extendido el mandato de la AMISOM y ha aprobado la elaboración de planes con miras al posible despliegue de una operación de las Naciones Unidas en 2011. En 2009 se estableció en Nairobi la Oficina de las Naciones Unidas de Apoyo a AMISOM (UNSOA) con el objeto de brindar apoyo técnico y logístico a la operación de la Unión Africana. Hasta finales de 2010, el Secretario General Ban Ki-moon sostenía que el despliegue de una misión de esas características no era realista ni factible en vista de la
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